genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24421549--24421736	72	2.6	72	85	1	234	22	18	28	30	1.97
24423812--24423919	27	4.0	27	83	0	126	35	19	18	26	1.95
24423813--24423922	54	2.0	54	85	0	148	34	18	19	28	1.95
24423824--24423999	54	3.3	51	79	9	145	38	19	13	28	1.89
24423904--24424061	54	2.9	54	88	1	219	37	22	10	29	1.87
24423904--24424061	27	5.9	27	81	5	185	37	22	10	29	1.87
24424093--24424341	27	9.2	27	91	0	363	34	18	21	25	1.96
24424730--24424794	22	3.0	22	82	8	87	20	27	21	30	1.98
24425124--24425239	6	18.8	6	71	18	87	18	20	13	47	1.82
24425127--24425187	25	2.4	25	91	0	95	19	21	14	44	1.86
24425124--24425227	31	3.4	31	72	19	108	18	21	14	46	1.84
24425152--24425222	19	3.8	19	81	10	101	16	22	15	45	1.85
24425146--24425239	37	2.5	36	88	6	134	18	21	13	46	1.83
24427649--24427812	43	3.9	43	87	1	224	23	30	20	25	1.98
24444303--24444476	43	4.1	43	89	4	255	23	31	19	25	1.98
24444303--24444513	43	5.0	43	85	7	227	23	30	20	25	1.98
24460957--24461130	43	4.1	43	89	4	255	23	31	19	25	1.98
24460957--24461167	43	5.0	43	85	7	227	23	30	20	25	1.98
24466630--24466817	72	2.6	72	86	5	254	22	17	30	29	1.97
24470727--24470774	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
24478774--24478821	25	1.9	25	86	0	69	37	25	10	27	1.88
24478858--24478905	25	1.9	25	91	8	80	37	14	18	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24478959--24479020	26	2.4	26	94	0	106	29	20	24	25	1.99
24481967--24482395	145	3.0	145	91	4	662	25	25	20	28	1.99
24482205--24482696	47	10.6	47	75	13	362	24	28	19	27	1.99
24482004--24482787	47	16.8	46	68	17	243	24	27	20	28	1.99
24482002--24482455	139	3.2	141	91	5	681	24	26	20	28	1.99
24482241--24482700	186	2.5	186	91	2	737	23	28	20	27	1.99
24482429--24482691	139	1.9	139	86	3	377	23	29	19	27	1.98
24484794--24484913	46	2.6	47	85	2	152	27	21	14	36	1.92
24486405--24486524	46	2.6	47	82	2	143	26	21	15	36	1.93
24493788--24493909	46	2.6	47	82	5	138	27	22	14	36	1.93
24514919--24514988	27	2.5	28	95	2	124	27	14	28	30	1.95
24514919--24514999	27	3.0	27	85	5	83	29	14	25	29	1.95
24524968--24525141	43	4.0	43	75	7	165	33	25	16	24	1.96
24529414--24529949	268	2.0	268	95	0	955	26	28	16	28	1.97
24547794--24547960	84	2.0	84	88	4	248	25	27	17	29	1.97
24548061--24548212	43	3.5	42	79	8	157	29	25	17	27	1.98
24565502--24565540	19	2.1	19	90	0	60	28	7	0	64	1.21
24566937--24566980	22	2.0	22	100	0	88	45	0	27	27	1.54
24567541--24567763	43	5.2	43	86	4	306	26	17	26	29	1.98
24575039--24575268	43	5.4	43	82	7	256	25	15	28	30	1.96
24583692--24583760	34	2.0	34	97	0	129	24	13	8	53	1.67
24591446--24591482	18	2.1	18	89	0	56	35	8	13	43	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24595280--24595449	43	4.0	43	81	9	159	29	16	23	30	1.96
24595276--24595449	86	2.0	85	85	6	235	29	16	23	30	1.96
24596165--24596190	12	2.2	12	100	0	52	42	0	15	42	1.47
24607791--24608052	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
24628758--24629198	39	11.5	39	84	6	557	21	21	27	29	1.98
24628787--24629179	145	2.6	146	86	6	522	20	21	27	30	1.98
24628757--24629116	184	2.0	184	90	0	576	21	21	27	29	1.99
24633197--24633376	28	6.6	27	91	3	279	30	28	12	27	1.93
24633197--24633376	55	3.3	55	94	1	299	30	28	12	27	1.93
24633197--24633376	83	2.2	82	92	1	297	30	28	12	27	1.93
24643012--24643108	27	3.6	27	90	2	140	29	28	13	27	1.94
24649759--24649908	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
24649783--24649966	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
24651810--24651912	42	2.4	42	76	10	102	28	21	24	26	1.99
24653862--24653933	37	1.9	37	94	0	126	38	15	13	31	1.87
24660333--24660380	24	1.9	24	87	8	69	25	18	16	39	1.91
24660346--24660417	24	3.0	24	75	4	74	20	19	18	41	1.90
24660374--24660454	23	3.6	22	76	15	76	25	24	18	30	1.98
24660406--24660464	23	2.6	22	81	5	73	28	22	16	32	1.96
24661910--24661972	24	2.7	24	85	2	83	38	22	22	17	1.93
24662035--24662078	23	1.9	23	85	0	61	31	22	31	13	1.93
24662138--24662221	24	3.3	27	80	11	104	39	22	23	14	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24664039--24664068	15	2.0	15	100	0	60	46	6	6	40	1.56
24664194--24664241	20	2.5	19	93	3	78	37	0	8	54	1.31
24664209--24664249	11	3.9	11	76	23	52	36	0	7	56	1.27
24666625--24666682	31	1.9	30	82	10	73	43	12	17	27	1.84
24667192--24667250	17	3.4	17	80	4	55	59	5	0	35	1.20
24667326--24667367	10	4.3	10	87	6	59	47	0	0	52	1.00
24667328--24667367	9	4.2	9	84	12	53	47	0	0	52	1.00
24667348--24667403	29	2.0	29	86	10	80	62	3	0	33	1.12
24667333--24667402	19	3.7	20	81	9	74	60	2	0	37	1.12
24667348--24667403	9	6.0	9	77	22	62	62	3	0	33	1.12
24668077--24668232	10	15.7	10	67	13	63	31	1	5	60	1.31
24668077--24668182	19	5.4	19	65	19	56	34	0	4	59	1.25
24668077--24668211	41	3.4	40	75	14	136	31	2	5	60	1.33
24668176--24668228	21	2.5	21	84	6	63	22	3	7	66	1.34
24672569--24672683	48	2.5	45	81	9	126	31	13	17	38	1.88
24681192--24682591	700	2.0	700	100	0	2800	25	25	15	33	1.95
24682031--24683764	866	2.0	866	99	0	3459	27	21	13	37	1.91
24683075--24684970	948	2.0	948	99	0	3783	29	17	13	39	1.88
24689690--24689873	27	6.8	27	90	0	278	26	21	10	41	1.85
24689905--24690055	27	5.6	27	85	4	180	41	21	7	28	1.81
24689905--24690054	81	1.9	81	87	5	223	42	21	8	28	1.81
24689905--24690112	54	3.8	54	79	6	163	42	19	7	29	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24689985--24690170	27	6.7	28	77	8	139	44	17	6	30	1.75
24690033--24690170	29	4.9	29	79	5	149	44	15	7	32	1.75
24690032--24690170	56	2.5	56	95	0	242	44	15	7	32	1.75
24691596--24691674	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
24691793--24692203	47	8.7	47	97	0	750	29	30	8	32	1.86
24693342--24693383	18	2.3	18	100	0	84	42	19	4	33	1.72
24703396--24703465	25	2.8	25	88	0	104	25	25	22	25	2.00
24703395--24703478	25	3.4	24	80	8	89	28	22	22	26	1.99
24703396--24703490	50	1.9	50	80	8	113	27	23	23	26	2.00
24703506--24703532	14	1.9	14	100	0	54	18	22	29	29	1.97
24703625--24703716	42	2.2	42	98	0	175	30	14	21	33	1.93
24707696--24708077	48	8.0	48	79	5	351	24	30	19	25	1.98
24707743--24708077	96	3.5	95	83	2	393	25	30	19	25	1.98
24707696--24708069	144	2.6	143	83	5	441	24	30	19	25	1.98
24709377--24709464	44	2.0	44	95	0	158	25	22	18	34	1.96
24714030--24714086	19	3.4	19	64	31	56	47	15	17	19	1.83
24714030--24714096	31	2.1	32	97	2	127	50	14	16	17	1.78
24714234--24714307	27	2.8	27	89	2	105	36	21	24	17	1.95
24714942--24715156	27	8.0	27	84	1	252	24	21	18	35	1.95
24715187--24715381	27	7.2	27	83	2	239	30	9	20	39	1.84
24715160--24715381	27	8.2	27	81	2	212	31	9	19	39	1.85
24715376--24715664	27	10.7	27	87	0	355	41	6	19	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24715344--24715691	81	4.3	81	82	5	364	39	7	20	32	1.80
24715617--24715837	27	8.2	27	78	6	153	30	11	21	36	1.88
24715672--24715837	81	2.1	80	80	5	183	28	11	22	37	1.89
24716758--24716796	18	2.2	18	90	0	60	20	28	15	35	1.93
24720353--24720623	40	6.8	40	91	3	404	22	29	23	23	1.99
24728518--24728884	40	9.2	40	95	2	616	25	27	23	23	2.00
24735442--24735476	12	3.0	12	87	8	54	28	40	0	31	1.57
24737558--24737637	27	3.0	27	81	0	97	31	18	21	28	1.97
24737657--24737907	107	2.3	107	81	8	278	41	19	8	30	1.81
24737629--24737970	27	12.7	27	77	7	257	40	19	9	31	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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