genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27969350--27969385	17	2.1	18	89	5	56	38	0	2	58	1.13
27972386--27972437	7	7.1	7	76	6	50	28	42	1	26	1.66
27972439--27972516	22	3.6	22	73	13	72	43	35	1	19	1.59
27972477--27972661	7	25.1	7	71	10	93	47	28	0	23	1.56
27972510--27972581	15	4.9	14	75	14	56	47	27	0	25	1.52
27972439--27972661	14	15.2	14	71	10	88	46	30	0	22	1.58
27972860--27972886	14	1.9	14	100	0	54	18	0	29	51	1.46
27973551--27973846	154	1.9	155	81	3	355	31	22	17	27	1.97
27973895--27973922	12	2.3	12	100	0	56	46	32	14	7	1.71
27975770--27975912	74	1.9	74	98	0	277	30	5	20	43	1.75
27976506--27976779	46	5.8	46	73	13	216	22	19	27	29	1.98
27976552--27976717	52	3.4	52	65	23	151	22	16	28	31	1.96
27976566--27976724	47	3.4	47	77	17	195	22	16	30	31	1.95
27976502--27976770	93	2.8	93	89	2	403	23	19	27	29	1.98
27979747--27979800	15	3.7	15	76	11	58	12	12	14	59	1.62
27982534--27982706	46	3.6	46	75	14	188	20	19	29	30	1.97
27982594--27982754	47	3.4	47	76	14	188	21	17	30	30	1.96
27982530--27982761	93	2.4	94	91	3	367	21	18	29	29	1.97
27988300--27988358	29	2.0	29	100	0	118	25	3	30	40	1.72
27988329--27988371	21	2.0	21	100	0	86	30	4	27	37	1.77
27996690--27996728	19	2.0	21	85	10	55	71	0	5	23	1.05
27997532--27997617	43	2.0	43	93	4	147	52	0	25	22	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28000896--28000942	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
28001215--28002158	92	10.3	92	97	1	1735	21	23	15	39	1.92
28002072--28002147	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
28005979--28006026	18	2.7	18	96	0	87	35	12	12	39	1.81
28006264--28006289	13	2.0	13	100	0	52	30	30	23	15	1.95
28006466--28006921	72	6.3	72	92	1	693	22	6	16	53	1.66
28009189--28009272	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
28009087--28009316	100	2.3	98	87	2	316	26	18	26	29	1.98
28009084--28009329	49	4.9	50	83	2	307	26	18	26	28	1.98
28010800--28010876	40	1.9	40	94	0	136	35	5	22	37	1.76
28012378--28012430	26	2.0	26	85	7	72	39	20	16	22	1.92
28012678--28012963	137	2.1	136	92	1	475	24	18	24	32	1.97
28014662--28014729	19	3.4	19	80	11	75	47	1	0	51	1.09
28016454--28016500	21	2.2	21	96	0	85	31	14	17	36	1.90
28022942--28023059	59	2.0	59	98	0	227	30	12	29	27	1.93
28023221--28023272	15	3.4	15	72	12	52	34	5	0	59	1.21
28023220--28023286	32	2.1	31	83	8	82	38	5	0	55	1.25
28024431--28024515	40	2.1	40	97	0	161	27	3	32	36	1.74
28028033--28028164	40	3.3	40	82	8	162	14	26	16	42	1.87
28028073--28028138	20	3.3	20	66	8	53	13	25	18	42	1.87
28028046--28028180	40	3.4	40	81	2	155	14	25	17	42	1.87
28031249--28031516	49	5.7	45	71	11	141	25	20	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28032234--28032300	30	2.2	30	94	0	116	17	28	32	20	1.96
28037628--28037696	5	13.0	5	73	11	57	37	2	20	39	1.68
28037628--28037695	27	2.5	27	83	4	75	38	2	20	38	1.68
28037628--28037703	17	4.7	16	75	15	59	39	2	19	38	1.66
28041115--28041192	14	5.1	15	74	11	61	35	21	11	30	1.89
28041303--28041479	34	5.1	34	76	10	90	26	15	25	32	1.96
28041304--28041587	52	5.4	52	73	12	215	26	15	25	32	1.96
28041340--28041592	35	7.3	35	78	7	214	26	15	25	32	1.96
28041633--28041685	17	3.2	17	71	15	56	35	32	13	18	1.90
28041611--28041685	33	2.3	33	92	0	123	38	30	12	18	1.87
28041690--28041749	22	2.7	22	81	0	75	35	15	18	31	1.91
28044433--28044474	22	1.9	22	90	0	66	47	23	2	26	1.64
28048718--28048748	16	1.9	16	100	0	62	19	12	16	51	1.76
28058500--28058544	23	2.0	22	82	4	54	35	0	2	62	1.08
28059338--28059392	14	3.7	14	85	9	65	5	0	12	81	0.84
28059332--28059377	19	2.3	20	88	3	67	4	0	10	84	0.75
28059338--28059391	5	10.8	5	83	15	58	5	0	12	81	0.85
28071972--28072011	21	1.9	21	89	0	62	75	0	15	10	1.05
28071949--28072023	15	5.1	14	71	16	53	77	0	9	13	0.99
28072053--28072086	4	8.5	4	93	0	50	70	0	5	23	1.09
28073434--28074465	44	22.8	44	73	6	626	28	19	17	33	1.95
28073434--28074465	134	7.6	130	74	9	526	28	19	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28073434--28074465	89	11.4	88	75	7	443	28	19	17	33	1.95
28073915--28074447	45	11.7	43	69	13	165	29	21	15	32	1.95
28074176--28074416	96	2.5	96	87	0	329	28	21	17	33	1.95
28074495--28074607	44	2.6	44	78	0	118	34	21	15	28	1.94
28081163--28081207	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
28083001--28083052	24	2.1	24	85	7	68	30	13	23	32	1.93
28082974--28083401	94	4.6	94	95	2	772	29	11	19	39	1.87
28083436--28083499	24	2.7	24	87	4	85	20	15	31	32	1.94
28096952--28097059	53	2.0	53	94	0	189	50	12	11	25	1.74
28097169--28097221	20	2.7	20	82	11	65	75	3	13	7	1.15
28097251--28097296	4	12.0	4	81	9	60	71	0	4	23	1.03
28097737--28097765	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
28103712--28103748	18	2.2	18	85	9	51	27	0	8	64	1.21
28103776--28104027	106	2.4	108	84	7	358	30	2	16	50	1.58
28103883--28104190	162	1.9	162	86	7	446	30	2	17	50	1.58
28104044--28104241	106	1.9	108	83	9	264	30	1	15	52	1.52
28104447--28104582	43	3.2	43	67	15	127	28	2	7	61	1.38
28104420--28104591	86	2.0	86	97	0	326	27	5	7	59	1.46
28106441--28106494	24	2.3	24	80	3	65	22	44	9	24	1.81
28107063--28107102	19	2.1	19	95	0	71	52	7	0	40	1.30
28110108--28110153	24	1.9	24	86	0	65	19	10	17	52	1.74
28110769--28110936	84	2.0	83	98	1	327	44	4	4	45	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28110895--28110947	11	4.8	11	72	9	54	50	0	1	47	1.12
28116800--28116923	66	1.9	66	98	0	239	35	11	21	31	1.89
28121489--28121625	66	2.1	66	94	0	238	21	26	17	34	1.96
28125207--28125346	40	3.5	40	74	6	106	32	24	16	27	1.96
28125212--28125347	41	3.5	40	72	10	111	33	25	15	25	1.95
28134010--28134104	43	2.2	45	88	3	140	29	25	14	30	1.95
28135740--28135782	21	2.1	20	82	4	50	53	27	4	13	1.60
28136430--28136506	40	1.9	40	83	0	100	29	23	19	27	1.98
28136622--28136661	21	1.9	21	100	0	80	32	35	10	22	1.87
28142149--28142376	48	4.9	48	72	8	200	28	25	20	26	1.99
28149522--28149548	13	2.1	13	100	0	54	55	22	7	14	1.64
28154319--28154343	13	1.9	13	100	0	50	16	20	32	32	1.94
28157814--28157876	24	2.6	24	84	0	81	15	14	36	33	1.88
28157816--28157886	24	3.0	24	82	0	79	18	12	33	35	1.89
28164166--28164278	55	2.0	55	94	3	199	29	14	14	42	1.84
28165856--28165918	24	2.6	24	89	0	90	19	14	34	31	1.91
28165858--28165928	24	3.0	24	87	0	88	21	12	32	33	1.91
28170617--28170661	22	2.0	22	83	8	56	37	4	0	57	1.19
28171181--28171272	45	2.0	45	97	0	175	40	18	23	17	1.91
28180550--28180711	43	3.8	43	89	0	245	28	20	27	23	1.99
28181768--28181833	32	2.1	32	100	0	132	3	46	25	24	1.66
28181992--28182047	25	2.2	25	78	9	69	33	1	1	62	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28187476--28187528	26	2.0	26	85	7	72	35	1	16	45	1.59
28191519--28191562	22	2.0	22	90	0	70	31	22	20	25	1.98
28194871--28195128	55	4.9	55	78	9	245	36	16	25	21	1.94
28194879--28195078	108	1.8	110	87	4	298	35	16	26	22	1.95
28198095--28198147	26	2.0	26	82	13	65	37	1	15	45	1.57
28201093--28201189	48	2.0	48	84	4	124	28	24	17	28	1.97
28209942--28210000	29	2.0	29	90	0	91	52	23	1	22	1.56
28213657--28213726	28	2.5	27	88	9	97	31	27	14	27	1.95
28215106--28215195	29	3.1	29	91	1	137	30	28	14	26	1.95
28219517--28219687	29	6.1	29	83	8	230	28	29	16	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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