genome.fa.s90.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167915.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_18, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20765110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8626529--8626588	10	5.5	10	73	24	50	81	0	8	10	0.87
8633204--8633245	17	2.4	18	88	4	59	11	7	2	78	1.04
8633980--8634032	23	2.2	23	83	6	61	7	9	5	77	1.12
8634484--8634518	18	1.9	18	88	0	52	17	5	0	77	0.96
8634479--8634531	27	2.0	27	84	0	70	20	7	1	69	1.22
8639155--8639188	17	2.0	17	88	0	50	23	0	2	73	0.97
8641137--8641217	31	2.5	31	82	6	99	14	25	18	40	1.89
8645020--8645454	214	2.0	215	93	2	743	28	8	14	48	1.74
8650737--8650771	11	3.3	10	88	11	52	20	0	2	77	0.90
8650727--8650769	22	2.0	22	85	0	59	18	4	2	74	1.10
8650739--8650772	15	2.3	15	90	10	52	23	0	2	73	0.97
8651403--8651476	34	2.1	35	81	13	91	39	0	2	58	1.13
8652838--8652868	16	1.9	16	93	0	53	45	22	9	22	1.81
8655224--8655664	147	3.0	146	93	1	735	41	9	10	38	1.72
8656703--8656732	14	2.1	14	100	0	60	36	0	0	63	0.95
8659341--8660182	159	5.2	159	74	10	584	41	9	15	32	1.80
8659778--8660182	155	2.5	161	80	7	432	40	9	18	32	1.82
8660930--8660997	29	2.2	32	79	10	79	38	0	1	60	1.06
8663415--8663490	24	3.2	21	74	18	62	48	2	0	48	1.15
8683074--8683100	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
8688307--8688452	73	2.0	73	88	5	215	31	18	30	19	1.96
8690238--8690290	27	1.9	28	88	3	81	30	5	3	60	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8690738--8690771	16	2.2	16	89	5	52	79	0	2	17	0.86
8690738--8690775	16	2.4	16	86	8	51	76	0	2	21	0.91
8694103--8694147	22	2.0	22	95	0	81	42	15	13	28	1.85
8695259--8695684	57	7.3	58	80	11	428	45	4	11	38	1.60
8695257--8695684	174	2.4	174	83	10	518	45	4	10	39	1.60
8695293--8695688	116	3.4	115	79	10	439	45	4	11	37	1.61
8696509--8696959	235	1.9	237	82	3	570	31	11	5	51	1.61
8696510--8697080	235	2.4	233	78	7	532	31	11	5	52	1.59
8697559--8697596	16	2.3	18	82	17	55	73	7	0	18	1.06
8697580--8697646	20	3.4	19	70	13	55	56	4	4	34	1.39
8697582--8697646	19	3.2	21	72	10	55	58	4	4	32	1.39
8697582--8697698	39	3.1	37	80	6	119	58	3	5	32	1.36
8697591--8697683	20	4.8	20	67	13	52	54	3	6	35	1.42
8697709--8697754	20	2.3	20	88	3	67	69	2	4	23	1.17
8697853--8697909	18	3.1	18	76	2	60	43	1	1	52	1.21
8697852--8697906	19	2.9	18	76	7	56	43	1	1	52	1.22
8697960--8698029	21	3.2	21	76	8	59	25	1	5	67	1.21
8698659--8699421	235	3.2	231	77	9	695	33	9	6	50	1.60
8698577--8699421	237	3.6	237	75	10	727	32	9	6	51	1.60
8701551--8701592	2	21.5	2	90	4	68	50	2	0	47	1.14
8702516--8702561	23	2.0	23	100	0	92	60	0	8	30	1.26
8702520--8702559	12	3.4	12	86	6	64	62	0	7	30	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8704433--8704459	13	2.1	13	100	0	54	44	14	11	29	1.80
8724059--8724093	2	17.5	2	93	0	61	54	0	0	45	0.99
8735923--8737134	404	3.0	404	89	2	1851	34	14	19	30	1.92
8747309--8747438	36	3.7	35	81	6	113	25	12	18	43	1.85
8747583--8747666	36	2.3	36	77	0	87	29	14	14	41	1.85
8747904--8747945	9	4.6	9	88	11	59	88	9	2	0	0.61
8747899--8747945	10	4.7	10	84	7	60	87	10	2	0	0.63
8747904--8747945	19	2.3	18	88	12	59	88	9	2	0	0.61
8748200--8748256	23	2.4	25	85	11	84	12	17	0	70	1.17
8749534--8749584	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
8749534--8749592	9	6.8	8	96	1	64	32	0	1	66	1.02
8750487--8750538	3	17.3	3	100	0	104	65	0	0	34	0.93
8759371--8759410	19	2.1	19	90	0	62	75	5	2	17	1.10
8762517--8762588	25	2.8	26	77	12	76	69	0	8	22	1.15
8762842--8762885	19	2.3	19	80	7	54	4	4	9	81	0.96
8762914--8763049	39	3.4	38	68	7	101	45	16	11	26	1.81
8763226--8763572	103	3.1	112	75	15	312	29	15	11	43	1.82
8763226--8763439	115	1.9	113	84	6	290	31	16	9	42	1.79
8764894--8765168	79	3.5	78	85	3	361	30	20	12	36	1.89
8764894--8765180	80	3.6	78	85	4	369	30	20	11	36	1.89
8766887--8766924	16	2.4	16	82	4	51	18	26	2	52	1.58
8768358--8768605	44	5.8	44	81	8	289	53	10	13	22	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8768360--8768605	127	1.9	127	88	4	370	53	10	13	22	1.70
8772257--8772293	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
8772370--8772410	20	2.1	19	86	13	57	31	0	0	68	0.90
8773851--8773908	19	3.0	20	80	12	68	31	5	6	56	1.47
8778323--8778354	11	2.8	11	95	4	55	62	0	0	37	0.95
8778484--8778552	35	2.0	35	88	2	104	33	4	7	55	1.47
8781442--8781509	26	2.6	25	80	17	68	35	1	2	60	1.21
8781469--8781522	16	3.2	17	87	12	76	29	3	0	66	1.09
8783122--8783247	31	4.1	31	72	15	109	19	4	26	49	1.68
8783122--8783239	15	7.7	16	72	12	70	20	5	25	49	1.69
8783122--8783256	23	5.9	23	71	11	80	20	5	25	48	1.70
8783122--8783256	46	2.9	46	78	6	148	20	5	25	48	1.70
8783851--8783914	3	21.3	3	100	0	128	34	0	0	65	0.93
8785894--8785948	5	10.8	5	84	13	60	3	0	12	83	0.77
8785894--8785955	15	4.1	15	79	6	63	3	0	14	82	0.80
8786580--8786643	22	2.9	22	78	0	65	23	23	25	28	2.00
8786680--8786765	29	3.0	29	80	0	91	20	13	25	39	1.90
8786754--8786815	22	2.7	23	77	2	72	24	14	27	33	1.94
8786825--8786867	22	2.0	22	90	0	68	23	11	25	39	1.88
8789170--8789230	19	3.2	19	78	15	56	3	11	6	78	1.05
8789170--8789220	23	2.4	21	72	15	50	0	11	7	80	0.90
8792225--8792262	20	1.9	20	88	0	58	60	5	13	21	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8795466--8795511	24	1.9	24	82	8	58	26	8	6	58	1.52
8796776--8796819	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
8799750--8799790	20	2.0	20	86	9	57	26	2	0	70	0.99
8800093--8800117	13	1.9	13	100	0	50	32	4	0	64	1.12
8800160--8800645	245	2.0	245	97	0	909	32	10	11	45	1.73
8800588--8800632	21	2.1	21	95	0	81	40	11	15	33	1.83
8804875--8804929	17	3.0	19	76	15	62	5	0	16	78	0.93
8805134--8805230	49	2.0	49	87	4	142	36	17	15	30	1.91
8814050--8814081	12	2.7	12	95	0	55	34	6	18	40	1.76
8815310--8815355	23	2.0	23	91	0	74	26	34	10	28	1.90
8818387--8818441	19	2.8	21	86	10	73	72	3	0	23	1.00
8818372--8818428	17	3.6	17	72	18	68	68	5	0	26	1.11
8818367--8818441	10	7.4	10	73	11	55	72	4	0	24	1.02
8818372--8818441	30	2.3	29	87	4	95	71	4	0	24	1.04
8825629--8825810	88	2.1	86	80	6	197	52	10	19	17	1.74
8827007--8827071	29	2.1	31	83	11	80	63	4	0	32	1.15
8827462--8827503	21	1.9	23	85	9	61	35	54	4	4	1.42
8828853--8828897	22	2.0	22	87	8	65	66	4	8	20	1.36
8829052--8829106	16	3.6	16	73	16	53	67	5	1	25	1.22
8829075--8829106	17	1.9	16	93	6	55	71	6	0	21	1.07
8829053--8829121	29	2.4	27	81	13	75	69	4	1	24	1.15
8831019--8831121	38	2.9	36	78	8	102	38	21	5	33	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8835170--8835199	15	2.0	15	93	0	51	83	3	0	13	0.77
8836304--8836346	21	2.0	22	90	4	70	81	4	13	0	0.84
8837578--8837636	26	2.3	26	81	0	73	35	18	16	28	1.93
8837957--8838049	22	4.2	22	77	0	105	31	31	18	19	1.96
8837957--8838049	44	2.1	44	86	4	125	31	31	18	19	1.96
8837957--8838068	44	2.5	43	80	8	109	32	31	17	18	1.95
8838253--8838458	104	2.0	103	85	8	285	40	15	12	32	1.84
8838425--8838466	22	1.9	22	90	9	68	40	26	9	23	1.85
8838434--8838499	22	3.0	22	80	10	73	37	25	10	25	1.88
8838325--8838770	148	3.0	148	80	7	496	37	17	13	31	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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