genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27570208--27570336	46	2.8	46	84	0	141	31	19	20	29	1.97
27574563--27574656	45	2.1	45	91	0	152	29	24	20	25	1.99
27574662--27574797	50	2.7	52	84	7	181	32	26	15	25	1.95
27586242--27586419	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
27586243--27586398	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
27586239--27586419	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
27588619--27588754	71	1.9	72	85	8	188	36	14	12	36	1.84
27590299--27590338	21	1.9	21	94	0	71	22	12	12	52	1.72
27590699--27590747	19	2.6	19	87	9	66	40	2	4	53	1.32
27592595--27592643	24	2.0	24	100	0	98	30	16	4	48	1.64
27601339--27601478	46	3.0	46	86	4	201	35	6	25	32	1.82
27607870--27607968	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
27611781--27612022	50	4.7	50	80	6	220	28	20	26	23	1.99
27614464--27614557	46	2.0	46	91	0	152	35	9	26	28	1.88
27615879--27615916	20	1.9	19	89	5	58	47	2	2	47	1.30
27618677--27618728	18	2.9	18	72	10	54	69	3	5	21	1.26
27619770--27619818	18	2.5	20	84	12	59	71	4	20	4	1.19
27626317--27626343	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
27641657--27641834	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
27641658--27641813	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
27641654--27641834	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
27646312--27646428	41	2.9	41	93	0	198	34	23	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27653249--27653399	71	2.2	70	84	3	189	45	17	9	28	1.79
27653853--27653953	41	2.5	41	90	0	157	34	23	18	22	1.96
27657356--27657382	13	2.1	13	100	0	54	29	18	7	44	1.77
27660147--27660620	244	1.9	251	83	4	622	36	10	7	45	1.67
27660606--27660715	28	3.8	27	75	22	82	40	0	4	54	1.27
27660603--27660713	34	3.3	34	83	7	120	40	0	4	54	1.27
27660789--27660821	18	1.9	17	88	11	50	45	0	0	54	0.99
27662409--27662453	13	3.2	13	82	17	63	31	6	13	48	1.68
27662407--27662451	16	3.0	16	84	15	69	35	6	13	44	1.70
27676272--27676370	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
27680116--27680219	50	2.1	50	87	5	147	31	9	10	48	1.70
27687656--27687804	41	3.6	41	78	3	113	22	25	16	35	1.94
27692962--27693070	41	2.7	40	90	4	164	22	29	15	33	1.95
27692967--27693030	21	3.1	21	67	13	60	21	26	17	34	1.95
27703649--27704046	47	8.2	47	88	6	562	31	9	30	28	1.88
27703649--27703995	104	3.5	99	87	9	534	32	8	29	29	1.87
27704165--27704243	38	2.1	37	86	6	106	25	17	30	26	1.97
27709190--27709234	17	2.6	18	79	6	58	42	0	8	48	1.34
27709283--27709598	137	2.3	137	90	1	499	44	4	8	42	1.55
27709668--27709817	76	2.0	76	86	2	212	29	12	9	48	1.72
27729953--27729981	4	7.5	4	92	7	51	51	0	0	48	1.00
27736213--27736256	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27739246--27739366	57	2.1	58	81	9	149	27	19	8	45	1.78
27743655--27743769	38	3.0	38	87	0	167	28	14	20	36	1.92
27748630--27748840	40	5.3	40	89	4	239	23	20	27	28	1.99
27751231--27751260	6	5.0	6	100	0	60	33	0	0	66	0.92
27773386--27773423	19	2.0	20	89	5	60	28	0	7	63	1.23
27774801--27774845	18	2.6	17	80	13	56	15	11	0	73	1.10
27777283--27777564	138	2.1	138	87	2	408	47	4	6	41	1.51
27777614--27777778	40	4.1	39	79	9	172	36	22	16	24	1.94
27777614--27777784	80	2.1	80	86	2	236	35	23	17	23	1.95
27777839--27777935	40	2.4	40	84	0	122	27	16	23	31	1.96
27777689--27777980	155	1.9	155	88	2	444	31	18	19	29	1.96
27778171--27778195	12	2.1	12	100	0	50	40	16	0	44	1.47
27780818--27781058	43	5.6	43	83	4	290	27	17	24	31	1.97
27804240--27804593	40	8.8	40	93	2	582	26	21	28	23	1.99
27804240--27804593	82	4.4	80	95	1	582	26	21	28	23	1.99
27804232--27804593	122	3.0	122	94	2	622	26	21	28	23	1.99
27806068--27806131	25	2.5	25	84	5	74	18	26	26	28	1.98
27811467--27811610	49	2.9	50	86	6	202	27	23	27	20	1.99
27821204--27821354	28	5.4	28	92	1	223	33	28	11	25	1.92
27825802--27825970	41	4.0	42	73	12	150	22	20	25	31	1.98
27830873--27830919	10	4.6	10	80	15	51	57	6	0	36	1.24
27832326--27832364	21	2.0	21	85	10	55	66	0	20	12	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27833084--27833178	24	4.0	24	76	2	93	33	27	14	24	1.94
27833614--27833660	21	2.3	21	82	7	62	19	29	23	27	1.98
27835931--27835976	21	2.3	20	78	14	51	34	6	47	10	1.64
27836588--27836774	89	2.1	90	92	3	324	20	4	34	40	1.74
27841262--27841481	40	5.5	41	76	10	134	27	27	20	24	1.99
27841299--27841429	40	3.3	39	83	4	172	29	27	19	23	1.98
27841297--27841475	80	2.2	80	82	10	215	29	26	18	24	1.98
27848569--27848787	39	5.5	41	77	10	134	27	27	20	24	1.99
27848604--27848787	79	2.3	80	81	10	218	28	27	19	23	1.98
27863541--27863599	24	2.4	25	83	11	77	74	0	25	0	0.82
27863541--27863586	13	3.7	12	88	8	65	78	0	21	0	0.76
27863548--27863600	19	2.8	20	85	5	65	73	0	26	0	0.83
27863541--27863586	6	7.3	6	87	7	65	78	0	21	0	0.76
27864953--27865117	44	4.0	44	80	14	215	26	18	24	30	1.98
27865041--27865107	34	2.0	34	93	0	116	23	20	25	29	1.99
27865269--27865335	34	2.0	34	85	5	91	29	28	17	23	1.97
27865168--27865452	151	1.9	151	82	0	354	28	20	23	27	1.99
27865442--27865827	201	1.9	201	86	3	553	30	21	22	25	1.98
27865442--27865827	101	3.8	101	86	2	528	30	21	22	25	1.98
27866392--27866483	19	4.8	19	87	0	139	36	7	16	39	1.77
27866392--27866506	38	2.9	38	87	5	158	36	6	15	40	1.74
27869454--27869617	68	2.4	68	81	3	177	56	2	10	29	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27871077--27871192	45	2.6	43	75	14	110	33	18	18	28	1.95
27871202--27872040	143	5.9	143	87	1	1114	27	22	19	30	1.98
27875557--27875594	7	5.4	7	87	0	58	18	2	34	44	1.64
27876416--27876459	20	2.0	23	87	12	67	25	4	11	59	1.51
27881997--27882336	168	2.0	168	93	0	572	33	13	21	31	1.93
27884963--27885292	165	2.0	165	92	0	543	31	16	21	30	1.95
27891502--27891563	22	2.8	22	74	18	65	64	9	8	17	1.47
27891772--27891818	17	2.8	17	86	0	67	74	10	2	12	1.16
27894352--27894418	27	2.4	27	76	16	66	35	13	23	26	1.92
27897679--27897827	42	3.6	42	83	4	167	17	22	18	41	1.90
27897737--27897830	21	4.5	21	73	0	62	13	23	20	42	1.88
27898809--27898850	20	2.0	22	86	9	61	38	2	16	42	1.61
27899465--27899498	17	1.9	18	88	5	52	67	0	8	23	1.18
27899458--27899501	24	2.0	24	86	13	67	65	0	9	25	1.21
27900227--27900275	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
27900667--27900752	43	2.0	43	95	0	154	50	2	24	23	1.61
27900672--27900736	16	4.4	16	67	25	52	50	3	26	20	1.62
27902048--27902144	49	2.0	49	93	0	167	42	6	25	25	1.78
27903395--27903645	88	2.9	87	93	1	425	30	13	26	29	1.94
27903973--27904005	17	2.0	17	88	5	50	6	0	24	69	1.10
27904498--27904564	31	2.2	30	81	5	80	32	11	14	40	1.83
27904697--27904742	22	2.0	24	83	8	60	30	10	4	54	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27905878--27905925	18	2.6	19	80	12	55	35	2	4	58	1.29
27908310--27908342	13	2.6	13	90	4	50	54	0	0	45	0.99
27923902--27923927	7	3.7	7	100	0	52	61	26	0	11	1.30
27926981--27927026	19	2.4	19	88	0	74	54	0	19	26	1.44
27930130--27930358	115	2.0	115	100	0	458	43	13	15	27	1.84
27935615--27935695	42	1.9	42	92	0	135	34	9	19	35	1.85
27941458--27941770	33	8.7	34	67	24	139	32	26	19	21	1.97
27941607--27941737	43	3.3	42	72	20	136	34	26	16	22	1.95
27941494--27941696	103	2.0	103	94	1	354	32	27	19	20	1.97
27941597--27941776	76	2.4	76	88	2	274	33	26	18	21	1.96

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