genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14550010--14550158	41	3.6	41	88	0	226	26	29	20	24	1.99
14564341--14564377	19	2.0	18	89	5	56	70	0	8	21	1.13
14574814--14574842	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
14577246--14577320	2	37.5	2	86	0	60	41	5	8	45	1.56
14577241--14577298	20	2.9	20	86	0	80	36	1	13	48	1.53
14577246--14577300	22	2.5	22	87	0	83	38	1	10	49	1.49
14590716--14590746	15	2.1	15	100	0	62	45	0	12	41	1.42
14591648--14591736	40	2.2	40	87	0	133	28	13	20	38	1.90
14595983--14596035	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
14597522--14597573	26	2.0	26	96	0	95	36	25	7	30	1.84
14603036--14603088	26	2.0	27	85	7	74	28	15	18	37	1.91
14607016--14607042	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
14615351--14615558	56	3.7	56	90	0	326	33	23	16	26	1.96
14618968--14619085	42	2.8	43	79	7	125	27	25	19	27	1.99
14643932--14643981	10	5.0	10	86	13	68	70	2	8	20	1.23
14644604--14644633	12	2.4	13	94	5	53	0	10	0	90	0.47
14644604--14644633	14	2.2	14	94	5	53	0	10	0	90	0.47
14644645--14644831	96	1.9	97	87	1	277	31	26	13	28	1.94
14645591--14645645	15	3.2	18	81	18	57	74	0	5	20	1.01
14645589--14645653	6	10.2	6	78	18	60	73	0	4	21	1.00
14645606--14645651	18	2.5	18	89	10	67	76	0	6	17	1.00
14645596--14645653	24	2.4	24	86	13	75	74	0	5	20	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14648045--14648080	11	3.2	11	88	7	54	0	0	19	80	0.71
14648045--14648077	12	2.8	12	90	4	50	0	0	18	81	0.68
14648892--14648940	25	1.9	26	91	4	82	32	8	28	30	1.86
14654202--14654239	17	2.3	18	86	13	55	55	31	7	5	1.51
14665363--14665404	18	2.4	18	88	4	59	16	7	0	76	1.00
14668210--14668277	20	3.5	20	71	15	70	38	14	11	35	1.83
14668203--14668282	38	2.1	38	97	0	151	40	12	11	36	1.79
14668203--14668260	18	3.1	18	68	18	55	37	10	12	39	1.77
14670230--14670318	26	3.5	24	72	13	72	67	2	1	29	1.10
14670230--14670277	11	4.3	11	84	5	60	66	0	2	31	1.03
14673831--14673913	5	15.8	5	69	14	51	42	3	18	36	1.68
14673846--14673921	22	3.5	22	69	7	64	44	3	18	32	1.68
14678838--14678883	15	3.0	15	81	6	56	63	2	2	32	1.19
14678805--14678931	9	13.7	9	73	16	82	66	1	1	29	1.10
14694171--14694208	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
14704195--14704248	26	2.1	26	100	0	108	25	14	0	59	1.36
14704319--14704728	204	2.0	204	100	0	820	35	19	14	30	1.92
14718833--14718864	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
14719271--14719324	26	2.1	26	100	0	108	27	7	14	50	1.70
14720503--14720596	46	2.0	46	83	4	118	31	14	20	32	1.93
14723806--14723913	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
14728199--14728238	18	2.2	18	95	0	71	17	35	35	12	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14732544--14732651	26	4.2	26	89	2	164	35	23	9	32	1.86
14732544--14732651	52	2.1	52	92	3	182	35	23	9	32	1.86
14734112--14734286	41	4.3	41	88	1	235	36	24	20	19	1.95
14744634--14744658	13	1.9	13	100	0	50	8	32	36	24	1.84
14748362--14748390	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
14750034--14750140	27	4.0	27	77	8	110	37	21	22	18	1.94
14750399--14750427	8	3.6	8	100	0	58	0	41	37	20	1.53
14756696--14756830	41	3.3	40	82	4	155	36	22	20	21	1.95
14767847--14767877	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
14767844--14767883	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
14772381--14772411	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
14772378--14772417	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
14772674--14772851	55	3.3	54	79	7	184	23	24	17	33	1.96
14779437--14779601	48	3.5	47	81	8	192	29	16	21	32	1.95
14779437--14779619	94	1.9	94	81	6	219	30	16	20	32	1.95
14783031--14783061	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
14783028--14783067	20	2.0	20	85	0	53	37	20	2	40	1.66
14783247--14783480	55	4.4	54	81	8	259	22	24	17	35	1.95
14783271--14783473	108	1.9	110	88	4	313	24	25	17	33	1.97
14786056--14786109	26	2.0	27	83	16	69	33	12	9	44	1.75
14798143--14798193	26	2.0	26	96	0	93	31	19	17	31	1.95
14799801--14799893	42	2.2	43	83	9	120	23	16	26	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14800176--14800278	48	2.1	48	100	0	206	27	1	15	55	1.51
14808442--14808518	22	3.7	22	79	8	72	25	24	38	10	1.87
14809264--14809289	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
14811557--14811585	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
14813669--14813724	25	2.2	25	84	12	71	8	8	3	78	1.07
14814709--14814803	3	31.7	3	76	8	86	29	5	4	61	1.37
14818032--14818056	13	1.9	13	100	0	50	72	4	0	24	1.02
14818367--14818424	2	29.0	2	96	0	107	0	50	1	48	1.11
14831907--14831957	23	2.2	23	96	0	93	37	0	13	49	1.43
14845213--14845251	6	6.5	6	100	0	78	15	0	0	84	0.62
14857565--14857604	13	3.1	13	100	0	80	15	32	37	15	1.88
14861285--14861450	47	3.6	47	73	11	178	30	27	18	24	1.98
14861231--14861406	46	3.8	46	75	10	169	28	27	21	22	1.99
14861240--14861450	93	2.3	93	89	0	323	29	27	18	24	1.98
14871360--14871647	144	2.0	144	100	0	576	38	6	19	35	1.79
14871765--14871985	45	5.0	45	88	2	306	25	21	27	25	1.99
14876446--14876666	45	5.0	45	88	2	306	25	21	27	25	1.99
14877195--14877227	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
14899034--14899061	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
14904808--14904832	11	2.3	11	100	0	50	44	8	16	32	1.76
14906209--14906254	23	2.0	23	100	0	92	21	17	4	56	1.58
14910703--14910730	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14912438--14912468	7	4.6	7	92	8	55	29	0	0	70	0.87
14912920--14912988	32	2.2	32	84	10	88	36	10	1	52	1.44
14918942--14919029	44	2.0	44	95	0	158	32	26	12	28	1.92
14926713--14926770	23	2.5	24	83	8	75	43	3	5	48	1.42
14927517--14927582	32	2.1	32	100	0	132	37	24	19	18	1.93
14927965--14927991	14	1.9	14	100	0	54	51	14	7	25	1.68
14937068--14937155	40	2.2	40	81	4	95	39	1	15	43	1.55
14939391--14939448	25	2.3	26	88	8	93	20	25	18	34	1.96
14952842--14953001	69	2.3	69	86	4	209	41	5	15	38	1.69
14954938--14954975	20	1.9	20	88	0	58	23	5	2	68	1.23
14961421--14961475	5	11.0	5	77	14	51	25	0	0	74	0.82
14961421--14961476	15	3.7	15	80	15	71	25	0	0	75	0.81
14964116--14964298	96	1.9	96	84	2	242	30	13	23	32	1.93
14964327--14964351	8	3.1	8	100	0	50	88	0	12	0	0.53
14964914--14964951	13	2.8	13	88	4	58	42	0	13	44	1.43
14964965--14965004	20	2.0	20	90	0	62	20	5	5	70	1.26
14977020--14977058	20	2.0	20	100	0	78	51	5	12	30	1.62
14982273--14982309	19	1.9	19	88	0	56	43	2	16	37	1.62
14984186--14984230	23	2.0	23	82	8	56	46	2	17	33	1.61
14991414--14991562	41	3.7	40	79	12	160	27	19	26	26	1.99
14999269--14999360	30	3.1	30	93	3	159	21	13	8	56	1.63
15005386--15005410	7	3.6	7	100	0	50	12	56	0	32	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15013263--15013313	25	2.0	25	96	0	93	43	9	11	35	1.75
15014304--15014421	45	2.6	45	82	2	139	27	21	14	36	1.92
15015944--15015977	7	4.9	7	88	0	50	55	8	0	35	1.31
15016177--15016256	39	2.1	39	95	4	144	38	17	20	23	1.93
15016349--15016386	20	2.0	20	85	10	53	65	0	7	26	1.19
15016443--15016484	19	2.3	19	88	12	61	59	0	0	40	0.97
15016447--15016502	20	2.8	19	75	5	58	55	0	1	42	1.10
15019705--15019746	12	3.6	12	87	6	68	26	2	4	66	1.23
15019705--15019750	23	2.0	23	100	0	92	26	4	4	65	1.30
15024807--15024833	12	2.2	12	100	0	54	37	7	11	44	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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