genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24839319--24839345	14	1.9	14	100	0	54	29	14	22	33	1.94
24845482--24845651	79	2.1	79	81	3	198	23	21	28	26	1.99
24845429--24845648	40	5.5	39	81	7	192	24	21	28	25	1.99
24852761--24852974	39	5.6	38	81	9	179	26	27	20	25	1.99
24852761--24852928	40	4.4	39	85	7	186	26	27	19	26	1.99
24860618--24860840	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
24860772--24860849	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
24866869--24866898	11	2.9	10	90	9	51	10	6	13	70	1.34
24876082--24876121	19	2.1	19	86	9	55	25	12	15	47	1.80
24878314--24878348	18	1.9	18	100	0	70	31	22	5	40	1.78
24899922--24899987	28	2.4	28	87	5	91	53	12	9	25	1.67
24907001--24907112	6	18.0	6	66	17	50	7	19	2	70	1.23
24907027--24907115	24	3.7	24	75	16	76	6	20	2	70	1.20
24923214--24923250	19	1.9	19	88	0	56	24	13	13	48	1.78
24923188--24923278	46	2.0	46	91	0	146	28	12	12	47	1.76
24923607--24923710	31	3.4	31	81	5	120	24	25	15	34	1.94
24928605--24928698	46	2.0	46	95	0	170	35	22	19	23	1.96
24929317--24929366	23	2.3	23	86	6	68	54	14	4	28	1.58
24932232--24932305	12	6.1	12	67	14	53	9	24	0	66	1.21
24933439--24934380	470	2.0	470	99	0	1875	38	18	15	27	1.91
24936700--24936757	30	2.0	29	83	10	73	27	13	32	25	1.94
24937183--24937228	18	2.6	19	80	10	53	54	10	0	34	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24941871--24941914	23	1.9	23	85	0	61	70	2	9	18	1.24
24941872--24941923	12	4.4	12	75	4	52	73	1	5	19	1.14
24943067--24943108	10	3.7	12	81	18	54	69	2	16	11	1.29
24943175--24943208	15	2.3	15	89	0	50	67	0	29	2	1.05
24963143--24963320	27	6.6	27	82	7	173	28	28	15	26	1.96
24966456--24966618	50	3.2	50	77	7	152	42	12	14	30	1.82
24969258--24969324	20	3.3	20	79	4	82	28	14	29	26	1.96
24971161--24971251	6	15.2	6	72	4	76	5	17	2	74	1.11
24973074--24973142	20	3.5	20	81	0	84	23	13	39	24	1.90
24974855--24974935	30	2.7	29	81	7	99	12	23	1	62	1.36
24974880--24974944	18	3.6	17	77	8	58	12	21	1	64	1.35
24974899--24974956	18	3.2	18	87	0	80	10	20	3	65	1.38
24977540--24977627	20	4.4	20	85	0	113	21	17	35	26	1.95
24977532--24977616	40	2.2	40	89	2	127	23	18	31	25	1.97
24978877--24978943	20	3.4	20	83	6	75	28	19	23	28	1.98
24979335--24979372	20	1.9	20	100	0	76	44	13	21	21	1.85
24980792--24980818	14	1.9	14	100	0	54	29	14	22	33	1.94
24982409--24982531	6	20.0	6	66	6	59	8	17	3	70	1.25
24982451--24982528	36	2.2	36	85	0	102	8	15	3	71	1.25
24984999--24985067	20	3.5	20	76	7	77	27	15	30	26	1.96
24988266--24988309	22	2.0	21	82	4	52	40	11	20	27	1.86
24996050--24996143	46	2.0	46	95	0	170	24	20	21	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24997071--24997112	16	2.6	16	88	0	57	28	28	11	30	1.92
25007207--25007245	20	1.9	20	84	5	51	69	0	23	7	1.14
25008398--25008448	25	2.0	25	96	0	93	29	21	9	39	1.85
25012128--25012166	20	1.9	21	89	5	62	23	28	12	35	1.91
25012556--25012581	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
25014310--25014351	21	2.0	21	95	0	75	38	14	30	16	1.89
25014717--25014815	6	16.0	6	68	14	58	72	3	19	5	1.16
25014733--25014771	18	2.2	18	95	0	69	79	7	12	0	0.93
25014777--25014814	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
25014834--25014900	18	3.9	17	74	20	50	59	4	25	10	1.49
25014819--25014899	35	2.3	34	81	12	92	58	4	23	13	1.55
25014833--25014882	17	2.9	17	77	8	57	62	4	24	10	1.44
25016151--25016189	20	1.9	21	89	5	62	23	28	12	35	1.91
25016579--25016604	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
25017717--25017764	10	4.6	10	82	10	60	83	2	4	10	0.87
25017717--25017766	21	2.4	21	86	6	66	82	2	4	12	0.90
25018718--25018816	6	16.0	6	68	14	58	72	3	19	5	1.16
25018734--25018772	18	2.2	18	95	0	69	79	7	12	0	0.93
25018778--25018815	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
25018835--25018901	18	3.9	17	74	20	50	59	4	25	10	1.49
25018820--25018900	35	2.3	34	81	12	92	58	4	23	13	1.55
25018834--25018883	17	2.9	17	77	8	57	62	4	24	10	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25020155--25020193	20	1.9	21	89	5	62	23	28	12	35	1.91
25020583--25020608	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
25022672--25022786	50	2.2	52	78	4	135	37	13	14	33	1.86
25025010--25025049	20	2.0	21	85	5	55	32	17	15	35	1.91
25025128--25025200	34	2.1	35	92	2	121	34	9	15	41	1.79
25025181--25025219	19	2.1	19	95	0	69	28	10	12	48	1.74
25025147--25025256	54	2.1	53	94	1	193	32	10	14	41	1.81
25025151--25025284	54	2.5	54	88	2	180	32	11	14	41	1.82
25042326--25042506	40	4.6	40	82	5	199	25	22	27	24	2.00
25042326--25042506	79	2.3	81	83	7	219	25	22	27	24	2.00
25042375--25042539	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	24	1.99
25047118--25047381	40	6.6	40	88	2	343	25	27	21	25	1.99
25047313--25047390	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
25055063--25055325	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
25058370--25058470	43	2.3	45	87	3	143	17	18	9	53	1.71
25065069--25065094	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
25067673--25067703	15	2.1	15	93	0	53	35	35	0	29	1.58
25067825--25067901	20	3.8	20	72	13	77	58	2	2	36	1.26
25067988--25068027	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
25080512--25080578	29	2.3	29	92	2	109	20	16	22	40	1.91
25094723--25094941	39	5.5	39	81	8	189	21	30	15	33	1.94
25094741--25094844	20	5.3	20	68	13	63	22	33	15	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25094761--25094862	19	5.3	18	69	13	69	20	33	14	31	1.93
25094722--25094941	78	2.8	77	82	4	251	21	30	15	33	1.94
25098413--25098452	20	2.0	20	90	0	62	45	15	5	35	1.68
25100288--25100337	11	4.5	11	82	0	64	12	2	48	38	1.52
25100288--25100337	22	2.3	22	85	0	73	12	2	48	38	1.52
25108048--25108146	39	2.5	39	78	0	108	29	9	21	40	1.84
25110723--25110812	39	2.3	39	88	1	137	22	32	15	30	1.95
25120485--25120537	25	2.1	25	89	0	79	22	15	20	41	1.89
25130797--25130825	15	1.9	15	100	0	58	27	3	6	62	1.37
25138437--25138463	10	2.7	10	100	0	54	33	0	25	40	1.56
25143928--25143970	13	3.3	13	86	0	59	51	13	11	23	1.74
25151835--25151864	15	2.1	14	93	6	51	40	13	16	30	1.87
25161315--25161489	27	6.4	27	82	3	172	29	28	14	27	1.96
25161333--25161488	82	1.9	81	85	3	215	28	29	15	26	1.96
25161337--25161488	54	2.8	54	84	3	198	27	29	15	26	1.96
25170230--25170406	27	6.5	27	81	3	167	25	15	29	28	1.96
25170230--25170385	82	1.9	81	82	3	197	26	16	30	27	1.96
25170230--25170406	54	3.3	54	80	4	187	25	15	29	28	1.96
25170226--25170406	82	2.2	81	79	2	193	26	16	29	28	1.96
25178015--25178187	26	6.5	26	82	4	152	25	16	29	28	1.96
25178015--25178187	53	3.3	53	82	4	199	25	16	29	28	1.96
25178015--25178166	79	1.9	80	85	4	209	25	16	29	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25178011--25178187	79	2.2	80	80	3	205	25	16	28	28	1.97
25189669--25189748	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
25199252--25199280	14	2.1	14	100	0	58	31	0	13	55	1.39
25202619--25202665	24	2.0	24	83	8	60	31	0	6	61	1.21
25206826--25206866	22	1.9	21	85	5	55	21	39	17	21	1.93
25211388--25211489	27	3.8	27	77	5	107	29	25	11	33	1.91
25223754--25223903	42	3.6	41	73	5	138	18	23	16	42	1.88
25227354--25227379	10	2.6	10	100	0	52	61	7	0	30	1.24
25236328--25236395	21	3.3	21	68	15	61	32	8	20	38	1.84
25236308--25236395	40	2.2	41	87	2	124	30	7	20	40	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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