genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24440268--24440659	51	7.8	50	78	7	320	28	25	15	29	1.96
24443108--24443140	17	2.1	17	88	11	52	42	0	24	33	1.55
24443431--24443727	46	6.5	46	88	3	422	42	13	20	23	1.87
24443431--24443727	91	3.3	91	87	4	438	42	13	20	23	1.87
24443431--24443727	137	2.2	136	87	3	427	42	13	20	23	1.87
24448265--24448315	21	2.5	20	83	6	57	70	13	1	13	1.25
24454547--24454776	40	5.8	40	86	2	264	20	28	15	35	1.94
24454549--24454784	80	3.0	80	83	1	294	21	28	15	34	1.94
24459998--24460046	24	2.0	24	84	0	62	44	22	6	26	1.76
24460067--24460303	27	8.8	27	80	7	209	22	17	17	42	1.89
24460092--24460303	81	2.6	81	83	1	273	22	16	17	42	1.88
24460092--24460304	27	7.9	27	79	10	213	23	16	17	42	1.88
24461794--24461847	25	2.2	25	86	0	72	20	46	11	22	1.82
24465075--24465195	40	3.0	40	82	0	152	20	31	16	31	1.95
24473833--24474073	50	4.7	50	83	3	275	26	22	30	20	1.98
24473886--24474070	100	1.8	101	91	1	309	27	23	30	18	1.98
24476623--24476669	22	2.1	22	96	0	85	31	10	19	38	1.86
24477332--24477377	21	2.2	21	88	0	65	34	8	4	52	1.52
24486658--24486870	6	35.5	6	73	7	74	28	7	1	61	1.33
24486718--24486758	15	2.7	16	81	11	59	31	9	0	58	1.31
24486799--24486874	30	2.5	30	84	0	98	26	9	0	64	1.23
24486987--24487026	12	3.6	11	90	9	64	10	2	5	82	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24488921--24489002	25	3.3	25	83	6	103	17	43	12	26	1.84
24489129--24489178	22	2.4	22	86	6	68	22	2	12	64	1.37
24491272--24491554	72	4.0	71	79	5	266	34	5	12	48	1.63
24492036--24492063	13	2.2	13	100	0	56	57	7	0	35	1.26
24493449--24493542	46	2.0	46	97	0	179	39	17	20	23	1.92
24498223--24498356	66	2.0	66	82	2	162	44	18	22	14	1.85
24505002--24505082	20	4.0	20	71	18	60	11	28	18	41	1.84
24507836--24507869	15	2.3	15	94	0	59	32	26	11	29	1.92
24514490--24514519	15	2.0	15	93	0	51	50	6	0	43	1.28
24537692--24537916	40	5.7	40	86	4	258	25	20	27	26	1.99
24545184--24545441	80	3.3	78	81	4	268	26	20	27	24	1.99
24545184--24545406	40	5.6	40	87	3	245	25	21	27	25	1.99
24554424--24554465	22	1.9	22	95	0	75	30	9	14	45	1.77
24558434--24558477	21	2.1	21	87	4	63	20	40	13	25	1.89
24567161--24567205	23	2.0	23	95	0	81	55	4	15	24	1.59
24568244--24568292	21	2.3	21	79	6	55	61	4	20	14	1.49
24572338--24572579	27	9.0	27	81	6	258	41	19	20	18	1.91
24572338--24572578	81	3.0	81	83	6	301	41	19	20	18	1.91
24572758--24572855	26	3.8	26	86	0	115	14	23	24	37	1.92
24575631--24575781	42	3.6	42	84	0	203	21	22	34	21	1.97
24582826--24582869	21	2.1	21	95	0	79	31	2	36	29	1.70
24582837--24582869	11	3.1	11	82	8	50	33	0	36	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24583945--24583986	10	4.3	10	78	6	50	28	9	23	38	1.86
24587008--24587061	17	3.2	16	76	10	54	7	12	3	75	1.14
24589259--24589298	11	3.3	12	86	10	55	10	7	5	77	1.11
24589252--24589286	17	2.0	17	88	5	52	14	8	2	74	1.17
24589277--24589312	18	2.0	18	94	0	63	13	5	8	72	1.27
24589622--24589665	21	2.1	21	91	0	70	31	2	34	31	1.70
24614053--24614111	23	2.5	24	83	5	77	38	30	0	30	1.57
24615499--24615545	25	1.9	24	91	4	76	51	12	17	19	1.77
24621140--24621178	20	1.9	21	84	5	53	35	17	25	20	1.95
24621920--24621981	28	2.2	28	88	5	90	45	9	12	32	1.75
24623513--24623551	10	3.7	11	86	10	55	30	25	12	30	1.93
24623513--24623551	21	1.9	20	89	5	60	30	25	12	30	1.93
24623513--24623557	20	2.2	20	84	7	56	31	26	13	28	1.94
24629240--24629270	15	2.1	15	93	0	53	35	19	9	35	1.85
24635283--24635348	28	2.4	28	87	5	91	53	12	9	25	1.67
24637392--24637466	17	4.2	17	67	12	51	68	5	18	8	1.35
24642335--24642397	24	2.5	23	80	14	63	6	22	1	69	1.19
24642358--24642405	17	2.5	19	77	19	55	2	22	2	72	1.05
24643270--24643294	11	2.3	11	100	0	50	20	12	8	60	1.57
24656101--24656377	40	6.9	40	91	0	446	23	28	21	26	1.99
24664444--24664618	19	9.0	19	63	11	59	36	15	29	18	1.92
24664445--24664682	78	3.1	77	79	4	280	33	15	31	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24664427--24664682	39	6.5	39	81	0	242	33	14	31	19	1.93
24692841--24692866	10	2.6	10	100	0	52	0	11	0	88	0.52
24697151--24697208	30	1.9	30	86	6	82	44	5	17	32	1.70
24697498--24697995	51	9.7	50	73	10	212	28	15	26	29	1.96
24697494--24697983	102	4.8	103	84	7	475	28	15	26	29	1.96
24697589--24697807	110	2.0	110	99	0	429	26	15	28	29	1.96
24697706--24697989	49	5.7	49	82	5	320	29	16	25	28	1.96
24704922--24704978	30	1.9	30	85	7	80	43	7	17	31	1.76
24705264--24705606	102	3.4	102	80	7	344	27	16	25	30	1.96
24705264--24705600	51	6.7	51	75	10	248	27	16	26	30	1.96
24708180--24708451	136	2.0	138	93	1	467	39	8	6	45	1.62
24710663--24710840	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
24710664--24710819	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24710660--24710840	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
24718849--24719026	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
24718850--24719005	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24718846--24719026	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
24721982--24722012	13	2.4	13	94	0	53	45	12	6	35	1.68
24722742--24722774	15	2.1	17	88	11	52	39	21	6	33	1.78
24725197--24725250	27	2.0	27	82	7	65	51	9	7	31	1.61
24731116--24731231	39	3.0	39	85	2	153	36	9	12	41	1.76
24735077--24735299	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24735231--24735308	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
24740295--24740334	19	2.0	20	85	4	55	40	10	32	17	1.83
24746579--24746674	39	2.5	39	85	0	129	37	9	8	44	1.67
24748036--24748225	41	4.6	40	79	6	200	23	16	25	34	1.95
24748076--24748237	84	1.9	85	97	1	308	21	17	24	35	1.95
24748081--24748273	41	4.6	43	81	9	227	20	18	25	35	1.95
24752962--24753070	57	1.9	58	90	1	175	28	27	19	24	1.98
24753282--24753708	40	10.7	40	92	1	680	24	28	23	23	1.99
24755933--24756399	47	9.6	47	85	8	603	28	29	9	32	1.88
24755983--24756061	25	3.3	25	63	10	65	31	30	6	31	1.82
24755933--24756399	96	4.8	96	87	7	672	28	29	9	32	1.88
24756159--24756366	108	1.9	108	100	0	416	28	29	10	31	1.90
24755945--24756399	204	2.3	203	89	6	659	29	29	9	32	1.88
24765278--24765319	20	2.1	20	86	0	57	19	28	16	35	1.93
24769431--24769479	20	2.4	22	80	16	61	53	16	6	24	1.66
24774183--24774242	28	2.2	27	84	3	75	53	16	5	25	1.63
24780869--24780938	28	2.6	28	82	13	92	51	11	10	27	1.69
24787870--24787928	18	3.1	18	78	7	64	8	18	0	72	1.09
24787892--24787937	21	2.2	21	84	0	56	10	26	0	63	1.27
24787867--24787942	33	2.5	30	76	14	82	9	23	0	67	1.20
24788005--24788042	15	2.5	15	83	8	51	13	18	0	68	1.21
24795553--24795636	22	3.6	23	75	17	66	64	1	27	7	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24795580--24795640	24	2.5	24	76	19	65	65	0	26	8	1.20
24795616--24795657	18	2.4	17	81	14	50	61	0	30	7	1.22
24795621--24795657	18	2.0	19	89	5	58	59	0	32	8	1.27
24803481--24803531	15	3.5	15	84	10	61	74	1	19	3	1.07
24811293--24811339	20	2.4	19	86	10	60	31	17	27	23	1.96
24833314--24833388	24	3.2	24	68	24	70	41	14	14	29	1.86
24836548--24836577	15	1.9	16	93	6	53	80	3	16	0	0.85
24836602--24836633	15	2.1	16	94	5	57	71	0	21	6	1.07
24836548--24836648	51	2.0	52	80	5	116	65	2	24	6	1.32
24839089--24839142	20	2.7	20	82	0	63	31	5	11	51	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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