genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
646853--646888	5	7.6	5	87	12	58	19	0	0	80	0.71
646859--646886	13	2.2	13	100	0	56	21	0	0	78	0.75
646854--646888	18	1.9	18	100	0	70	20	0	0	80	0.72
647793--647822	11	2.7	11	89	0	51	63	10	6	20	1.47
648952--649051	41	2.5	40	80	6	116	32	22	18	28	1.97
649961--649989	5	5.8	5	100	0	58	58	0	0	41	0.98
655493--655551	4	14.8	4	96	0	91	25	5	23	45	1.73
670337--670393	21	2.8	19	82	15	62	35	40	12	12	1.80
696224--696265	22	2.0	21	85	4	57	47	4	0	47	1.23
699499--699523	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
703969--704030	31	2.0	31	100	0	124	35	9	19	35	1.85
715367--715845	137	3.4	140	84	4	586	28	16	21	33	1.95
715367--715848	144	3.4	143	84	5	554	28	16	21	34	1.95
717642--717715	26	2.8	26	81	0	85	16	6	32	44	1.73
719428--719455	13	2.2	13	100	0	56	32	39	14	14	1.86
719544--719573	11	2.7	11	89	0	51	56	0	3	40	1.16
719842--719900	31	1.9	31	82	0	73	44	3	3	49	1.36
730978--731225	138	1.8	136	80	8	297	36	8	19	35	1.82
731350--731402	28	1.9	27	84	3	70	43	32	1	22	1.64
737369--737413	21	2.1	21	83	0	54	64	2	0	33	1.06
737632--737671	20	2.0	20	100	0	80	45	5	15	35	1.68
737797--737847	23	2.2	23	82	6	59	41	0	1	56	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
743569--743632	16	3.9	16	77	6	58	31	1	12	54	1.47
749283--749324	19	2.2	20	86	4	59	54	30	7	7	1.54
752331--752400	25	2.8	25	71	6	61	62	0	0	37	0.95
754246--754632	159	2.4	159	95	0	684	27	10	20	41	1.85
756656--756787	31	4.4	31	70	5	99	20	18	19	41	1.90
756982--757065	31	2.7	31	87	1	107	44	19	16	20	1.87
770716--771146	166	2.6	165	85	2	576	31	17	16	33	1.93
774194--774228	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
775276--775488	106	2.0	107	97	0	401	17	24	5	52	1.66
776154--776369	109	2.0	107	97	1	405	52	5	25	17	1.64
777415--777449	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
783544--783581	3	12.7	3	100	0	76	34	34	0	31	1.58
785642--785744	51	2.0	52	86	1	145	34	17	14	33	1.90
785546--785845	153	2.0	151	86	3	424	31	16	16	36	1.91
785706--785891	101	1.8	103	89	2	295	29	13	16	40	1.86
788731--788799	30	2.4	28	81	11	77	50	4	7	37	1.50
789152--789185	16	2.1	17	88	5	52	58	0	0	41	0.98
794449--794487	18	2.2	17	86	4	51	23	0	10	66	1.22
799509--799544	19	1.9	19	88	5	56	38	0	8	52	1.32
799468--799558	40	2.2	41	77	9	96	38	1	5	54	1.31
800617--800646	12	2.4	13	94	5	53	16	0	3	80	0.85
807399--807509	27	4.1	27	82	0	132	36	21	27	14	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807399--807509	54	2.1	54	89	0	168	36	21	27	14	1.92
809996--810054	16	3.1	19	69	20	52	40	3	28	27	1.72
819007--819050	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
823367--824102	88	8.4	88	93	1	1079	28	21	23	25	1.99
828464--828497	4	8.5	4	93	0	59	47	29	0	23	1.52
834369--834448	14	5.5	14	67	14	54	60	1	0	38	1.05
834360--834442	31	2.9	27	80	10	76	60	1	0	38	1.05
843295--843341	24	1.9	25	83	12	62	57	10	10	21	1.62
844401--844732	165	2.0	163	83	4	418	31	16	11	40	1.84
844840--844898	29	2.2	25	80	16	66	49	0	1	49	1.11
854392--854425	16	2.1	16	88	0	50	44	23	5	26	1.76
856716--856772	23	2.5	22	83	13	71	28	0	0	71	0.86
858687--858712	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
861846--861875	4	7.5	4	100	0	60	50	26	0	23	1.50
864018--864287	101	2.6	103	84	4	364	35	16	17	30	1.92
884793--884823	10	3.1	10	95	0	53	9	0	77	12	0.99
884983--885043	23	2.7	23	75	5	63	37	0	6	55	1.26
889185--889214	14	2.1	14	93	0	51	46	30	0	23	1.52
889646--889688	21	2.0	21	95	0	77	58	25	0	16	1.38
915958--915997	21	2.0	21	85	5	55	32	12	10	45	1.75
919250--919462	113	1.9	113	86	2	302	42	18	10	28	1.83
923013--923080	24	2.8	24	75	2	64	44	11	7	36	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
942116--942286	76	2.3	74	89	4	256	13	23	18	45	1.84
942175--942309	72	1.9	72	84	0	180	12	27	17	42	1.85
946486--946637	53	2.9	53	88	0	232	21	20	30	27	1.98
951253--951277	12	2.1	12	100	0	50	56	8	0	36	1.29
951361--951410	24	2.1	24	96	0	91	58	14	14	14	1.65
953114--953171	29	2.0	29	83	6	73	53	22	8	15	1.69
956074--956762	39	18.1	38	84	6	746	11	34	7	46	1.69
956103--956196	30	3.1	30	92	0	143	7	38	9	44	1.65
956169--956762	117	5.1	117	87	0	823	11	34	7	45	1.69
964648--964703	27	2.1	27	100	0	112	10	26	17	44	1.82
968475--968545	32	2.2	32	80	12	83	29	2	9	57	1.45
971372--972404	393	2.6	391	86	4	1442	37	16	15	29	1.90
986967--987425	249	1.8	250	85	3	645	34	21	15	28	1.94
987240--987754	203	2.5	202	80	8	562	31	23	14	29	1.95
994352--994406	26	2.1	26	93	0	92	54	18	14	12	1.71
1004185--1004249	29	2.3	29	75	24	75	64	6	6	23	1.39
1005860--1006354	267	1.8	273	84	5	682	35	16	13	34	1.88
1006827--1006860	12	2.7	13	81	9	52	38	0	0	61	0.96
1010449--1010486	17	2.3	17	81	4	51	23	0	7	68	1.16
1022239--1022295	19	3.1	18	79	5	69	36	10	0	52	1.36
1022247--1022295	18	2.6	19	80	3	64	34	12	0	53	1.39
1022276--1022454	98	1.9	94	88	10	272	48	3	6	41	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1022426--1022484	19	3.2	19	80	4	84	49	0	11	38	1.40
1023003--1023054	27	1.9	27	92	0	86	15	32	21	30	1.94
1023083--1023121	19	2.1	19	85	0	51	5	2	12	79	1.00
1023114--1023176	26	2.4	27	94	2	110	47	1	11	39	1.49
1024818--1024886	30	2.4	27	79	15	75	60	5	1	31	1.29
1027684--1027750	34	1.9	35	87	3	100	34	10	10	44	1.73
1035077--1035120	23	2.0	22	90	4	70	38	2	4	54	1.33
1055159--1055242	41	2.0	41	100	0	168	48	20	7	23	1.74
1063067--1063327	123	2.1	124	85	1	344	46	6	5	41	1.53
1063037--1063350	123	2.5	121	75	8	297	46	7	6	40	1.56
1064052--1064102	26	2.0	26	88	7	77	25	5	3	64	1.33
1065301--1065357	19	3.0	19	73	14	55	66	7	5	21	1.36
1096042--1096100	28	2.1	28	93	0	100	40	3	5	50	1.41
1097099--1097132	17	2.0	17	100	0	68	47	0	23	29	1.52
1102971--1103072	26	3.7	26	73	16	80	19	13	16	50	1.78
1102960--1103073	57	2.0	57	89	0	174	19	14	16	49	1.80
1104427--1104475	24	2.0	24	88	0	71	55	0	2	42	1.11
1105348--1105392	19	2.3	20	81	11	58	55	17	0	26	1.42
1117034--1117093	31	1.9	31	89	0	93	41	11	11	35	1.78
1118073--1118101	13	2.1	14	93	6	51	75	0	0	24	0.80
1120659--1120719	29	2.1	29	84	0	77	47	16	6	29	1.72
1122877--1122916	21	1.9	21	84	0	53	40	22	5	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1126086--1126130	15	3.0	15	93	0	72	0	17	33	48	1.48
1126088--1126128	18	2.3	18	100	0	82	0	14	34	51	1.43
1129866--1129906	21	1.9	22	85	5	57	51	2	2	43	1.28
1134047--1134079	7	4.7	7	88	11	50	30	30	12	27	1.92
1134724--1134765	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
1137761--1137823	6	10.0	6	80	10	56	33	4	0	61	1.17
1137789--1137823	17	2.0	18	88	5	54	28	0	0	71	0.86
1146306--1146352	15	2.8	16	81	12	51	36	0	2	61	1.08
1146305--1146373	30	2.2	32	80	12	81	33	1	1	63	1.12
1147142--1147200	31	1.9	30	82	3	73	49	13	5	32	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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