genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19359110--19359232	62	2.0	60	93	3	210	13	15	5	65	1.45
19361292--19361331	19	2.0	20	86	13	57	47	0	5	47	1.24
19361280--19361346	20	3.2	21	75	10	57	50	0	5	43	1.26
19361365--19361397	10	3.3	10	87	12	50	15	3	0	81	0.80
19362023--19362083	23	2.7	22	76	16	63	37	40	1	19	1.62
19362406--19362438	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
19362832--19363156	41	8.0	41	78	4	307	31	24	21	22	1.98
19363515--19363549	17	2.1	17	94	0	61	14	5	2	77	1.07
19365549--19365587	19	2.1	19	85	9	53	46	5	0	48	1.24
19365787--19365829	22	2.0	22	90	0	68	11	23	0	65	1.25
19365784--19365836	22	2.3	23	77	9	63	11	22	0	66	1.24
19367091--19367202	55	2.0	55	100	0	224	34	1	20	42	1.63
19367319--19367363	22	2.0	22	100	0	90	37	0	13	48	1.42
19367650--19367719	20	3.5	20	82	0	86	12	25	18	42	1.86
19371935--19371971	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
19372330--19372360	16	1.9	16	93	0	53	25	29	0	45	1.54
19372617--19372691	37	2.0	39	81	5	91	44	2	0	53	1.14
19382504--19382555	26	2.0	26	92	3	88	19	32	1	46	1.61
19395533--19395592	26	2.3	26	91	0	102	30	20	25	25	1.99
19395739--19395820	32	2.6	33	82	7	98	34	23	21	20	1.97
19396068--19396298	27	8.6	27	84	2	232	26	20	17	34	1.95
19396046--19396298	54	4.7	54	81	7	259	27	21	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19396062--19396298	81	2.9	81	82	1	280	27	20	18	33	1.96
19396101--19396323	54	4.1	54	79	5	141	26	19	17	35	1.94
19408914--19409060	75	2.0	75	80	2	170	26	13	11	48	1.77
19411387--19411596	40	5.3	40	93	0	323	24	20	28	27	1.99
19411387--19411631	80	3.1	80	86	2	244	25	20	28	26	1.99
19420841--19420927	44	2.0	44	84	4	113	36	12	26	24	1.91
19421111--19421324	54	4.0	53	77	12	184	36	15	22	24	1.94
19421126--19421338	108	2.0	109	81	5	254	38	15	23	23	1.93
19425550--19425821	47	5.8	46	74	12	173	23	28	19	28	1.98
19425605--19425815	46	4.5	46	75	15	148	22	28	19	29	1.98
19425558--19425815	140	1.8	140	86	4	378	23	28	18	29	1.98
19425648--19425818	94	1.8	92	86	5	245	22	28	20	28	1.99
19428467--19428687	40	5.6	41	90	3	294	27	26	22	23	2.00
19433191--19433220	10	2.9	10	95	5	51	40	20	30	10	1.85
19433191--19433223	11	3.1	11	86	8	50	39	18	30	12	1.87
19433910--19433962	21	2.5	21	78	0	61	20	26	22	30	1.98
19438735--19438764	10	3.0	10	95	0	51	53	10	0	36	1.35
19440804--19441025	46	4.8	45	78	14	211	27	18	31	22	1.98
19440803--19441074	47	5.8	47	75	11	195	27	18	30	23	1.98
19440804--19441072	94	2.9	94	78	9	257	27	18	31	23	1.97
19440813--19441072	140	1.9	141	84	5	357	27	18	30	23	1.98
19457042--19457179	50	2.8	50	79	0	141	26	19	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19465322--19465531	40	5.3	40	93	0	323	27	28	20	24	1.99
19465325--19465584	80	3.3	80	86	2	274	26	28	21	24	1.99
19465320--19465584	120	2.2	118	81	4	316	26	27	20	24	1.99
19482036--19482087	27	1.9	27	96	0	95	15	26	32	25	1.95
19481857--19482263	102	4.0	102	90	1	656	19	19	28	33	1.96
19482037--19482399	176	2.2	164	87	8	428	18	20	29	31	1.96
19481858--19482263	202	2.0	206	92	1	676	19	19	28	33	1.96
19482179--19482338	76	2.1	75	92	1	266	20	20	26	33	1.97
19486157--19486217	25	2.4	25	78	10	63	37	3	1	57	1.25
19504576--19504693	49	2.4	49	95	1	218	27	35	20	16	1.94
19516347--19516388	18	2.3	18	87	0	57	42	7	26	23	1.80
19516534--19516615	41	2.0	41	100	0	164	31	21	21	24	1.98
19527874--19528099	40	5.7	40	90	4	280	26	26	21	25	2.00
19532054--19532162	52	2.1	52	91	3	175	37	16	12	33	1.87
19538810--19538908	49	2.0	49	100	0	198	32	10	14	43	1.78
19545781--19545805	10	2.5	10	100	0	50	72	16	12	0	1.13
19547067--19547158	38	2.4	39	90	3	150	45	9	8	35	1.68
19553279--19553367	46	2.0	43	82	12	108	35	3	22	38	1.71
19554659--19554685	8	3.4	8	100	0	54	59	0	0	40	0.98
19558650--19558716	34	1.9	35	90	3	109	34	8	10	46	1.70
19564544--19564643	50	2.0	50	98	0	191	30	14	27	29	1.95
19564697--19564768	25	2.9	25	80	12	85	38	15	23	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19564683--19564771	25	3.6	24	76	13	83	35	15	24	23	1.94
19570201--19570358	85	1.9	84	86	7	230	25	21	22	30	1.99
19570331--19570576	44	5.7	43	72	9	164	25	19	22	32	1.97
19570247--19570628	129	3.0	129	86	1	507	25	19	22	32	1.97
19585107--19585147	20	2.1	19	90	4	64	46	0	17	36	1.48
19586022--19586140	50	2.4	50	95	0	211	22	15	22	39	1.91
19590756--19590839	40	2.1	39	82	8	98	40	8	1	50	1.40
19591107--19591144	20	1.9	20	84	10	51	26	10	2	60	1.43
19591177--19591603	107	4.0	107	83	5	544	30	15	17	37	1.91
19591178--19591594	106	3.9	107	84	7	553	29	15	17	36	1.91
19603157--19603336	45	4.0	45	87	0	243	30	15	23	30	1.95
19603359--19603800	85	5.2	85	76	9	421	29	22	22	26	1.99
19603359--19603807	44	10.5	43	74	10	357	29	22	22	25	1.99
19603347--19603762	214	1.9	212	84	6	536	29	22	21	25	1.99
19603437--19603814	129	2.9	129	92	1	614	29	22	22	25	1.99
19605771--19606197	108	4.0	108	89	1	637	30	15	18	35	1.92
19610775--19610812	20	1.9	20	100	0	76	47	5	26	21	1.71
19612716--19612778	29	2.2	29	88	0	90	23	25	12	38	1.90
19613998--19614036	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
19621370--19621408	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
19621658--19621848	50	3.7	50	82	4	220	24	27	21	26	1.99
19628635--19628810	27	6.5	27	82	3	194	19	17	18	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19628634--19628810	81	2.2	81	87	2	257	19	16	18	44	1.87
19630710--19631045	146	2.3	148	79	6	335	27	14	20	37	1.91
19631746--19631776	10	3.0	10	90	9	53	29	3	0	67	1.06
19633461--19633512	13	4.0	13	82	5	61	44	7	1	46	1.43
19633484--19633602	63	1.9	63	96	0	220	42	8	6	42	1.61
19633594--19633714	39	3.1	38	83	8	102	42	12	0	45	1.42
19633622--19633714	38	2.4	39	94	1	161	43	12	0	44	1.43
19633695--19634159	9	51.6	9	73	16	351	44	19	1	34	1.59
19633805--19633887	12	6.6	12	70	24	55	45	21	2	30	1.65
19633716--19633929	64	3.3	64	85	9	244	45	20	1	32	1.60
19633913--19633979	28	2.4	28	97	0	125	46	14	2	35	1.61
19639728--19639761	12	2.8	12	95	0	59	44	14	38	2	1.61
19640197--19640481	42	6.7	42	83	5	281	28	23	19	28	1.98
19640197--19640490	127	2.3	126	83	5	344	27	23	19	30	1.98
19640196--19640507	85	3.7	84	84	5	335	27	23	19	29	1.98
19649232--19649344	41	2.8	41	95	0	208	25	21	27	25	1.99
19656973--19657123	41	3.7	41	94	0	266	26	21	27	24	1.99
19656973--19657160	41	4.6	41	90	0	259	25	19	27	27	1.99
19659257--19659317	27	2.3	27	100	0	122	42	9	11	36	1.74
19662797--19662846	25	2.0	26	88	11	77	36	6	0	58	1.23
19662796--19662846	26	2.0	26	88	7	77	35	5	0	58	1.22
19662826--19662874	18	2.6	19	77	3	55	42	12	2	42	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19663240--19663272	15	2.3	14	94	5	57	84	0	15	0	0.61
19667471--19667695	51	4.4	52	78	7	214	28	25	17	27	1.98
19675018--19675048	4	7.8	4	92	0	53	48	3	0	48	1.17
19681467--19681666	27	7.4	27	82	5	210	42	20	19	18	1.89
19681464--19681666	81	2.5	81	86	4	268	42	19	18	18	1.89
19681466--19681666	54	3.7	53	82	4	240	42	19	18	18	1.89
19684066--19684111	16	2.9	16	75	12	51	21	15	21	41	1.90
19688643--19688679	20	1.9	18	89	10	56	54	5	0	40	1.24
19689518--19689542	10	2.5	10	100	0	50	72	8	0	20	1.10
19689554--19689608	27	2.0	27	82	6	67	43	3	1	50	1.30

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