genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   

This is table  71  of  175  ( 20966 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21058622--21058691	27	2.7	26	74	10	72	11	18	0	70	1.17
21058606--21058742	39	3.4	39	86	6	168	8	18	0	72	1.08
21058676--21058733	28	2.1	27	90	9	91	8	17	0	74	1.06
21075040--21075175	50	2.7	50	88	0	182	27	31	22	18	1.97
21081625--21081681	18	3.2	18	74	20	57	29	26	0	43	1.55
21081833--21081914	37	2.2	37	88	0	119	35	23	18	23	1.96
21082439--21082471	17	2.1	17	88	11	52	36	0	9	54	1.32
21086712--21086742	15	2.0	16	93	6	55	77	0	12	9	0.99
21088324--21088559	40	5.9	40	93	1	402	27	19	28	23	1.99
21088327--21088559	119	2.0	120	96	0	432	27	19	29	23	1.98
21090022--21090048	11	2.5	11	100	0	54	11	0	7	81	0.87
21098026--21098063	8	4.8	8	87	9	51	10	15	0	73	1.09
21100433--21100496	8	8.1	8	80	14	71	25	0	1	73	0.92
21100447--21100496	15	3.3	14	84	15	64	26	0	2	72	0.96
21100444--21100518	31	2.3	34	88	6	111	26	1	1	70	1.03
21100491--21100545	29	1.9	29	85	10	78	30	3	0	65	1.10
21110939--21110971	4	8.2	4	93	0	57	21	3	0	75	0.93
21115904--21116146	51	4.8	51	81	6	289	30	27	16	25	1.97
21115904--21116142	101	2.4	101	89	4	349	30	27	17	25	1.97
21119021--21119070	9	5.7	9	81	11	59	76	8	2	14	1.10
21119075--21119116	17	2.5	17	88	7	59	73	2	23	0	0.94
21119076--21119116	6	7.2	6	81	10	50	75	2	21	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21119076--21119116	11	3.6	11	80	6	55	75	2	21	0	0.92
21121358--21121644	45	6.4	45	89	2	425	27	16	26	29	1.97
21121403--21121794	89	4.4	88	80	5	312	28	19	23	28	1.99
21122066--21122177	44	2.5	44	82	2	136	27	16	22	33	1.96
21129802--21129870	32	2.2	32	97	0	129	42	11	4	42	1.61
21135815--21135997	96	1.9	94	91	2	294	32	18	14	35	1.90
21137269--21137316	17	2.9	17	90	3	71	27	0	18	54	1.44
21138545--21138679	46	2.9	46	94	3	227	35	9	25	29	1.88
21143993--21144149	75	2.1	75	97	1	296	31	7	16	45	1.74
21145722--21145866	49	3.0	48	75	8	132	24	17	26	30	1.98
21147049--21147085	18	2.1	18	100	0	74	62	5	0	32	1.18
21147203--21147259	27	2.1	27	100	0	114	54	3	17	24	1.59
21158778--21158970	50	3.8	51	78	11	232	29	27	17	25	1.97
21162258--21162290	16	2.1	16	100	0	66	36	15	6	42	1.71
21165543--21165581	21	1.9	20	84	5	51	17	15	25	41	1.89
21172435--21172539	39	2.7	39	76	7	108	38	6	6	48	1.56
21180044--21180074	16	1.9	16	93	0	53	35	0	3	61	1.12
21184122--21184171	24	2.0	25	81	11	59	8	32	2	58	1.39
21195301--21195335	15	2.2	16	90	5	54	65	0	25	8	1.21
21207423--21207469	21	2.2	21	82	14	53	23	6	6	63	1.41
21223039--21223068	10	3.0	10	95	0	51	36	10	40	13	1.78
21224741--21224793	23	2.4	22	75	9	54	9	18	1	69	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21224786--21224825	18	2.2	18	86	0	53	7	25	2	65	1.32
21229107--21229349	50	4.8	50	77	7	206	23	27	20	27	1.99
21230957--21231006	20	2.5	20	86	0	73	40	14	30	16	1.87
21233169--21233208	20	2.0	20	85	5	53	60	0	2	37	1.11
21233781--21233953	10	17.8	10	68	16	62	58	0	4	36	1.19
21233781--21233889	30	3.8	28	80	10	112	58	0	2	38	1.12
21233781--21233918	28	4.8	28	81	9	127	57	0	3	38	1.16
21233848--21233929	38	2.2	35	79	16	87	57	0	7	35	1.27
21245247--21245299	19	2.7	20	77	11	56	41	0	3	54	1.18
21247953--21247978	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
21250496--21250606	59	1.9	56	85	5	150	50	3	2	43	1.33
21250597--21250651	25	2.2	25	81	12	60	47	7	1	43	1.41
21250588--21250694	37	2.9	39	75	19	104	52	4	2	40	1.37
21250769--21250804	14	2.6	14	100	0	72	47	47	5	0	1.25
21258010--21258191	97	1.8	99	88	3	278	21	32	18	26	1.97
21257963--21258196	50	4.8	48	79	8	235	23	31	18	26	1.98
21258021--21258220	50	4.1	48	73	17	144	23	34	17	25	1.96
21258588--21258680	42	2.2	42	88	0	132	21	24	13	39	1.90
21261445--21261553	18	5.9	18	72	18	73	51	3	1	43	1.30
21263570--21263759	51	3.8	49	81	4	209	29	26	16	27	1.97
21270619--21270694	20	3.8	20	87	5	102	23	28	17	30	1.97
21272148--21272178	13	2.5	12	94	5	53	83	6	3	6	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21277368--21277443	29	2.6	29	89	2	116	47	3	0	48	1.20
21277378--21277437	16	3.8	16	70	17	54	45	3	0	51	1.17
21279145--21279196	23	2.4	22	78	12	63	48	0	5	46	1.26
21281537--21281575	19	2.0	20	90	5	62	58	0	5	35	1.20
21281537--21281575	20	2.0	19	85	14	53	58	0	5	35	1.20
21281541--21281583	19	2.1	21	87	8	63	65	0	6	27	1.18
21281744--21281812	10	7.4	9	80	15	79	60	0	2	36	1.11
21281739--21281828	37	2.5	36	82	12	96	60	0	3	36	1.14
21281767--21281828	18	3.4	17	77	20	63	61	0	1	37	1.06
21286436--21286486	17	3.0	17	94	0	84	33	13	13	39	1.84
21288419--21288446	4	7.0	4	100	0	56	0	25	0	75	0.81
21288507--21288537	15	2.1	15	93	0	53	3	19	0	77	0.90
21288546--21288617	5	14.4	5	75	20	62	56	4	0	38	1.18
21288547--21288589	19	2.3	19	92	8	70	58	0	0	41	0.98
21288553--21288618	24	2.7	25	81	9	73	59	4	0	36	1.18
21291929--21292037	29	3.7	30	78	7	107	18	16	30	34	1.93
21293553--21293632	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
21293763--21294107	47	7.4	47	90	1	453	25	30	10	33	1.90
21307145--21307177	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
21307353--21307420	35	2.0	35	85	8	95	41	2	0	55	1.15
21309627--21309677	24	2.1	24	82	7	59	33	1	13	50	1.53
21317730--21317781	25	2.0	28	88	11	83	51	3	11	32	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21320473--21320626	28	5.5	28	96	0	265	33	28	12	25	1.92
21323128--21323313	41	4.5	41	96	0	327	26	22	27	23	1.99
21327682--21327984	40	7.6	40	90	2	405	24	20	27	27	1.99
21352106--21352135	12	2.4	13	94	5	53	66	6	6	20	1.38
21361981--21362034	14	3.8	14	78	4	63	1	22	1	74	1.02
21375523--21375604	33	2.4	34	85	2	112	43	23	6	26	1.77
21383103--21383141	13	3.0	13	80	0	51	48	15	0	35	1.45
21386134--21386234	39	2.6	39	80	4	105	29	18	22	28	1.98
21386174--21386377	63	3.2	62	79	4	196	32	22	19	25	1.97
21386215--21386378	63	2.6	63	82	1	204	34	22	18	25	1.96
21397008--21397054	20	2.3	21	79	17	55	70	0	8	21	1.14
21397627--21397673	24	2.0	24	82	0	58	68	12	6	12	1.39
21414673--21414845	40	4.3	40	93	2	269	26	20	26	26	1.99
21414621--21414845	80	2.8	80	87	6	298	26	21	26	25	1.99
21414621--21414845	120	1.9	119	82	9	289	26	21	26	25	1.99
21414621--21414878	80	3.3	79	83	7	269	27	20	26	25	1.99
21414621--21414878	120	2.2	119	80	9	278	27	20	26	25	1.99
21422661--21422833	40	4.3	40	92	2	269	25	20	27	27	1.99
21422609--21422833	80	2.8	80	84	6	296	25	20	27	26	1.99
21422610--21422833	40	5.6	39	85	7	226	25	20	27	25	1.99
21422609--21422866	80	3.3	79	82	6	274	26	20	27	25	1.99
21425540--21425715	51	3.5	51	80	7	209	30	27	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21425530--21425715	99	1.9	102	87	5	281	29	27	19	24	1.98
21431231--21431452	40	5.6	40	87	4	270	26	28	21	24	1.99
21434745--21434935	51	3.8	51	82	8	255	29	28	18	23	1.98
21434743--21434927	101	1.8	102	91	3	311	29	28	18	23	1.98
21434735--21434927	102	1.9	102	89	3	291	29	29	19	22	1.98
21437619--21437669	12	4.2	12	76	0	57	29	7	0	62	1.23
21437619--21437669	24	2.1	24	85	0	66	29	7	0	62	1.23
21437628--21437699	33	2.2	32	80	9	83	30	9	0	59	1.29
21446603--21446691	28	3.2	27	74	4	81	29	24	22	23	1.99
21447061--21447125	27	2.4	27	87	5	96	23	16	16	43	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175