genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7328862--7328928	27	2.5	27	95	0	116	14	31	20	32	1.93
7328971--7329014	10	4.3	11	80	16	58	70	0	0	29	0.88
7334583--7334642	30	2.0	30	93	0	102	36	26	6	30	1.82
7335633--7335685	21	2.5	21	75	9	54	18	16	43	20	1.88
7344769--7344902	63	2.1	63	83	2	162	29	20	26	23	1.99
7347878--7347928	17	3.0	17	77	11	59	56	0	1	41	1.10
7348049--7348088	21	1.9	21	84	0	53	20	5	10	65	1.42
7349116--7349145	5	6.0	5	100	0	60	40	0	20	40	1.52
7350499--7350561	19	3.3	19	78	8	83	47	3	0	49	1.17
7350503--7350579	38	2.0	38	89	2	118	45	2	0	51	1.14
7351740--7351770	14	2.3	13	94	5	53	0	22	0	77	0.77
7351731--7351768	20	2.0	20	89	5	60	0	18	2	78	0.86
7360507--7360676	85	2.0	85	97	0	322	22	26	29	21	1.99
7364595--7364644	19	2.6	19	87	6	66	62	6	0	32	1.20
7365711--7365773	29	2.2	29	86	11	85	31	6	9	52	1.59
7366023--7366069	16	2.8	17	80	6	60	51	0	0	48	1.00
7366455--7366496	13	3.0	15	86	10	54	35	0	0	64	0.94
7366420--7366488	26	2.5	28	74	6	70	39	0	0	60	0.97
7366591--7366640	19	2.6	19	93	0	82	46	4	0	50	1.20
7368148--7368175	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
7369592--7369639	20	2.4	21	76	13	57	33	2	4	60	1.27
7369629--7369662	12	2.8	12	86	0	50	35	8	0	55	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7369746--7369793	16	3.3	14	81	16	53	33	6	0	60	1.22
7377350--7377462	43	2.6	44	80	6	115	30	23	20	26	1.98
7388738--7388830	40	2.3	40	94	3	161	34	22	22	20	1.97
7389222--7389338	7	16.4	7	68	10	58	25	1	24	47	1.61
7389333--7389385	15	3.6	15	76	2	54	16	3	43	35	1.67
7389531--7389577	14	3.4	14	81	0	58	21	2	34	42	1.65
7389544--7389670	22	5.9	22	72	14	68	25	1	28	44	1.63
7389567--7389616	22	2.3	22	89	0	82	26	2	20	52	1.57
7390080--7390158	7	11.0	7	83	5	59	60	1	1	36	1.13
7394224--7394263	21	2.0	20	95	5	71	20	17	22	40	1.92
7394693--7394728	16	2.3	16	90	4	56	52	11	13	22	1.72
7395054--7395159	53	2.0	53	100	0	212	45	15	9	30	1.77
7396031--7396083	27	1.9	28	92	3	90	60	0	0	39	0.97
7396031--7396097	27	2.4	27	80	7	73	62	1	1	34	1.13
7396049--7396129	36	2.2	36	86	0	117	62	2	2	32	1.21
7396312--7396429	28	4.3	28	75	18	95	38	4	1	55	1.30
7396300--7396413	54	2.1	56	83	9	146	35	5	2	57	1.35
7396367--7396429	27	2.3	27	94	2	108	42	3	1	52	1.27
7396420--7396542	9	13.3	9	68	13	54	31	3	0	64	1.15
7398627--7398670	22	2.0	22	90	0	70	18	13	22	45	1.84
7399589--7399739	76	2.0	75	94	1	266	44	17	16	21	1.87
7405378--7405408	16	1.9	16	93	0	53	51	0	9	38	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7405374--7405438	28	2.3	27	76	10	67	40	0	10	49	1.38
7405604--7406799	597	2.0	597	98	0	2320	26	20	19	33	1.97
7406961--7406993	12	2.8	12	95	0	57	24	12	0	63	1.28
7409081--7409109	11	2.5	12	94	5	51	20	6	0	72	1.07
7420894--7420955	30	2.1	30	100	0	124	38	6	9	45	1.63
7422089--7422138	18	2.7	18	87	6	64	58	0	0	42	0.98
7422090--7422141	15	3.1	17	81	15	56	59	0	0	40	0.97
7425679--7425728	24	2.1	24	100	0	100	44	8	12	36	1.71
7430869--7430907	19	2.1	19	100	0	78	30	0	35	33	1.58
7431151--7431222	38	1.9	37	85	2	99	45	6	0	47	1.29
7431170--7431249	39	2.1	38	81	6	90	51	5	1	42	1.31
7433614--7433642	12	2.4	12	100	0	58	34	0	17	48	1.47
7436516--7436565	21	2.4	21	74	19	50	36	4	0	60	1.16
7436621--7436844	89	2.5	88	85	2	286	58	12	4	23	1.53
7441260--7441404	74	2.0	74	91	0	236	48	6	5	39	1.51
7447219--7447256	14	2.7	15	80	12	53	39	0	0	60	0.97
7447883--7448003	56	2.1	56	84	1	152	34	4	9	51	1.55
7453778--7453937	41	3.9	41	85	2	178	29	16	25	29	1.96
7453779--7453957	41	4.3	41	84	2	160	30	16	24	29	1.96
7459930--7459963	17	1.9	18	88	5	52	47	5	14	32	1.69
7476515--7476591	6	12.8	6	100	0	154	50	16	0	32	1.46
7477573--7477628	29	1.9	29	85	0	76	35	5	10	48	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7477815--7477854	11	3.7	11	90	9	57	30	27	0	42	1.56
7477890--7477919	14	2.1	14	93	0	51	36	0	3	60	1.14
7478015--7478118	47	2.2	48	94	1	183	31	7	0	59	1.32
7478019--7478094	22	3.3	22	67	22	66	31	9	0	59	1.29
7478995--7479048	7	7.7	7	97	0	99	27	1	14	55	1.50
7479663--7479724	18	3.4	18	93	0	97	20	29	9	40	1.84
7480234--7480264	9	3.6	9	91	8	55	35	0	0	64	0.94
7482581--7482623	21	2.0	22	82	13	54	51	6	0	41	1.29
7487477--7487585	26	4.2	26	91	0	173	32	5	25	36	1.79
7493858--7494206	127	2.8	125	88	2	511	28	9	14	46	1.76
7496642--7496689	20	2.3	20	89	3	69	50	4	8	37	1.52
7515033--7515058	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
7520078--7520128	3	17.3	3	75	4	50	33	1	3	60	1.26
7520250--7520396	3	49.0	3	100	0	294	33	0	0	66	0.92
7532660--7532746	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
7533117--7533174	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
7534452--7534490	5	7.4	5	88	11	60	58	0	0	41	0.98
7534451--7534488	17	2.2	17	100	0	76	57	0	0	42	0.98
7534513--7534541	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
7535690--7535732	10	4.4	10	83	13	54	51	6	0	41	1.29
7546382--7546427	23	2.0	24	91	4	76	41	0	56	2	1.11
7549085--7549123	12	3.2	12	85	0	51	51	0	15	33	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7552592--7552632	17	2.3	19	80	20	52	53	2	7	36	1.42
7554543--7554583	20	2.2	20	86	8	59	43	4	2	48	1.37
7554939--7554981	16	2.8	15	80	13	52	55	0	0	44	0.99
7554944--7554990	25	1.9	24	83	12	60	51	0	2	46	1.13
7555546--7555592	21	2.3	21	96	3	87	34	4	12	48	1.61
7559715--7559765	25	2.0	26	88	3	77	72	0	9	17	1.11
7561059--7561115	30	1.9	30	82	3	71	57	21	3	17	1.54
7570051--7570207	42	3.7	42	82	1	181	14	21	17	45	1.84
7570141--7570209	21	3.3	20	74	8	57	14	21	18	44	1.85
7571870--7572003	42	3.2	42	91	0	214	19	28	30	21	1.98
7581695--7581769	34	2.2	34	85	2	116	26	22	24	26	2.00
7586313--7586395	5	16.6	5	73	18	59	22	1	1	74	0.95
7586311--7586391	15	5.3	15	75	16	85	23	1	1	74	0.97
7586314--7586436	19	6.4	20	69	26	79	25	2	0	71	1.03
7586311--7586427	60	1.9	62	83	10	152	25	2	0	70	1.05
7589639--7589697	30	2.0	30	83	6	75	27	13	0	59	1.35
7606655--7606679	13	1.9	13	100	0	50	8	40	36	16	1.77
7614639--7614674	6	5.8	6	96	3	63	13	0	0	86	0.58
7628384--7628424	16	2.7	15	85	10	57	29	0	0	70	0.87
7631891--7631929	15	2.5	16	87	4	53	5	25	0	69	1.09
7633569--7633609	21	2.0	21	85	0	55	19	17	36	26	1.94
7633708--7633747	17	2.2	19	91	8	66	12	2	0	85	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7633708--7633747	9	4.4	9	84	12	55	12	2	0	85	0.71
7633701--7633764	11	6.0	10	76	18	58	12	6	0	81	0.87
7648964--7648998	3	11.7	3	93	0	61	65	0	2	31	1.07
7658524--7658572	26	2.0	24	88	8	71	28	2	4	65	1.22
7664299--7664363	31	2.1	30	86	8	87	40	0	13	46	1.44
7669830--7669881	18	2.9	19	77	13	65	59	0	7	32	1.26
7669987--7670025	20	2.0	20	95	5	71	56	0	5	38	1.22
7685539--7685602	29	2.3	27	76	10	65	28	6	4	60	1.41
7685545--7685619	30	2.6	29	81	8	82	33	5	5	56	1.45
7686247--7686307	30	2.0	30	96	0	113	52	9	21	16	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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