genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   

This is table  1  of  186  ( 22216 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9847--9892	24	1.9	24	82	8	58	45	2	30	21	1.64
11481--11583	26	4.0	26	80	0	107	17	12	25	44	1.84
11480--11583	52	2.0	52	80	0	118	18	12	25	44	1.84
13761--13844	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
15330--15382	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
19718--20715	47	21.2	47	99	0	1933	30	12	31	25	1.93
20739--20865	46	2.8	46	85	0	173	34	10	31	23	1.88
21009--21079	37	1.9	37	94	0	124	22	19	32	25	1.98
23917--24038	47	2.6	46	81	10	149	22	30	18	28	1.97
23724--24035	140	2.2	140	78	8	321	23	29	18	28	1.98
47544--47618	33	2.2	34	85	4	107	34	8	18	38	1.80
61839--61937	42	2.3	42	79	5	110	33	19	18	29	1.95
69874--69904	15	2.0	16	93	6	55	61	0	19	19	1.35
69880--69923	20	2.2	20	84	8	54	63	2	15	18	1.41
70371--70400	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
71893--71963	25	2.9	25	91	2	108	28	8	19	43	1.80
72601--72762	43	3.8	42	75	9	123	26	19	27	27	1.99
72616--72775	84	1.9	84	82	7	200	28	18	26	26	1.98
77716--77786	31	2.3	31	92	4	117	16	33	33	15	1.91
85396--85428	17	1.9	17	93	0	57	18	6	0	75	1.00
107584--107639	24	2.4	24	85	8	71	7	23	0	69	1.12
108230--108270	19	2.2	19	86	8	57	36	2	0	60	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108230--108290	9	6.1	9	75	20	59	34	3	1	60	1.23
121246--121357	27	4.1	27	85	3	127	16	24	23	35	1.95
121246--121357	54	2.1	54	88	3	163	16	24	23	35	1.95
123525--123572	22	2.2	22	96	0	87	39	10	10	39	1.74
127038--127193	41	3.8	40	73	17	140	27	28	22	21	1.99
127018--127178	41	3.9	41	73	8	130	27	29	21	22	1.99
128921--129017	48	2.0	48	100	0	194	39	10	15	35	1.81
134308--134349	13	3.2	13	82	0	57	11	33	33	21	1.90
138557--141006	611	4.0	612	89	3	3666	26	18	19	35	1.95
153702--153765	31	2.1	31	96	0	119	18	23	15	42	1.89
157130--157202	20	3.7	20	92	1	121	15	32	28	23	1.95
160839--160880	21	2.0	21	86	9	59	47	26	9	16	1.77
171294--171359	32	2.1	32	94	0	114	24	10	16	48	1.78
172480--172576	48	2.0	48	97	0	185	51	2	23	22	1.59
174904--175059	47	3.3	47	80	4	174	31	10	31	26	1.90
175136--175214	40	2.0	39	85	2	104	17	20	31	30	1.96
183967--184224	40	6.5	40	88	2	333	26	27	22	23	1.99
186000--186190	40	4.8	40	88	2	285	23	21	29	25	1.99
190005--190160	47	3.3	47	80	4	174	31	10	31	26	1.90
200278--200317	21	1.9	21	84	0	53	27	20	22	30	1.98
202202--202230	14	2.1	14	100	0	58	20	20	6	51	1.70
204608--204788	79	2.3	80	82	8	217	25	28	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204587--204790	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	24	1.99
220170--220260	39	2.3	39	82	1	119	25	28	20	25	1.99
225384--225740	179	2.0	179	98	0	696	27	22	30	19	1.98
226205--226300	50	1.9	50	89	0	147	12	12	27	47	1.77
229105--229425	161	2.0	161	87	2	457	29	19	22	28	1.98
239286--239345	30	2.0	30	93	0	102	30	20	33	16	1.94
244387--244536	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
244359--244536	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
244360--244515	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
255915--256512	300	2.0	298	96	0	1088	39	20	19	20	1.92
262493--262573	33	2.5	33	89	0	126	29	23	18	28	1.98
263214--263251	19	2.0	19	85	10	51	18	44	23	13	1.85
273236--273383	41	3.6	40	76	15	142	24	22	27	25	2.00
281075--281215	41	3.5	40	80	5	133	24	21	28	25	1.99
281076--281177	40	2.5	41	85	4	127	25	20	29	24	1.99
282715--282758	18	2.4	18	92	0	70	27	15	25	31	1.96
282824--283675	438	1.9	437	84	3	1140	24	21	21	32	1.98
287747--288114	144	2.5	144	85	2	495	26	27	18	27	1.98
287747--288163	96	4.3	96	81	2	406	25	27	19	27	1.99
287747--288163	144	2.9	144	83	2	453	25	27	19	27	1.99
287758--288163	48	8.4	48	78	2	348	25	27	19	27	1.99
290545--290593	21	2.3	21	79	6	55	61	20	2	16	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291614--291698	28	3.0	28	79	3	98	29	28	12	29	1.94
304751--304971	46	4.8	45	78	8	196	23	29	19	27	1.98
304797--304970	94	1.9	92	85	4	242	24	30	18	26	1.98
316676--316724	24	1.9	24	84	12	62	36	6	10	46	1.63
321638--321907	47	5.8	45	77	9	222	21	30	20	27	1.98
321645--321908	93	2.8	90	80	6	271	21	29	20	28	1.98
330102--330127	12	2.2	12	100	0	52	57	15	11	15	1.65
335087--335130	22	2.0	23	86	13	65	38	6	0	54	1.27
337873--338045	49	3.6	47	75	6	159	25	28	19	26	1.98
338106--338193	46	1.9	46	88	0	131	28	29	13	28	1.94
342325--342357	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
343893--343928	18	2.0	18	88	0	54	25	22	13	38	1.91
351898--352035	49	2.8	49	80	4	161	23	26	20	28	1.99
352054--352177	48	2.6	48	89	0	185	24	23	19	33	1.97
357367--357852	47	10.3	46	89	4	627	26	29	9	34	1.88
357367--357852	96	5.1	96	91	3	679	26	29	9	34	1.88
359271--359390	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
360321--360356	18	2.0	18	100	0	72	55	11	22	11	1.66
368842--369384	40	13.8	40	85	4	708	27	28	20	23	1.99
369005--369069	33	2.0	33	81	0	76	30	32	18	18	1.95
370603--370680	37	2.1	38	87	2	113	26	29	17	25	1.98
370797--371162	47	7.7	47	93	1	561	28	31	8	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
372495--372552	25	2.5	24	81	13	68	8	18	1	70	1.21
375439--375614	46	3.8	47	76	16	197	21	20	28	28	1.98
375436--375606	93	1.8	93	94	2	308	21	21	29	28	1.98
378703--378908	45	4.6	45	85	2	265	29	30	18	21	1.97
383501--384412	46	19.8	46	96	2	1670	21	19	28	30	1.98
397416--397490	38	1.9	39	94	2	134	28	1	14	56	1.47
398987--399061	6	12.3	6	78	13	82	50	14	17	17	1.78
398996--399095	37	2.7	37	88	0	128	48	12	20	20	1.80
399008--399117	31	3.4	31	76	14	103	48	11	19	20	1.80
398996--399117	37	3.5	36	76	13	119	49	11	18	20	1.78
412437--412820	27	14.2	27	85	1	446	42	7	20	30	1.78
412842--412966	27	4.7	27	78	8	121	28	9	23	38	1.86
412797--412966	54	3.2	53	78	7	164	28	10	21	39	1.86
415449--415550	37	2.8	37	95	0	177	26	30	18	24	1.98
423571--423627	24	2.3	25	85	11	73	59	0	29	10	1.31
427895--428065	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
427890--428062	46	3.7	46	77	13	201	28	27	21	22	1.99
428489--428549	30	2.0	30	90	0	95	31	24	8	36	1.85
430175--430433	27	9.6	27	75	7	157	32	10	18	38	1.85
430238--430460	81	2.8	81	81	6	238	31	9	19	38	1.85
430423--430620	27	7.3	27	86	2	272	39	7	23	29	1.82
430323--430471	80	1.9	81	81	4	185	33	9	19	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
430423--430620	81	2.4	81	93	1	326	39	7	23	29	1.82
438185--438408	122	1.9	120	87	5	335	40	9	20	29	1.84
446507--446558	27	1.9	27	96	0	95	36	19	17	26	1.94
449757--449865	42	2.6	42	77	0	128	28	22	17	32	1.96
456133--456188	24	2.3	24	76	11	60	21	26	14	37	1.92
460085--460135	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
466883--466932	22	2.3	21	86	3	64	24	24	20	32	1.98
466883--466945	21	2.9	22	81	9	67	28	22	20	28	1.98
467308--467357	25	2.0	26	84	11	68	36	14	4	46	1.63
470963--471000	20	1.9	20	88	0	58	21	34	23	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186