genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27405394--27405473	27	3.0	26	83	7	99	40	21	22	16	1.91
27406122--27406858	27	27.3	27	83	5	685	24	19	18	37	1.94
27406122--27406849	54	13.5	54	84	1	850	24	19	18	37	1.94
27406123--27406856	81	9.1	81	85	2	875	24	19	18	37	1.94
27406841--27407047	27	7.7	27	75	7	134	29	8	22	38	1.84
27406841--27407010	81	2.1	81	81	4	191	31	8	22	37	1.85
27406920--27407080	54	3.0	54	80	4	184	29	8	22	39	1.83
27410022--27410099	30	2.5	31	80	16	90	61	7	7	23	1.49
27410866--27410909	16	2.6	16	82	10	52	65	6	0	27	1.17
27412481--27413282	209	3.9	209	87	4	1009	29	21	18	29	1.97
27414138--27414163	12	2.2	12	100	0	52	0	0	7	92	0.39
27421635--27421700	20	3.3	19	78	17	71	31	3	1	63	1.19
27421619--27421700	41	2.1	37	82	8	92	32	4	1	60	1.25
27421775--27421821	18	2.6	18	83	16	69	29	2	4	63	1.25
27426694--27426719	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
27438475--27439190	119	6.0	119	90	1	1042	34	15	18	31	1.92
27438472--27439180	237	3.0	236	90	2	1080	34	15	18	31	1.92
27441006--27441071	20	3.3	19	78	17	71	31	3	1	63	1.19
27440990--27441071	41	2.1	37	82	8	92	32	4	1	60	1.25
27441146--27441192	18	2.6	18	83	16	69	29	2	4	63	1.25
27441228--27441267	22	1.9	21	85	10	55	42	0	7	50	1.30
27445967--27446137	93	1.8	93	89	2	272	20	21	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27445975--27446142	46	3.6	45	75	15	164	20	20	28	30	1.98
27447758--27447805	17	2.8	17	100	0	96	22	27	6	43	1.77
27450140--27450172	15	2.1	16	88	5	50	60	0	18	21	1.36
27461836--27461911	17	4.2	17	75	15	62	59	2	3	34	1.30
27461834--27461910	39	2.0	38	82	9	95	61	2	3	32	1.28
27461995--27462054	27	2.3	25	80	8	66	60	1	5	33	1.29
27462012--27462101	27	3.2	27	73	16	67	61	1	2	35	1.16
27466640--27466926	137	2.1	137	95	1	522	24	19	24	31	1.98
27472724--27472790	33	2.0	33	97	0	125	20	19	28	31	1.97
27474208--27475175	207	4.7	207	93	0	1584	31	18	21	28	1.97
27475461--27475498	20	1.9	20	88	0	58	63	21	0	15	1.31
27476706--27476761	28	2.0	28	82	0	67	30	8	1	58	1.39
27476788--27476821	17	2.0	17	88	11	52	26	8	0	64	1.22
27481292--27481340	18	2.8	17	76	14	55	55	2	0	42	1.11
27483831--27483906	32	2.3	33	90	2	127	21	31	19	27	1.97
27483894--27484110	105	2.1	101	85	6	285	26	23	15	35	1.94
27485310--27485586	97	2.9	97	97	0	518	29	11	7	51	1.65
27492375--27492482	26	4.2	26	91	0	180	33	7	24	35	1.83
27493926--27494001	26	2.8	26	84	4	89	35	19	11	32	1.88
27494105--27494299	27	7.2	26	85	6	255	16	24	24	34	1.95
27494105--27494299	54	3.6	54	95	1	338	16	24	24	34	1.95
27499038--27499138	38	2.7	38	82	0	121	30	25	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27499133--27499241	39	2.8	38	83	4	137	22	24	20	33	1.97
27500325--27500432	27	4.0	26	81	8	117	37	21	25	15	1.93
27501855--27501923	24	2.9	24	95	0	120	26	37	1	34	1.65
27505788--27505812	6	4.2	6	100	0	50	16	36	0	48	1.46
27508187--27508271	27	3.1	27	86	8	111	36	23	23	16	1.94
27508368--27508427	25	2.5	24	78	10	68	28	20	20	31	1.97
27509690--27509760	24	3.0	24	93	0	115	29	35	0	35	1.58
27513513--27513562	24	2.1	24	100	0	100	46	16	0	38	1.47
27513517--27513569	24	2.2	24	93	0	88	49	13	0	37	1.42
27513682--27513743	31	2.0	31	100	0	124	38	22	3	35	1.71
27522082--27522946	46	18.8	46	99	0	1687	30	28	19	21	1.98
27528854--27528891	3	12.7	3	100	0	76	68	0	31	0	0.90
27528853--27528919	9	6.7	10	82	17	70	65	0	34	0	0.93
27528892--27528938	17	2.7	17	80	12	51	55	4	36	4	1.39
27533725--27533759	13	2.6	14	86	9	54	40	0	0	60	0.97
27535265--27535367	51	2.0	51	98	0	197	37	15	16	30	1.90
27535367--27535609	134	1.8	132	82	6	310	41	14	14	29	1.86
27535965--27536022	19	3.1	19	92	0	98	27	15	8	48	1.74
27538407--27538534	69	1.9	69	88	1	195	37	4	8	49	1.55
27540738--27540790	26	2.1	25	86	10	72	45	16	7	30	1.75
27541407--27541431	13	1.9	13	100	0	50	24	4	0	72	1.02
27549048--27549104	30	2.0	29	86	6	80	52	5	8	33	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27549066--27549121	28	2.0	27	83	10	69	55	8	5	30	1.53
27561538--27561562	8	3.1	8	100	0	50	36	52	0	12	1.39
27564336--27564435	42	2.3	43	86	3	157	23	30	22	25	1.99
27564423--27564448	13	2.0	13	100	0	52	30	23	23	23	1.99
27564379--27564491	56	2.0	56	94	0	199	23	29	20	26	1.99
27569857--27569885	14	2.1	14	100	0	58	51	41	6	0	1.28
27570473--27570503	16	2.0	16	93	6	55	25	0	3	70	1.02
27570830--27570930	37	2.7	37	90	0	157	24	11	48	14	1.78
27571374--27571415	18	2.6	16	81	11	50	47	4	0	47	1.23
27571483--27571547	21	3.1	21	80	4	69	43	40	1	15	1.56
27571485--27571524	15	2.7	15	85	14	57	32	50	0	17	1.47
27571480--27571572	14	6.5	14	72	12	64	37	41	1	19	1.59
27571480--27571549	7	9.9	7	75	9	61	42	40	1	15	1.56
27571851--27571901	15	3.5	15	78	5	59	47	29	1	21	1.62
27571854--27571917	7	9.0	7	75	3	56	46	28	1	23	1.61
27572022--27572147	48	2.7	47	93	2	216	19	0	29	50	1.48
27572103--27572137	18	1.9	18	88	0	52	20	0	20	60	1.37
27572172--27572342	80	2.1	81	83	4	211	24	23	18	33	1.97
27572152--27572342	41	4.7	41	84	5	219	23	22	19	35	1.96
27574740--27574993	85	3.0	83	86	2	319	31	20	18	29	1.96
27580384--27580444	31	2.0	31	83	6	79	26	24	6	42	1.79
27584339--27584394	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27592097--27592126	12	2.5	12	94	0	51	6	23	40	30	1.80
27595243--27595315	25	3.0	25	85	2	103	36	15	24	23	1.93
27596339--27596377	14	2.7	15	80	4	53	38	0	7	53	1.30
27596339--27596398	30	2.0	29	83	9	75	40	1	11	46	1.50
27601480--27601515	19	1.9	19	88	5	56	47	2	5	44	1.41
27604682--27604707	13	2.0	13	100	0	52	76	0	7	15	0.99
27606276--27606406	28	4.5	28	81	10	156	24	20	12	42	1.86
27606276--27606406	59	2.3	56	85	7	174	24	20	12	42	1.86
27606723--27606890	60	2.9	58	78	5	194	48	16	16	19	1.82
27612665--27612705	16	2.4	18	80	8	50	73	4	0	21	1.02
27612662--27612704	17	2.4	18	81	14	54	72	6	0	20	1.08
27618203--27618241	15	2.6	15	87	0	60	56	20	15	7	1.63
27621251--27621376	50	2.6	49	87	1	162	30	28	15	24	1.96
27623058--27623096	15	2.6	15	87	0	60	56	20	15	7	1.63
27626107--27626237	49	2.7	49	96	0	226	29	29	18	23	1.98
27631203--27631243	22	1.9	21	85	5	55	19	26	41	12	1.87
27634170--27634196	8	3.4	8	100	0	54	11	22	11	55	1.66
27640423--27640638	49	4.5	49	75	9	196	25	26	21	26	1.99
27640427--27640735	48	6.5	47	71	14	181	25	26	21	27	1.99
27640568--27640742	94	1.9	94	88	0	269	23	27	21	28	1.99
27640568--27640783	48	4.6	46	78	6	184	24	25	21	28	1.99
27640568--27640783	94	2.3	93	84	4	265	24	25	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27640379--27640780	48	8.5	48	73	10	179	25	25	20	27	1.99
27666502--27666641	70	2.0	70	97	0	262	27	7	19	46	1.75
27666894--27667006	51	2.2	51	81	6	131	30	15	24	30	1.95
27669185--27669405	25	8.8	25	91	1	345	22	25	19	31	1.98
27669397--27669464	22	3.1	21	78	4	73	16	20	17	45	1.85
27674023--27674248	18	12.6	18	81	0	236	37	11	16	34	1.85
27674023--27674248	54	4.2	54	94	1	373	37	11	16	34	1.85
27682549--27682573	9	2.8	9	100	0	50	40	0	0	60	0.97
27683030--27683060	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
27696260--27696419	77	2.1	76	83	5	198	35	11	13	39	1.81

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