genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   

This is table  181  of  186  ( 22216 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59956776--59956938	49	3.3	48	66	11	132	23	2	15	58	1.50
59956837--59957038	111	1.8	111	85	3	284	27	1	13	56	1.49
59956834--59957061	109	2.1	110	79	8	259	27	1	13	57	1.47
59958968--59959039	33	2.2	33	85	5	92	18	43	12	26	1.85
59959461--59959532	32	2.3	32	80	15	73	37	11	19	31	1.87
59966404--59966452	25	1.9	26	84	12	66	57	12	2	28	1.46
59966564--59966609	4	11.2	4	82	13	58	2	23	0	73	0.94
59966850--59966893	20	2.3	19	88	4	61	63	0	0	36	0.95
59974522--59974635	57	2.0	57	100	0	228	56	8	21	14	1.65
59989851--59989879	14	2.0	15	93	6	51	48	6	31	13	1.69
59989871--59990618	72	10.0	73	75	11	566	33	19	16	30	1.94
59990115--59990605	223	2.2	220	87	2	678	32	19	16	32	1.94
59995484--59995521	14	2.7	14	100	0	76	7	26	7	57	1.54
60004002--60004144	3	47.7	3	75	5	128	30	6	2	60	1.34
60004269--60004306	12	3.1	12	88	3	58	18	2	0	78	0.86
60009542--60009613	25	2.9	25	83	4	92	20	20	2	55	1.56
60009681--60009994	128	2.5	128	84	4	388	29	15	13	40	1.86
60011967--60012236	48	5.6	48	71	14	177	27	18	30	24	1.98
60011961--60012239	92	2.9	96	79	12	306	27	19	30	23	1.98
60015101--60015144	18	2.3	19	80	7	54	59	4	0	36	1.18
60016628--60016653	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
60016708--60016747	21	1.9	21	84	0	53	67	2	0	30	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60016708--60016733	8	3.2	8	100	0	52	73	0	0	26	0.84
60018474--60019069	125	4.8	126	87	2	758	28	18	14	38	1.90
60019213--60019279	32	2.1	32	86	8	91	44	5	0	49	1.27
60019171--60019332	28	5.6	28	74	16	125	43	15	0	40	1.47
60021219--60021423	95	2.1	97	81	7	240	39	1	17	41	1.59
60021511--60022037	126	4.2	126	89	2	835	33	17	21	27	1.96
60024854--60025441	293	2.0	293	96	1	1081	38	14	16	30	1.89
60025974--60026030	30	1.9	30	85	7	80	7	17	43	31	1.76
60026535--60026561	7	3.9	7	100	0	54	59	14	0	25	1.36
60026527--60026560	14	2.4	14	90	0	50	64	8	0	26	1.22
60027721--60027771	20	2.4	21	87	6	68	37	0	33	29	1.58
60027721--60027778	11	5.5	10	78	15	55	37	0	31	31	1.58
60036776--60036825	6	8.8	6	87	10	52	56	2	32	10	1.44
60036783--60036825	22	2.0	22	85	0	59	58	2	32	6	1.38
60037063--60037092	5	5.8	5	96	4	51	23	0	0	76	0.78
60040106--60040152	24	2.0	24	83	8	60	40	4	40	14	1.66
60044322--60045022	355	2.0	354	84	4	914	29	20	17	32	1.95
60045398--60045434	17	2.2	18	85	9	51	51	27	0	21	1.48
60046773--60046816	2	21.5	2	95	4	79	50	0	47	2	1.13
60050227--60050357	65	2.0	65	96	0	244	37	11	26	24	1.89
60056879--60056996	46	2.6	46	87	0	173	21	23	11	43	1.85
60056971--60057074	44	2.3	45	86	1	138	21	24	18	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60059082--60059140	31	1.9	31	86	10	86	28	20	3	47	1.66
60061591--60062128	47	11.4	47	96	0	950	31	8	30	29	1.87
60062247--60062325	37	2.1	37	86	4	106	26	17	30	25	1.97
60067294--60067319	12	2.2	12	100	0	52	57	15	7	19	1.62
60068340--60068455	47	2.5	47	85	2	146	28	31	7	32	1.85
60072057--60072110	16	3.4	17	72	12	51	40	3	0	55	1.17
60074628--60074682	27	2.0	27	100	0	110	38	36	3	21	1.71
60081593--60081636	20	2.2	20	87	0	61	31	27	13	27	1.94
60085669--60085703	4	9.0	4	87	6	54	51	0	0	48	1.00
60085829--60085864	17	2.1	17	89	0	54	44	0	11	44	1.39
60089743--60089887	41	3.5	41	82	1	157	31	15	29	22	1.95
60089736--60089887	82	1.9	82	84	5	209	32	15	29	22	1.94
60097866--60097985	44	2.6	45	83	6	143	30	26	20	22	1.98
60107279--60107356	41	1.9	41	81	5	95	16	20	30	32	1.95
60107540--60107692	35	4.4	35	78	0	162	30	9	16	43	1.79
60111269--60111440	43	4.0	44	74	14	135	31	23	18	26	1.97
60116800--60116861	28	2.2	28	94	0	106	33	29	9	27	1.88
60118503--60118680	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
60118524--60118679	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
60121425--60121615	40	4.7	41	90	1	251	33	16	28	20	1.95
60121502--60121602	21	5.0	20	65	14	64	33	15	29	20	1.94
60121508--60121575	21	3.3	21	70	12	68	30	14	32	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60121524--60121588	21	3.1	21	72	12	71	36	15	26	21	1.93
60121425--60121618	81	2.4	80	84	5	239	33	16	28	21	1.95
60151432--60151479	11	4.4	11	89	10	71	16	6	0	77	0.97
60151432--60151510	6	14.8	5	82	15	72	18	6	0	74	1.02
60156124--60156153	15	2.0	15	93	0	51	56	13	20	10	1.65
60159099--60159140	11	3.8	11	81	9	50	26	4	0	69	1.08
60159260--60159298	12	3.0	13	81	11	53	38	15	0	46	1.46
60164844--60164934	46	2.0	45	97	2	173	35	24	17	23	1.95
60171329--60171478	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
60171353--60171536	67	2.8	64	77	8	194	29	17	30	22	1.97
60174793--60174846	22	2.5	22	93	0	90	44	11	24	20	1.83
60175181--60176243	44	25.1	42	70	13	517	30	16	26	27	1.97
60175264--60175376	41	2.6	43	83	9	133	29	17	27	25	1.98
60175238--60176082	127	6.7	127	87	5	909	29	16	26	27	1.97
60176007--60176357	126	2.7	126	90	2	531	31	16	25	26	1.96
60177927--60177979	18	2.9	19	83	8	58	33	1	0	64	1.05
60177937--60177992	21	2.6	21	81	15	69	32	3	0	64	1.11
60179931--60180032	37	2.8	36	81	1	123	26	25	16	31	1.97
60180048--60180373	48	6.8	48	85	0	427	30	23	17	28	1.97
60180048--60180373	96	3.4	96	93	0	517	30	23	17	28	1.97
60188619--60188790	46	3.7	46	77	13	199	22	22	27	28	1.99
60188615--60188785	93	1.8	93	93	0	297	21	22	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60189015--60189052	19	2.0	20	85	15	53	39	0	21	39	1.53
60193847--60194022	46	3.8	46	79	14	209	20	19	29	30	1.97
60193844--60194015	93	1.8	93	95	2	310	20	19	29	29	1.97
60195385--60195422	14	2.8	14	96	4	69	28	28	23	18	1.98
60197532--60197588	26	2.2	25	78	3	60	22	3	3	70	1.18
60200738--60200786	18	2.7	18	84	12	64	24	2	0	73	0.94
60200738--60200785	19	2.5	20	83	12	66	25	2	0	72	0.95
60200731--60200788	23	2.4	24	80	11	66	20	1	0	77	0.86
60200735--60200781	23	2.0	23	87	8	67	23	2	0	74	0.93
60202551--60202577	8	3.4	8	100	0	54	0	11	22	66	1.22
60202551--60202585	16	2.2	16	89	0	52	2	14	20	62	1.43
60205678--60205704	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
60207414--60207567	30	5.1	30	84	0	209	23	30	29	16	1.96
60209463--60209636	46	3.8	44	76	14	156	21	19	28	29	1.98
60209457--60209628	93	1.8	93	87	2	256	21	19	29	29	1.98
60213514--60213577	24	2.7	24	85	0	83	46	23	15	14	1.82
60215243--60215294	24	2.2	24	96	0	95	26	25	0	48	1.52
60216814--60216918	55	1.9	56	82	5	133	34	20	25	19	1.96
60216839--60216908	27	2.5	28	88	4	97	34	24	24	17	1.96
60216839--60216928	27	3.2	26	81	7	90	32	24	24	18	1.97
60217034--60217098	28	2.3	28	84	5	78	29	9	26	35	1.87
60224723--60224802	28	2.8	28	94	1	133	31	21	25	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60224917--60224978	28	2.2	28	88	0	88	32	9	27	30	1.89
60227415--60227663	53	4.6	54	87	1	313	40	18	8	32	1.82
60227415--60227656	27	9.0	27	83	1	290	40	19	8	31	1.82
60227424--60227751	27	12.3	27	76	8	226	39	19	9	31	1.83
60227665--60227787	27	4.6	27	74	8	97	36	17	9	35	1.83
60227633--60227788	81	1.9	80	88	1	231	36	18	9	35	1.84
60227780--60228292	27	19.0	27	89	0	648	37	18	20	24	1.94
60227635--60227818	81	2.3	79	82	8	210	36	19	11	33	1.87
60228559--60228618	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
60237340--60237497	43	3.7	43	76	10	162	24	19	25	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186