genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840795--840895	48	2.1	48	92	0	166	26	17	26	28	1.98
846171--846203	14	2.2	16	89	10	52	33	24	0	42	1.55
855296--855328	14	2.2	16	89	10	52	33	24	0	42	1.55
857535--857665	50	2.6	50	89	1	201	24	28	20	26	1.99
867610--867685	11	6.8	11	68	24	52	42	1	2	53	1.23
871311--871403	28	3.3	28	84	11	118	31	12	31	24	1.93
874789--874849	30	2.1	30	93	3	106	29	16	22	31	1.96
881227--881404	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
881248--881403	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
889290--889467	27	6.6	27	83	5	180	29	28	15	26	1.96
889311--889466	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
893303--893363	30	2.1	30	93	3	106	26	16	26	31	1.96
897755--897786	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
907321--907376	25	2.3	24	81	6	60	23	17	8	50	1.74
907337--907387	23	2.1	25	85	7	70	21	21	7	49	1.75
907500--907716	55	4.0	54	78	7	235	22	24	17	35	1.95
908588--908685	49	2.0	49	100	0	196	34	32	6	26	1.81
914866--914896	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
914863--914902	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
915132--915348	55	4.0	54	78	7	235	23	24	17	35	1.95
915945--917187	452	2.7	454	91	1	2082	35	17	12	34	1.88
917129--917249	63	1.9	63	88	8	183	30	26	6	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
938514--938538	13	1.9	13	100	0	50	56	0	4	40	1.18
943978--944006	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
944396--944520	59	2.0	59	89	9	187	47	1	6	44	1.38
945155--945217	31	2.0	31	96	0	117	42	11	7	38	1.70
947005--947036	15	2.1	15	100	0	64	31	6	12	50	1.65
950529--950585	30	1.9	30	89	7	89	14	31	33	21	1.92
951432--951462	12	2.7	12	95	5	55	6	9	0	83	0.79
955743--955968	46	4.9	45	79	8	206	22	30	18	28	1.97
958048--958086	17	2.2	18	81	9	53	0	10	64	25	1.25
963059--963121	31	2.0	31	96	0	117	19	19	25	36	1.94
968075--968169	46	2.1	46	100	0	190	24	20	21	34	1.96
969215--969443	43	5.3	43	86	5	304	34	33	21	11	1.89
969224--969422	86	2.3	86	93	1	337	34	33	22	10	1.87
983508--983595	27	3.3	27	80	12	83	29	18	20	31	1.96
983543--983612	27	2.6	27	88	0	77	28	15	15	40	1.88
992313--992437	56	2.2	56	84	2	153	25	12	30	32	1.92
992338--992462	28	4.5	28	89	2	173	25	12	29	32	1.93
992338--992462	55	2.3	55	87	2	171	25	12	29	32	1.93
995625--995791	46	3.6	45	74	13	153	29	28	19	21	1.98
995626--995795	93	1.8	92	91	1	277	30	28	20	21	1.98
1003248--1003410	46	3.5	46	76	12	163	30	28	19	20	1.97
1003249--1003419	93	1.8	93	89	2	272	29	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1003838--1003897	30	2.0	30	83	3	77	30	26	6	36	1.82
1007880--1007998	27	4.4	27	86	0	157	28	21	15	33	1.95
1007961--1008039	42	1.9	42	89	7	126	27	21	11	39	1.88
1008002--1008276	27	10.3	27	86	1	349	27	21	16	34	1.95
1008002--1008276	53	5.2	53	86	3	354	27	21	16	34	1.95
1008002--1008276	134	2.1	133	95	0	496	27	21	16	34	1.95
1011481--1011605	45	2.8	45	82	2	135	27	13	25	33	1.93
1021330--1021542	112	1.9	111	91	0	345	26	12	24	35	1.92
1021335--1021545	56	3.8	56	84	3	282	26	13	24	35	1.93
1021334--1021576	56	4.4	54	74	13	172	25	12	25	35	1.92
1021333--1021574	112	2.2	111	85	6	319	25	12	26	35	1.92
1023242--1023286	22	2.0	22	100	0	90	31	11	17	40	1.85
1028857--1028917	22	2.9	22	90	4	99	54	11	26	8	1.64
1029086--1029124	10	3.6	10	83	16	51	84	0	12	2	0.72
1029088--1029121	15	2.3	15	89	0	50	82	0	14	2	0.79
1029285--1029362	39	2.0	39	97	0	147	28	37	12	21	1.90
1031626--1031754	39	3.2	38	76	8	114	36	20	20	21	1.95
1031746--1032058	113	2.8	113	84	4	380	25	20	23	31	1.98
1032541--1032714	7	25.1	7	66	15	51	17	3	39	40	1.66
1032564--1032616	21	2.6	21	81	3	63	13	1	43	41	1.54
1032579--1032635	27	2.1	27	100	0	114	10	3	47	38	1.55
1033162--1033307	75	1.9	74	82	5	177	30	13	21	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1033247--1033503	114	2.3	115	79	3	277	28	17	22	31	1.97
1033592--1033837	74	3.3	74	93	1	420	26	14	17	41	1.88
1033760--1034057	115	2.6	115	93	1	517	26	15	18	39	1.90
1035126--1035600	53	9.3	53	93	4	777	45	19	0	34	1.51
1035592--1035645	9	5.7	10	79	20	55	42	20	0	37	1.52
1037679--1037712	14	2.4	14	95	0	59	17	8	20	52	1.71
1037780--1037901	42	2.9	42	90	0	190	25	21	19	33	1.97
1038565--1038602	10	3.8	10	85	0	58	28	36	0	34	1.58
1045916--1046095	27	6.7	27	85	3	247	29	24	7	38	1.82
1045916--1046095	54	3.4	54	91	2	274	29	24	7	38	1.82
1046135--1046252	27	4.3	27	78	12	98	41	19	8	30	1.81
1046152--1046259	27	3.9	27	79	11	112	40	17	9	32	1.81
1046316--1046377	27	2.3	27	78	10	65	37	19	20	22	1.95
1047187--1047269	25	3.4	24	85	8	96	27	22	24	25	2.00
1047404--1047495	42	2.2	42	98	0	175	31	15	20	32	1.94
1047519--1047633	31	3.7	31	89	1	178	30	16	24	28	1.96
1051201--1052150	80	11.9	80	97	0	1726	20	25	22	31	1.98
1051201--1052150	120	7.9	120	97	0	1726	20	25	22	31	1.98
1051201--1052189	40	24.8	40	96	1	1434	20	25	22	31	1.98
1068699--1068765	34	2.0	33	93	0	107	35	8	25	28	1.86
1073007--1073154	43	3.5	42	80	6	147	31	25	18	25	1.98
1075615--1075665	23	2.2	23	92	0	84	23	31	31	13	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1077129--1077212	43	2.0	43	88	4	125	29	29	16	23	1.96
1081085--1081243	43	3.7	43	74	7	135	25	16	25	32	1.96
1088485--1088592	37	2.9	37	94	0	180	25	31	19	24	1.98
1088733--1089022	48	6.0	48	91	0	463	31	25	6	36	1.83
1103331--1103430	51	2.0	51	86	4	139	25	15	25	35	1.94
1106201--1106245	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
1106581--1106607	9	3.0	9	100	0	54	33	0	11	55	1.35
1108549--1108593	17	2.7	18	76	13	51	15	15	0	68	1.21
1126033--1126169	46	3.0	46	89	0	202	25	31	8	34	1.86
1126143--1126384	47	5.1	47	87	4	331	26	29	10	33	1.90
1126143--1126384	98	2.5	96	86	2	335	26	29	10	33	1.90
1128513--1128644	67	2.0	67	98	0	255	28	18	15	37	1.91
1136736--1136765	15	2.0	15	93	0	51	40	10	20	30	1.85
1136991--1137034	20	2.2	20	84	8	54	52	6	13	27	1.66
1137008--1137151	56	2.6	55	81	6	155	47	7	14	30	1.72
1137527--1137579	21	2.5	21	85	11	65	66	5	0	28	1.15
1137528--1137590	19	3.2	19	80	14	58	61	6	1	30	1.30
1140578--1140994	206	2.0	206	97	2	793	39	15	17	27	1.90
1143190--1143232	21	2.0	21	100	0	86	51	30	4	13	1.62
1145605--1146109	274	1.8	272	85	6	707	35	21	13	30	1.91
1149851--1149884	17	2.0	17	100	0	68	35	5	11	47	1.65
1150375--1150484	54	2.0	54	98	0	211	39	9	19	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1152304--1152895	94	6.3	94	86	2	760	27	21	18	33	1.96
1152397--1152833	44	9.4	44	67	19	190	27	21	17	33	1.96
1152441--1152883	50	9.3	49	68	20	246	27	20	17	33	1.96
1158802--1158964	40	4.1	40	86	3	240	28	27	20	23	1.99
1164782--1164895	57	2.0	57	91	0	183	34	25	19	21	1.96
1177026--1177299	39	7.0	38	85	3	305	31	27	20	21	1.98
1177042--1177299	78	3.3	78	85	2	347	30	26	20	22	1.98
1177082--1177299	117	1.9	118	96	0	402	29	27	20	22	1.98
1182748--1183158	47	8.7	47	96	0	732	32	8	29	29	1.86
1183277--1183355	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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