genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14833817--14833923	54	2.0	54	83	3	135	28	7	26	37	1.83
14835270--14835340	17	4.5	17	71	16	62	52	1	19	26	1.55
14838889--14839030	68	2.1	70	94	2	252	30	9	12	47	1.73
14845003--14845053	17	3.1	17	82	2	50	37	0	1	60	1.08
14846680--14846716	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
14847602--14847627	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
14851466--14851535	34	2.1	34	94	0	122	20	34	2	42	1.66
14852307--14852347	21	1.9	22	85	14	59	36	4	9	48	1.58
14854648--14854686	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
14854912--14855033	23	5.3	23	87	0	190	21	20	26	31	1.98
14860155--14860205	26	2.0	25	92	3	84	37	11	19	31	1.88
14861955--14862127	25	7.0	25	86	3	181	31	21	23	23	1.98
14863119--14863367	76	3.4	74	78	11	249	40	9	6	44	1.61
14869813--14869853	16	2.6	16	96	0	73	46	17	2	34	1.61
14870531--14870562	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
14874082--14874112	5	6.2	5	92	0	53	74	0	25	0	0.82
14880106--14880139	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
14883944--14884168	51	4.4	51	77	5	197	30	26	17	26	1.97
14885000--14885141	71	2.0	71	100	0	284	30	21	22	25	1.98
14896767--14897017	40	6.3	40	85	0	277	44	25	16	13	1.85
14898000--14898027	10	2.8	10	100	0	56	64	0	14	21	1.29
14898313--14898652	168	2.0	169	85	6	456	38	18	9	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14900314--14900380	28	2.4	28	92	0	116	29	23	22	23	1.99
14900774--14901049	27	10.2	26	80	7	268	19	21	16	42	1.89
14900774--14901049	54	5.1	53	80	6	306	19	21	16	42	1.89
14900773--14901049	81	3.4	79	81	8	317	19	21	16	42	1.89
14921607--14921919	27	11.3	27	76	9	245	19	18	18	43	1.88
14921627--14921702	36	2.1	36	82	4	91	17	17	18	47	1.83
14921662--14921919	81	3.2	81	85	3	331	18	18	18	44	1.87
14924211--14924402	30	6.4	30	76	11	137	38	13	27	21	1.90
14924208--14924402	60	3.3	61	73	8	195	38	12	27	21	1.90
14924241--14924410	90	1.9	90	84	4	227	37	12	27	22	1.91
14924241--14924429	90	2.1	90	82	5	222	37	12	26	23	1.91
14927685--14927709	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
14932011--14932063	21	2.5	21	84	0	61	11	13	32	43	1.79
14938127--14939024	447	2.0	447	94	0	1589	31	14	22	31	1.94
14950481--14950549	24	2.9	24	84	4	95	49	8	4	37	1.54
14972099--14972149	27	1.9	26	92	4	84	35	3	5	54	1.43
14973931--14974280	124	2.8	124	86	2	506	30	15	21	32	1.94
14977289--14977532	116	2.1	116	93	1	409	43	6	9	40	1.63
14977526--14978229	23	31.1	22	76	13	568	26	0	24	48	1.57
14977535--14978182	45	14.3	45	79	8	642	26	0	25	47	1.57
14977535--14978232	91	7.7	91	84	5	823	26	0	24	47	1.57
14978106--14978246	45	3.1	45	80	12	128	25	0	26	48	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14978275--14978322	25	1.9	25	100	0	96	39	14	0	45	1.45
14978755--14978790	18	2.0	18	94	0	63	38	8	27	25	1.84
14979441--14979465	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
14980567--14980609	11	3.8	12	81	6	54	58	0	0	41	0.98
14980616--14980666	11	4.6	11	92	0	84	49	7	23	19	1.74
14980675--14980704	11	2.7	11	94	0	51	53	3	26	16	1.59
14989122--14989151	12	2.4	13	88	11	53	46	0	0	53	1.00
14995130--14995268	57	2.3	59	86	9	185	31	21	25	21	1.98
15003753--15003817	24	2.5	26	74	18	64	41	10	6	41	1.65
15005019--15005063	22	2.1	21	87	4	63	13	17	26	42	1.86
15005133--15005446	43	7.3	43	90	0	450	27	31	18	22	1.97
15010434--15010518	39	2.2	39	86	0	116	21	21	18	38	1.93
15010919--15010947	8	3.8	8	90	9	51	37	48	0	13	1.43
15010928--15010968	21	1.9	22	85	5	57	39	39	0	21	1.54
15011155--15011193	16	2.4	17	95	4	71	46	0	0	53	1.00
15011304--15011371	21	3.2	20	76	17	66	35	41	0	23	1.55
15011379--15011467	7	12.6	7	73	2	61	47	29	1	22	1.59
15011378--15011525	21	7.0	21	71	6	82	47	27	1	24	1.60
15011781--15011826	20	2.4	20	82	7	51	63	4	4	28	1.33
15011833--15011941	41	2.7	41	91	2	175	30	30	21	18	1.97
15013573--15013645	30	2.4	30	95	0	128	17	42	30	9	1.81
15026153--15026601	44	10.2	44	63	10	155	31	19	22	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15026088--15026651	132	4.3	132	92	0	939	31	20	23	25	1.98
15033848--15033873	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
15044773--15044828	22	2.4	23	77	14	62	55	3	3	37	1.35
15044773--15044828	24	2.4	24	76	5	62	55	3	3	37	1.35
15044939--15044979	21	2.0	21	85	0	55	56	4	7	31	1.48
15046097--15046138	17	2.5	17	88	0	57	2	16	38	42	1.61
15056270--15056303	17	1.9	17	88	5	50	85	0	2	11	0.71
15060529--15060562	12	2.8	12	90	4	50	55	32	0	11	1.36
15062264--15062305	19	2.3	19	87	4	59	33	19	7	40	1.78
15066039--15066077	17	2.2	18	90	4	62	2	17	0	79	0.84
15066065--15066128	26	2.5	26	77	10	60	20	9	6	64	1.45
15067612--15067646	12	2.9	12	82	0	52	45	0	34	20	1.51
15070403--15070441	17	2.3	16	83	12	51	2	17	0	79	0.84
15076141--15076167	12	2.2	12	100	0	54	37	0	29	33	1.58
15081157--15081209	27	2.0	27	84	0	70	35	20	16	26	1.94
15084734--15084784	10	5.1	10	76	9	59	84	0	11	3	0.75
15089642--15089688	11	4.3	11	78	5	51	48	0	10	40	1.38
15093067--15093236	22	7.7	22	73	6	85	16	22	17	43	1.87
15093086--15093192	44	2.4	44	87	0	151	15	24	17	42	1.89
15093087--15093205	44	2.7	44	85	2	150	16	23	16	42	1.88
15096389--15096574	50	3.7	50	77	2	151	29	23	25	22	1.99
15102850--15102892	21	2.0	21	95	0	77	32	6	18	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15108513--15108537	3	8.3	3	100	0	50	0	0	64	36	0.94
15111166--15111195	13	2.4	12	89	10	51	50	3	0	46	1.18
15111151--15111215	30	2.2	30	83	5	78	49	3	0	47	1.17
15111706--15111738	14	2.4	14	90	10	50	27	0	9	63	1.24
15115303--15115357	27	2.0	27	96	0	101	49	20	7	23	1.74
15120902--15120994	48	1.9	48	86	4	134	38	25	16	19	1.92
15122154--15122183	15	2.0	15	93	0	51	76	0	10	13	1.01
15128211--15128250	21	1.9	21	85	10	55	47	20	7	25	1.75
15133683--15133950	40	6.6	40	83	8	274	26	27	20	25	1.99
15133724--15133855	46	3.0	46	91	6	204	25	28	19	25	1.99
15133685--15133911	125	1.8	125	84	3	314	25	28	20	25	1.99
15141282--15141549	40	6.6	40	83	8	274	26	27	20	25	1.99
15141323--15141454	46	3.0	46	91	6	204	25	28	19	25	1.99
15141284--15141510	125	1.8	125	84	3	314	25	28	20	25	1.99
15156924--15157227	60	5.1	59	81	5	283	27	25	11	35	1.91
15157044--15157200	31	5.2	31	65	14	103	26	26	11	35	1.91
15156924--15157227	121	2.5	120	81	5	353	27	25	11	35	1.91
15157051--15157148	29	3.2	32	66	16	89	23	27	10	38	1.87
15157071--15157167	29	3.3	29	67	16	81	26	27	10	35	1.89
15157347--15157444	50	2.0	50	89	0	151	26	27	13	32	1.93
15161038--15161083	23	2.0	23	100	0	92	30	4	26	39	1.75
15165009--15165184	56	3.1	56	98	0	334	44	9	23	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15166313--15166537	40	5.7	40	84	5	278	24	21	27	25	1.99
15173008--15173183	56	3.1	56	96	0	325	45	9	23	22	1.80
15174311--15174535	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
15175908--15175976	24	2.9	24	82	4	86	47	5	8	37	1.58
15177389--15178624	218	5.7	218	90	1	1852	27	25	19	28	1.99
15177889--15178002	45	2.6	44	76	6	113	28	27	21	23	1.99
15178286--15178372	44	2.0	44	81	4	104	29	22	18	28	1.97
15178331--15178439	46	2.4	46	79	8	125	31	25	18	24	1.98
15180917--15180989	7	10.3	7	73	12	51	8	9	1	80	0.95
15180912--15181011	13	7.9	12	73	16	60	8	9	3	80	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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