genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22213760--22214001	50	4.9	50	82	3	229	28	20	28	22	1.98
22213761--22213952	100	1.9	100	84	2	260	27	20	30	21	1.98
22255362--22255548	40	4.7	40	95	0	329	29	20	27	21	1.98
22264056--22264362	40	7.7	40	93	1	526	30	20	27	21	1.98
22285211--22285557	40	8.7	40	95	0	604	29	20	27	22	1.98
22287497--22287533	19	1.9	19	94	0	65	29	8	0	62	1.24
22289533--22289562	6	5.0	6	100	0	60	16	0	33	50	1.46
22297244--22297502	120	2.2	120	82	7	296	26	21	26	25	1.99
22297244--22297469	40	5.7	40	90	4	298	25	21	26	26	2.00
22305339--22305597	120	2.2	120	82	7	296	26	21	26	25	1.99
22305339--22305564	40	5.7	40	90	4	298	25	21	26	26	2.00
22307357--22307482	40	3.2	40	78	3	110	22	22	20	34	1.96
22312266--22312314	24	2.0	24	100	0	98	28	0	20	51	1.48
22319042--22319195	28	5.5	28	96	0	265	33	28	12	25	1.92
22319940--22319964	10	2.5	10	100	0	50	44	0	8	48	1.32
22321343--22321397	22	2.5	23	80	11	62	12	9	3	74	1.18
22322532--22322586	28	2.0	28	82	7	67	61	1	30	5	1.29
22329048--22329088	16	2.7	16	88	7	59	51	0	7	41	1.30
22335402--22335439	16	2.4	16	86	4	51	47	15	0	36	1.46
22336972--22337169	50	3.8	50	82	4	198	27	21	28	22	1.99
22336983--22337169	100	1.8	104	80	6	229	26	20	29	22	1.99
22339241--22339303	27	2.2	31	81	16	73	41	0	6	52	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22340862--22340898	16	2.2	18	85	9	51	32	2	5	59	1.34
22354803--22354906	51	2.1	49	84	7	131	29	11	30	27	1.92
22354874--22355146	48	5.6	48	91	0	438	33	6	28	31	1.84
22354874--22355192	96	3.3	96	93	3	511	33	7	28	30	1.85
22354874--22355245	144	2.6	146	84	5	456	34	8	27	29	1.86
22355395--22355546	37	4.1	37	93	0	250	22	19	32	25	1.98
22356267--22356331	33	2.0	33	100	0	130	35	15	12	36	1.85
22356842--22357233	40	9.8	40	89	2	545	25	20	27	26	1.99
22359412--22359542	36	3.7	35	77	12	124	16	9	30	44	1.78
22360472--22360510	8	4.8	8	84	15	53	35	2	10	51	1.50
22361120--22361151	9	3.6	9	100	0	64	65	0	21	12	1.25
22365748--22365796	18	2.6	18	83	6	62	48	2	4	44	1.33
22365810--22365857	22	2.3	21	85	7	62	27	4	8	60	1.44
22366215--22366539	161	2.0	161	95	0	587	26	20	24	28	1.99
22367276--22367319	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
22368281--22368312	16	2.0	16	100	0	64	31	12	0	56	1.37
22369486--22369515	14	2.1	14	93	0	51	16	43	0	40	1.48
22370994--22371044	13	3.6	14	76	10	50	43	0	1	54	1.11
22371972--22372114	41	3.5	41	81	1	135	19	21	25	32	1.97
22384342--22384557	106	2.0	106	99	0	423	31	12	25	29	1.93
22401211--22401255	22	2.0	22	100	0	90	13	22	26	37	1.91
22411046--22411078	15	2.2	15	94	0	57	45	3	18	33	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22412046--22412092	24	1.9	24	86	4	67	36	0	38	25	1.56
22412572--22412703	27	4.9	26	75	9	113	44	21	15	17	1.86
22412571--22412699	53	2.4	53	85	7	163	44	21	16	17	1.86
22414383--22415010	51	12.6	50	72	9	381	30	26	18	25	1.98
22414533--22415031	50	10.1	49	70	14	328	30	26	18	24	1.98
22414524--22415010	99	4.9	101	75	10	419	30	26	18	24	1.98
22414432--22415031	149	4.0	149	96	0	1049	30	26	18	24	1.98
22416169--22416223	26	2.1	26	93	0	92	21	21	21	34	1.97
22416333--22416493	28	5.8	28	88	5	222	22	24	24	27	2.00
22416325--22416492	55	3.0	56	86	6	236	23	23	23	29	1.99
22416333--22416493	83	1.9	83	86	5	227	22	24	24	27	2.00
22429524--22429558	17	2.1	18	89	10	56	20	17	40	22	1.92
22429955--22429985	15	2.1	15	94	5	55	67	3	6	22	1.28
22437518--22437559	20	2.2	19	91	4	66	33	16	35	14	1.89
22439867--22440014	69	2.2	67	86	4	199	23	29	22	24	1.99
22441997--22442036	17	2.4	17	86	0	53	20	0	27	52	1.46
22444224--22444258	17	2.1	17	100	0	70	28	40	5	25	1.78
22457626--22457701	26	2.9	26	75	11	66	6	22	2	68	1.25
22457679--22457733	17	3.2	17	78	17	51	1	12	3	81	0.89
22459847--22459890	18	2.5	17	78	7	52	25	9	0	65	1.21
22461819--22461902	42	2.0	43	85	2	116	44	2	22	30	1.66
22474201--22474254	25	2.1	26	83	10	67	31	5	1	61	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22482273--22482311	18	2.2	18	90	0	60	25	10	17	46	1.80
22496663--22496788	28	4.5	28	95	1	209	26	13	28	31	1.94
22503395--22503420	12	2.2	12	100	0	52	23	19	7	50	1.73
22503828--22503898	30	2.3	30	95	4	124	25	9	18	46	1.79
22512143--22512249	52	2.0	53	85	8	148	28	19	6	44	1.76
22522853--22522904	19	2.6	21	79	14	65	69	1	17	11	1.27
22527518--22527667	27	5.5	27	93	3	237	26	14	28	31	1.94
22527518--22527667	55	2.7	55	94	0	255	26	14	28	31	1.94
22530128--22530279	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
22530128--22530279	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
22534453--22534539	38	2.3	38	84	6	104	51	6	4	36	1.49
22540639--22540878	50	4.7	50	78	9	184	28	22	26	22	1.99
22548571--22548639	27	2.6	27	83	6	77	21	24	26	27	1.99
22548593--22548667	27	2.8	27	80	13	84	20	26	21	32	1.97
22549510--22549543	16	2.1	16	100	0	68	41	17	5	35	1.74
22551487--22551525	20	2.0	20	94	0	69	43	25	0	30	1.55
22572328--22572553	27	8.5	26	78	11	162	23	20	20	36	1.95
22572344--22572531	81	2.3	80	88	2	270	22	20	21	35	1.96
22574765--22574852	44	2.0	44	90	0	140	36	15	21	26	1.94
22585575--22585619	21	2.0	23	83	8	58	44	11	4	40	1.60
22586072--22586247	56	3.1	56	99	0	343	44	9	23	22	1.81
22587376--22587600	40	5.7	40	85	5	278	24	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22587376--22587633	79	3.3	79	83	5	256	25	21	27	25	1.99
22589059--22589153	42	2.3	42	79	0	100	26	28	17	27	1.98
22602858--22602900	20	2.2	19	83	4	50	46	23	6	23	1.76
22604503--22604542	20	2.1	19	85	4	53	27	5	5	62	1.37
22618404--22618440	18	2.0	20	84	10	51	45	21	0	32	1.52
22621594--22621738	28	5.1	28	78	8	150	37	20	16	26	1.93
22621565--22621738	57	3.1	56	75	5	170	38	20	14	26	1.91
22622827--22622864	16	2.4	16	95	0	67	34	0	34	31	1.58
22623019--22623060	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
22623013--22623423	119	3.4	119	96	1	725	50	5	1	42	1.36
22623128--22623179	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
22623247--22623298	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
22623362--22623646	91	3.0	93	84	7	321	48	3	3	44	1.34
22623405--22623646	47	5.3	46	69	17	148	47	3	3	45	1.37
22623464--22623524	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
22623464--22623606	44	3.2	43	70	20	130	48	2	2	46	1.28
22638571--22638804	124	1.9	123	93	0	405	26	21	24	27	1.99
22639983--22640047	25	2.7	24	76	4	76	33	13	29	23	1.93
22645697--22645752	21	2.8	19	79	12	51	53	0	5	41	1.24
22650426--22650471	22	2.1	22	95	0	83	36	6	19	36	1.78
22661909--22661955	19	2.5	19	82	6	51	53	4	2	40	1.32
22664823--22664884	2	31.5	2	96	3	117	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22675965--22675989	12	2.1	12	100	0	50	44	0	16	40	1.47
22676134--22676317	38	4.8	38	84	0	215	39	26	16	17	1.91
22676124--22676316	76	2.5	76	82	0	242	39	25	17	17	1.91
22689254--22689290	9	4.1	9	85	0	56	45	13	8	32	1.73
22689669--22689708	20	2.0	21	85	9	57	22	30	0	47	1.52
22693867--22694101	29	8.1	28	75	9	186	35	14	26	23	1.93
22693930--22694102	57	3.0	57	85	5	206	34	13	27	23	1.93
22697689--22697786	29	3.3	28	88	9	135	42	13	25	18	1.86
22697716--22698037	149	2.2	149	83	5	391	37	13	25	23	1.91
22697827--22697995	89	1.9	90	82	3	216	39	12	24	23	1.89

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