genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18961005--18961097	40	2.3	40	81	0	96	18	21	22	37	1.94
18966222--18966257	6	6.0	6	100	0	72	33	16	33	16	1.92
18966893--18966927	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
18967087--18967181	45	2.1	44	86	1	127	33	26	6	33	1.82
18967162--18967213	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
18970179--18970215	18	2.0	19	94	5	67	32	8	5	54	1.53
18970181--18970220	18	2.2	18	86	8	55	35	7	7	50	1.59
18971943--18971972	11	2.8	11	95	5	53	23	16	0	60	1.36
18974583--18974612	12	2.4	12	94	5	51	50	20	0	30	1.49
18976919--18976944	13	2.0	13	100	0	52	38	30	0	30	1.58
18978927--18979185	29	8.9	29	78	2	205	22	28	13	35	1.92
18978927--18979194	87	3.1	87	79	5	272	21	28	14	35	1.93
18985020--18985057	20	1.9	20	100	0	76	18	26	15	39	1.91
18985051--18985117	20	3.3	20	76	0	71	20	16	22	40	1.91
18985028--18985165	40	3.5	40	83	6	156	18	18	21	41	1.91
18987886--18987965	40	2.0	40	87	0	115	25	32	12	30	1.92
18990143--18990190	25	1.9	25	82	0	60	39	8	4	47	1.53
18993172--18993295	24	5.2	24	74	3	97	24	20	24	31	1.98
18997253--18997321	25	2.7	25	84	8	86	28	21	24	24	1.99
18997743--18997801	29	2.0	29	93	0	100	44	5	8	42	1.57
18999794--18999911	24	4.9	24	75	0	119	24	21	21	33	1.97
18999793--18999928	24	5.7	24	73	6	98	25	19	21	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18999794--18999943	48	3.1	48	79	1	158	25	21	20	33	1.97
19003003--19003279	148	1.9	148	87	0	410	32	20	15	31	1.94
19007928--19007971	19	2.2	20	88	8	72	38	25	9	27	1.86
19009792--19009816	13	1.9	13	100	0	50	32	24	32	12	1.91
19012791--19012985	50	3.8	50	80	4	201	26	21	28	23	1.99
19013236--19013274	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
19019266--19019344	39	2.0	39	92	0	131	36	2	18	41	1.65
19020340--19020417	37	2.1	37	92	2	131	29	0	0	70	0.87
19020377--19020406	14	2.1	14	100	0	60	13	0	0	86	0.57
19020389--19020437	25	2.0	25	87	0	71	34	0	2	63	1.06
19021239--19021891	326	2.0	326	100	0	1306	37	15	16	30	1.90
19024292--19024349	22	2.6	22	86	5	73	51	3	5	39	1.41
19030723--19030767	23	2.0	23	86	4	65	46	17	2	33	1.61
19030720--19030777	22	2.6	22	84	7	73	43	18	1	36	1.61
19036443--19036494	26	1.9	27	92	7	88	19	11	15	53	1.71
19038751--19038821	26	2.7	26	86	0	97	21	26	23	28	1.99
19042984--19043045	27	2.3	27	88	0	97	46	11	8	33	1.69
19043872--19043964	19	5.1	19	70	17	79	32	10	12	44	1.77
19043853--19044001	54	2.8	54	92	0	253	33	11	13	41	1.80
19045316--19045349	18	1.9	18	88	5	52	5	14	14	64	1.46
19054045--19054169	36	3.5	35	79	4	115	12	14	34	39	1.83
19060577--19060619	21	2.0	21	100	0	86	34	13	0	51	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19064127--19064161	18	1.9	18	100	0	70	22	34	14	28	1.93
19067746--19067796	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
19073656--19073918	40	6.6	40	86	5	302	25	20	27	27	1.99
19073656--19073918	81	3.3	79	85	6	300	25	20	27	27	1.99
19073656--19073918	121	2.2	120	81	6	311	25	20	27	27	1.99
19073733--19073943	81	2.7	80	83	5	207	26	19	27	27	1.99
19092841--19093025	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
19092841--19093025	40	4.6	41	82	7	222	24	22	27	24	2.00
19092880--19093058	79	2.3	79	78	7	195	27	21	26	24	1.99
19098933--19098990	29	2.0	29	86	0	80	43	1	5	50	1.35
19098939--19098999	29	2.1	28	84	3	77	42	1	3	52	1.27
19099795--19099866	18	3.8	20	72	20	64	50	0	11	38	1.38
19099824--19099866	20	2.1	21	87	12	63	48	0	9	41	1.35
19101109--19101233	35	3.6	34	76	11	112	37	14	25	22	1.92
19101628--19101663	18	2.0	18	88	0	54	27	5	0	66	1.13
19102867--19102970	52	2.0	52	84	0	136	33	13	25	26	1.93
19108201--19108263	24	2.6	25	80	9	60	31	33	12	22	1.91
19110889--19110940	25	2.0	26	85	10	72	17	15	11	55	1.68
19111598--19111644	23	2.0	23	100	0	94	48	4	4	42	1.42
19123638--19123689	26	2.0	26	85	7	70	36	17	5	40	1.73
19123831--19123958	50	2.6	50	81	8	156	33	20	22	23	1.97
19123831--19123970	25	5.7	24	72	12	88	35	19	22	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19127064--19127149	40	2.2	40	85	4	111	30	29	8	32	1.86
19151879--19151922	22	2.0	22	81	0	52	40	0	2	56	1.11
19160638--19160878	50	4.7	50	85	5	268	27	21	28	22	1.99
19160638--19160878	100	2.3	103	83	5	301	27	21	28	22	1.99
19174169--19174340	50	3.4	50	91	0	281	26	22	30	20	1.98
19180969--19181101	50	2.7	50	98	0	257	25	21	32	20	1.98
19184533--19184562	15	2.1	15	93	6	53	26	20	0	53	1.46
19189990--19190169	50	3.5	50	78	9	148	23	25	21	29	1.99
19200352--19200395	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
19204817--19204855	20	2.0	20	85	10	53	7	33	0	58	1.26
19208682--19208716	16	2.2	16	94	0	61	31	0	31	37	1.58
19224833--19224866	10	3.4	10	100	0	68	29	0	8	61	1.26
19225473--19225512	20	2.0	20	90	9	64	15	22	7	55	1.65
19225766--19225891	50	2.5	50	84	0	153	25	27	18	28	1.98
19225783--19225907	50	2.5	50	84	0	151	23	28	20	28	1.99
19245037--19245107	25	2.8	25	95	0	133	28	22	16	32	1.96
19251967--19252004	20	1.9	20	84	10	51	5	34	2	57	1.35
19255200--19255326	20	6.3	20	75	4	94	12	28	18	40	1.87
19257148--19257317	40	4.3	40	85	0	207	24	30	21	23	1.99
19262161--19262202	19	2.3	19	80	8	52	26	2	33	38	1.69
19263954--19263992	20	2.0	19	90	5	60	7	33	20	38	1.81
19267557--19267634	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19267587--19268088	174	2.9	174	97	0	941	30	14	24	30	1.95
19271630--19271750	51	2.4	51	80	5	138	23	17	26	32	1.97
19278596--19278658	22	2.8	24	82	17	66	36	15	25	22	1.94
19296641--19296675	17	2.1	16	89	5	52	37	14	0	48	1.44
19309875--19309907	15	2.1	16	94	5	59	60	6	6	27	1.44
19341443--19341485	22	2.0	22	90	0	68	9	23	25	41	1.84
19341545--19341687	43	3.3	43	86	1	126	25	31	21	20	1.98
19341567--19341936	43	8.6	44	78	5	233	24	30	20	24	1.99
19341567--19341816	129	1.9	129	79	3	279	26	28	21	23	1.99
19342262--19342319	21	2.8	21	86	0	80	12	48	8	31	1.70
19342263--19342332	21	3.3	21	83	0	68	12	47	8	31	1.72
19342324--19342472	66	2.3	66	84	6	187	17	24	15	42	1.87
19347902--19348247	9	40.9	9	65	22	112	33	2	19	45	1.62
19347915--19348254	25	13.8	25	68	15	138	33	1	18	45	1.60
19347903--19348034	50	2.6	50	83	8	167	34	3	19	42	1.67
19348019--19348095	32	2.3	34	78	21	90	42	0	14	42	1.45
19348044--19348086	12	4.0	11	80	14	54	44	0	9	46	1.35
19348146--19348225	16	4.9	16	78	6	61	30	1	21	47	1.59
19348234--19348278	23	1.9	24	90	4	74	40	0	17	42	1.50
19348267--19348366	12	8.1	12	72	14	78	36	0	13	51	1.41
19348264--19348389	12	10.6	11	70	20	67	36	0	14	49	1.44
19348235--19348389	12	13.1	12	68	22	62	36	0	14	48	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19348451--19348512	19	3.2	19	82	11	63	51	1	1	45	1.20
19350515--19350700	45	4.0	45	66	10	122	29	20	17	32	1.96
19351448--19351787	46	7.4	46	87	0	475	34	26	14	24	1.94
19353287--19353341	12	4.8	12	77	18	55	0	14	1	83	0.73
19353286--19353334	18	2.7	18	84	9	55	0	18	0	81	0.69
19353284--19353336	10	5.1	11	76	19	51	0	18	0	81	0.70
19353290--19353344	21	2.7	20	83	10	67	0	14	1	83	0.73
19355625--19355658	12	2.8	12	81	0	50	8	23	23	44	1.81
19355800--19355846	19	2.5	20	86	6	62	42	10	21	25	1.85
19359120--19359217	30	3.2	29	69	25	85	13	12	7	67	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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