genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28911799--28911846	21	2.2	21	78	10	53	43	12	4	39	1.62
28912285--28912398	28	4.1	27	94	3	183	28	22	24	24	2.00
28912771--28913054	27	10.6	26	84	5	282	20	19	19	41	1.91
28912772--28913054	81	3.5	79	80	6	320	20	19	19	41	1.91
28918476--28918516	21	2.0	21	85	9	57	34	0	7	58	1.26
28918743--28918839	48	2.0	49	86	11	137	37	25	3	34	1.72
28918822--28918892	16	4.4	16	83	3	81	29	21	9	39	1.85
28930787--28931062	48	5.8	48	82	6	278	33	8	27	29	1.87
28930786--28931065	96	2.9	96	81	10	324	33	8	27	29	1.87
28931212--28931363	37	4.1	37	90	0	232	22	19	31	26	1.97
28932506--28932534	12	2.3	13	94	5	51	65	0	20	13	1.26
28942250--28942285	18	1.9	19	88	5	56	27	5	13	52	1.63
28956905--28956950	23	2.0	23	86	0	65	30	6	23	39	1.80
28960055--28960088	11	3.2	11	83	8	52	26	32	11	29	1.92
28960868--28960918	13	4.0	12	79	20	59	64	7	9	17	1.46
28974317--28974350	11	3.2	11	83	8	52	26	32	11	29	1.92
28990007--28990184	27	6.6	27	84	3	205	30	27	14	27	1.95
28990028--28990183	82	1.9	81	88	6	235	30	27	14	27	1.95
28998043--28998219	27	6.6	27	85	5	214	30	28	14	27	1.95
28998064--28998218	81	1.9	80	89	3	240	30	28	14	27	1.95
28998043--28998242	54	3.7	53	79	10	190	29	28	14	27	1.95
29004897--29004928	16	2.0	16	93	0	55	53	0	6	40	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29007534--29007669	53	2.5	54	85	4	168	23	5	22	49	1.70
29025821--29025866	21	2.1	22	84	4	58	67	2	23	6	1.25
29032777--29032810	11	3.2	11	91	8	61	29	32	8	29	1.87
29034442--29034474	15	2.1	16	94	5	59	78	0	12	9	0.95
29034461--29034580	6	19.5	6	67	5	60	70	2	17	10	1.27
29034445--29034538	18	5.3	18	82	5	104	71	1	17	10	1.20
29034446--29034529	12	6.8	12	72	9	62	72	1	16	9	1.17
29034592--29034629	18	2.2	18	85	4	51	68	0	13	18	1.21
29037108--29037137	16	1.9	15	93	6	51	46	3	36	13	1.60
29052601--29052650	18	2.6	19	87	9	66	4	20	2	74	1.08
29052607--29052650	19	2.4	17	82	14	52	4	18	2	75	1.09
29059176--29059220	20	2.2	20	92	0	72	26	24	13	35	1.92
29072410--29072440	12	2.6	12	100	0	62	41	19	6	32	1.77
29072637--29072691	20	2.8	20	78	10	67	23	18	16	41	1.89
29077118--29077163	20	2.3	20	92	0	74	21	21	17	39	1.93
29079284--29079337	28	2.0	27	85	3	72	62	9	14	12	1.53
29083669--29083719	21	2.4	22	83	6	61	7	21	1	68	1.25
29085685--29085739	29	2.0	27	82	13	67	60	10	14	14	1.60
29102489--29102515	14	1.9	14	100	0	54	7	0	33	59	1.25
29104216--29104266	24	2.2	23	82	10	59	74	0	19	5	1.02
29104216--29104276	20	2.9	20	80	11	61	72	1	18	8	1.18
29104287--29104326	15	2.7	15	81	14	55	62	0	30	7	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29114164--29114201	19	2.0	20	94	5	69	36	10	34	18	1.85
29127208--29127265	20	3.0	20	89	2	91	32	17	27	22	1.96
29127245--29127332	40	2.2	40	97	0	167	32	14	28	23	1.94
29133983--29134022	18	2.3	18	91	4	64	70	5	17	7	1.30
29134006--29134045	12	3.3	12	82	0	53	62	5	20	12	1.48
29133999--29134049	24	2.2	24	76	16	61	64	5	19	9	1.44
29134006--29134053	23	2.0	24	92	4	80	60	6	20	12	1.54
29137485--29137519	12	2.9	12	95	0	61	11	22	25	40	1.88
29145709--29145931	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
29145709--29145931	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
29147009--29147033	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
29153685--29153907	79	2.8	78	79	9	238	26	27	21	25	1.99
29153685--29153907	39	5.7	40	84	8	239	26	27	21	25	1.99
29164904--29164971	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
29164793--29165293	174	2.9	174	97	0	941	30	24	14	29	1.95
29165078--29165145	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
29165246--29165324	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
29181620--29181658	18	2.2	17	82	13	51	5	17	2	74	1.12
29184461--29184496	17	2.1	18	89	5	56	5	22	0	72	1.05
29184470--29184524	19	3.1	18	73	21	53	7	20	1	70	1.20
29187956--29188006	20	2.6	19	78	9	57	50	11	5	31	1.62
29190348--29190386	19	2.0	20	95	5	71	10	25	17	46	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29190390--29190429	20	2.0	20	90	0	62	27	27	12	32	1.93
29192698--29192879	28	6.5	28	97	0	321	33	28	12	25	1.92
29200564--29200717	28	5.5	28	96	0	265	33	28	12	25	1.92
29203101--29203125	12	2.1	12	100	0	50	44	16	8	32	1.76
29226685--29226709	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
29229230--29229268	21	1.9	20	94	5	69	33	10	25	30	1.89
29229441--29229479	16	2.6	15	88	11	62	53	0	0	46	1.00
29231225--29231258	14	2.6	13	86	13	52	55	0	0	44	0.99
29236899--29236924	8	3.2	8	100	0	52	11	11	11	65	1.48
29238505--29238538	17	2.0	17	94	0	59	47	11	2	38	1.55
29241385--29241421	18	2.1	18	89	0	56	21	24	0	54	1.45
29243126--29243209	20	4.4	19	73	23	70	59	1	5	33	1.29
29254410--29254452	19	2.3	19	100	0	86	30	0	20	48	1.50
29255217--29255260	21	2.1	21	83	8	54	63	2	9	25	1.35
29257328--29257354	8	3.4	8	100	0	54	25	0	0	74	0.83
29260348--29261427	539	2.0	539	94	1	1914	37	7	20	34	1.80
29269473--29269530	24	2.4	24	83	11	66	22	3	13	60	1.49
29274976--29275159	40	4.6	40	82	6	196	24	21	26	27	1.99
29274983--29275156	80	2.2	81	83	10	216	25	20	26	27	1.99
29282939--29283122	40	4.6	40	82	6	196	24	21	26	27	1.99
29282939--29283119	80	2.3	81	83	9	221	24	21	27	27	1.99
29289724--29289933	27	7.8	27	85	4	262	30	24	12	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29302401--29302546	73	2.0	73	98	0	283	39	25	16	19	1.92
29309673--29309804	66	2.0	66	93	0	228	40	9	23	27	1.85
29311977--29312043	16	4.2	16	76	0	62	47	4	19	28	1.68
29312024--29312113	46	2.0	44	83	12	112	32	5	22	40	1.77
29312203--29312339	61	2.3	58	87	7	186	52	2	0	43	1.21
29312203--29312377	61	2.9	58	83	8	183	52	2	0	45	1.18
29318846--29318875	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
29319053--29319092	17	2.4	17	91	0	62	30	37	10	22	1.87
29322490--29322517	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
29322967--29323004	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
29326604--29326654	25	2.0	25	84	0	66	47	17	13	21	1.82
29330481--29330519	3	13.0	3	94	0	69	30	0	35	33	1.58
29334551--29334598	23	2.1	23	92	0	78	16	14	2	66	1.34
29345626--29345675	25	2.0	25	88	0	73	12	18	28	42	1.85
29347105--29347298	46	4.2	46	79	7	205	30	21	21	27	1.98
29347033--29347298	92	2.9	92	77	8	247	30	21	19	28	1.98
29350304--29350481	27	6.6	27	80	3	160	28	29	15	26	1.96
29350325--29350480	82	1.9	81	85	3	215	27	29	16	26	1.96
29354261--29354311	21	2.4	22	80	9	61	29	15	31	23	1.95
29356419--29356471	22	2.5	20	83	16	72	73	0	5	20	1.03
29357847--29357890	6	7.3	6	100	0	88	31	50	0	18	1.47
29385290--29385344	25	2.2	25	90	6	85	16	32	27	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29386411--29386662	74	3.4	74	82	3	310	35	23	17	23	1.95
29395129--29395174	24	1.9	24	100	0	92	41	23	13	21	1.88
29397052--29397104	21	2.5	20	82	14	63	67	20	5	5	1.32
29402604--29402741	73	1.9	74	93	1	242	29	10	2	56	1.48
29412608--29412677	16	4.4	16	96	0	104	31	0	35	32	1.58
29412656--29412750	45	2.1	44	88	5	138	32	5	27	34	1.79
29412910--29412944	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
29418947--29418989	21	2.0	21	86	8	61	34	0	6	58	1.25
29419198--29419286	45	2.0	44	86	2	124	33	28	5	32	1.80
29429383--29429487	41	2.7	38	85	4	129	50	8	4	36	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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