genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18700013--18700052	18	2.2	18	86	8	55	22	5	0	72	1.04
18701660--18701835	46	3.8	46	78	10	160	21	20	28	29	1.98
18701659--18701828	93	1.8	93	87	0	250	22	20	28	28	1.99
18703759--18703801	20	2.2	20	91	0	68	11	32	20	34	1.89
18706593--18706662	29	2.4	29	80	2	88	34	11	22	31	1.90
18706608--18706669	29	2.1	29	81	0	70	30	17	25	25	1.97
18713750--18713814	6	10.5	6	86	6	94	20	1	0	78	0.83
18713742--18713818	24	3.2	24	80	14	88	20	1	1	76	0.93
18714770--18714803	14	2.4	14	90	0	50	32	23	11	32	1.91
18714779--18714814	18	2.0	18	88	0	54	38	22	8	30	1.83
18716466--18716878	207	2.0	207	100	0	826	30	15	15	38	1.88
18716776--18717943	233	5.0	233	96	0	2088	28	13	19	38	1.89
18719869--18720367	48	10.6	46	80	8	440	26	28	18	26	1.98
18719867--18720320	94	4.8	93	81	9	469	25	28	18	27	1.98
18721067--18721114	23	2.1	23	100	0	96	25	16	20	37	1.93
18723166--18723203	20	1.9	20	88	0	58	26	0	2	71	1.00
18726967--18727037	28	2.5	28	83	0	106	33	7	26	32	1.83
18730075--18730116	18	2.3	18	80	8	50	21	2	4	71	1.16
18730162--18730209	17	2.7	19	87	9	66	27	0	4	68	1.07
18730163--18730256	3	31.7	3	73	18	54	26	3	5	64	1.30
18734654--18735515	64	13.5	64	99	0	1681	21	15	21	41	1.90
18739153--18739182	11	2.7	11	89	0	51	26	13	16	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18741896--18741920	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
18747165--18747201	11	3.2	11	85	14	56	37	0	16	45	1.47
18747165--18747199	13	2.8	13	91	8	56	40	0	17	42	1.49
18747861--18748000	43	3.3	43	81	6	142	33	27	14	25	1.94
18747922--18748025	43	2.7	38	76	16	104	32	29	14	23	1.94
18748169--18748235	35	1.9	35	90	0	107	37	7	10	44	1.67
18748667--18748732	34	1.9	35	87	9	100	57	1	1	39	1.17
18751705--18751763	29	2.0	29	87	12	84	13	8	6	71	1.30
18759024--18759065	15	2.7	16	82	14	52	42	4	0	52	1.22
18762698--18762724	14	1.9	14	100	0	54	14	0	0	85	0.61
18775961--18776096	71	1.9	70	93	1	236	32	18	18	30	1.95
18778068--18778203	71	1.9	70	93	1	236	32	18	18	30	1.95
18781675--18781734	31	1.9	32	87	12	90	45	13	8	33	1.73
18795647--18795702	28	2.0	28	96	0	103	28	12	17	41	1.86
18800265--18800293	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
18800316--18800367	5	10.4	5	100	0	104	40	0	0	59	0.97
18802290--18802316	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
18807885--18807913	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
18811475--18811538	27	2.3	28	76	7	69	53	1	4	40	1.31
18812638--18812701	22	3.0	21	76	4	65	15	7	3	73	1.19
18813748--18813802	17	3.4	16	78	9	58	61	3	0	34	1.13
18814740--18815162	230	1.9	225	80	9	491	36	13	8	41	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18824575--18824604	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
18825151--18825442	146	2.0	146	99	0	575	31	18	18	31	1.95
18831095--18831611	44	11.7	43	76	7	459	27	16	26	29	1.97
18831090--18831609	132	3.9	132	97	0	932	27	16	26	29	1.97
18836301--18836325	5	5.0	5	100	0	50	20	0	20	60	1.37
18847086--18847125	21	1.9	21	85	10	55	20	10	52	17	1.72
18852387--18852432	18	2.6	18	80	13	51	8	23	47	19	1.77
18852483--18852516	17	1.9	18	94	5	61	17	23	35	23	1.95
18857739--18857944	35	5.9	35	75	5	130	33	30	4	30	1.79
18857758--18857944	70	2.7	70	83	1	223	33	31	5	29	1.80
18858446--18858487	22	2.0	20	90	9	66	47	19	0	33	1.49
18860125--18860159	17	2.1	17	88	0	52	74	8	2	14	1.17
18863989--18864030	15	2.8	15	92	0	66	52	23	2	21	1.59
18864578--18864737	56	2.9	56	88	0	230	34	23	14	28	1.94
18877173--18877217	20	2.3	20	81	14	58	44	4	4	46	1.43
18883449--18883546	47	2.1	47	96	0	178	36	4	6	53	1.45
18887708--18887768	27	2.2	28	94	5	108	29	18	0	52	1.45
18887747--18887813	24	2.8	24	80	10	75	16	16	0	67	1.24
18888355--18888384	15	2.0	15	100	0	60	26	13	26	33	1.93
18894275--18894389	23	5.0	22	69	12	63	42	21	18	17	1.89
18894284--18894391	46	2.3	46	82	0	126	42	21	18	17	1.89
18902394--18902450	23	2.5	23	94	0	96	38	28	21	12	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18903344--18903386	22	2.0	20	82	8	50	55	6	16	20	1.64
18906295--18906354	18	3.3	18	85	0	75	36	8	11	43	1.71
18906481--18906587	45	2.4	45	79	3	117	42	15	16	25	1.88
18906711--18906750	20	2.0	20	90	9	64	40	12	5	42	1.64
18906718--18906767	15	3.0	15	83	16	55	40	14	2	44	1.56
18907644--18907678	18	1.9	18	88	0	52	0	25	2	71	1.00
18907800--18907867	16	4.1	16	70	21	50	44	5	2	47	1.42
18907951--18907985	9	3.9	9	88	11	54	22	0	0	77	0.78
18912978--18913066	18	4.9	18	83	5	117	35	12	11	40	1.79
18913193--18913298	45	2.4	45	80	4	124	39	16	20	23	1.92
18913436--18913487	16	2.9	16	74	20	50	40	13	1	44	1.55
18913447--18913496	15	3.0	15	83	16	55	40	14	2	44	1.56
18918369--18918439	35	2.0	35	100	0	142	40	8	25	25	1.83
18922216--18922346	49	2.7	49	82	5	142	26	26	17	29	1.98
18925415--18925494	34	2.4	34	82	2	90	26	26	26	21	1.99
18933964--18934204	49	4.9	50	82	3	290	25	18	27	28	1.98
18934069--18934152	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
18933967--18934226	101	2.6	101	82	5	260	25	18	27	28	1.98
18935600--18935628	12	2.3	13	94	5	51	58	24	0	17	1.38
18938286--18938368	41	2.0	41	90	0	130	26	22	16	33	1.96
18946850--18946930	36	2.2	36	93	4	137	40	18	16	24	1.90
18960143--18960177	5	6.6	5	87	12	52	17	2	0	80	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18967271--18967445	45	4.0	45	88	3	223	25	22	26	25	2.00
18978240--18978312	35	2.1	35	92	0	119	26	5	19	49	1.69
18985188--18985258	34	2.1	34	97	0	133	32	25	15	26	1.95
18988728--18988817	5	16.8	5	73	21	67	17	5	1	75	1.05
18988725--18988802	40	1.9	41	86	2	113	17	6	1	74	1.10
18988728--18988817	12	8.4	10	73	18	67	17	5	1	75	1.05
19003532--19003566	6	5.5	6	87	12	52	0	20	0	80	0.72
19003525--19003566	20	2.1	20	95	0	75	0	21	0	78	0.75
19005534--19005575	18	2.3	18	91	0	66	38	16	14	30	1.89
19006874--19006930	22	2.7	22	86	10	75	5	17	7	70	1.29
19007052--19007095	4	10.2	4	86	13	61	27	0	0	72	0.85
19007052--19007095	13	3.4	13	96	0	79	27	0	0	72	0.85
19007051--19007098	9	5.4	9	85	5	71	29	0	0	70	0.87
19007052--19007101	13	3.8	13	94	0	73	30	0	0	70	0.88
19007098--19007134	11	3.5	11	96	3	67	70	0	0	29	0.88
19014615--19014731	57	2.1	57	86	0	162	45	7	20	26	1.78
19015188--19015244	28	2.0	28	100	0	114	17	17	10	54	1.70
19018102--19018213	27	4.1	27	79	7	111	16	23	21	38	1.93
19018102--19018213	54	2.1	54	83	3	136	16	23	21	38	1.93
19021857--19021992	68	2.0	67	95	1	245	27	11	30	30	1.91
19022664--19022712	22	2.1	24	85	11	66	6	24	2	67	1.24
19023951--19024055	27	3.9	27	83	7	115	16	24	21	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19023951--19024062	54	2.1	54	83	3	136	16	24	22	37	1.93
19025936--19025976	20	1.9	22	85	14	59	7	31	2	58	1.38
19027668--19027713	24	1.9	24	81	0	56	30	19	28	21	1.98
19027876--19027921	17	2.5	19	82	10	60	34	17	2	45	1.61
19034059--19034117	24	2.5	24	88	0	91	38	18	22	20	1.93
19034059--19034128	24	2.9	23	80	4	77	35	17	24	22	1.95
19051574--19051617	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
19053367--19053398	8	4.0	8	95	0	55	50	21	28	0	1.49
19054022--19054163	60	2.3	60	78	8	146	30	19	22	28	1.98
19056169--19056195	11	2.5	11	100	0	54	51	0	22	25	1.48

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