genome.fa.s90.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167915.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_18, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20765110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8014852--8014981	52	2.5	51	78	12	156	27	16	8	47	1.75
8015006--8015047	11	3.8	11	87	0	66	50	26	0	23	1.50
8015303--8015386	31	2.7	31	92	0	141	25	22	22	29	1.99
8015868--8016012	52	2.8	52	80	6	168	29	22	4	42	1.74
8016049--8016090	11	3.8	11	87	0	66	50	26	0	23	1.50
8016346--8016429	31	2.7	31	90	0	132	23	22	22	30	1.99
8016911--8017055	52	2.8	53	81	9	172	27	20	6	45	1.76
8017092--8017130	11	3.5	11	85	0	60	53	23	0	23	1.46
8017412--8017450	3	13.0	3	94	0	69	64	0	35	0	0.94
8023209--8023250	13	3.3	12	87	9	57	57	0	7	35	1.26
8023770--8023795	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8024454--8024500	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
8026843--8026875	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
8030342--8030379	20	2.0	20	89	5	60	23	2	0	73	0.95
8030642--8030668	6	4.5	6	100	0	54	81	0	18	0	0.69
8031253--8031290	2	19.0	2	88	0	58	44	0	5	50	1.24
8031802--8031842	2	20.5	2	84	0	55	43	7	0	48	1.30
8031807--8031841	10	3.5	10	96	0	61	42	5	0	51	1.25
8034345--8034371	4	6.8	4	100	0	54	0	51	22	25	1.48
8034710--8034734	7	3.6	7	100	0	50	68	0	0	32	0.90
8035809--8035849	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
8040000--8040079	40	2.0	38	86	11	108	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8039976--8040069	14	6.6	14	67	21	54	39	0	0	60	0.97
8040171--8040225	20	2.7	21	76	18	62	60	3	1	34	1.25
8040310--8040341	11	2.9	11	90	0	55	59	0	0	40	0.97
8041535--8041576	15	2.8	16	78	7	52	76	0	7	16	1.00
8046211--8046269	26	2.3	26	80	11	68	49	8	16	25	1.74
8046379--8046506	13	10.2	13	71	17	74	21	1	33	42	1.63
8046385--8046533	7	22.3	7	69	13	82	20	2	34	42	1.63
8046379--8046467	26	3.3	27	82	6	101	22	1	32	43	1.61
8046404--8046505	13	7.8	13	72	16	77	20	1	34	43	1.63
8046497--8046536	13	3.0	13	85	7	62	15	2	40	42	1.60
8046497--8046548	27	1.9	27	84	7	70	17	3	38	40	1.68
8047855--8047911	24	2.2	26	77	17	66	7	21	0	71	1.08
8049249--8049940	47	14.9	47	76	7	468	46	12	11	29	1.77
8049464--8049940	92	5.1	94	75	6	340	46	11	11	29	1.75
8049252--8049939	92	7.4	93	73	9	285	46	12	11	29	1.76
8049927--8049966	20	2.1	19	85	4	53	40	10	15	35	1.80
8051158--8051197	9	4.6	8	85	14	53	12	2	2	82	0.87
8051158--8051198	17	2.4	17	84	11	57	14	2	2	80	0.92
8063487--8063557	21	3.4	21	96	0	124	46	23	22	7	1.76
8065616--8065984	118	3.0	121	80	6	408	31	13	16	39	1.86
8065636--8066000	123	3.0	120	79	7	369	32	12	16	39	1.85
8067755--8067799	3	15.0	3	90	0	72	64	2	2	31	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8067899--8067923	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
8067921--8067959	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
8072647--8072780	66	2.0	66	98	0	259	41	19	17	22	1.91
8078489--8078530	19	2.2	19	91	8	68	83	0	9	7	0.81
8079523--8079587	29	2.2	29	94	0	112	24	18	23	33	1.96
8079484--8079638	80	1.9	81	81	5	188	29	15	18	37	1.91
8081644--8081741	52	1.9	51	81	6	117	26	14	16	42	1.86
8082383--8082410	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8085131--8085190	25	2.5	25	89	5	79	53	6	11	28	1.62
8086280--8086327	19	2.5	20	83	6	55	29	0	31	39	1.57
8086291--8086354	32	2.0	32	87	0	92	23	0	32	43	1.54
8086291--8086331	13	3.2	13	82	0	55	24	0	31	43	1.54
8087609--8087644	19	1.9	18	88	5	54	52	5	22	19	1.66
8087708--8087759	13	3.6	14	75	19	54	5	26	1	65	1.26
8089944--8090013	14	4.8	13	74	20	50	20	2	27	50	1.62
8089939--8090013	30	2.5	30	82	6	82	21	2	28	48	1.64
8091409--8091441	12	2.6	13	90	4	50	30	0	3	66	1.06
8091458--8091495	20	1.9	19	94	5	67	55	0	0	44	0.99
8102426--8102493	31	2.2	31	84	2	84	33	10	10	45	1.72
8102935--8103239	160	1.9	160	85	5	420	25	8	17	48	1.75
8103455--8103504	26	2.0	25	88	4	73	52	8	8	32	1.60
8105623--8105665	23	2.0	21	86	9	59	23	18	48	9	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8105712--8105755	19	2.2	20	88	8	63	36	0	0	63	0.95
8105759--8105787	3	10.0	3	92	7	51	31	0	0	68	0.89
8106220--8106420	102	2.0	102	86	5	282	45	11	19	22	1.83
8106279--8106416	34	4.1	34	70	9	102	48	12	18	20	1.80
8106574--8107196	38	17.1	38	64	14	159	41	14	23	20	1.89
8106831--8106940	35	3.1	34	67	16	89	42	12	23	20	1.87
8106994--8107316	35	8.9	35	66	12	161	40	14	25	19	1.89
8107427--8107532	35	2.9	35	74	8	113	45	15	21	17	1.85
8106521--8107680	73	16.1	73	85	3	1310	41	14	24	20	1.89
8117620--8118300	341	2.0	341	93	0	1157	28	20	13	36	1.91
8120444--8120468	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
8121958--8122065	32	3.3	32	83	7	137	47	33	0	18	1.55
8121958--8122065	16	6.7	15	74	12	90	47	33	0	18	1.55
8122068--8122129	30	2.1	29	84	3	79	51	30	0	17	1.46
8124537--8124592	11	4.9	11	79	14	60	12	17	55	14	1.69
8124537--8124596	23	2.6	24	75	19	65	15	18	53	13	1.73
8124649--8124678	15	1.9	16	93	6	53	33	0	3	63	1.11
8124714--8124755	3	14.0	3	94	0	75	30	0	0	69	0.89
8125499--8125595	47	2.0	48	94	2	169	31	12	2	53	1.50
8126833--8126889	26	2.2	25	84	9	71	49	3	8	38	1.51
8129175--8129271	47	2.0	48	96	2	178	32	11	2	53	1.48
8135478--8135525	15	3.1	15	82	8	51	39	18	8	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8137194--8137574	193	2.0	194	94	2	676	34	13	12	39	1.82
8141886--8141933	18	2.7	18	80	3	62	25	4	6	64	1.35
8141959--8141985	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8142243--8142281	14	2.9	14	85	14	55	66	0	7	25	1.18
8142770--8142810	22	1.9	21	85	5	55	41	12	7	39	1.70
8143069--8143113	23	2.0	23	86	0	63	80	4	13	2	0.97
8145096--8145137	22	1.9	22	90	0	66	33	23	16	26	1.96
8145412--8145442	10	3.0	10	90	9	53	22	9	19	48	1.78
8149414--8149485	28	2.6	29	80	10	78	19	1	4	75	1.05
8149415--8149582	4	42.8	4	65	19	61	26	2	2	67	1.19
8149415--8149485	33	2.2	31	81	18	83	19	1	4	74	1.06
8149415--8149572	7	21.7	7	70	21	64	25	2	3	68	1.17
8149470--8149572	14	7.1	15	76	10	90	30	2	1	65	1.18
8149423--8149552	36	3.8	35	74	18	89	26	2	3	67	1.19
8149540--8149608	20	3.3	20	76	7	66	28	8	0	62	1.25
8149536--8149583	18	2.8	17	81	12	53	29	4	0	66	1.10
8149463--8149562	32	3.0	32	80	7	110	31	3	3	63	1.25
8150509--8150542	6	5.7	6	89	10	52	17	2	0	79	0.86
8150564--8150900	58	5.8	58	85	6	448	42	6	11	38	1.68
8152821--8152860	20	1.9	22	90	10	66	37	12	22	27	1.90
8162395--8162733	42	8.1	42	78	8	327	25	15	19	40	1.90
8162395--8162744	82	4.2	82	85	3	450	24	15	20	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8162922--8163044	7	16.9	7	74	16	72	21	1	4	73	1.09
8162922--8163015	14	6.5	13	86	8	80	19	1	5	74	1.07
8162928--8163001	21	3.5	21	82	12	89	17	1	6	74	1.11
8162965--8163128	4	41.8	4	69	17	87	28	3	1	66	1.19
8162965--8163118	18	8.3	19	72	16	110	27	3	1	66	1.17
8162966--8163104	32	4.1	32	78	11	109	28	3	2	66	1.20
8162961--8163110	14	10.4	14	73	17	69	28	3	2	66	1.18
8162990--8163154	42	4.0	40	74	11	106	29	4	1	64	1.21
8164027--8164101	10	7.4	10	76	20	50	17	5	1	76	1.05
8164117--8164454	58	5.7	58	82	5	419	42	6	13	37	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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