genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18409900--18410009	55	2.0	55	98	0	211	25	19	10	44	1.83
18414743--18415251	27	18.9	28	82	7	463	34	19	21	23	1.96
18414743--18415246	54	9.4	54	84	1	539	35	19	21	24	1.96
18414727--18415246	81	6.4	80	82	3	560	35	20	21	23	1.96
18415296--18415344	24	2.1	23	88	3	71	20	8	24	46	1.77
18415408--18415472	27	2.4	25	80	14	69	20	23	21	35	1.96
18415516--18415762	32	7.7	32	77	4	176	21	19	22	36	1.95
18415516--18415782	64	4.2	64	79	4	245	21	19	21	37	1.95
18415580--18415755	96	1.8	96	82	0	226	19	18	23	38	1.94
18415774--18415838	22	3.0	21	69	13	51	16	21	16	44	1.86
18422387--18422648	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
18434762--18434804	22	2.0	22	85	0	59	53	0	0	46	1.00
18434776--18434817	21	2.0	22	85	4	59	47	0	0	52	1.00
18440119--18440152	18	1.9	18	88	5	52	55	5	2	35	1.39
18442187--18442263	34	2.3	34	93	0	127	57	1	0	41	1.07
18442263--18442349	26	3.2	26	73	9	84	45	0	2	51	1.13
18450137--18450195	29	2.0	29	96	0	109	25	13	27	33	1.93
18451628--18451759	27	4.9	26	79	13	126	32	20	24	22	1.98
18451646--18451759	53	2.1	54	85	10	162	32	21	23	21	1.98
18453376--18453454	26	3.0	26	92	0	140	36	25	6	31	1.81
18454114--18454169	25	2.3	24	81	9	60	55	1	5	37	1.33
18463382--18463427	23	2.1	23	84	8	60	58	2	2	36	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18463392--18463446	21	2.5	21	82	8	65	60	1	1	36	1.18
18482386--18483749	680	2.0	680	99	0	2710	34	14	18	32	1.91
18491041--18491075	19	1.9	19	88	11	56	62	0	0	37	0.95
18492150--18492260	56	2.0	56	98	0	213	21	26	16	36	1.94
18493667--18493748	35	2.3	35	81	4	85	54	9	7	28	1.59
18493693--18493760	35	1.9	35	93	0	118	45	11	7	35	1.69
18497543--18497581	12	3.6	11	87	12	55	74	0	15	10	1.07
18497860--18497895	18	1.9	19	88	5	56	38	0	27	33	1.57
18500147--18500470	164	2.0	164	96	0	603	29	12	18	40	1.87
18501015--18501051	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
18501854--18502088	114	2.1	114	99	0	461	40	8	22	28	1.84
18502957--18503061	50	2.1	50	96	1	194	31	7	20	40	1.81
18504142--18504414	49	5.8	48	71	14	192	26	20	31	21	1.98
18504140--18504313	47	3.8	44	78	13	190	25	20	31	22	1.98
18506160--18506219	26	2.3	26	85	0	84	36	21	23	18	1.95
18506174--18506228	26	2.1	26	86	6	76	34	21	27	16	1.95
18510066--18510142	36	2.1	36	92	0	127	27	10	11	50	1.71
18511307--18511334	14	2.0	14	100	0	56	35	7	21	35	1.81
18512854--18512977	49	2.5	50	90	2	205	62	14	1	20	1.39
18513306--18513341	18	2.0	18	94	0	63	13	41	0	44	1.44
18513954--18514002	22	2.3	21	82	6	64	59	0	2	38	1.09
18514738--18514790	26	2.0	26	96	0	97	37	0	1	60	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18526508--18526564	28	2.0	28	100	0	114	64	14	7	14	1.47
18530653--18530696	22	2.0	22	100	0	88	50	13	22	13	1.77
18530653--18530701	22	2.2	22	92	0	71	46	14	24	14	1.81
18531194--18531275	36	2.3	36	82	0	92	32	4	17	45	1.69
18531225--18531275	18	2.8	18	78	0	57	35	3	15	45	1.65
18534706--18534807	38	2.7	38	90	0	150	24	24	23	27	2.00
18534809--18534914	43	2.5	43	96	0	194	11	27	32	29	1.91
18535249--18535362	45	2.6	44	81	10	126	24	21	28	26	1.99
18540273--18540330	29	1.9	29	83	13	73	32	18	1	46	1.60
18543858--18543895	15	2.6	15	87	4	51	68	2	0	28	1.03
18543950--18544009	12	4.8	12	75	22	52	58	1	6	33	1.34
18543940--18544033	39	2.5	37	81	13	111	59	3	5	31	1.35
18543950--18544058	20	5.7	19	66	25	61	62	2	4	30	1.29
18544015--18544072	31	1.9	30	85	3	80	68	0	3	27	1.05
18544041--18544108	25	2.6	25	75	13	66	58	0	7	33	1.26
18544178--18544238	19	3.2	19	77	11	54	63	1	4	29	1.24
18544260--18544317	12	4.9	12	76	17	59	63	0	0	36	0.94
18544257--18544308	10	5.3	10	75	13	54	61	0	0	38	0.96
18547375--18547505	42	3.1	42	71	12	97	28	26	18	26	1.98
18547460--18547673	48	4.6	47	73	6	175	27	29	17	25	1.98
18547493--18547671	91	2.0	91	81	4	209	26	30	17	25	1.98
18549735--18549842	44	2.5	42	82	11	121	32	24	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18549941--18549998	29	1.9	29	83	13	73	32	18	1	46	1.60
18564704--18565059	119	3.0	119	92	0	570	34	16	17	31	1.92
18565066--18565376	115	2.6	116	89	4	444	31	19	21	27	1.98
18564762--18565386	317	2.0	319	89	1	957	33	18	19	28	1.95
18572448--18572488	21	1.9	21	85	5	55	41	14	9	34	1.79
18572459--18572537	19	4.2	19	90	9	126	36	15	10	37	1.81
18572459--18572547	36	2.4	38	85	14	134	37	14	10	38	1.80
18572920--18573712	206	3.9	206	90	0	1210	29	21	17	31	1.96
18575235--18576193	49	19.5	49	97	0	1749	24	17	28	28	1.98
18580809--18581136	6	54.2	6	76	17	306	48	14	17	19	1.81
18580788--18581158	30	12.8	30	79	15	383	48	14	17	19	1.81
18580809--18581158	85	4.1	85	98	0	673	48	14	17	19	1.81
18581288--18581356	27	2.5	28	83	4	79	33	18	26	21	1.97
18581667--18581748	27	3.1	26	87	5	110	37	20	21	19	1.94
18581948--18582143	27	7.3	27	85	0	248	27	19	17	35	1.94
18582148--18582638	27	18.2	27	81	5	555	41	9	21	27	1.84
18584758--18584852	49	1.9	49	91	0	154	24	18	28	28	1.98
18585099--18585225	64	2.0	64	98	0	245	40	10	18	29	1.84
18585896--18586177	44	6.4	44	72	8	232	27	24	17	30	1.97
18585874--18586177	132	2.3	132	93	0	509	26	24	17	31	1.97
18593764--18594604	19	44.2	19	99	0	1655	36	15	10	36	1.82
18595341--18595399	27	2.2	27	78	0	64	30	15	32	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18599067--18599203	51	2.7	50	78	2	157	28	27	19	24	1.99
18599432--18599582	76	2.0	76	96	0	275	31	18	6	43	1.76
18603375--18604243	47	18.5	47	99	0	1677	25	28	10	35	1.89
18604186--18604362	59	3.0	59	94	0	300	24	28	13	32	1.93
18604245--18604422	59	3.5	47	82	10	167	25	30	12	30	1.92
18604304--18604433	47	2.7	48	87	4	167	26	29	10	33	1.90
18609747--18609897	73	2.1	73	94	1	268	32	19	6	41	1.77
18611302--18611370	31	2.2	32	80	12	81	30	1	2	65	1.16
18612568--18612610	22	2.0	22	86	9	61	67	2	0	30	1.03
18616007--18616047	21	1.9	22	90	5	66	21	21	4	51	1.67
18618780--18618812	16	2.1	16	88	11	50	21	15	0	63	1.30
18619630--18619669	19	2.2	19	86	8	57	60	2	2	35	1.24
18628846--18628923	40	2.0	40	84	0	102	19	10	30	39	1.85
18635967--18636162	39	5.0	39	87	1	225	33	28	19	18	1.96
18639109--18639161	26	2.0	26	82	7	63	24	15	20	39	1.91
18640643--18640750	26	4.2	26	91	2	173	36	23	7	33	1.83
18642594--18642632	18	2.2	17	86	4	51	12	23	43	20	1.86
18642959--18643036	40	2.0	40	86	0	111	17	14	33	34	1.90
18655203--18655292	27	3.2	27	79	7	92	32	23	24	20	1.98
18657525--18657606	41	2.0	41	80	4	94	20	20	26	31	1.98
18658514--18658556	21	2.0	21	82	8	52	58	6	9	25	1.54
18660028--18660053	13	2.0	13	100	0	52	23	23	30	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18660768--18661546	205	3.8	204	90	1	1168	29	20	18	31	1.97
18669482--18669531	15	3.5	15	76	15	52	42	12	22	24	1.87
18669552--18669581	14	2.1	14	93	0	51	46	10	6	36	1.64
18673665--18673737	37	1.9	38	83	8	96	19	6	35	38	1.78
18673924--18674084	35	4.6	35	80	0	169	31	8	18	42	1.79
18678503--18678626	41	2.9	42	77	7	115	30	25	18	25	1.98
18680202--18680363	67	2.4	67	80	5	168	29	18	20	30	1.97
18682685--18682802	42	2.8	43	78	10	127	31	22	16	29	1.96
18688944--18689082	42	3.3	42	79	0	161	28	24	16	30	1.96
18695613--18695654	18	2.3	18	91	4	66	33	11	14	40	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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