genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21989727--21989760	4	8.5	4	93	0	59	23	2	23	50	1.63
21989961--21990052	32	2.9	32	80	9	116	36	13	15	34	1.86
21990763--21990811	17	2.9	17	87	6	73	48	6	2	42	1.39
21995881--21995922	17	2.8	16	82	17	54	45	7	0	47	1.30
21997795--21997825	9	3.4	9	100	0	62	32	19	12	35	1.90
21998259--21998290	7	4.6	7	100	0	64	59	0	0	40	0.97
22005599--22005647	25	1.9	26	87	4	73	20	6	2	71	1.18
22007431--22007463	15	2.1	16	88	5	50	69	0	9	21	1.15
22008071--22008117	23	2.0	23	100	0	94	8	21	12	57	1.62
22012065--22012117	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
22021246--22021509	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
22032364--22032625	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
22047143--22047255	28	4.0	28	82	4	120	27	31	14	26	1.94
22051242--22051336	27	3.4	28	89	2	129	26	12	28	32	1.93
22051267--22051349	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
22053752--22053902	39	3.9	39	91	0	230	22	28	21	27	1.99
22062866--22062975	39	2.8	39	80	5	132	20	24	21	32	1.98
22075855--22076048	85	2.3	85	93	1	329	24	19	30	25	1.98
22079223--22079447	40	5.7	39	88	3	290	24	28	23	23	2.00
22084651--22084802	47	3.2	47	96	0	277	34	11	28	25	1.90
22084678--22084752	22	3.3	22	66	23	64	32	13	29	25	1.93
22084724--22084799	22	3.3	22	64	33	52	34	11	28	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22084651--22084845	47	4.1	47	89	1	275	34	10	28	26	1.90
22084816--22085044	46	5.0	46	93	0	359	34	8	31	25	1.85
22091328--22091383	29	2.0	29	83	16	73	17	21	41	19	1.91
22094130--22094259	49	2.7	49	80	7	156	22	25	21	30	1.99
22099109--22099196	21	4.1	22	74	10	83	35	22	23	18	1.96
22099387--22099481	28	3.6	24	81	13	93	46	33	4	15	1.66
22099401--22099484	28	3.0	28	91	1	132	46	30	3	19	1.66
22099726--22099806	37	2.2	37	93	0	135	40	23	0	35	1.55
22106561--22106605	20	2.2	20	84	0	54	40	11	2	46	1.52
22113684--22113710	12	2.2	12	100	0	54	7	14	44	33	1.73
22114748--22114896	40	3.7	40	81	6	149	34	27	16	20	1.95
22118751--22119096	96	3.6	95	81	5	383	22	26	20	30	1.98
22118779--22119096	144	2.2	144	81	6	376	22	27	20	30	1.98
22118734--22119096	48	7.6	47	78	6	277	23	26	20	30	1.98
22122801--22122836	9	4.0	9	85	0	54	44	2	30	22	1.67
22123059--22123089	16	2.0	16	93	6	55	25	6	9	58	1.54
22123652--22123696	16	2.8	16	86	3	54	31	4	2	62	1.27
22123773--22123813	16	2.5	17	88	4	57	31	2	0	65	1.05
22125332--22125410	14	5.5	13	70	18	59	34	3	0	62	1.14
22125753--22125793	18	2.3	18	95	0	73	31	9	0	58	1.31
22125828--22125877	22	2.3	22	82	6	57	24	2	2	72	1.06
22125903--22125963	21	2.8	22	79	16	65	29	4	0	65	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22139443--22139505	26	2.5	26	81	2	74	15	28	20	34	1.94
22142009--22142183	46	3.8	45	77	13	194	21	19	29	30	1.97
22142007--22142176	93	1.8	93	92	0	286	21	20	28	30	1.98
22144557--22144777	40	5.6	40	83	4	261	27	25	22	25	2.00
22147547--22147850	40	7.7	39	88	2	385	25	26	23	24	2.00
22147547--22147850	79	3.8	79	88	2	423	25	26	23	24	2.00
22147524--22147850	119	2.8	117	87	4	440	25	26	22	24	2.00
22159208--22159383	46	3.8	46	76	4	165	21	19	28	30	1.98
22159204--22159374	93	1.8	93	88	0	261	22	20	28	28	1.98
22162314--22162391	15	5.2	15	84	6	88	12	14	14	58	1.63
22164788--22164963	46	3.8	45	76	11	178	21	19	28	30	1.97
22164785--22164956	93	1.8	93	91	2	283	22	19	29	29	1.98
22179390--22179429	21	1.9	21	85	10	55	45	2	7	45	1.45
22180028--22180106	24	3.2	24	72	24	76	16	24	21	37	1.93
22180027--22180131	49	2.1	49	81	10	126	19	23	20	36	1.95
22184480--22184832	118	3.0	118	99	0	699	36	15	15	33	1.88
22184860--22184893	13	2.6	13	85	0	50	88	0	11	0	0.52
22187408--22187520	27	4.2	26	86	8	145	36	23	23	16	1.94
22187408--22187520	55	2.1	54	88	5	165	36	23	23	16	1.94
22191396--22191528	38	3.4	38	64	20	94	47	3	22	26	1.68
22191358--22191518	79	2.0	79	97	0	304	45	5	22	26	1.74
22193748--22193827	15	5.4	15	78	12	85	11	17	12	58	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22193739--22193818	30	2.7	30	81	11	92	12	17	13	56	1.68
22196222--22196397	46	3.8	46	74	11	171	21	19	27	31	1.97
22196218--22196389	93	1.8	93	88	2	265	20	19	28	30	1.97
22207338--22207367	7	4.3	7	100	0	60	30	0	56	13	1.37
22212185--22212222	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
22216020--22216191	93	1.8	93	91	0	281	29	29	20	20	1.98
22216012--22216181	46	3.7	46	75	10	175	30	29	20	19	1.97
22219705--22219741	9	4.1	9	100	0	74	43	24	0	32	1.55
22225279--22225351	27	2.7	27	72	15	71	64	4	6	24	1.36
22227804--22227911	54	2.0	54	98	0	207	28	14	12	43	1.83
22234222--22234314	28	3.3	28	92	0	141	33	11	25	29	1.91
22234222--22234328	28	3.8	28	88	2	135	34	12	24	28	1.91
22234440--22234552	44	2.6	44	79	10	124	24	19	28	27	1.99
22234501--22234648	40	3.6	41	73	5	138	26	20	29	23	1.99
22237022--22237170	67	2.2	67	82	8	169	32	17	28	21	1.96
22237046--22237229	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
22255988--22256120	67	2.0	67	98	0	257	30	18	30	20	1.96
22258604--22258928	48	6.9	48	87	2	381	25	16	29	28	1.96
22261793--22261838	19	2.4	19	100	0	92	21	28	36	13	1.91
22263520--22263704	40	4.7	40	81	5	178	27	28	20	24	1.99
22263487--22263704	40	5.5	39	77	7	165	25	27	20	25	1.99
22271392--22271654	40	6.6	40	88	3	316	26	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22271586--22271663	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
22279090--22279509	48	8.8	48	86	1	547	23	16	31	28	1.96
22286904--22286955	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
22287607--22287779	27	6.4	27	84	2	213	25	21	19	34	1.96
22287607--22287779	54	3.2	54	86	1	240	25	21	19	34	1.96
22290883--22290916	18	1.9	18	88	5	52	20	23	5	50	1.70
22293276--22293329	27	2.0	26	85	3	72	37	22	18	22	1.95
22293294--22293350	27	2.1	27	83	6	71	35	21	21	22	1.96
22293330--22293529	27	7.4	27	84	0	247	24	19	19	37	1.94
22293329--22293529	54	3.7	54	87	1	278	24	19	18	37	1.94
22299348--22299377	7	4.4	7	91	8	53	13	0	0	86	0.57
22299348--22299377	13	2.2	14	94	5	53	13	0	0	86	0.57
22303111--22303213	42	2.4	41	80	7	109	25	18	27	29	1.98
22303053--22303217	43	3.8	43	78	9	158	23	18	27	30	1.97
22305261--22305299	20	1.9	21	85	15	55	51	15	5	28	1.64
22306084--22306110	7	3.9	7	100	0	54	29	0	55	14	1.40
22315267--22315331	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
22315373--22315458	27	3.1	27	77	11	84	36	10	13	39	1.80
22315408--22315558	27	5.5	27	75	9	94	31	8	19	41	1.81
22319683--22319840	85	1.8	86	86	6	232	24	18	26	30	1.98
22319682--22319840	43	3.7	43	79	10	182	23	19	26	30	1.98
22325870--22325945	22	3.3	22	65	28	59	23	28	14	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22325870--22325991	22	5.3	22	62	27	56	26	29	13	31	1.93
22325745--22326042	47	6.3	47	91	1	472	26	29	12	31	1.93
22335781--22335888	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
22345411--22345654	28	8.7	28	80	5	235	38	10	23	27	1.88
22345411--22345660	84	3.0	84	83	2	306	38	10	23	27	1.88
22345411--22345660	56	4.5	56	82	3	272	38	10	23	27	1.88
22353533--22353592	22	2.7	22	94	0	102	38	13	21	26	1.90
22355085--22355315	48	4.8	48	89	0	327	25	16	31	26	1.96
22355088--22355362	48	5.7	48	86	0	318	25	16	31	26	1.96
22358189--22358218	4	7.2	4	96	3	51	50	0	3	46	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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