genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15915697--15915770	24	3.1	24	96	0	139	22	4	48	24	1.68
15915749--15915841	30	3.1	30	85	3	125	20	0	46	33	1.51
15915749--15915836	17	5.6	17	70	20	75	20	0	47	31	1.50
15919272--15919444	89	2.1	82	81	12	192	24	17	10	47	1.78
15935656--15935798	44	3.2	46	68	20	113	46	2	2	48	1.28
15935690--15935857	47	3.7	46	72	18	152	45	2	3	48	1.35
15935656--15935823	91	1.8	91	93	0	291	46	2	2	47	1.33
15935973--15936027	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
15942103--15942168	20	3.5	20	68	19	61	43	7	16	31	1.76
15942103--15942171	35	1.9	36	91	2	113	43	8	17	30	1.79
15943319--15944255	117	8.0	117	99	0	1838	30	15	21	33	1.94
15952255--15952292	18	2.1	18	85	9	51	23	0	5	71	1.07
15952596--15952620	8	3.1	8	100	0	50	24	12	52	12	1.72
15956323--15956439	60	2.0	60	98	0	225	27	18	13	40	1.89
15956826--15956957	66	2.0	66	98	0	255	10	32	18	37	1.86
15957251--15957408	79	2.0	79	98	0	307	17	27	21	34	1.95
15963158--15963295	69	2.0	69	91	0	222	36	11	24	27	1.90
15965194--15965261	26	2.5	27	78	4	75	61	1	5	30	1.28
15965201--15965259	27	2.2	26	84	3	73	61	1	6	30	1.32
15965245--15965309	30	2.2	30	97	0	121	60	1	0	38	1.07
15967540--15967665	63	2.0	63	95	0	225	24	6	26	42	1.78
15971178--15971328	75	2.0	75	97	0	284	31	19	3	45	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15978599--15978636	5	7.6	5	88	11	60	84	0	0	15	0.63
15978598--15978636	20	2.0	19	95	5	69	84	0	0	15	0.62
15979906--15979965	30	2.0	30	100	0	120	46	20	23	10	1.80
15995969--15996191	105	2.1	105	88	0	329	21	29	25	24	1.99
15997281--15997453	75	2.3	75	80	3	170	35	20	21	22	1.96
15998111--15998195	42	2.0	42	95	0	152	35	11	7	45	1.68
16003836--16003870	15	2.3	15	85	0	52	22	11	37	28	1.89
16006695--16006788	42	2.2	42	83	7	111	19	31	26	22	1.97
16007369--16007406	19	2.0	19	100	0	76	5	31	0	63	1.17
16007790--16007884	33	2.8	33	80	7	93	22	5	1	71	1.12
16007802--16007859	30	2.0	29	86	10	82	20	6	1	70	1.19
16007797--16007884	18	4.6	18	74	20	72	21	5	1	71	1.13
16010468--16010492	11	2.3	11	100	0	50	80	0	0	20	0.72
16013201--16013239	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
16013680--16013794	55	2.1	56	83	8	146	35	21	24	18	1.95
16013705--16013794	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
16013900--16013965	28	2.4	28	94	0	114	31	7	27	33	1.85
16017432--16017473	21	2.0	21	81	9	50	69	4	2	23	1.20
16026806--16026882	21	3.7	21	78	0	82	48	19	18	14	1.82
16026805--16026900	42	2.3	43	82	8	117	46	18	19	14	1.83
16028916--16028944	4	7.2	4	100	0	58	24	0	51	24	1.48
16039834--16039864	16	1.9	16	93	0	53	25	25	0	48	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16048099--16048123	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
16055398--16056197	3	266.7	3	99	0	1591	66	0	33	0	0.92
16061115--16061166	3	17.3	3	75	0	50	28	36	1	32	1.69
16067985--16068116	47	2.8	48	87	1	176	32	27	17	22	1.96
16071857--16071970	60	1.9	60	98	0	219	32	20	7	40	1.79
16082652--16082768	47	2.5	47	83	2	137	30	28	19	21	1.98
16087035--16087217	27	6.8	25	78	10	134	38	18	10	32	1.86
16087035--16087217	54	3.4	52	78	8	172	38	18	10	32	1.86
16087036--16087217	81	2.2	82	82	3	226	38	18	10	31	1.86
16087661--16087734	32	2.3	32	78	0	85	33	17	14	33	1.91
16092585--16092698	39	2.9	39	89	3	160	33	12	28	25	1.92
16093532--16093703	43	4.0	44	78	5	172	27	15	23	33	1.94
16094446--16094494	22	2.2	20	77	19	53	18	4	26	51	1.64
16096342--16096509	45	3.7	45	78	4	178	23	15	26	35	1.94
16096920--16096965	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
16096927--16096971	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
16100577--16100602	8	3.2	8	100	0	52	23	0	26	50	1.50
16109548--16109703	43	3.7	42	75	10	147	25	17	26	31	1.97
16114223--16114256	16	2.1	16	100	0	68	23	17	26	32	1.97
16118867--16118903	17	2.1	19	85	10	51	10	27	43	18	1.83
16120706--16120850	44	3.3	44	72	14	154	28	25	15	29	1.96
16120662--16120849	88	2.1	88	95	0	331	28	23	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16122714--16122816	41	2.5	41	79	9	109	28	13	26	32	1.94
16132015--16132051	19	1.9	19	100	0	74	24	16	16	43	1.87
16140994--16141123	66	2.0	66	95	0	233	33	4	19	43	1.71
16141274--16141512	40	6.0	40	88	0	352	22	20	29	27	1.99
16153044--16153174	68	1.9	68	90	3	210	30	21	11	36	1.89
16160889--16160980	46	2.0	46	95	0	166	25	23	23	27	2.00
16162479--16162610	66	2.0	66	96	0	246	29	22	10	37	1.88
16170074--16170213	70	2.0	69	92	1	235	37	18	10	32	1.85
16172112--16172261	75	2.0	75	98	0	291	25	14	24	35	1.94
16175917--16175945	12	2.5	12	94	5	51	41	20	0	37	1.53
16184683--16184720	20	1.9	20	88	0	58	42	2	0	55	1.14
16185243--16185289	22	2.1	22	84	0	58	31	10	6	51	1.62
16192277--16192325	23	2.1	23	85	7	64	36	0	2	61	1.08
16199559--16199669	54	2.1	53	91	1	177	19	23	21	35	1.96
16199569--16199669	27	3.8	26	83	6	130	20	23	19	35	1.96
16218636--16218900	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
16218603--16218900	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
16218832--16218909	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
16220537--16220632	43	2.2	46	80	12	112	30	15	26	28	1.96
16229336--16229388	19	2.9	17	76	15	52	71	3	1	22	1.12
16231018--16231115	40	2.5	38	82	6	124	38	35	13	12	1.82
16232697--16232769	35	2.1	35	100	0	146	39	19	5	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16245919--16246342	44	9.6	45	78	3	389	29	24	17	29	1.97
16245911--16246342	132	3.3	132	96	0	794	29	24	16	29	1.97
16246338--16247001	95	7.0	95	96	0	1202	28	21	20	29	1.98
16246808--16247364	229	2.4	229	97	0	1042	27	23	21	28	1.99
16247039--16247196	45	3.4	45	65	17	115	26	24	20	28	1.99
16247037--16247230	95	2.0	95	97	0	370	26	23	21	28	1.99
16247132--16247410	134	2.1	134	95	1	497	27	24	21	26	1.99
16247360--16247532	86	2.0	87	84	3	224	26	24	23	25	2.00
16248763--16248816	24	2.2	24	81	9	65	9	18	0	72	1.11
16251671--16251714	19	2.3	20	84	7	56	40	11	20	27	1.86
16278216--16278299	26	3.2	26	96	0	150	34	5	23	35	1.80
16279926--16280047	27	4.5	27	90	1	181	18	24	23	33	1.96
16279926--16280065	54	2.6	55	87	2	185	17	23	22	36	1.95
16279924--16280065	27	5.3	26	87	5	158	16	23	23	36	1.94
16281084--16281256	46	3.8	45	77	10	188	22	20	28	28	1.98
16281077--16281248	93	1.8	93	91	0	281	22	20	29	27	1.99
16284846--16284955	56	2.0	54	92	3	184	46	6	13	33	1.69
16284846--16284997	56	2.8	54	82	9	148	44	7	13	35	1.71
16295765--16295828	29	2.1	31	83	11	80	35	0	3	60	1.12
16295806--16295830	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
16296155--16296550	99	4.0	99	99	0	783	41	5	27	26	1.76
16304596--16304765	46	3.7	46	70	10	157	22	20	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16311323--16311388	33	2.0	33	100	0	132	45	12	6	36	1.66
16316243--16316268	7	3.7	7	100	0	52	15	0	0	84	0.62
16317255--16317294	19	2.0	20	86	13	57	77	2	5	15	1.04
16317556--16317581	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
16320670--16320721	21	2.5	21	93	0	86	40	13	28	17	1.87
16324377--16324772	27	14.7	27	78	9	238	41	19	7	31	1.79
16325496--16325549	22	2.5	22	87	0	81	11	18	25	44	1.83
16328552--16329113	281	2.0	281	95	0	1018	29	14	24	32	1.94
16332410--16332478	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
16332401--16332480	30	2.7	30	82	7	99	11	17	15	56	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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