genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14633000--14633036	18	2.1	18	94	0	65	40	10	0	48	1.38
14633079--14633110	7	4.7	7	92	7	57	12	0	0	87	0.54
14633560--14633702	73	2.0	73	87	0	205	29	13	17	39	1.89
14634291--14634357	34	1.9	35	93	3	118	32	8	11	46	1.72
14634405--14634429	13	1.9	13	100	0	50	40	0	8	52	1.31
14635530--14635587	26	2.2	27	87	3	82	27	1	0	70	0.97
14635519--14635587	27	2.5	28	81	9	88	31	1	0	66	1.00
14636910--14636949	16	2.5	16	83	0	53	67	2	2	27	1.16
14637406--14637478	23	3.1	23	75	9	60	65	2	2	28	1.20
14640055--14640144	30	3.0	29	91	3	144	31	16	6	45	1.73
14645187--14645233	25	1.9	24	82	4	58	53	8	4	34	1.51
14648339--14648376	10	3.8	10	85	0	58	60	0	0	39	0.97
14648339--14648387	20	2.4	20	83	10	64	61	0	0	38	0.96
14648795--14648860	32	2.1	31	83	8	80	33	1	4	60	1.26
14649378--14649465	9	9.2	9	73	24	65	53	3	0	43	1.17
14650809--14650861	23	2.3	23	90	0	88	22	18	26	32	1.97
14655800--14655842	18	2.4	18	100	0	86	44	13	20	20	1.86
14657401--14657452	27	2.0	26	81	11	61	9	21	3	65	1.38
14658619--14658663	14	3.0	16	78	15	60	22	6	2	68	1.24
14660083--14660112	13	2.4	12	94	5	51	63	0	0	36	0.95
14663601--14663786	40	4.7	40	89	2	259	23	21	27	26	1.99
14663601--14663809	80	2.6	80	84	5	246	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14665167--14665404	132	1.8	132	97	0	449	28	23	18	29	1.98
14665421--14666162	45	16.3	45	75	7	525	28	22	17	32	1.96
14665421--14666162	89	8.1	89	80	7	580	28	22	17	32	1.96
14665550--14665671	61	2.0	61	93	0	208	30	18	20	30	1.97
14665511--14665715	105	2.0	105	84	1	268	29	20	18	32	1.96
14665466--14665760	150	2.0	150	93	0	500	27	20	19	32	1.97
14665611--14666163	178	3.1	177	86	2	687	28	23	16	31	1.96
14665616--14666165	222	2.5	222	89	1	814	28	23	16	31	1.96
14665611--14666162	89	6.2	89	90	1	590	28	23	16	31	1.96
14667416--14667448	7	4.7	7	85	14	50	12	15	0	72	1.12
14668388--14668430	21	2.0	21	86	8	61	62	6	18	11	1.50
14670799--14670834	17	2.1	17	94	0	63	44	19	16	19	1.87
14672423--14672452	13	2.4	12	94	5	51	63	0	0	36	0.95
14672684--14672733	3	17.3	3	81	8	59	60	2	4	34	1.27
14672684--14672733	23	2.2	23	85	0	64	60	2	4	34	1.27
14675118--14675147	14	2.1	14	93	0	51	36	0	6	56	1.26
14680211--14680419	42	5.0	41	85	6	285	35	20	18	25	1.95
14680211--14680419	85	2.5	84	87	4	296	35	20	18	25	1.95
14680211--14680481	127	2.1	127	81	8	309	35	21	18	25	1.95
14680864--14680932	21	3.3	21	87	0	93	4	43	18	33	1.70
14683742--14683854	16	7.3	16	71	18	78	31	1	21	45	1.62
14683753--14684749	9	111.8	9	66	18	344	33	2	17	45	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14683780--14683881	41	2.5	41	93	0	168	30	3	21	44	1.70
14684012--14684161	62	2.4	62	100	0	300	33	1	19	46	1.59
14683834--14684164	150	2.2	149	85	6	454	32	2	20	45	1.63
14683804--14684247	25	16.9	27	72	15	222	32	2	20	45	1.63
14683865--14684247	212	1.8	211	88	5	594	32	1	20	45	1.59
14684516--14684602	23	3.6	23	70	11	57	36	1	10	51	1.44
14684730--14684802	35	2.1	34	85	9	96	31	1	13	53	1.49
14684763--14684819	12	4.6	12	73	16	53	35	0	10	54	1.35
14684884--14684927	15	2.8	16	82	10	54	56	0	4	38	1.20
14685704--14685742	7	5.6	7	87	0	51	46	46	0	7	1.31
14685703--14685742	21	1.9	21	94	0	71	45	45	0	10	1.37
14685701--14685742	14	3.0	14	78	0	57	42	47	0	9	1.36
14685800--14685850	20	2.5	21	77	6	59	50	31	1	15	1.55
14687425--14687868	114	3.9	113	85	4	590	27	28	21	22	1.99
14688916--14689007	27	3.4	27	77	5	96	17	20	18	43	1.88
14700753--14701022	134	2.0	134	97	0	504	35	18	17	28	1.94
14701201--14701321	40	3.0	39	76	9	118	38	20	4	37	1.72
14701232--14701322	27	3.4	26	74	7	76	35	21	3	39	1.70
14701208--14701355	13	11.2	13	71	5	100	35	19	4	41	1.71
14702916--14702973	30	2.0	29	86	10	82	53	12	0	34	1.38
14714502--14714541	21	1.9	21	94	0	71	50	10	2	37	1.50
14714646--14714681	18	2.1	17	89	5	54	33	2	8	55	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14720099--14720270	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
14720099--14720268	40	4.3	39	87	5	207	25	21	27	25	1.99
14720126--14720303	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
14721718--14721757	21	1.9	21	84	0	53	25	7	7	60	1.50
14727166--14727205	21	1.9	21	84	0	53	25	7	7	60	1.50
14732365--14732812	41	11.0	41	83	1	488	34	14	28	21	1.93
14732400--14732465	20	3.2	20	67	12	53	34	16	31	16	1.92
14732543--14732605	21	3.0	21	66	13	58	30	14	31	23	1.94
14732376--14732812	122	3.6	121	85	3	536	35	14	28	21	1.93
14732523--14732588	20	3.2	20	69	12	62	33	13	36	16	1.88
14732401--14732812	163	2.5	164	84	2	526	35	14	29	20	1.93
14732623--14732693	21	3.5	20	70	3	61	32	12	30	23	1.92
14740094--14740376	41	7.0	41	79	4	252	35	13	28	22	1.92
14740153--14740378	79	2.8	81	81	6	255	36	11	27	23	1.90
14740112--14740339	120	1.9	120	85	3	316	35	13	28	23	1.92
14753087--14753123	19	1.9	19	94	0	65	13	37	27	21	1.91
14754290--14754889	131	4.6	131	93	0	995	26	23	20	29	1.99
14754290--14755197	261	3.4	263	86	8	1274	25	23	20	29	1.99
14754869--14754910	21	2.0	21	95	0	75	23	16	21	38	1.93
14754738--14755041	152	2.0	152	94	0	536	25	23	20	30	1.98
14755029--14755541	43	11.9	43	66	15	209	25	24	20	29	1.99
14754890--14755239	130	2.7	129	88	4	506	25	24	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14755029--14755412	173	2.2	173	91	0	615	25	25	20	29	1.99
14755202--14755553	129	2.7	130	92	0	598	25	24	20	28	1.99
14756789--14756831	21	2.0	21	86	8	61	16	18	0	65	1.28
14757725--14757758	7	4.7	7	85	7	50	0	17	0	82	0.67
14757766--14757802	19	1.9	19	94	0	65	13	0	8	78	0.96
14757764--14757794	13	2.4	13	100	0	62	16	0	6	77	0.97
14775075--14775170	28	3.4	28	86	2	122	33	21	21	22	1.97
14775506--14775733	27	8.3	27	72	13	119	17	17	20	43	1.88
14775580--14775733	54	2.8	53	85	2	200	17	20	20	40	1.91
14775585--14775733	81	1.8	81	87	5	221	18	20	18	42	1.90
14776417--14776458	22	2.0	21	81	13	50	64	2	30	2	1.19
14782597--14782708	28	4.0	28	91	0	170	30	22	23	24	1.99
14783062--14783335	54	5.1	53	80	7	302	18	19	17	44	1.87
14783060--14783335	80	3.4	79	84	4	340	18	19	18	43	1.88
14783047--14783335	27	10.8	27	81	7	272	19	18	18	43	1.89
14784019--14784048	15	2.0	15	93	0	51	63	0	36	0	0.95
14792882--14793041	35	4.6	35	79	2	160	17	11	31	39	1.86
14796722--14796770	23	2.1	23	81	7	55	51	2	0	46	1.12
14813896--14813940	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
14814794--14814830	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
14816539--14816564	12	2.2	12	100	0	52	42	15	0	42	1.47
14819888--14819958	9	8.2	8	78	15	63	59	1	7	32	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14819910--14819958	3	16.0	3	83	12	64	63	0	4	32	1.13
14819891--14819950	15	3.9	16	80	8	63	58	1	8	31	1.38
14819891--14819958	18	3.9	17	79	11	75	58	1	7	32	1.34
14822620--14822830	106	2.0	106	99	0	413	33	25	18	22	1.97
14825111--14825200	14	6.4	14	81	0	99	27	11	30	31	1.91
14825111--14825199	7	12.7	7	78	4	81	28	11	30	30	1.91
14825232--14825266	7	5.0	7	92	0	52	17	14	51	17	1.77
14825206--14825245	21	2.0	21	90	5	64	25	17	32	25	1.97
14825228--14825266	14	2.9	14	88	3	53	20	15	46	17	1.84
14833779--14833926	27	5.5	28	75	10	121	29	9	25	35	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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