genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28263277--28263307	7	4.4	7	95	0	53	29	12	9	48	1.73
28263361--28263416	27	2.1	27	96	0	103	35	12	17	33	1.88
28264232--28264294	23	2.6	24	71	19	58	30	1	4	63	1.24
28265665--28265735	21	3.2	21	71	11	61	35	2	5	56	1.38
28265753--28265797	22	2.1	21	84	8	56	42	2	4	51	1.34
28271833--28271867	15	2.3	15	85	0	52	62	11	0	25	1.28
28272165--28272201	11	3.5	11	85	14	51	75	0	2	21	0.92
28272238--28272288	26	2.1	24	89	10	77	64	3	1	29	1.22
28272238--28272299	26	2.6	24	82	12	74	62	3	3	30	1.26
28272306--28272345	19	2.1	19	95	0	71	57	5	2	35	1.34
28279234--28279306	27	2.8	26	75	8	76	28	15	12	43	1.82
28290869--28290903	16	2.1	17	89	5	54	62	5	0	31	1.18
28295271--28295328	30	1.9	30	82	6	73	32	12	1	53	1.48
28295850--28295882	15	2.2	15	94	0	57	15	6	9	69	1.34
28300633--28300676	18	2.6	17	86	10	63	45	2	11	40	1.53
28301842--28301888	23	2.0	24	87	4	69	2	17	53	27	1.55
28310177--28310224	22	2.2	23	85	11	73	27	29	0	43	1.55
28310183--28310224	22	2.0	22	95	4	77	28	28	0	42	1.56
28310199--28310311	51	2.2	51	90	3	174	28	26	1	43	1.65
28310312--28310377	10	6.5	10	75	3	60	34	0	0	65	0.93
28310313--28310377	31	2.1	31	100	0	130	33	0	0	66	0.92
28311451--28311475	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28312649--28313280	29	22.2	28	73	17	352	46	24	0	29	1.53
28312651--28313274	58	10.4	58	74	16	535	46	24	0	29	1.53
28312620--28313214	101	6.1	104	79	14	528	46	23	0	30	1.53
28312653--28313243	130	4.6	130	80	12	691	46	24	0	29	1.53
28312752--28313274	87	6.3	86	75	18	484	46	25	0	28	1.53
28312651--28313274	188	3.3	188	85	6	918	46	24	0	29	1.53
28312965--28313272	159	1.9	159	95	0	553	46	26	0	27	1.53
28313269--28313420	55	2.7	55	91	3	234	37	13	6	42	1.70
28314393--28314417	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
28315828--28315978	84	1.8	80	83	8	196	43	0	13	42	1.49
28316378--28316432	27	2.0	27	89	0	83	27	20	30	21	1.98
28317756--28317780	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
28318326--28318504	27	6.6	27	80	6	182	27	15	27	28	1.96
28318328--28318478	82	1.9	81	85	4	214	27	16	27	27	1.97
28318324--28318504	82	2.2	81	79	4	204	28	15	27	28	1.96
28338303--28338428	45	2.8	45	90	2	200	27	29	23	19	1.98
28338421--28338591	38	4.5	38	90	0	252	32	26	21	20	1.97
28338421--28338618	38	5.2	38	88	2	247	30	25	21	21	1.98
28338888--28339006	45	2.7	44	84	6	170	28	28	16	26	1.97
28360538--28360568	12	2.6	12	94	0	53	29	35	29	6	1.82
28363983--28364011	14	2.1	14	100	0	58	20	34	13	31	1.92
28365795--28365868	15	4.9	15	78	6	78	13	13	14	58	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28365795--28365879	30	2.8	29	78	7	80	12	14	15	57	1.65
28380614--28380639	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
28385793--28385970	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
28385794--28385949	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
28385790--28385970	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
28385875--28385981	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
28395066--28395391	48	6.8	48	81	3	347	25	18	27	28	1.98
28402753--28403032	48	5.8	48	85	2	339	23	20	30	26	1.99
28407433--28407465	16	2.1	16	94	0	57	51	33	3	12	1.54
28408935--28409037	28	3.6	28	82	10	120	26	15	30	28	1.96
28410346--28410662	46	6.8	46	77	9	295	28	27	20	23	1.99
28410346--28410651	139	2.2	139	95	0	540	28	28	19	23	1.98
28410493--28410664	93	1.8	93	91	0	281	29	27	20	22	1.98
28413068--28413136	30	2.3	30	87	2	104	60	17	13	8	1.56
28413068--28413136	15	4.7	15	78	8	70	60	17	13	8	1.56
28413078--28413137	15	4.0	15	80	0	75	61	16	11	10	1.55
28414491--28414517	12	2.2	12	100	0	54	25	25	0	48	1.52
28424606--28424673	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
28424495--28424822	174	1.9	174	96	0	602	30	24	14	29	1.95
28424775--28424853	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
28432750--28432817	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
28432639--28432966	174	1.9	174	95	0	593	30	24	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28432919--28432997	29	2.7	30	78	13	101	29	30	15	25	1.96
28437205--28437263	25	2.4	25	80	5	66	40	3	0	55	1.16
28439421--28439459	20	2.0	20	85	5	53	56	12	10	20	1.65
28441918--28442074	37	4.3	37	96	0	289	24	31	19	25	1.98
28442193--28442597	47	8.6	47	95	1	702	28	29	8	32	1.87
28442193--28442597	190	2.2	190	94	1	701	28	29	8	32	1.87
28451716--28451760	23	2.0	23	100	0	90	33	4	8	53	1.52
28455671--28455814	41	3.5	41	86	0	200	22	30	14	31	1.94
28471436--28471557	26	4.7	25	82	6	129	36	18	16	28	1.93
28471436--28471567	52	2.5	52	80	4	142	35	18	18	27	1.94
28471597--28471658	26	2.4	27	76	13	67	22	11	17	48	1.79
28472340--28472375	19	1.9	19	94	5	65	44	22	5	27	1.75
28477836--28477869	16	2.1	17	88	5	52	41	20	0	38	1.53
28479124--28479283	80	2.0	80	97	0	302	21	15	18	44	1.87
28480036--28480091	25	2.2	25	96	0	103	25	23	19	32	1.98
28486290--28486352	27	2.3	27	100	0	126	36	14	0	49	1.44
28486290--28486361	27	2.7	27	91	0	81	34	18	0	47	1.49
28490973--28491211	50	4.7	50	79	7	198	25	28	19	27	1.99
28493438--28493579	50	2.8	50	78	4	160	21	27	21	29	1.98
28493914--28493971	30	2.0	29	82	3	71	31	25	3	39	1.73
28502233--28502423	50	3.7	50	79	9	170	27	20	28	23	1.99
28506511--28506552	21	2.0	21	90	0	66	9	9	26	54	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28524688--28524773	41	2.1	41	84	0	109	20	27	20	30	1.98
28524708--28524790	41	2.0	41	88	0	121	21	28	21	27	1.99
28524717--28524805	41	2.2	41	85	0	115	23	28	21	26	1.99
28532573--28532718	41	3.6	41	91	1	213	19	30	20	29	1.97
28532573--28532746	82	2.1	82	82	2	215	21	28	20	29	1.98
28535064--28535114	18	2.5	20	78	18	61	35	3	39	21	1.72
28539879--28539923	23	2.0	23	90	0	72	40	20	11	28	1.86
28539880--28539929	23	2.2	23	85	0	64	42	20	12	26	1.86
28544163--28544188	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
28550109--28550186	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
28550139--28550466	174	1.9	174	96	0	602	30	14	24	30	1.95
28568421--28568778	41	8.6	40	79	7	374	22	16	25	35	1.95
28568461--28568782	84	3.8	84	94	0	572	21	16	26	35	1.94
28574806--28574864	30	2.0	30	83	6	75	42	13	8	35	1.75
28585648--28586083	223	2.0	223	87	0	640	33	17	22	27	1.96
28586543--28586668	26	4.8	26	85	1	155	34	25	19	21	1.96
28593193--28593333	50	2.8	50	81	3	167	28	24	19	26	1.99
28609095--28609286	40	4.8	40	89	1	190	27	26	21	24	1.99
28609094--28609285	80	2.4	81	83	3	228	28	26	21	23	1.99
28611516--28611583	23	3.0	23	86	0	91	14	11	30	42	1.82
28611750--28611811	30	2.1	30	81	3	72	17	12	33	35	1.88
28612238--28612307	4	17.5	4	73	16	56	22	0	27	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28612274--28612313	20	2.0	21	95	5	73	30	0	22	47	1.52
28613645--28613711	30	2.2	30	83	0	80	37	10	19	32	1.86
28614664--28614708	21	2.1	21	84	8	56	66	6	4	22	1.33
28614898--28615016	61	1.9	62	89	6	186	67	3	14	15	1.36
28616228--28616285	23	2.5	23	97	0	107	3	3	37	55	1.34
28616648--28616910	44	5.8	44	78	8	260	29	20	16	33	1.95
28616660--28616939	132	2.1	137	78	8	295	31	20	16	31	1.95
28620700--28620751	26	2.0	26	100	0	104	26	23	7	42	1.81
28620787--28620818	12	2.6	13	85	14	50	56	6	0	37	1.25
28624701--28624757	20	3.0	20	75	14	66	73	3	3	19	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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