genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21458480--21458659	50	3.5	50	79	7	155	27	20	28	23	1.99
21458527--21458672	50	2.9	50	84	0	193	28	21	28	21	1.99
21458921--21458958	20	1.9	20	89	10	60	50	7	23	18	1.73
21463585--21463634	24	2.1	24	81	7	57	18	40	6	36	1.75
21488940--21488965	13	2.0	13	100	0	52	46	23	0	30	1.53
21496857--21496881	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
21501153--21501202	11	4.7	11	81	18	70	34	18	10	38	1.84
21501237--21501266	13	2.3	13	100	0	60	30	23	6	40	1.80
21501177--21501312	57	2.4	59	87	7	192	26	24	8	40	1.84
21501794--21501851	30	1.9	31	85	3	82	25	22	3	48	1.66
21501794--21501858	30	2.1	31	82	2	78	26	20	6	47	1.73
21503048--21503076	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
21509143--21509339	98	2.0	98	93	0	340	37	24	9	28	1.87
21509997--21510053	24	2.4	24	78	0	69	54	3	7	35	1.45
21510786--21510899	21	5.5	20	86	8	124	37	14	9	37	1.80
21510809--21510904	21	4.7	21	88	7	144	36	13	10	39	1.79
21511215--21511722	44	11.7	44	70	15	168	27	23	20	27	1.99
21511252--21511724	217	2.2	217	92	0	786	27	24	20	27	1.99
21511719--21512311	132	4.7	123	89	4	819	24	24	20	31	1.98
21512001--21512317	44	7.2	44	62	13	123	24	22	20	31	1.98
21512314--21512849	44	12.2	44	79	3	535	29	26	15	28	1.96
21512314--21512851	132	4.1	131	92	1	828	29	26	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21514065--21514104	7	5.5	8	83	16	52	12	15	0	72	1.12
21514065--21514111	15	3.1	15	80	17	53	12	14	0	72	1.13
21517957--21518153	98	2.0	98	92	0	331	37	24	9	28	1.86
21518812--21518857	25	1.9	24	86	8	67	56	4	8	30	1.49
21519615--21519690	21	3.7	21	85	7	111	36	13	10	39	1.79
21519628--21519691	19	3.3	19	91	4	92	37	15	9	37	1.80
21528017--21528170	58	2.7	57	76	7	150	29	15	20	33	1.94
21528021--21528173	29	5.3	29	72	6	121	30	15	21	32	1.94
21532137--21532241	29	3.6	29	80	2	104	29	14	23	32	1.94
21543488--21543750	40	6.6	39	83	10	241	25	22	27	24	2.00
21543541--21543785	80	3.1	80	80	5	205	26	22	28	23	1.99
21549366--21549419	27	2.0	27	96	0	99	40	5	9	44	1.60
21553011--21553035	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21558962--21559099	43	3.2	43	74	6	134	32	26	14	26	1.95
21558940--21559128	87	2.2	86	84	1	243	34	25	14	25	1.94
21558981--21559172	43	4.5	43	76	5	158	34	25	14	26	1.93
21559060--21559168	42	2.6	41	78	16	109	34	23	12	28	1.92
21563377--21563479	40	2.5	40	88	1	152	28	21	19	31	1.97
21563730--21563798	27	2.5	27	77	11	68	46	13	1	39	1.52
21563888--21563918	15	2.0	16	93	6	55	38	38	0	22	1.54
21563987--21564021	15	2.4	14	86	9	52	40	37	0	22	1.55
21564240--21564325	21	4.0	21	73	10	68	36	40	0	23	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21564279--21564320	14	2.9	14	89	6	66	35	42	0	21	1.53
21564275--21564323	15	3.4	15	88	8	75	38	40	0	20	1.53
21563797--21564394	302	2.0	297	87	4	864	41	28	2	27	1.67
21564670--21565052	41	9.3	41	83	3	407	30	30	18	21	1.96
21564670--21565053	123	3.1	123	83	3	459	30	30	17	21	1.96
21571948--21572008	25	2.4	25	78	10	63	36	3	1	59	1.24
21576110--21576216	53	2.0	53	94	3	189	35	6	21	36	1.80
21582919--21582968	19	2.6	19	83	0	55	20	18	8	54	1.68
21588062--21588402	50	6.8	50	82	1	353	28	20	28	22	1.99
21588587--21588630	12	3.7	12	84	0	52	56	4	22	15	1.57
21595494--21595526	9	3.8	9	92	4	50	18	9	27	45	1.79
21600934--21601143	40	5.3	40	92	0	305	24	20	27	26	1.99
21600881--21601143	80	3.3	80	84	2	307	25	20	27	26	1.99
21600881--21601143	120	2.2	120	82	3	316	25	20	27	26	1.99
21608828--21609083	40	6.4	40	87	3	284	25	20	26	26	1.99
21608828--21609083	80	3.2	79	86	3	318	25	20	26	26	1.99
21617599--21617940	50	6.8	50	86	0	477	22	31	21	25	1.98
21618278--21618335	30	1.9	30	83	13	75	31	24	6	37	1.82
21623187--21623245	20	2.9	19	74	16	57	27	28	10	33	1.89
21625849--21626018	40	4.3	40	93	0	243	27	27	20	25	1.99
21625849--21626071	40	5.6	39	86	3	241	26	27	20	25	1.99
21625849--21626071	120	1.9	119	82	4	279	26	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21626003--21626080	40	1.9	41	82	10	97	25	28	21	24	1.99
21633341--21633565	40	5.7	40	86	4	267	26	27	20	25	1.99
21633497--21633574	40	1.9	41	82	10	97	25	28	21	24	1.99
21652253--21652728	246	1.9	246	92	0	790	40	20	11	27	1.88
21655958--21656050	47	2.0	47	93	0	159	40	11	30	17	1.85
21674346--21674743	27	15.2	27	80	6	354	25	18	17	38	1.93
21674368--21674744	157	2.4	155	81	6	397	25	18	17	38	1.92
21677263--21677487	40	5.7	40	83	5	260	24	22	27	25	2.00
21683961--21684136	56	3.1	56	99	0	343	44	9	23	22	1.81
21685265--21685489	40	5.7	40	82	5	251	24	20	27	27	1.99
21690961--21691022	30	2.1	30	84	0	79	51	9	8	30	1.63
21707002--21707058	15	3.7	15	80	13	62	43	8	15	31	1.78
21707004--21707051	16	3.0	16	80	14	55	45	8	14	31	1.74
21707734--21707770	19	1.9	19	100	0	74	18	21	43	16	1.88
21711913--21711959	20	2.3	22	79	17	57	51	2	12	34	1.52
21718744--21718865	50	2.4	50	97	0	235	27	23	18	30	1.97
21720215--21720392	27	6.6	27	80	3	160	28	29	15	26	1.96
21720236--21720391	82	1.9	81	85	3	215	27	29	16	26	1.96
21722094--21722517	51	8.4	50	77	5	383	29	26	15	29	1.96
21722094--21722517	102	4.2	102	89	3	608	29	26	15	29	1.96
21735460--21735502	23	1.9	22	95	4	77	25	20	9	44	1.81
21748558--21748666	48	2.2	49	83	6	150	37	2	0	59	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21748592--21748632	17	2.4	17	87	0	55	31	0	0	68	0.90
21748616--21748753	11	13.0	11	71	21	98	40	2	0	56	1.14
21748607--21748674	31	2.2	31	97	0	127	36	2	0	60	1.12
21748646--21748753	53	2.0	51	87	10	155	40	2	0	56	1.14
21754154--21754180	6	4.5	6	100	0	54	33	0	0	66	0.92
21754472--21754508	17	2.2	17	95	0	65	62	0	0	37	0.96
21758440--21758469	11	2.6	11	94	5	51	83	0	16	0	0.65
21758440--21758469	6	5.2	6	92	8	53	83	0	16	0	0.65
21760848--21760929	30	2.8	29	79	17	89	62	2	3	31	1.26
21761502--21761537	18	2.0	19	89	10	58	69	0	8	22	1.15
21762334--21762523	42	4.5	42	83	0	218	35	23	17	24	1.95
21762333--21762524	84	2.3	85	85	0	242	35	22	17	23	1.95
21762402--21762588	42	4.4	42	79	4	171	38	21	13	26	1.90
21762893--21762959	21	3.2	21	79	8	73	5	44	16	32	1.72
21765703--21765828	20	6.3	21	72	13	72	10	30	21	38	1.87
21767091--21767115	12	2.1	12	100	0	50	32	32	28	8	1.86
21767652--21767676	10	2.5	10	100	0	50	56	0	0	44	0.99
21768407--21768616	73	2.9	72	83	3	262	25	25	25	23	2.00
21768533--21768743	114	1.9	114	80	4	255	23	20	28	27	1.99
21770117--21770514	147	2.7	147	77	5	344	26	15	21	36	1.93
21770169--21770514	146	2.4	143	78	7	338	27	15	20	36	1.93
21770588--21770633	23	2.0	23	100	0	92	30	43	4	21	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21773723--21773854	56	2.3	56	93	1	219	49	7	3	40	1.47
21773795--21773897	37	2.8	37	86	0	143	47	8	4	38	1.56
21773837--21773949	57	2.0	57	96	0	208	45	8	4	41	1.55
21773744--21774046	94	3.2	93	83	3	358	45	9	4	40	1.57
21773988--21774192	37	5.5	37	74	12	120	47	8	4	39	1.55
21773986--21774160	57	3.1	57	96	0	314	46	8	5	39	1.57
21773744--21774103	94	3.8	94	78	9	310	45	9	4	40	1.57
21774172--21774396	9	25.9	9	80	8	261	45	20	0	32	1.58
21774172--21774404	95	2.5	95	81	6	296	46	20	0	32	1.57
21774191--21774378	104	1.8	104	89	2	297	44	21	1	32	1.60

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