genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   

This is table  66  of  186  ( 22216 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20841804--20841836	17	1.9	17	88	11	50	36	6	6	51	1.51
20865042--20865070	12	2.3	13	94	5	51	72	0	27	0	0.85
20866755--20866784	16	1.9	15	93	6	51	56	3	0	40	1.16
20867326--20867387	23	2.7	23	80	16	74	54	0	3	41	1.16
20868009--20868080	31	2.3	29	80	17	83	37	8	9	44	1.68
20870310--20870366	29	2.0	29	89	0	87	31	29	12	26	1.92
20878552--20878674	47	2.7	45	79	16	137	18	21	31	28	1.97
20882245--20882269	13	1.9	13	100	0	50	24	24	28	24	2.00
20884911--20885042	47	2.8	46	84	11	171	25	30	18	25	1.98
20896793--20896947	80	1.9	80	97	0	292	24	15	25	34	1.95
20900523--20900677	68	2.3	68	100	0	310	32	16	27	23	1.95
20907513--20907551	10	3.9	10	93	0	60	48	15	5	30	1.66
20907670--20907728	30	2.0	30	100	0	118	38	16	20	23	1.92
20919837--20919867	16	1.9	16	100	0	62	48	19	19	12	1.81
20920085--20920180	29	3.3	29	91	1	149	26	12	31	30	1.93
20927912--20927972	30	2.0	30	100	0	122	14	29	16	39	1.88
20935519--20935630	27	4.1	27	85	3	127	16	24	23	35	1.95
20935519--20935630	54	2.1	54	88	3	163	16	24	23	35	1.95
20946906--20946952	16	2.9	16	80	0	58	53	12	21	12	1.72
20947181--20947342	28	5.7	28	92	0	261	24	13	32	30	1.93
20949762--20950027	133	2.0	133	97	0	505	33	19	15	31	1.93
20956312--20956352	21	2.0	21	90	4	66	17	26	43	12	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20965661--20965725	22	3.0	22	79	0	67	32	20	24	23	1.98
20966087--20966279	54	3.6	52	83	8	228	32	11	19	36	1.88
20966087--20966270	81	2.3	80	82	9	230	33	11	17	37	1.86
20966088--20966279	27	7.1	27	80	11	198	31	11	19	36	1.88
20967444--20967510	34	2.0	34	90	0	107	34	22	2	40	1.69
20973402--20973446	23	1.9	24	82	13	58	48	20	6	24	1.73
20977780--20977811	16	2.0	16	100	0	64	50	18	18	12	1.78
20981570--20981753	39	4.6	39	77	11	155	26	21	26	26	1.99
20981570--20981753	40	4.6	41	77	12	181	26	21	26	26	1.99
20981625--20981776	79	1.9	79	80	10	177	27	19	26	26	1.99
20993109--20993261	44	3.6	42	78	11	134	29	27	18	24	1.98
20995368--20995405	20	1.9	20	89	10	60	39	7	10	42	1.69
21000453--21000604	43	3.5	44	76	12	127	26	17	23	32	1.96
21002455--21002535	21	3.8	21	76	3	63	38	24	20	16	1.92
21002451--21002525	21	3.4	23	76	14	86	40	25	20	14	1.90
21002912--21002951	15	2.7	14	85	11	53	52	12	0	35	1.39
21003183--21003221	17	2.2	17	86	9	51	2	23	0	74	0.94
21003988--21004036	25	2.0	25	84	8	64	34	6	4	55	1.44
21005995--21006050	21	2.6	22	77	5	60	21	33	28	16	1.95
21006014--21006061	21	2.3	21	85	0	60	22	33	29	14	1.94
21007731--21007775	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
21013728--21013752	13	1.9	13	100	0	50	32	32	20	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21019160--21019200	15	2.7	15	84	0	55	14	17	17	51	1.77
21023118--21023196	31	2.5	31	95	0	140	27	25	17	29	1.98
21023220--21023311	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
21023456--21023630	26	6.8	26	92	0	282	26	23	23	26	2.00
21023456--21023630	52	3.4	52	98	1	336	26	23	23	26	2.00
21024433--21024510	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
21024739--21024803	27	2.4	27	82	5	78	21	26	15	36	1.93
21024261--21024870	305	2.0	304	96	0	1114	31	21	16	30	1.95
21024833--21025085	27	9.3	27	75	9	149	32	9	18	38	1.83
21024943--21025085	54	2.6	54	81	8	182	31	9	20	38	1.84
21025063--21025193	27	4.9	27	86	1	129	37	5	26	30	1.79
21025027--21025247	81	2.7	81	69	2	176	34	7	24	33	1.83
21025064--21025193	54	2.4	54	81	0	143	36	5	26	30	1.79
21025199--21025288	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
21025199--21025303	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
21029502--21029679	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
21029503--21029658	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21029499--21029679	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
21032408--21032449	21	2.0	21	81	9	50	33	14	0	52	1.42
21037087--21037132	23	2.0	23	95	0	83	43	23	6	26	1.78
21040436--21040481	23	2.0	23	95	0	83	43	23	6	26	1.78
21045200--21045233	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21045253--21045480	127	1.8	123	86	9	327	48	7	3	40	1.49
21047136--21047198	25	2.4	26	80	17	76	60	1	4	33	1.27
21047814--21047847	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
21047867--21048094	127	1.8	123	86	9	327	48	7	3	40	1.49
21061541--21061574	13	2.6	13	100	0	68	17	32	35	14	1.91
21068275--21068358	28	3.0	28	91	1	132	19	3	30	46	1.66
21068279--21068372	28	3.6	24	78	18	91	15	4	34	45	1.66
21068565--21068669	21	4.9	20	79	5	84	17	21	22	38	1.93
21069751--21069900	46	3.1	46	67	14	122	26	14	28	31	1.95
21083126--21083275	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
21083150--21083333	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
21090370--21090426	23	2.5	24	88	5	82	35	15	24	24	1.95
21094204--21094369	43	3.9	43	76	10	162	30	15	23	30	1.95
21096185--21096217	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
21097939--21098024	26	3.4	26	82	7	90	26	20	22	30	1.98
21097953--21098023	26	2.8	26	91	2	108	26	21	25	26	1.99
21098071--21098118	20	2.3	21	92	3	80	35	18	10	35	1.85
21100426--21100450	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
21102400--21102521	26	4.8	26	90	3	169	27	21	26	25	1.99
21102569--21102617	11	4.7	11	80	14	59	36	18	10	34	1.85
21115863--21115946	27	3.2	26	83	8	98	20	23	21	34	1.97
21119641--21119689	21	2.4	19	77	12	53	42	22	6	28	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21124896--21125060	43	3.8	43	76	9	156	31	23	18	26	1.97
21126399--21126651	129	2.0	129	85	1	346	26	17	25	30	1.97
21126397--21126651	43	5.9	43	80	6	275	26	17	25	30	1.97
21134664--21134713	20	2.4	21	90	3	84	14	28	36	22	1.92
21140867--21141092	40	5.7	40	92	2	321	24	21	28	25	1.99
21143898--21143956	22	2.7	21	79	10	64	28	22	16	32	1.96
21143825--21143996	23	7.2	23	70	11	82	27	22	19	30	1.98
21143826--21143956	45	2.8	45	73	10	120	26	22	16	34	1.95
21143932--21143996	26	2.6	25	76	7	69	30	24	23	21	1.99
21154790--21154937	43	3.5	41	75	12	113	27	28	18	25	1.98
21161815--21162059	125	2.0	125	94	0	427	36	19	8	35	1.83
21163757--21164001	125	2.0	125	94	0	427	36	19	8	35	1.83
21166295--21166324	7	4.3	7	100	0	60	40	0	0	60	0.97
21174500--21174539	19	2.1	19	95	0	71	30	7	30	32	1.85
21175989--21176031	13	3.5	13	78	18	56	39	0	11	48	1.40
21175987--21176031	23	2.0	23	95	0	81	40	0	11	48	1.39
21180899--21181491	292	2.0	292	94	0	1033	35	17	12	33	1.88
21181570--21181651	42	1.9	43	87	2	121	26	8	18	46	1.77
21182843--21182914	36	2.0	36	97	0	135	36	12	13	37	1.83
21184983--21185696	48	14.9	48	76	6	606	25	28	17	27	1.98
21184983--21185696	96	7.4	95	83	4	853	25	28	17	27	1.98
21185033--21185682	287	2.3	287	96	0	1201	26	28	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21191457--21191494	11	3.2	12	82	10	51	73	2	0	23	0.95
21191467--21191545	42	1.9	41	82	7	97	63	2	3	30	1.25
21193443--21193489	20	2.3	20	96	0	85	21	38	23	17	1.93
21203536--21203747	40	5.3	40	85	6	211	26	25	20	26	1.99
21203536--21203800	80	3.3	80	86	4	349	26	26	21	26	2.00
21207892--21208223	48	6.9	47	80	5	342	25	28	18	27	1.98
21207892--21208223	96	3.4	96	87	0	466	25	28	18	27	1.98
21207889--21208223	144	2.3	144	81	3	386	24	28	19	27	1.98
21213310--21213398	44	2.0	44	95	0	160	34	13	21	30	1.92
21219253--21219430	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186