genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  32  of  175  ( 20966 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8537289--8537408	62	1.9	62	94	0	213	42	21	5	30	1.74
8539057--8539092	11	3.1	11	92	8	54	86	0	11	2	0.68
8539059--8539099	6	6.8	6	83	10	57	82	0	14	2	0.76
8540049--8540583	44	12.2	44	64	8	140	29	20	23	26	1.99
8540004--8540316	131	2.4	131	89	1	457	29	19	24	27	1.98
8540224--8540408	88	2.1	87	77	7	185	28	21	22	28	1.99
8540116--8540535	220	1.9	219	88	2	628	29	20	24	26	1.99
8540336--8540663	131	2.5	132	87	1	471	31	20	24	24	1.98
8540535--8540744	88	2.4	88	80	4	210	30	21	23	24	1.99
8540009--8541017	351	2.9	350	91	1	1572	29	20	23	26	1.99
8540467--8540869	220	1.8	219	87	2	603	29	20	23	26	1.99
8540751--8540934	44	4.2	44	68	9	124	30	20	21	27	1.98
8540701--8541043	131	2.6	131	87	1	517	29	21	23	25	1.99
8541102--8541281	43	4.2	43	64	14	111	32	25	18	23	1.97
8541047--8541346	128	2.3	128	90	2	460	33	21	19	25	1.97
8541327--8541472	44	3.4	44	77	6	129	30	17	24	27	1.97
8554202--8554227	13	2.0	13	100	0	52	23	30	38	7	1.83
8555704--8555743	3	13.3	3	83	0	53	2	40	0	57	1.12
8557766--8557914	39	3.8	39	84	3	201	35	28	18	17	1.93
8560137--8560187	23	2.2	23	92	0	84	41	21	9	27	1.84
8566199--8566238	12	3.8	11	81	18	50	45	17	0	37	1.49
8567470--8567627	39	4.1	39	90	0	244	34	31	20	14	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8568892--8569026	39	3.5	39	85	0	189	38	29	17	14	1.89
8588809--8588836	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
8592493--8592594	48	2.1	48	96	0	186	28	26	6	38	1.82
8592819--8593047	25	9.2	25	69	11	96	34	19	26	20	1.96
8592853--8592951	52	2.0	49	82	9	119	33	21	26	19	1.97
8593012--8593058	24	2.0	24	86	0	67	34	14	29	21	1.93
8600918--8600954	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
8603670--8603698	9	3.3	9	95	4	51	82	6	10	0	0.83
8608253--8608340	26	3.3	26	82	7	124	36	19	7	36	1.81
8613583--8613622	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
8613589--8613753	68	2.6	65	87	8	216	41	4	9	45	1.55
8613611--8613753	68	2.1	67	93	2	252	41	4	9	44	1.57
8613695--8613722	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
8613819--8613861	23	1.9	23	85	4	61	62	2	0	34	1.08
8620489--8621065	286	2.0	286	96	2	1070	39	16	9	33	1.81
8621027--8621114	9	9.7	9	69	16	56	68	0	2	29	1.02
8621039--8621114	10	7.9	10	71	17	63	65	0	2	31	1.06
8621027--8621103	19	4.3	19	77	9	65	68	0	2	28	1.02
8621027--8621095	29	2.6	25	76	17	68	68	0	1	30	0.99
8621423--8621540	10	12.1	10	71	13	68	36	1	0	61	1.06
8621468--8621543	29	2.6	29	77	8	82	35	0	0	64	0.94
8621430--8621551	20	6.3	19	76	11	97	34	1	0	63	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8621423--8621550	39	3.3	37	76	14	125	35	1	0	62	1.10
8621723--8621889	90	1.9	90	80	2	201	37	7	13	40	1.74
8628304--8628357	24	2.2	24	90	0	81	12	16	24	46	1.82
8635226--8635275	24	2.1	24	85	7	66	22	6	0	72	1.07
8645054--8645504	225	2.0	226	92	1	762	40	6	10	42	1.65
8656915--8656943	7	4.1	7	100	0	58	13	55	0	31	1.39
8672329--8672663	132	2.5	132	92	0	544	24	26	19	29	1.98
8672555--8672751	88	2.2	88	90	0	331	22	25	22	28	1.99
8672437--8672883	220	2.0	220	93	0	768	24	25	21	29	1.99
8672651--8673286	132	4.8	132	93	0	1065	25	25	19	29	1.99
8672329--8673015	352	2.0	352	92	0	1149	24	25	19	29	1.99
8672705--8673153	44	10.2	44	63	18	139	26	24	19	29	1.99
8674395--8674456	29	2.1	29	100	0	124	12	22	29	35	1.91
8685958--8686075	58	2.0	58	98	0	227	16	43	29	10	1.81
8687566--8687590	7	3.6	7	100	0	50	56	0	0	44	0.99
8694236--8694293	5	11.6	5	96	0	107	60	1	0	37	1.07
8695536--8695561	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8696503--8696570	31	2.3	31	79	5	77	41	14	19	25	1.89
8698799--8698828	6	5.0	6	100	0	60	66	0	33	0	0.92
8701369--8701402	13	2.4	14	90	9	52	29	8	0	61	1.26
8703858--8703908	21	2.5	21	83	3	68	35	9	29	25	1.88
8705763--8705811	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8710152--8710353	103	2.0	103	87	2	289	43	3	5	47	1.43
8710233--8710329	42	2.3	42	87	1	133	46	3	4	46	1.37
8713564--8713589	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
8715989--8716049	24	2.5	25	91	2	97	42	14	8	34	1.76
8717751--8717780	14	2.1	14	100	0	60	43	36	0	20	1.52
8726613--8726771	60	2.8	56	79	12	164	52	4	1	41	1.29
8731857--8731887	13	2.4	13	94	0	53	22	6	12	58	1.58
8736205--8736233	12	2.4	12	100	0	58	17	31	34	17	1.93
8743951--8744098	41	3.6	41	97	0	269	30	23	20	25	1.99
8743951--8744122	41	4.2	41	90	3	247	30	24	20	25	1.99
8745746--8745797	28	1.9	26	92	7	86	46	7	0	46	1.31
8749276--8749322	23	2.0	23	84	8	60	34	4	8	53	1.51
8750603--8750659	28	2.0	28	90	6	89	38	5	0	56	1.22
8750851--8750879	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
8757012--8757113	42	2.4	42	82	9	111	30	23	19	26	1.98
8758042--8758096	28	2.0	28	89	7	85	38	5	0	56	1.23
8758246--8758274	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
8759453--8759478	7	3.7	7	100	0	52	15	0	69	15	1.20
8759638--8759696	31	1.9	31	93	6	102	37	0	44	18	1.50
8766507--8766593	44	2.0	44	86	0	120	48	3	10	37	1.54
8771107--8771148	22	1.9	22	95	0	75	42	4	28	23	1.74
8778880--8778908	15	1.9	15	100	0	58	58	20	13	6	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8780019--8781429	618	2.3	617	92	1	2364	30	19	9	40	1.83
8782847--8783057	24	8.6	25	69	12	118	18	26	21	33	1.96
8782872--8783055	72	2.5	70	76	11	174	19	26	21	33	1.97
8784635--8784761	28	4.5	28	81	6	139	27	13	2	56	1.49
8784621--8784762	57	2.5	57	82	6	155	26	14	3	55	1.55
8784621--8784793	29	6.0	29	79	8	131	27	12	4	56	1.54
8786587--8786771	89	2.1	90	96	1	345	51	5	16	27	1.66
8786588--8786724	42	3.1	43	63	27	106	51	6	16	25	1.68
8788074--8788122	23	2.1	24	88	3	73	20	24	10	44	1.82
8793941--8794002	29	2.1	29	96	0	115	19	6	30	43	1.76
8795191--8795246	26	2.2	26	96	0	103	41	21	21	16	1.90
8795397--8795459	30	2.1	30	96	0	117	58	6	11	23	1.55
8798223--8798264	22	1.9	22	95	0	75	42	4	28	23	1.74
8816993--8817040	20	2.4	20	89	6	71	2	25	12	60	1.43
8817878--8817926	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
8829233--8829408	12	15.1	11	67	18	56	67	1	6	25	1.21
8829338--8829408	17	4.2	16	74	12	63	71	1	1	25	1.02
8829341--8829401	29	2.1	30	81	3	70	72	1	1	24	1.03
8830072--8830096	13	1.9	13	100	0	50	8	20	40	32	1.81
8833305--8833341	19	1.9	19	88	0	56	72	2	0	24	0.97
8839811--8839863	22	2.4	22	93	0	79	45	15	18	20	1.85
8839816--8839884	22	3.1	22	87	4	68	47	14	15	21	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8840185--8840239	24	2.3	24	93	0	92	47	23	9	20	1.78
8840223--8840271	24	2.0	24	88	0	71	42	18	8	30	1.79
8840292--8840670	27	14.1	27	76	7	200	22	18	18	39	1.92
8840304--8840513	80	2.6	79	84	6	260	23	20	19	37	1.94
8840473--8840670	81	2.4	80	87	3	279	21	17	19	41	1.90
8840331--8840670	54	6.3	54	76	6	240	22	18	19	40	1.92
8843679--8843713	18	2.0	17	88	5	52	0	22	0	77	0.78
8845950--8846066	57	2.1	56	87	4	164	28	20	6	44	1.77
8849049--8849118	31	2.2	32	85	5	99	32	22	12	31	1.92
8851194--8851307	47	2.4	48	80	4	124	19	22	34	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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