genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7689944--7690018	19	4.3	18	76	10	75	36	2	1	60	1.20
7689990--7690040	26	2.0	26	88	0	75	27	3	1	66	1.20
7690186--7690228	22	2.0	20	86	8	59	30	6	4	58	1.45
7692168--7692199	16	2.0	16	93	0	55	37	18	3	40	1.67
7693996--7694053	29	2.0	29	100	0	116	51	10	6	31	1.62
7698328--7698381	20	2.7	19	73	18	56	51	3	7	37	1.48
7699264--7699304	21	1.9	22	85	14	59	63	7	0	29	1.21
7699534--7699560	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
7700592--7700622	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
7702754--7702812	29	2.0	29	96	0	109	25	10	15	49	1.76
7703082--7703121	9	4.6	9	87	6	55	70	0	25	5	1.08
7703079--7703124	23	2.0	23	86	0	65	67	0	28	4	1.10
7703082--7703127	17	2.6	17	82	3	56	67	0	28	4	1.10
7707397--7707433	19	1.9	19	88	0	56	35	5	16	43	1.71
7709038--7709090	24	2.2	24	89	0	79	39	1	9	49	1.46
7714094--7714153	22	2.9	21	80	11	70	66	3	1	28	1.17
7714094--7714147	21	2.5	22	85	8	67	64	3	1	29	1.21
7724259--7724524	103	2.6	104	90	3	419	19	20	29	29	1.97
7726047--7726113	27	2.5	27	92	7	118	38	13	26	20	1.90
7732159--7732197	13	2.8	14	84	11	53	51	0	0	48	1.00
7732209--7732246	19	2.0	20	89	5	60	76	5	7	10	1.15
7732234--7732284	18	2.8	18	79	5	50	66	5	21	5	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7734372--7734410	19	2.0	20	85	5	53	38	0	5	56	1.22
7735790--7735865	33	2.3	34	78	17	88	34	18	23	23	1.96
7743303--7743329	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
7745658--7745694	19	1.9	19	88	0	56	67	2	2	27	1.17
7751335--7751381	18	2.8	16	84	12	58	68	4	0	27	1.08
7752325--7752370	19	2.4	20	75	20	53	45	4	2	47	1.34
7752406--7752480	18	3.9	18	74	19	62	34	5	4	56	1.41
7752406--7752491	20	4.3	20	72	19	65	36	4	3	55	1.37
7752619--7752648	14	2.1	15	93	6	53	40	0	0	60	0.97
7755423--7755474	27	1.9	27	85	14	72	34	5	25	34	1.80
7755423--7755497	27	2.7	27	76	14	71	33	5	24	37	1.78
7757334--7757375	22	2.0	21	86	13	59	33	4	0	61	1.17
7760805--7760926	3	40.3	3	69	14	72	26	5	5	62	1.40
7760799--7760845	15	3.1	15	87	0	58	27	0	6	65	1.16
7760971--7761035	30	2.2	29	89	8	103	29	10	6	53	1.59
7760979--7761040	30	2.1	30	100	0	124	25	9	6	58	1.54
7765347--7765507	51	3.2	51	89	3	261	32	12	22	32	1.91
7773390--7773448	23	2.6	23	79	15	61	42	13	6	37	1.71
7774090--7774124	16	2.2	16	89	0	52	37	25	14	22	1.92
7775338--7775522	94	2.0	94	94	0	325	33	21	18	25	1.97
7777354--7777533	91	2.0	91	96	0	333	36	16	16	31	1.90
7788183--7788226	21	2.1	21	91	0	70	25	15	11	47	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7792982--7793208	44	5.2	44	68	13	119	30	19	24	25	1.98
7792824--7793275	175	2.6	175	85	2	584	29	21	23	25	1.99
7794915--7795030	3	38.3	3	74	11	94	26	4	5	63	1.34
7794896--7795022	39	3.2	39	78	7	105	26	4	6	62	1.39
7797246--7797276	14	2.2	14	100	0	62	35	6	6	51	1.53
7799252--7799282	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
7812012--7812053	16	2.4	17	80	15	50	71	2	11	14	1.24
7815422--7815482	26	2.5	25	84	7	72	29	13	3	54	1.55
7818444--7818468	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
7821918--7821942	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
7834111--7834140	15	2.0	15	100	0	60	26	13	13	46	1.80
7842823--7842946	46	2.8	46	91	3	200	28	22	16	33	1.95
7842908--7843121	37	5.8	37	97	0	392	27	20	13	39	1.89
7845647--7845696	26	1.9	26	83	0	64	60	4	2	34	1.27
7852266--7852389	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
7852266--7852572	37	7.7	45	90	6	212	26	20	15	37	1.93
7852351--7852601	37	6.8	37	95	0	439	26	20	13	39	1.90
7862221--7862264	20	2.1	21	87	4	63	43	0	6	50	1.29
7864786--7864824	19	2.0	21	85	10	55	25	5	7	61	1.44
7870848--7870887	19	2.1	19	85	0	53	50	7	15	27	1.70
7871471--7871785	130	2.4	127	80	8	350	39	18	15	26	1.91
7871558--7871807	130	1.9	129	88	2	376	37	18	16	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7872791--7872829	17	2.4	16	91	4	60	71	2	0	25	0.98
7872792--7872831	20	2.0	20	85	9	55	70	2	0	27	1.01
7881282--7881329	18	2.6	18	90	6	69	22	25	0	52	1.48
7884056--7884111	27	2.1	27	93	0	94	25	10	10	53	1.67
7887254--7887299	20	2.3	21	81	11	60	32	17	6	43	1.75
7888276--7888330	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
7888371--7888424	26	2.1	25	83	10	65	59	1	9	29	1.39
7888389--7888454	26	2.6	25	85	4	78	59	6	4	30	1.42
7888419--7888460	22	1.9	22	90	0	66	61	7	2	28	1.35
7889903--7889935	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
7889863--7890100	92	2.7	88	85	4	309	36	18	17	26	1.93
7890007--7890396	73	5.3	75	84	4	479	34	20	15	29	1.93
7890029--7890396	148	2.5	147	91	1	594	33	20	15	30	1.93
7890566--7890610	13	3.4	13	81	6	63	68	4	11	15	1.34
7890394--7890754	100	3.7	101	82	6	396	37	19	18	24	1.93
7890587--7890754	90	1.9	87	87	3	246	35	21	18	25	1.96
7890579--7890774	90	2.2	87	79	11	227	39	18	18	23	1.92
7891258--7891474	106	2.0	106	95	1	391	47	12	17	23	1.81
7892881--7892931	26	2.0	26	96	0	93	35	33	13	17	1.89
7894968--7895008	21	2.0	21	95	0	73	29	26	14	29	1.95
7901921--7902377	229	2.0	228	95	1	826	40	16	17	25	1.90
7903259--7903343	30	2.8	30	92	0	134	17	4	50	27	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7906986--7907021	16	2.2	16	95	0	63	22	2	36	38	1.69
7907237--7907291	15	3.4	16	80	16	53	50	1	0	47	1.11
7907257--7907291	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
7911864--7911920	24	2.4	25	82	14	75	47	8	36	7	1.62
7917478--7917509	16	2.1	15	94	5	55	62	3	0	34	1.11
7937093--7937483	131	3.0	131	93	0	658	26	18	19	34	1.95
7938519--7938561	22	2.0	22	90	9	70	74	4	0	20	1.00
7938536--7938572	17	2.2	18	90	9	60	75	2	0	21	0.92
7938591--7938658	27	2.5	27	84	13	79	61	0	4	33	1.16
7947949--7948005	18	3.2	18	92	0	96	31	17	24	26	1.97
7948729--7948769	23	1.9	22	85	14	59	26	2	0	70	0.99
7951038--7951062	9	2.8	9	100	0	50	56	8	0	36	1.29
7951156--7951227	31	2.4	30	81	9	83	47	19	9	23	1.79
7951257--7951298	21	2.0	21	90	0	66	26	19	28	26	1.98
7952264--7952304	21	2.0	21	90	0	64	26	29	19	24	1.98
7952339--7952407	31	2.3	31	85	7	88	21	10	20	47	1.79
7953158--7953333	90	2.0	90	100	0	352	23	12	31	31	1.92
7961583--7961615	17	1.9	17	88	11	50	63	0	0	36	0.95
7961487--7961715	100	2.3	99	82	11	261	37	3	3	55	1.33
7962044--7962072	15	2.0	15	93	6	51	37	0	0	62	0.96
7963136--7963167	7	4.7	7	92	7	57	0	12	0	87	0.54
7963136--7963167	13	2.4	13	94	5	55	0	12	0	87	0.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7968691--7968731	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
7974738--7974787	26	1.9	26	83	0	64	46	0	0	54	1.00
7995366--7995414	15	3.4	14	83	8	62	24	4	10	61	1.45
8003015--8003063	17	2.7	19	81	12	68	73	4	0	22	1.00
8003406--8003438	16	2.1	16	88	5	50	33	9	0	57	1.30
8009899--8009999	49	2.1	49	100	0	202	49	0	20	29	1.49
8014033--8014076	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
8014096--8014137	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
8014100--8014136	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
8014171--8014207	19	1.9	19	88	0	56	48	5	0	45	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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