genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8278411--8278452	20	2.0	20	86	4	57	40	2	0	57	1.12
8278529--8278566	14	2.7	14	100	0	76	21	57	5	15	1.57
8278675--8278710	15	2.4	15	95	0	63	16	22	5	55	1.62
8284136--8284196	27	2.3	26	88	2	86	31	4	3	60	1.34
8290353--8290388	16	2.2	17	95	5	65	80	0	8	11	0.90
8291656--8291901	44	5.7	44	84	5	315	28	21	27	22	1.99
8292043--8292156	45	2.5	46	77	5	117	25	20	25	28	1.99
8292086--8292198	44	2.6	44	80	8	131	28	17	22	31	1.96
8292290--8292939	50	13.0	50	71	8	464	34	23	18	24	1.96
8292260--8293239	100	9.9	100	86	2	1282	34	23	18	23	1.96
8293033--8293206	50	3.5	48	73	6	150	34	19	20	25	1.96
8294843--8294903	27	2.3	26	88	2	86	31	4	3	60	1.34
8297087--8297217	56	2.5	52	81	7	140	25	28	19	26	1.99
8298566--8298612	24	2.0	24	82	0	58	44	2	19	34	1.62
8298656--8298684	15	2.0	15	93	6	51	55	3	0	41	1.17
8306128--8306215	35	2.5	35	83	7	133	37	35	12	14	1.84
8308220--8308259	16	2.3	18	87	8	57	32	15	2	50	1.57
8308905--8308939	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
8309004--8309055	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
8308883--8309190	119	2.6	120	90	6	482	49	4	2	42	1.38
8309176--8309403	92	2.5	92	81	9	227	47	3	3	45	1.37
8314223--8314249	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8322125--8322193	28	2.4	29	80	2	77	39	0	5	55	1.24
8323503--8323539	18	2.0	20	84	10	51	24	8	45	21	1.78
8329282--8329341	19	3.2	19	77	11	61	55	0	0	45	0.99
8329283--8329351	27	2.4	28	83	9	86	57	0	0	42	0.98
8329321--8329383	11	6.2	10	73	20	51	65	0	3	31	1.09
8329310--8329370	20	3.2	20	80	19	69	62	0	1	36	1.05
8329457--8329500	22	2.0	22	86	8	63	61	4	0	34	1.16
8329577--8329778	101	2.0	101	97	0	377	56	5	5	31	1.47
8330155--8330191	19	2.1	19	85	10	51	51	0	2	45	1.15
8333676--8333774	45	2.2	44	80	5	110	49	2	8	40	1.44
8333740--8333803	23	2.8	23	69	9	58	53	1	6	39	1.36
8334969--8334996	14	2.0	14	100	0	56	57	14	0	28	1.38
8335294--8335333	18	2.1	18	90	9	62	52	0	0	47	1.00
8338504--8338839	131	2.6	131	87	0	483	27	25	19	28	1.98
8338503--8338810	44	7.0	44	64	15	154	27	25	18	28	1.98
8350920--8350983	23	2.8	23	72	9	67	54	1	4	39	1.31
8350905--8350983	24	3.4	23	75	13	72	53	1	6	39	1.35
8351170--8351277	3	36.0	3	70	3	56	55	6	2	35	1.40
8351198--8351238	6	6.8	6	94	0	64	53	9	0	36	1.34
8353807--8353842	16	2.2	16	90	9	56	19	11	2	66	1.35
8366221--8366398	98	1.8	98	90	4	288	33	16	19	31	1.94
8366305--8366686	129	3.0	129	86	3	529	29	17	21	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8366325--8366958	44	14.7	43	69	11	262	29	17	21	31	1.96
8366583--8366877	85	3.4	85	76	7	324	29	17	22	30	1.97
8366372--8366877	129	3.9	128	82	7	391	29	17	22	31	1.96
8366536--8366866	175	1.9	175	94	0	581	28	18	22	31	1.97
8366708--8366979	128	2.1	129	86	3	370	30	20	19	29	1.97
8368942--8368977	16	2.2	16	90	9	56	19	11	2	66	1.35
8379933--8380024	46	2.0	46	100	0	184	19	15	10	54	1.70
8381476--8381535	21	3.0	20	71	9	50	60	6	0	33	1.23
8382821--8382863	13	3.4	13	77	6	52	32	6	2	58	1.38
8384222--8384290	30	2.2	31	87	7	95	50	7	2	39	1.45
8399015--8399050	18	1.9	19	88	5	56	5	13	13	66	1.41
8399513--8399562	25	2.0	25	100	0	100	36	4	8	52	1.50
8409535--8409581	24	2.0	24	84	8	62	29	2	0	68	1.02
8409559--8409701	57	2.5	57	83	11	177	42	0	2	53	1.20
8409554--8409715	59	2.8	56	79	11	170	41	1	3	53	1.24
8409884--8409927	16	2.7	17	89	6	65	25	27	4	43	1.74
8412888--8413053	69	2.4	69	85	2	217	20	24	25	30	1.99
8419254--8419292	21	2.0	20	90	10	62	35	0	0	64	0.94
8419224--8419293	9	7.2	10	76	15	67	32	0	2	64	1.08
8419274--8419307	16	2.2	15	94	5	59	29	0	0	70	0.87
8419282--8419325	22	2.0	22	82	8	54	27	0	4	68	1.09
8420383--8420414	15	2.0	17	88	11	50	53	3	0	43	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8429410--8429457	24	2.0	24	88	4	71	6	6	16	70	1.28
8429410--8429476	21	3.0	22	77	18	66	8	5	16	68	1.35
8435930--8435984	22	2.5	22	93	0	92	20	29	23	27	1.99
8443417--8443442	8	3.2	8	100	0	52	23	0	23	53	1.46
8444242--8444603	41	8.6	41	74	12	197	22	17	26	33	1.96
8444409--8444695	44	6.6	44	82	6	345	20	18	28	32	1.96
8444325--8444696	171	2.2	172	94	0	638	20	17	27	34	1.95
8444282--8444691	127	3.2	123	77	9	376	21	17	27	34	1.95
8451446--8451498	23	2.4	22	75	9	54	9	16	1	71	1.21
8451491--8451530	18	2.2	18	86	0	53	7	25	2	65	1.32
8467064--8467300	117	2.0	117	96	0	438	32	15	13	37	1.87
8475686--8475723	13	2.9	13	88	0	58	39	26	10	23	1.87
8476990--8477073	44	1.9	44	82	0	105	51	5	10	32	1.61
8477256--8477294	12	3.2	12	85	7	51	61	2	0	35	1.10
8478899--8478940	22	1.9	22	95	0	75	9	54	30	4	1.53
8483946--8484246	38	7.9	38	79	0	289	14	18	30	36	1.91
8483946--8484246	114	2.6	114	82	0	341	14	18	30	36	1.91
8486236--8486285	26	2.0	25	92	4	82	40	6	16	38	1.73
8495172--8495248	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
8495188--8495227	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
8495176--8495242	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
8495872--8495907	18	1.9	18	88	5	54	63	0	2	33	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8500443--8500495	20	2.6	19	85	11	61	50	3	1	43	1.30
8500890--8501249	179	2.0	180	87	1	526	28	17	15	38	1.90
8504673--8505046	185	2.0	185	96	0	685	46	11	14	26	1.79
8505581--8505613	17	1.9	17	93	0	57	66	0	0	33	0.92
8506316--8506351	17	2.1	17	100	0	72	30	22	11	36	1.89
8506386--8506450	31	2.1	31	85	5	87	47	4	6	41	1.49
8508243--8508334	46	2.0	46	100	0	184	36	21	15	26	1.93
8513313--8513345	17	1.9	17	100	0	66	39	12	12	36	1.80
8519180--8519211	15	2.0	17	88	11	50	37	0	0	62	0.95
8519177--8519230	26	2.0	28	85	7	76	38	0	0	61	0.96
8520417--8520474	3	19.7	3	82	7	57	60	1	3	34	1.24
8521200--8521246	19	2.6	18	76	6	51	76	0	14	8	1.01
8521880--8521906	12	2.2	12	100	0	54	48	7	0	44	1.31
8521928--8521958	12	2.6	12	94	0	53	19	9	0	70	1.14
8524651--8524778	42	3.0	41	84	4	157	51	16	18	13	1.76
8529270--8529301	16	2.0	16	93	0	55	15	18	28	37	1.92
8529451--8529647	82	2.4	82	77	8	193	20	16	25	37	1.93
8529467--8529624	82	1.9	82	82	8	196	23	17	22	36	1.95
8529466--8529660	41	4.7	41	72	12	112	21	16	25	36	1.94
8529749--8529800	23	2.3	23	83	12	63	63	7	5	23	1.43
8530601--8530702	7	13.7	7	75	11	78	21	0	45	33	1.52
8530600--8530702	22	4.6	22	80	9	127	21	0	44	33	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8530584--8530661	29	2.7	29	88	2	113	20	0	46	33	1.51
8530601--8530700	46	2.2	44	84	8	130	22	0	44	34	1.53
8532598--8532622	12	2.1	12	100	0	50	24	8	8	60	1.52
8532651--8532689	17	2.4	17	87	12	55	51	2	10	35	1.50
8533057--8533107	12	4.4	12	73	9	52	25	11	7	54	1.63
8534826--8534997	66	2.6	66	86	1	229	39	17	27	15	1.90
8534979--8535036	21	2.8	21	86	0	80	34	13	44	6	1.71
8535216--8535258	21	2.0	21	81	9	50	34	2	4	58	1.32
8535949--8536325	43	8.8	43	75	4	296	23	16	28	32	1.96
8535955--8536320	129	2.8	127	77	3	347	23	15	28	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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