genome.fa.s90.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167915.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_18, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20765110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8366128--8366237	30	3.6	31	79	9	102	40	6	0	51	1.33
8366142--8366234	30	3.0	31	84	4	109	38	6	0	54	1.26
8366306--8366362	29	2.0	29	82	6	71	56	0	3	40	1.17
8370551--8370583	16	2.1	16	100	0	66	45	0	12	42	1.41
8373347--8373371	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8381340--8381372	16	2.0	17	88	5	50	12	27	33	27	1.92
8383865--8383901	19	1.9	19	89	10	58	2	21	0	75	0.92
8383679--8383976	152	1.9	156	89	2	460	15	34	8	41	1.77
8385211--8385281	28	2.5	26	74	14	61	47	4	7	40	1.50
8386960--8387002	18	2.4	18	88	7	61	34	13	0	51	1.42
8388458--8388503	25	1.9	25	86	8	69	41	0	10	47	1.38
8391952--8391983	15	2.1	16	94	5	57	53	6	0	40	1.26
8392965--8393000	18	2.1	18	89	5	56	30	0	2	66	1.06
8397057--8397114	20	2.9	21	76	23	70	39	0	0	60	0.97
8397065--8397118	20	2.8	20	81	18	71	38	0	0	61	0.96
8397073--8397127	27	2.0	28	89	3	85	41	0	0	58	0.98
8398030--8398078	23	2.2	21	85	7	62	38	2	0	59	1.09
8400314--8400443	66	2.0	65	95	1	233	28	7	20	43	1.79
8404048--8404087	20	2.0	21	90	5	64	52	5	0	42	1.23
8411923--8411992	32	2.2	33	84	2	88	42	4	1	51	1.30
8412567--8412635	34	2.0	34	86	5	95	46	4	4	44	1.43
8422853--8422938	43	2.0	43	97	0	163	38	30	9	22	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8426135--8426165	8	4.0	8	95	4	55	35	0	0	64	0.94
8426317--8426388	34	2.1	34	89	0	108	36	8	9	45	1.67
8432504--8432602	34	2.9	34	72	1	90	36	19	14	30	1.91
8433506--8433543	14	2.6	15	83	8	51	63	18	0	18	1.32
8433766--8433826	26	2.3	25	77	22	63	8	0	16	75	1.03
8436421--8436600	8	21.5	8	68	15	80	46	27	2	24	1.64
8436426--8436547	42	2.9	42	78	8	115	47	26	2	23	1.64
8436493--8436601	16	6.4	18	77	10	97	46	28	0	23	1.58
8436490--8436601	51	2.2	50	82	7	129	45	30	0	23	1.59
8436510--8436619	9	12.7	9	75	11	52	45	33	0	20	1.57
8438343--8438382	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
8438440--8438484	23	2.0	23	81	0	54	31	0	2	66	1.04
8438470--8438564	29	3.1	29	72	19	102	35	5	10	48	1.60
8438485--8438531	16	2.7	18	77	12	53	38	6	10	44	1.65
8438487--8438590	34	3.2	34	72	18	121	35	6	11	46	1.67
8438473--8438603	63	2.1	63	97	0	244	36	6	11	45	1.65
8438473--8438559	19	4.3	19	65	21	59	36	5	11	45	1.64
8442212--8442512	151	2.0	150	89	3	457	43	18	12	25	1.85
8443096--8443145	25	2.1	24	82	14	59	32	4	0	64	1.12
8446076--8446118	22	2.0	22	86	9	61	48	0	0	51	1.00
8447072--8447115	19	2.3	19	88	7	63	59	2	0	38	1.10
8448073--8448131	11	5.1	11	74	11	55	66	1	5	27	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8448172--8448241	31	2.2	32	82	12	83	50	1	1	47	1.19
8449009--8449064	10	5.4	10	74	16	51	67	0	0	32	0.91
8448989--8449064	40	1.9	40	86	5	109	67	0	0	32	0.91
8449003--8449049	22	2.0	24	84	8	62	68	0	0	31	0.90
8448989--8449059	20	3.6	20	75	22	69	67	0	0	32	0.91
8449569--8449605	19	2.0	18	89	5	56	29	0	2	67	1.04
8451933--8452009	32	2.4	32	86	2	102	48	12	7	31	1.70
8452770--8453297	264	2.0	260	87	5	769	44	4	6	43	1.51
8454341--8454497	80	2.0	81	93	3	273	42	3	14	38	1.64
8454762--8454812	21	2.4	22	87	9	70	68	0	1	29	1.00
8460094--8460122	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8467065--8467111	17	2.7	17	83	9	51	34	0	0	65	0.93
8469442--8469466	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8470838--8470899	32	1.9	33	81	15	76	54	8	6	30	1.55
8473028--8473106	39	2.0	39	90	0	122	36	16	15	31	1.90
8475182--8476032	424	2.0	424	97	0	1596	39	7	10	42	1.68
8480651--8480776	50	2.5	52	87	5	177	39	2	11	46	1.52
8481434--8481464	16	1.9	16	93	0	53	54	6	16	22	1.64
8487658--8487741	43	2.0	43	97	0	159	58	10	16	14	1.63
8489780--8489823	17	2.5	19	78	14	58	75	0	2	22	0.92
8490323--8490364	21	1.9	21	90	9	66	64	0	2	33	1.07
8499973--8500020	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8503781--8503815	18	1.9	18	94	0	61	31	17	17	34	1.93
8504309--8504393	34	2.4	34	74	5	89	27	9	21	42	1.83
8504431--8504512	36	2.3	36	81	4	96	20	18	12	48	1.79
8504517--8504683	58	2.8	58	73	12	153	25	13	19	41	1.87
8504486--8504669	58	3.2	56	72	11	151	24	13	21	40	1.89
8504487--8504700	117	1.9	114	82	8	272	25	14	19	40	1.89
8504811--8504955	68	2.1	69	87	5	204	26	11	17	44	1.83
8504826--8505013	35	5.5	33	82	5	187	29	9	17	43	1.81
8504830--8505014	68	2.7	69	82	6	200	29	9	17	43	1.81
8505102--8505452	35	10.2	35	75	5	207	29	12	15	42	1.83
8505170--8505492	33	9.5	33	71	9	114	31	12	13	42	1.82
8505110--8505415	139	2.2	138	81	2	364	28	13	16	41	1.85
8505239--8505481	102	2.4	102	81	4	285	32	11	13	42	1.80
8507068--8507119	19	2.7	20	85	8	63	71	0	28	0	0.87
8508563--8508760	82	2.4	82	88	0	308	30	7	27	34	1.85
8511227--8511264	16	2.4	16	86	4	51	57	0	2	39	1.12
8511256--8511315	27	2.3	27	88	2	86	55	0	0	45	0.99
8511260--8511318	19	3.1	19	79	11	59	49	0	0	50	1.00
8511244--8511351	37	3.0	36	73	21	86	50	0	0	49	1.00
8531984--8532055	30	2.3	32	74	9	78	47	0	0	52	1.00
8538322--8538400	36	2.2	36	86	6	115	22	56	5	15	1.58
8538542--8538928	193	2.0	192	91	0	630	40	19	13	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8544920--8545016	48	2.0	48	82	5	117	51	5	2	41	1.36
8545617--8545642	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
8546823--8546855	15	2.2	15	94	0	57	45	18	6	30	1.73
8551341--8551396	28	2.0	28	100	0	112	39	7	21	32	1.80
8554239--8554279	20	2.1	20	90	4	66	46	2	0	51	1.14
8554237--8554282	19	2.4	18	82	10	65	45	2	0	52	1.13
8554279--8554307	8	3.8	8	90	9	51	62	0	0	37	0.96
8561326--8561378	23	2.3	23	75	9	56	52	1	0	45	1.11
8569816--8569893	37	2.1	37	81	9	88	55	7	1	35	1.37
8570698--8570740	20	2.1	21	91	4	70	79	2	4	13	1.00
8570888--8570931	2	22.0	2	80	0	52	43	2	6	47	1.42
8571728--8571761	16	2.0	18	88	11	54	55	0	0	44	0.99
8577377--8577426	16	3.0	16	78	18	57	34	4	0	62	1.14
8581464--8581507	20	2.2	20	83	0	52	15	13	4	65	1.41
8585614--8585724	33	3.4	33	78	8	102	41	4	11	42	1.62
8590775--8590823	22	2.2	23	85	10	66	59	2	2	36	1.21
8592196--8592242	25	1.9	24	86	4	67	53	10	17	19	1.72
8592384--8592427	22	2.0	22	90	0	70	45	13	9	31	1.75
8592425--8592449	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8596455--8596499	22	2.0	22	91	0	72	42	6	11	40	1.67
8598600--8598643	20	2.2	20	100	0	88	18	27	38	15	1.91
8598600--8598649	20	2.6	19	93	6	75	18	26	38	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8600247--8600280	2	17.0	2	93	0	59	0	47	2	50	1.16
8600491--8600541	16	3.2	16	85	0	75	0	31	17	50	1.46
8600487--8600543	8	7.1	8	83	0	51	0	31	17	50	1.46
8600487--8600533	4	11.8	4	90	0	67	0	27	21	51	1.48
8600994--8601050	30	1.9	30	96	0	105	29	14	8	47	1.74
8626405--8626435	16	1.9	16	93	0	53	12	0	6	80	0.89
8626449--8626476	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
8626524--8626586	19	3.6	18	79	14	69	79	1	7	11	1.00
8626529--8626588	22	2.8	21	76	16	68	81	0	8	10	0.87
8626529--8626585	18	3.4	17	74	13	55	80	0	8	10	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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