genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21219274--21219429	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
21243614--21243650	16	2.3	16	100	0	74	48	13	8	29	1.71
21245838--21246192	47	7.5	46	74	11	310	28	20	29	21	1.98
21245844--21246199	96	3.8	96	87	7	516	28	20	29	21	1.98
21245844--21246199	187	1.9	190	88	5	544	28	20	29	21	1.98
21250357--21250402	22	2.0	24	84	16	62	54	0	6	39	1.26
21255650--21255691	21	2.0	21	100	0	84	23	14	14	47	1.80
21256233--21256299	35	1.9	35	100	0	134	19	25	11	43	1.85
21263271--21263364	26	3.6	26	84	8	111	39	21	9	29	1.85
21263359--21263510	81	1.9	80	85	5	209	36	17	21	24	1.94
21263358--21263512	27	5.8	27	84	3	172	36	17	21	25	1.95
21263761--21263828	34	2.0	34	100	0	136	11	14	41	32	1.82
21268123--21268219	27	3.6	27	85	0	104	38	20	8	32	1.82
21268123--21268234	27	4.2	26	77	6	98	37	22	8	32	1.83
21268213--21268366	27	5.7	27	86	0	202	34	19	21	24	1.96
21268496--21268576	27	3.0	26	75	12	74	23	23	19	33	1.97
21276848--21276966	60	2.0	60	96	0	220	42	10	12	33	1.78
21280912--21281255	172	2.0	172	100	0	688	33	19	14	33	1.92
21287001--21287054	25	2.2	25	100	0	108	27	3	12	55	1.54
21287178--21287240	29	2.1	30	85	2	83	33	4	14	47	1.65
21287955--21288018	30	2.2	29	83	8	76	35	0	3	60	1.12
21288234--21288287	26	2.1	26	96	0	99	50	3	12	33	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21288342--21288413	26	2.7	27	78	6	94	27	8	9	54	1.62
21291092--21291141	17	2.9	17	82	8	57	32	0	12	56	1.36
21297661--21297781	57	2.1	58	84	6	158	26	4	40	28	1.74
21297773--21297815	9	5.1	9	78	16	56	13	0	62	23	1.31
21301447--21301763	158	2.0	158	92	0	526	36	17	16	29	1.91
21305650--21305696	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
21323044--21323135	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
21323025--21323188	40	4.1	40	80	10	176	24	27	23	25	2.00
21324867--21324986	43	2.8	42	80	7	134	25	19	26	28	1.99
21326808--21326869	25	2.5	26	82	10	69	48	3	17	30	1.63
21329409--21329513	23	4.6	22	76	13	88	25	18	18	38	1.93
21336085--21336125	21	2.0	20	85	9	55	36	7	26	29	1.83
21337957--21337997	21	2.0	21	90	9	68	34	19	34	12	1.89
21339327--21339403	24	3.3	23	80	8	86	29	22	19	28	1.98
21339350--21339418	24	2.9	23	79	10	77	27	21	15	34	1.94
21344149--21344405	40	6.5	40	93	3	396	24	22	27	24	2.00
21355334--21355490	27	5.8	27	83	0	161	31	22	7	37	1.83
21355367--21355518	54	2.8	54	83	0	187	32	20	7	39	1.81
21355469--21355689	27	8.2	27	79	8	166	40	22	7	28	1.82
21355469--21355774	54	5.6	54	77	8	253	39	21	8	30	1.84
21355483--21355689	80	2.6	82	82	4	260	42	21	7	28	1.81
21355442--21355751	27	11.4	27	79	6	142	38	20	8	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21356306--21356400	25	3.8	25	91	0	154	26	26	22	25	2.00
21356546--21356637	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
21356661--21356801	31	4.5	31	100	0	282	28	17	26	27	1.98
21356661--21356835	93	1.9	93	89	5	259	29	18	25	26	1.98
21359381--21359565	48	3.8	48	80	5	203	28	17	28	25	1.97
21363121--21363346	40	5.7	40	91	2	312	25	28	22	24	1.99
21371133--21371317	79	2.3	81	83	9	229	25	27	22	24	2.00
21371133--21371317	40	4.7	40	80	12	211	25	27	22	24	2.00
21379025--21379209	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
21379006--21379209	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
21387729--21387890	81	2.0	81	98	0	315	41	4	4	48	1.46
21395387--21395415	14	2.1	14	100	0	58	34	13	13	37	1.85
21397733--21397778	13	3.7	12	82	8	56	45	2	8	43	1.47
21401160--21401924	47	16.3	47	92	0	1208	27	28	8	34	1.87
21405239--21405364	42	2.9	41	79	10	128	23	15	27	32	1.95
21413099--21413594	47	10.6	47	97	0	902	32	8	29	29	1.87
21415042--21415255	40	5.4	40	94	0	376	25	20	27	26	1.99
21419117--21419192	22	3.3	22	67	22	66	32	13	28	25	1.93
21419117--21419239	22	5.3	22	63	30	60	34	12	28	25	1.92
21419092--21419284	94	2.0	95	89	4	291	34	10	28	26	1.90
21419092--21419242	47	3.2	47	99	0	293	35	11	27	25	1.90
21419258--21419394	46	3.0	46	91	0	220	34	8	31	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21420953--21420977	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
21425449--21425572	25	5.0	25	79	5	110	25	16	24	33	1.96
21425459--21425572	50	2.3	49	82	8	124	25	17	24	32	1.97
21430647--21430695	23	2.1	23	81	7	55	6	26	2	65	1.27
21432457--21432514	30	1.9	30	89	0	89	32	12	25	29	1.92
21432909--21433168	94	2.8	94	78	8	271	28	20	27	23	1.99
21432995--21433119	44	2.8	44	81	9	137	25	20	28	25	1.99
21435515--21435612	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
21435543--21435625	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
21435515--21435626	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
21437250--21437366	55	2.1	54	81	9	139	24	26	24	23	2.00
21452302--21452506	55	3.8	54	78	7	227	36	17	23	22	1.94
21452754--21452784	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
21455220--21455363	42	3.4	42	85	4	148	27	23	16	31	1.96
21455254--21455363	42	2.6	43	89	2	170	27	25	16	30	1.96
21463001--21463045	15	2.9	15	86	3	63	57	6	11	24	1.57
21463364--21463411	17	3.0	16	87	6	62	50	0	0	50	1.00
21466029--21466833	3	268.3	3	100	0	1610	33	0	33	33	1.58
21475538--21475639	6	16.8	6	76	17	86	49	11	17	21	1.79
21475538--21475639	30	3.4	30	87	6	143	49	11	17	21	1.79
21475756--21475821	27	2.5	26	82	7	78	37	24	21	16	1.93
21475780--21475837	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21475994--21476045	22	2.4	22	80	0	59	32	21	25	21	1.98
21476143--21476222	27	3.0	26	88	3	106	36	21	22	20	1.95
21476421--21476616	27	7.3	27	85	0	248	25	19	19	35	1.95
21476621--21477030	27	15.2	27	82	6	463	40	10	21	27	1.86
21476626--21477030	54	7.5	54	84	5	532	40	10	21	27	1.86
21476625--21477028	81	5.0	81	83	4	519	41	10	21	27	1.85
21484425--21484646	46	4.8	46	84	7	288	21	19	29	29	1.98
21487882--21487940	26	2.3	26	85	2	84	37	5	13	44	1.66
21498995--21499166	46	3.7	46	75	6	168	22	19	27	30	1.98
21498987--21499158	93	1.8	93	86	2	247	22	20	27	29	1.98
21508260--21508300	20	2.0	20	90	0	64	56	9	4	29	1.53
21512167--21512292	40	3.2	39	86	5	173	26	18	6	48	1.72
21517518--21517542	6	4.2	6	100	0	50	48	16	16	20	1.82
21522111--21522269	43	3.7	42	77	9	135	28	25	18	26	1.98
21525690--21525768	31	2.6	30	81	2	95	31	6	12	49	1.66
21526199--21526245	21	2.2	21	85	10	69	40	2	2	55	1.24
21529011--21529073	10	6.7	9	78	7	54	69	1	4	23	1.16
21529011--21529073	28	2.2	29	80	8	76	69	1	4	23	1.16
21533021--21533054	18	1.9	17	88	5	50	20	5	23	50	1.70
21543060--21543206	46	3.2	46	82	6	154	29	20	27	21	1.98
21546606--21546999	49	7.9	49	79	3	437	26	18	25	29	1.98
21546608--21546995	100	3.9	100	98	0	731	26	19	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21554233--21554261	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
21565816--21565858	21	2.0	21	100	0	86	13	18	9	58	1.62
21575836--21576013	89	2.0	90	89	1	277	34	16	11	37	1.85
21576791--21576995	40	5.2	39	89	4	245	26	27	21	23	1.99
21576791--21576995	80	2.6	79	86	6	274	26	27	21	23	1.99
21581006--21582105	47	23.4	47	97	0	2047	31	8	30	29	1.87
21583394--21583539	76	1.9	76	98	0	283	42	13	19	23	1.87
21585882--21585909	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
21591882--21592018	70	2.0	70	92	0	229	35	18	11	34	1.87
21600239--21600345	40	2.7	40	91	2	162	28	28	20	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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