genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  30  of  175  ( 20966 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8067928--8068156	102	2.2	102	87	0	332	32	7	21	37	1.82
8068431--8068556	32	3.8	32	81	7	146	26	14	25	34	1.94
8068803--8068856	18	2.9	18	83	2	63	40	44	1	12	1.54
8068858--8068908	24	2.1	24	85	7	68	68	1	0	29	1.00
8069019--8069093	37	2.0	37	92	0	123	34	5	13	46	1.66
8069092--8069149	9	6.4	9	84	7	73	25	10	22	41	1.85
8069837--8070043	35	6.1	35	82	6	237	19	21	16	42	1.90
8069837--8070033	67	2.9	68	85	6	258	19	22	17	40	1.91
8069837--8070043	102	2.0	102	91	0	333	19	21	16	42	1.90
8072844--8072888	20	2.1	22	84	12	58	13	11	8	66	1.44
8076409--8076512	32	3.1	34	80	8	140	18	24	16	41	1.90
8077172--8077216	21	2.1	22	84	12	58	66	8	11	13	1.44
8080983--8081029	23	2.0	23	84	8	60	29	17	31	21	1.96
8082367--8082415	26	1.9	25	91	4	80	0	30	16	53	1.43
8082367--8082429	33	2.0	33	87	6	94	1	28	19	50	1.56
8084993--8085053	13	4.7	13	79	0	68	39	26	8	26	1.84
8084988--8085053	26	2.5	26	82	0	96	37	24	7	30	1.83
8093770--8093860	29	3.2	28	67	25	73	30	17	10	40	1.84
8093763--8093873	57	1.9	57	90	0	177	32	17	9	40	1.82
8100287--8100314	10	2.8	10	100	0	56	42	28	0	28	1.56
8102691--8102751	27	2.3	26	83	5	77	70	4	0	24	1.07
8102722--8102761	19	2.0	20	90	4	64	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8103497--8103579	9	8.8	9	71	18	53	65	3	2	28	1.22
8103547--8103608	19	3.2	18	76	13	52	62	4	4	27	1.36
8103528--8103641	40	2.8	40	73	11	99	62	2	5	29	1.31
8103556--8103608	19	2.6	21	76	11	65	62	3	5	28	1.35
8103557--8103697	62	2.3	62	75	8	137	59	2	7	30	1.38
8107805--8107852	17	2.8	16	75	12	51	41	0	14	43	1.45
8108349--8108447	21	4.8	21	86	2	112	16	19	16	48	1.81
8113554--8113745	28	6.6	28	68	9	107	29	19	36	15	1.92
8113590--8113769	56	3.0	60	86	11	278	26	19	40	14	1.90
8113677--8113764	28	3.1	28	70	0	95	27	20	39	12	1.88
8116034--8116063	15	2.0	15	93	0	51	6	23	20	50	1.71
8117093--8117129	19	1.9	19	94	0	65	32	18	18	29	1.96
8119143--8119333	61	3.2	61	67	20	166	44	2	4	48	1.35
8119194--8119228	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8119087--8119370	120	2.4	120	89	3	439	44	1	4	49	1.32
8119314--8119348	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8119314--8119368	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
8119584--8119651	16	4.2	16	96	0	127	38	35	0	26	1.57
8129302--8129368	34	1.9	35	87	3	100	44	14	8	31	1.76
8129621--8129657	6	6.2	6	90	0	56	29	13	2	54	1.53
8131381--8131427	11	4.2	11	88	2	67	23	34	0	42	1.54
8131381--8131445	22	2.9	22	86	6	78	26	30	1	41	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8137098--8137137	22	1.9	20	90	10	62	47	15	7	30	1.72
8139958--8140032	38	2.0	38	89	5	118	33	6	12	48	1.66
8140016--8140061	18	2.6	17	80	12	58	58	0	13	28	1.35
8140126--8140180	21	2.7	20	78	13	58	9	16	5	69	1.34
8140126--8140249	20	6.0	21	66	12	69	12	20	6	61	1.52
8140171--8140267	20	4.8	20	72	16	83	15	19	6	58	1.58
8141490--8141537	20	2.4	21	76	16	57	56	2	6	35	1.36
8141499--8141543	18	2.6	16	80	19	54	66	2	4	26	1.22
8141700--8141765	3	21.3	3	73	17	55	63	0	0	36	0.95
8141702--8141765	34	2.0	32	85	14	87	64	0	0	35	0.94
8143545--8144721	133	8.8	132	83	5	1207	27	23	20	28	1.99
8143268--8144542	278	4.7	278	85	5	1395	27	23	19	29	1.98
8143823--8144694	265	3.3	265	87	1	1237	27	23	20	28	1.98
8150362--8150407	20	2.2	20	82	14	58	69	0	4	26	1.07
8150551--8150616	3	21.3	3	73	17	55	63	0	0	36	0.95
8150553--8150616	34	2.0	32	85	14	87	64	0	0	35	0.94
8151736--8151785	20	2.5	19	84	9	64	20	20	6	54	1.65
8151718--8151805	20	4.6	18	75	17	63	20	19	4	55	1.60
8151762--8151844	19	4.3	19	68	20	55	18	13	4	63	1.46
8152347--8152432	21	4.2	20	73	4	64	58	10	13	17	1.63
8152346--8152399	21	2.6	21	84	0	72	64	9	11	14	1.48
8152469--8152523	17	3.1	17	78	14	65	47	10	18	23	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8153812--8153971	80	2.0	80	96	0	293	38	13	16	31	1.88
8154528--8154562	14	2.5	14	90	0	61	54	0	0	45	0.99
8154797--8154827	3	10.0	3	93	6	53	67	0	0	32	0.91
8156417--8156875	44	10.5	44	75	10	370	31	18	17	32	1.95
8156535--8156608	38	1.9	38	94	0	130	36	22	13	27	1.92
8156447--8156875	132	3.3	126	78	11	427	31	19	17	31	1.95
8158854--8159010	79	2.0	80	88	3	237	37	12	18	31	1.88
8159584--8159609	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
8159871--8159922	26	2.0	26	85	3	70	73	5	1	19	1.14
8160176--8160210	16	2.2	16	89	0	52	57	8	20	14	1.63
8163638--8163689	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
8189882--8189916	18	1.9	18	88	0	52	28	20	8	42	1.81
8189949--8190003	21	2.7	21	85	2	67	36	16	14	32	1.89
8193572--8193624	26	2.0	26	100	0	106	33	35	0	30	1.58
8195859--8195891	17	1.9	17	93	0	57	39	12	0	48	1.40
8199315--8199364	19	2.6	20	81	15	61	36	2	2	60	1.20
8199369--8199405	14	2.8	13	92	8	65	48	5	10	35	1.61
8199642--8199714	34	2.1	34	94	0	128	20	26	13	39	1.90
8202522--8202566	20	2.1	23	88	12	69	13	8	8	68	1.38
8206439--8206481	7	6.1	7	81	7	52	55	0	0	44	0.99
8206438--8206480	22	2.0	22	86	9	61	58	0	0	41	0.98
8215295--8215319	10	2.5	10	100	0	50	8	8	16	68	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8224935--8225013	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
8225132--8226092	47	20.2	47	94	1	1652	29	28	8	33	1.87
8225132--8226092	143	6.7	143	97	0	1723	29	28	8	33	1.87
8234779--8234841	33	1.9	33	87	3	92	26	20	38	14	1.91
8238679--8238763	35	2.4	35	78	3	100	17	10	31	40	1.84
8239599--8239642	15	2.7	16	82	13	54	20	27	29	22	1.99
8244291--8244324	17	2.0	17	88	0	50	55	2	0	41	1.15
8244468--8244526	9	6.4	9	74	16	50	35	0	1	62	1.05
8244472--8244527	29	2.0	29	82	3	69	33	0	1	64	1.04
8244656--8244702	8	5.8	8	87	12	69	23	2	0	74	0.93
8244790--8244836	12	4.1	11	84	15	60	34	0	0	65	0.93
8244959--8245018	3	20.0	3	100	0	120	33	0	0	66	0.92
8246303--8246333	6	5.2	6	96	0	53	0	70	16	12	1.16
8246614--8246653	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
8247017--8247045	13	2.2	13	100	0	58	48	0	6	44	1.29
8253845--8253875	12	2.6	12	94	0	53	6	19	0	74	1.03
8254414--8255069	29	22.7	29	82	7	773	24	0	29	46	1.56
8254414--8255069	88	7.6	87	82	8	782	24	0	29	46	1.56
8254414--8255052	117	5.5	116	82	8	829	24	0	28	46	1.56
8254599--8254701	35	3.3	35	68	27	111	23	0	29	47	1.52
8254748--8254803	25	2.3	24	84	6	69	25	0	26	48	1.52
8255069--8255182	25	4.7	25	67	20	80	44	14	1	39	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8256271--8256302	7	4.6	7	96	0	55	62	12	0	25	1.30
8256265--8256302	14	2.7	14	87	0	58	60	13	0	26	1.33
8256443--8256481	20	2.0	20	85	10	53	53	7	2	35	1.43
8257413--8257536	51	2.4	51	87	2	178	43	0	25	30	1.60
8257519--8257563	11	4.0	11	91	2	63	51	0	31	17	1.46
8257516--8257562	22	2.1	23	92	4	78	48	0	34	17	1.47
8260096--8260167	27	2.7	26	82	4	92	27	8	52	11	1.65
8266135--8266204	19	3.8	19	73	19	51	45	0	32	21	1.52
8275522--8275549	14	2.0	14	100	0	56	64	0	7	28	1.20
8276925--8276953	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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