genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19754400--19754597	27	7.3	27	88	0	252	39	6	24	29	1.79
19754400--19754597	81	2.4	81	87	0	279	39	6	24	29	1.79
19768474--19768506	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
19771962--19772073	55	2.0	55	96	0	206	49	9	1	39	1.47
19773884--19774102	25	8.8	25	89	1	296	49	10	13	26	1.74
19773898--19774102	75	2.7	75	93	1	349	49	11	12	27	1.74
19774652--19774691	21	1.9	21	85	10	55	45	7	5	42	1.54
19775972--19776095	46	2.7	46	97	0	230	20	20	28	29	1.98
19779120--19779158	20	2.0	20	89	0	60	17	23	17	41	1.91
19781627--19781809	79	2.3	81	83	8	223	25	27	21	25	1.99
19781627--19781809	40	4.6	39	81	8	201	25	27	21	25	1.99
19783235--19783522	56	5.1	56	99	0	567	22	22	9	45	1.80
19784563--19784671	41	2.7	40	87	2	146	22	22	23	31	1.99
19784799--19785355	114	4.9	114	89	1	796	30	20	21	27	1.98
19785256--19785488	74	3.1	74	97	0	430	26	16	26	30	1.97
19785623--19785665	15	2.9	14	82	3	50	20	0	37	41	1.53
19785630--19785691	14	4.4	13	78	15	52	20	0	30	48	1.50
19785653--19785711	28	2.1	28	81	6	66	25	0	22	52	1.47
19786064--19786127	7	9.1	7	72	6	58	14	3	39	43	1.61
19786223--19786273	21	2.4	22	84	15	72	19	5	37	37	1.76
19786223--19786275	7	7.6	7	73	0	52	20	5	35	37	1.77
19791556--19791603	21	2.3	21	92	7	80	22	16	56	4	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19791897--19792145	43	5.7	43	84	7	308	22	22	23	31	1.98
19796201--19796249	22	2.2	22	96	0	89	24	26	10	38	1.87
19801221--19801385	46	3.6	46	78	11	174	22	20	29	28	1.98
19801214--19801387	93	1.9	93	90	0	276	21	20	29	28	1.98
19803287--19804004	40	17.9	40	92	1	1121	24	29	22	24	1.99
19803287--19804004	202	3.6	201	93	0	1152	24	29	22	24	1.99
19811282--19811999	40	17.9	40	93	1	1175	24	29	21	24	1.99
19813441--19813480	19	2.0	20	90	4	64	55	10	2	32	1.47
19816384--19816452	15	4.6	15	83	0	84	14	17	11	56	1.67
19816375--19816454	30	2.7	30	80	7	99	13	17	13	55	1.70
19818851--19819026	46	3.8	45	73	10	142	22	18	28	30	1.97
19818847--19819019	93	1.9	93	86	0	247	22	19	28	29	1.98
19825118--19825156	10	3.8	10	80	6	51	46	23	17	12	1.83
19825118--19825159	21	2.0	21	90	4	68	47	23	16	11	1.80
19826609--19826650	22	2.0	21	81	13	50	52	26	7	14	1.67
19827174--19827286	42	2.7	41	75	5	118	10	26	1	61	1.39
19827234--19827308	6	11.8	6	73	9	60	6	21	1	70	1.17
19830600--19830645	6	8.0	6	76	9	51	78	0	4	17	0.91
19830600--19830640	11	3.6	11	90	9	57	78	0	4	17	0.93
19830598--19830645	17	2.8	17	84	9	62	77	0	4	18	0.93
19831205--19831324	57	2.1	57	90	0	195	31	22	10	35	1.89
19832290--19832601	46	6.7	47	78	10	320	30	27	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19832434--19832604	93	1.8	93	91	2	281	29	28	19	21	1.98
19832290--19832595	139	2.2	139	97	0	567	30	27	19	22	1.98
19840148--19840362	46	4.7	46	80	7	229	30	26	19	24	1.98
19850791--19850908	46	2.5	46	80	5	112	23	27	19	28	1.98
19856681--19856717	18	2.1	18	94	0	65	29	10	13	45	1.77
19867714--19867757	21	2.2	20	83	4	52	6	25	6	61	1.46
19870513--19870586	25	2.9	25	86	6	87	35	18	24	21	1.96
19870641--19870666	13	2.0	13	100	0	52	30	23	23	23	1.99
19881101--19881288	40	4.7	40	94	0	313	30	20	26	22	1.98
19886422--19886841	40	10.5	40	90	1	644	24	28	20	27	1.99
19886422--19886952	120	4.5	120	86	5	750	24	28	20	27	1.99
19886814--19886867	26	2.1	26	96	0	99	20	35	22	22	1.96
19886774--19886907	66	2.0	66	95	0	241	23	29	21	25	1.99
19886840--19886952	40	2.8	40	97	0	208	24	28	19	27	1.99
19886734--19886947	106	2.0	106	96	0	392	24	28	20	27	1.99
19892327--19893292	28	34.5	28	98	0	1853	35	25	10	28	1.90
19899725--19899774	23	2.2	23	96	0	91	40	6	4	50	1.46
19901461--19901682	114	1.9	119	80	9	269	41	9	4	44	1.57
19901840--19901878	14	2.6	15	84	12	53	71	2	0	25	0.98
19901837--19901879	22	2.0	22	81	9	52	72	2	0	25	0.97
19907154--19907179	9	2.9	9	100	0	52	57	7	0	34	1.27
19907545--19907577	16	2.0	17	88	5	50	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19910686--19910719	4	8.8	4	93	6	61	73	0	26	0	0.83
19912724--19912749	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
19915092--19915143	23	2.3	23	90	6	79	42	9	13	34	1.77
19915194--19915225	9	3.6	9	100	0	64	78	9	0	12	0.97
19919555--19919606	23	2.3	23	90	6	79	42	9	13	34	1.77
19919657--19919688	9	3.6	9	100	0	64	78	9	0	12	0.97
19925170--19925228	28	2.1	28	90	6	93	62	5	5	27	1.37
19925797--19925879	25	3.3	24	70	12	78	31	2	2	63	1.20
19925792--19925892	50	2.0	50	98	0	193	32	2	2	61	1.26
19925811--19925915	50	2.1	50	82	3	122	39	1	1	57	1.21
19926873--19926912	20	2.0	20	85	5	53	47	7	7	37	1.60
19927595--19927625	16	1.9	16	93	0	53	58	16	3	22	1.52
19928955--19928992	17	2.1	19	90	9	62	55	5	13	26	1.59
19929688--19929735	20	2.5	20	86	10	64	66	2	6	25	1.26
19929722--19929765	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
19929760--19929789	15	2.0	15	100	0	60	40	13	0	46	1.43
19932701--19932743	21	2.0	21	95	0	77	65	13	6	13	1.46
19941891--19941947	28	2.0	30	82	6	73	40	1	10	47	1.48
19942957--19943001	22	2.0	22	86	0	63	55	8	8	26	1.60
19949451--19949518	24	2.8	24	76	10	75	47	19	16	17	1.83
19949460--19949519	24	2.5	24	86	2	84	48	20	15	16	1.81
19960259--19960835	44	13.1	44	76	8	498	30	25	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19960259--19960840	88	6.6	87	84	5	672	30	25	15	28	1.96
19960259--19960810	132	4.2	132	92	1	833	29	25	15	28	1.96
19976305--19976562	129	2.0	129	97	0	489	29	19	14	36	1.92
19977075--19977232	79	2.0	79	98	0	307	36	20	5	37	1.76
19977473--19977646	27	6.4	27	82	4	179	29	27	14	28	1.96
19977490--19977645	82	1.9	81	88	3	233	29	27	15	27	1.96
19978129--19978154	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
19984462--19985460	49	20.6	49	97	1	1833	30	29	7	32	1.86
19987342--19987662	161	2.0	161	95	0	579	27	10	17	43	1.82
19990847--19990943	43	2.3	43	85	0	122	26	29	20	22	1.99
19994706--19994737	16	2.0	16	93	0	55	21	0	3	75	0.95
19994722--19994764	21	2.0	21	82	8	52	41	2	2	53	1.26
19995342--19995412	7	10.0	7	78	3	70	42	36	2	18	1.65
19995343--19995393	15	3.6	14	82	12	52	45	33	0	21	1.52
19995374--19995419	21	2.2	21	84	0	56	43	36	6	13	1.69
19995388--19995427	7	5.7	7	87	0	53	37	40	10	12	1.77
19995386--19995427	21	2.0	21	90	0	66	38	38	9	14	1.78
19995545--19995681	41	3.4	40	87	3	175	21	24	21	32	1.98
19995547--19995699	41	3.8	41	83	4	168	22	24	21	30	1.99
20009156--20009283	61	2.1	60	80	9	136	48	7	6	38	1.56
20011245--20011390	71	2.1	69	78	8	152	38	4	10	45	1.61
20012290--20012315	7	3.7	7	100	0	52	88	11	0	0	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20029596--20029671	38	2.0	38	94	0	134	17	19	17	46	1.85
20035932--20035984	25	2.2	24	82	3	61	37	22	24	15	1.92
20036290--20036339	20	2.5	20	75	18	50	48	18	0	34	1.48
20036290--20036341	21	2.5	20	75	9	52	48	17	0	34	1.48
20043484--20043570	27	3.3	27	91	1	131	35	19	22	21	1.96
20043796--20043832	18	2.1	18	100	0	74	37	5	10	45	1.62
20045670--20045716	22	2.1	22	84	11	60	42	12	4	40	1.63
20050325--20050397	27	2.7	27	80	6	67	30	21	17	30	1.97
20050943--20050979	15	2.4	16	82	13	51	56	0	10	32	1.34
20058501--20058638	49	2.9	48	79	7	163	21	31	18	27	1.97

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