genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26029577--26029658	25	3.3	24	80	13	94	20	20	23	35	1.96
26029574--26029689	50	2.3	50	83	5	153	25	21	20	31	1.98
26031379--26031413	12	2.8	12	91	4	52	20	40	31	8	1.82
26033785--26033851	27	2.5	27	80	4	73	23	28	13	34	1.93
26038257--26038414	43	3.7	43	90	0	235	31	24	17	27	1.97
26040500--26040545	6	7.7	6	77	18	51	26	4	0	69	1.07
26040492--26040545	16	3.2	16	74	20	56	25	3	0	70	1.04
26040526--26040568	18	2.4	18	84	0	50	23	0	2	74	0.93
26045474--26045659	93	2.0	93	98	0	363	50	27	4	17	1.65
26055383--26055491	31	3.5	31	72	15	116	41	5	1	51	1.36
26055351--26055488	64	2.2	64	98	0	267	42	6	2	48	1.44
26055386--26055488	29	3.3	30	71	16	102	40	5	1	51	1.37
26055351--26055455	33	3.2	33	70	15	110	41	6	3	47	1.48
26057645--26058052	200	2.0	199	94	1	719	37	10	15	37	1.81
26059959--26060074	28	4.2	28	79	5	119	39	12	19	27	1.89
26061941--26062058	47	2.6	46	78	9	132	20	16	22	40	1.91
26064039--26064080	21	2.0	22	85	4	59	38	0	11	50	1.40
26084427--26084512	44	2.0	44	88	4	129	45	8	8	38	1.64
26084604--26084638	17	2.1	17	89	10	54	60	0	0	40	0.97
26084713--26084853	75	1.9	75	89	0	219	31	14	9	44	1.77
26085257--26085286	12	2.5	12	94	0	51	3	30	33	33	1.74
26086003--26086041	20	2.0	20	85	10	53	51	28	5	15	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26087117--26087188	25	2.9	25	91	0	117	26	23	25	25	2.00
26089982--26090389	47	8.6	47	92	3	663	32	7	29	30	1.86
26089982--26090389	96	4.3	96	95	1	716	32	7	29	30	1.86
26095947--26095986	19	2.1	19	95	0	71	25	20	20	35	1.96
26098352--26098386	18	1.9	18	100	0	70	37	5	0	57	1.23
26098417--26098518	36	2.8	36	75	16	111	37	12	1	48	1.53
26106401--26106432	15	2.1	15	94	0	55	68	6	3	21	1.26
26113356--26113414	12	5.0	12	91	4	93	72	6	3	16	1.20
26113453--26113489	16	2.4	16	95	4	67	64	5	10	18	1.43
26119959--26120184	40	5.7	40	88	4	289	25	21	26	26	1.99
26123165--26123279	47	2.4	47	88	0	167	33	23	20	21	1.97
26123451--26123485	15	2.3	15	95	0	61	45	20	11	22	1.82
26123459--26123490	15	2.1	15	94	0	55	46	18	9	25	1.79
26134751--26134788	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
26148541--26148578	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
26157272--26157402	66	2.0	67	84	8	173	49	4	3	41	1.41
26157791--26157828	20	1.9	20	89	10	60	44	18	2	34	1.64
26161819--26161850	13	2.5	13	100	0	64	65	9	6	18	1.42
26164802--26164874	26	2.8	26	87	0	101	41	21	16	20	1.90
26169138--26169186	25	2.0	25	83	0	62	36	0	18	44	1.50
26173855--26173900	21	2.1	21	84	4	56	45	21	19	13	1.84
26176233--26176297	30	2.2	30	88	0	94	18	26	38	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26176585--26176679	50	1.9	49	86	2	136	43	7	25	24	1.80
26178841--26178889	12	3.8	12	75	19	53	36	14	16	32	1.89
26178833--26178893	28	2.1	29	96	3	115	39	14	14	31	1.87
26179350--26179389	9	4.4	9	90	0	62	62	0	27	10	1.27
26179929--26179963	16	2.2	16	90	10	54	65	2	0	31	1.07
26181200--26181270	21	3.4	21	78	20	78	38	1	1	59	1.15
26185845--26185955	33	3.6	32	72	17	99	44	3	2	49	1.34
26187189--26187879	136	5.0	138	89	2	973	40	8	5	46	1.56
26187189--26187879	277	2.5	273	87	3	996	40	8	5	46	1.56
26187224--26187879	138	4.8	137	87	3	612	40	7	5	46	1.56
26189306--26189334	14	2.1	14	100	0	58	20	0	20	58	1.39
26198553--26198626	30	2.5	30	86	8	98	21	21	18	37	1.94
26200128--26200157	10	2.9	10	95	5	51	80	6	3	10	1.01
26200231--26200255	12	2.1	12	100	0	50	76	8	0	16	1.02
26201337--26201395	18	3.3	18	85	0	82	72	6	15	5	1.23
26201311--26201467	12	13.6	12	68	17	55	68	2	18	10	1.31
26201303--26201487	57	3.4	52	74	12	151	67	2	20	10	1.33
26201333--26201470	6	22.7	6	67	6	64	69	2	18	9	1.28
26203322--26203375	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
26203322--26203395	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
26203322--26203386	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
26219729--26219865	41	3.3	41	86	0	202	21	27	16	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26229422--26229482	31	2.0	31	100	0	122	32	6	27	32	1.83
26230968--26231177	96	2.2	96	78	5	219	40	21	17	20	1.92
26230943--26231205	32	8.3	32	76	5	187	39	21	18	20	1.93
26231329--26231608	27	10.4	27	84	2	321	23	23	19	33	1.97
26232291--26232337	24	1.9	24	91	4	76	25	36	0	38	1.56
26265144--26265365	40	5.6	40	85	4	236	26	27	21	24	1.99
26265297--26265374	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
26273013--26273190	40	4.6	39	89	5	229	26	28	19	24	1.99
26273039--26273190	79	1.9	78	88	4	225	26	28	19	24	1.99
26273039--26273229	79	2.4	79	84	5	208	27	28	19	24	1.99
26273042--26273229	40	4.8	38	82	11	159	26	28	20	24	1.99
26276967--26277000	13	2.6	13	100	0	68	29	38	23	8	1.85
26277121--26277171	15	3.4	15	75	20	61	25	35	19	19	1.95
26277110--26277178	30	2.3	30	97	0	129	28	37	18	14	1.91
26280904--26281011	44	2.4	44	82	1	117	29	20	21	28	1.98
26281574--26281672	43	2.3	44	84	5	121	49	9	13	28	1.72
26288455--26288501	19	2.5	20	86	6	62	44	10	19	25	1.82
26295695--26295772	28	2.7	29	80	2	86	23	17	17	41	1.91
26295722--26295777	29	2.0	28	85	3	76	28	14	17	39	1.89
26298205--26298274	27	2.6	27	79	0	86	34	12	27	25	1.92
26300480--26300657	27	6.6	26	82	6	178	26	16	28	28	1.97
26300481--26300636	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26300477--26300657	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	28	1.97
26300562--26300668	27	3.9	27	83	1	79	26	15	28	29	1.96
26303866--26304039	85	2.0	85	98	0	339	31	17	6	43	1.76
26316283--26316312	15	2.0	15	100	0	60	53	6	0	40	1.27
26322199--26322373	27	6.4	27	82	3	181	27	14	28	29	1.96
26322200--26322350	55	2.8	55	84	3	198	27	15	29	27	1.96
26322200--26322355	82	1.9	81	85	3	215	26	15	29	28	1.96
26322196--26322373	82	2.2	81	80	3	205	27	15	28	29	1.96
26330435--26330609	27	6.4	27	82	3	181	27	14	28	29	1.96
26330436--26330586	55	2.8	55	84	3	198	27	15	29	27	1.96
26330436--26330591	82	1.9	81	85	3	215	26	15	29	28	1.96
26330432--26330609	82	2.2	81	80	3	205	27	15	28	29	1.96
26332652--26332964	36	8.5	37	79	3	283	31	15	19	33	1.92
26332675--26332961	109	2.6	109	85	2	349	31	15	19	33	1.93
26332652--26332964	73	4.2	73	79	4	281	31	15	19	33	1.92
26336425--26336567	33	4.4	33	87	3	191	15	11	31	41	1.82
26347277--26347384	23	4.7	24	76	8	91	25	20	21	33	1.97
26347277--26347384	46	2.3	46	87	0	144	25	20	21	33	1.97
26347270--26347391	23	5.3	23	70	11	79	26	18	21	34	1.96
26354152--26354303	33	4.5	33	83	3	180	17	8	33	40	1.80
26365767--26365807	18	2.2	19	91	4	66	60	0	0	39	0.96
26367762--26367800	20	2.0	20	89	0	60	33	20	0	46	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26370705--26370908	39	5.5	37	81	8	209	29	14	21	34	1.93
26370741--26370908	73	2.3	72	83	7	196	29	15	21	33	1.94
26378805--26378981	27	6.5	27	80	3	167	26	15	29	28	1.96
26378805--26378960	82	1.9	81	85	3	215	26	16	29	27	1.96
26386848--26387024	27	6.5	27	80	3	167	26	15	29	28	1.96
26386848--26387003	82	1.9	81	85	3	215	26	16	29	27	1.96
26412471--26412509	16	2.4	16	95	0	69	7	28	2	61	1.37
26413729--26413759	12	2.6	12	94	0	53	22	9	0	67	1.19
26430234--26430378	27	5.4	27	90	5	215	27	13	27	31	1.94
26430234--26430353	55	2.2	54	95	1	213	27	14	28	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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