genome.fa.s90.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167915.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_18, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20765110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2419024--2419091	31	2.2	29	85	12	84	48	0	1	50	1.10
2419134--2419178	23	2.0	23	86	0	63	26	2	0	71	0.98
2419141--2419185	17	2.7	16	80	10	54	26	2	0	71	0.98
2419141--2419183	11	3.8	11	78	6	50	25	2	0	72	0.97
2419412--2419446	18	1.9	18	88	0	52	45	0	0	54	0.99
2419659--2419697	21	1.9	21	89	5	62	61	0	0	38	0.96
2430265--2430319	24	2.3	24	84	6	67	38	29	3	29	1.74
2435719--2435753	2	17.5	2	93	0	61	48	0	51	0	1.00
2437960--2437988	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
2439027--2439137	54	2.1	54	98	0	213	36	7	4	51	1.50
2443835--2443887	19	2.7	19	85	2	61	50	1	0	47	1.12
2445384--2445413	5	5.8	5	92	7	51	40	20	0	40	1.52
2445384--2445413	11	2.9	10	90	9	51	40	20	0	40	1.52
2446340--2446400	2	31.0	2	86	3	79	0	42	0	57	0.98
2447692--2447721	15	2.0	15	100	0	60	13	6	26	53	1.64
2452287--2452336	19	2.6	20	93	6	86	50	0	0	50	1.00
2455995--2456050	26	2.2	26	90	0	85	33	14	1	50	1.53
2457328--2457369	22	1.9	22	100	0	84	40	14	9	35	1.78
2459087--2459308	109	2.0	109	89	0	336	28	22	19	29	1.98
2459616--2459658	22	2.0	22	81	9	52	48	0	2	48	1.14
2460544--2460590	13	3.9	12	81	8	51	68	2	0	29	1.02
2460674--2460718	13	3.6	12	81	6	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2481019--2481047	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
2481303--2481352	24	2.1	24	88	0	73	12	50	12	26	1.74
2482599--2482648	15	3.3	15	77	5	55	52	30	0	18	1.46
2482593--2482654	31	2.0	30	93	3	106	51	30	0	17	1.46
2482593--2482647	16	3.6	16	78	7	60	52	27	0	20	1.46
2482834--2483040	58	3.6	57	77	10	188	47	31	0	19	1.56
2482702--2483038	29	11.7	28	69	13	168	48	29	1	21	1.58
2482994--2483045	15	3.7	15	72	12	56	55	28	0	15	1.40
2483022--2483073	21	2.4	22	80	3	61	51	28	3	15	1.60
2487921--2487961	16	2.6	16	84	0	55	60	0	0	39	0.96
2488469--2488510	20	2.1	21	82	8	52	42	2	0	54	1.13
2494931--2495006	26	3.0	26	81	7	86	53	1	1	43	1.17
2504174--2504213	21	2.0	20	85	5	53	35	17	5	42	1.71
2511360--2511391	17	1.9	17	93	6	57	43	3	0	53	1.16
2523441--2523466	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
2524294--2524350	24	2.7	20	77	20	53	40	7	1	50	1.40
2536065--2536090	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
2536568--2536594	14	1.9	14	100	0	54	81	0	3	14	0.82
2546471--2546530	12	5.0	12	75	18	54	36	0	0	63	0.95
2546499--2546539	8	5.2	8	80	13	50	34	0	0	65	0.93
2546479--2546539	12	4.8	12	77	18	54	36	0	0	63	0.94
2546479--2546537	18	3.2	18	72	27	52	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2546501--2546556	24	2.2	26	81	12	64	37	0	0	62	0.95
2546526--2546568	16	2.5	17	81	14	52	46	0	0	53	1.00
2546523--2546569	20	2.3	21	75	14	53	42	0	0	57	0.98
2547889--2547929	21	2.0	21	85	9	57	48	0	0	51	1.00
2547915--2547989	28	2.8	27	71	15	66	50	0	0	49	1.00
2547928--2547975	14	3.5	13	75	10	51	47	0	0	52	1.00
2548139--2548167	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2548226--2548300	21	3.7	20	73	15	57	57	4	1	37	1.26
2548261--2548326	25	2.5	25	82	7	69	57	3	1	37	1.23
2556751--2556850	49	2.0	49	94	0	173	41	14	8	37	1.75
2564362--2564412	18	2.9	17	82	8	57	54	1	3	39	1.30
2570625--2570675	23	2.3	23	83	9	63	52	0	0	47	1.00
2570634--2570688	20	2.6	21	77	8	58	54	0	0	45	0.99
2573815--2573877	24	2.6	24	92	0	99	14	55	19	11	1.68
2581458--2581492	17	2.0	17	88	5	52	57	0	0	42	0.99
2585305--2585371	35	1.9	34	87	3	98	32	4	13	49	1.62
2591955--2592476	281	1.9	281	84	3	719	41	7	18	32	1.78
2596242--2596275	17	1.9	17	88	5	50	70	2	2	23	1.15
2597414--2597449	15	2.3	15	90	4	54	33	16	27	22	1.95
2614096--2614166	36	1.9	38	85	5	101	30	4	5	59	1.40
2614111--2614139	15	1.9	15	100	0	58	37	0	0	62	0.96
2614383--2614417	11	3.1	11	92	8	61	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2614383--2614415	12	2.8	12	95	4	59	51	0	0	48	1.00
2614383--2614469	23	3.9	23	74	20	69	48	5	0	45	1.26
2614417--2614453	19	1.9	19	94	0	65	43	10	0	45	1.39
2614419--2614463	19	2.2	20	84	7	56	44	8	0	46	1.34
2614728--2614776	5	10.2	5	75	16	50	53	0	2	44	1.12
2614720--2614787	29	2.3	29	94	0	118	50	0	1	48	1.10
2614907--2614956	23	2.1	25	92	7	86	26	12	0	62	1.30
2617796--2618316	174	3.0	173	91	1	801	26	25	21	25	2.00
2626478--2626513	2	18.5	2	88	5	56	47	0	2	50	1.15
2626478--2626506	15	1.9	15	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2626478--2626521	10	4.3	10	88	5	52	43	0	6	50	1.29
2627742--2627767	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
2629294--2629350	22	2.6	22	83	5	62	50	3	0	45	1.18
2629302--2629350	21	2.3	21	85	3	62	51	2	0	46	1.12
2631048--2631102	27	2.0	28	96	3	103	50	1	0	47	1.11
2631286--2631517	116	2.0	116	94	0	410	40	18	8	33	1.81
2638616--2638694	29	2.6	30	88	4	115	39	1	1	58	1.14
2638619--2638694	31	2.5	30	87	4	109	40	1	1	56	1.16
2638619--2638694	30	2.6	29	83	10	100	40	1	1	56	1.16
2638651--2638712	31	2.0	31	83	0	79	45	3	3	48	1.34
2639029--2639198	85	2.0	85	95	0	304	37	16	19	26	1.93
2643880--2643951	9	8.0	9	82	0	90	20	13	45	19	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2649626--2649659	7	4.9	7	92	0	59	41	2	0	55	1.15
2654071--2654099	14	2.0	15	93	6	51	62	0	3	34	1.12
2656391--2656427	17	2.2	17	95	0	65	48	5	13	32	1.65
2665185--2665217	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2667093--2667156	25	2.4	27	87	5	96	65	0	3	31	1.08
2667836--2667921	33	2.6	33	84	0	91	24	8	37	30	1.84
2667981--2668016	15	2.4	15	90	0	54	33	8	27	30	1.86
2669833--2669865	16	2.0	17	88	5	50	63	6	0	30	1.18
2671322--2671377	19	2.9	18	84	7	58	58	3	1	35	1.26
2675344--2675373	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
2675996--2676020	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
2679377--2679408	17	1.9	16	93	6	55	78	0	0	21	0.76
2691217--2691268	26	2.0	26	100	0	104	38	19	7	34	1.80
2692644--2692684	21	2.0	20	85	4	55	31	0	4	63	1.15
2693658--2693708	22	2.3	23	83	10	61	64	1	0	33	1.05
2694065--2694094	12	2.5	12	94	0	51	33	30	6	30	1.83
2695411--2695521	44	2.5	45	82	1	143	34	13	16	36	1.88
2697702--2698038	172	2.0	171	89	2	525	40	20	16	22	1.91
2703982--2704028	18	2.9	16	78	9	51	65	0	0	34	0.93
2704138--2704168	15	2.0	16	93	6	55	64	0	3	32	1.09
2705220--2705246	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2709998--2710029	15	2.2	14	94	5	55	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2715975--2716014	21	2.0	20	85	5	53	75	2	2	20	1.04
2717678--2717731	26	2.1	25	89	3	81	57	0	1	40	1.09
2727884--2727914	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2728751--2728789	19	2.1	18	85	4	51	17	5	0	76	0.96
2735403--2735436	16	2.2	15	89	5	50	29	0	5	64	1.17
2737288--2737542	113	2.3	112	82	4	318	40	12	7	39	1.73
2744827--2744970	63	2.3	64	83	7	197	40	7	11	39	1.70
2745049--2745084	18	2.0	18	94	0	63	22	2	27	47	1.65
2744990--2745147	81	2.0	81	87	2	228	32	9	12	45	1.74
2745273--2745401	63	2.1	60	83	11	154	31	8	12	47	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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