genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13507039--13507126	21	4.1	22	77	10	92	35	26	23	14	1.94
13507044--13507125	44	1.9	41	82	7	101	32	28	24	14	1.94
13507317--13507379	23	2.7	23	87	0	99	44	31	6	17	1.74
13507317--13507410	23	3.9	23	78	13	98	44	31	5	18	1.72
13507355--13507437	28	2.9	28	89	1	121	48	30	3	18	1.65
13513110--13513162	26	2.0	26	85	10	72	9	11	58	20	1.60
13515995--13516043	26	1.9	26	87	4	73	26	4	2	67	1.19
13523458--13523510	26	2.0	26	85	10	72	9	11	58	20	1.60
13526343--13526391	26	1.9	26	87	4	73	26	4	2	67	1.19
13537136--13537174	18	2.2	18	90	0	60	35	12	20	30	1.90
13547972--13548310	180	1.9	180	82	4	425	34	18	8	38	1.82
13548637--13548668	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
13548870--13549407	50	10.7	50	72	9	378	31	25	17	26	1.97
13548871--13549414	151	3.6	151	91	0	838	30	25	17	26	1.97
13555355--13555386	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
13555638--13555968	50	6.6	50	70	9	228	31	24	17	26	1.97
13555638--13555967	149	2.2	150	88	1	475	31	24	17	26	1.97
13555784--13555967	101	1.8	101	85	0	260	30	24	18	26	1.98
13564532--13564582	24	2.2	24	82	10	61	37	19	7	35	1.81
13564765--13564824	25	2.4	25	82	2	75	40	16	21	21	1.92
13572999--13573029	16	1.9	16	93	0	53	29	0	12	58	1.35
13581345--13581387	19	2.1	21	87	8	63	51	18	2	27	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13587587--13587761	46	3.8	45	79	7	208	27	29	21	21	1.99
13587595--13587765	93	1.8	93	94	0	306	26	29	22	21	1.99
13587592--13587781	46	4.1	46	71	18	135	27	28	21	22	1.99
13589578--13589625	15	3.2	15	80	11	62	58	14	14	12	1.64
13592577--13593491	93	9.8	93	97	1	1662	28	27	19	24	1.99
13596269--13596342	35	2.1	36	82	7	89	64	2	25	6	1.31
13596298--13596343	19	2.3	21	78	14	53	67	2	26	4	1.21
13597422--13597538	51	2.3	51	89	1	171	41	7	25	25	1.82
13610703--13610735	10	3.3	10	95	0	57	24	18	0	57	1.40
13610962--13611107	46	3.2	46	77	13	140	29	30	19	20	1.97
13613651--13613930	35	7.6	35	72	15	233	31	14	21	32	1.93
13613650--13613932	75	3.8	75	98	0	541	31	14	21	32	1.93
13619072--13619228	43	3.7	43	80	7	167	24	18	24	31	1.97
13626003--13626085	22	3.8	21	88	4	94	28	16	20	33	1.95
13626001--13626099	22	4.4	24	84	8	93	30	17	22	30	1.96
13626059--13626115	23	2.5	23	85	0	78	38	17	24	19	1.93
13633029--13633114	23	3.8	23	72	7	86	32	17	22	27	1.96
13642731--13642882	76	2.0	76	98	0	295	28	20	13	38	1.90
13645524--13645562	19	2.1	19	90	0	60	33	25	2	38	1.70
13658059--13658231	46	3.8	44	76	10	177	22	19	27	30	1.98
13667306--13667338	6	5.5	6	96	0	57	81	0	3	15	0.80
13684040--13684182	48	3.0	48	86	4	191	34	29	16	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13685891--13685947	30	1.9	30	85	7	80	50	0	1	47	1.11
13685899--13686000	31	3.1	31	71	22	82	52	0	1	45	1.12
13694040--13694078	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
13706283--13706336	21	2.6	21	90	0	90	20	31	24	24	1.98
13711534--13711565	16	2.0	16	93	0	55	34	0	18	46	1.49
13712395--13712419	12	2.1	12	100	0	50	16	16	8	60	1.58
13714079--13714118	19	2.0	20	85	4	55	32	7	17	42	1.77
13718196--13718239	21	2.0	22	83	12	56	43	13	4	38	1.65
13719901--13719957	10	5.3	10	77	22	62	38	1	21	38	1.64
13719902--13719983	34	2.4	34	91	2	130	37	4	21	35	1.75
13721728--13721768	20	2.0	20	100	0	82	29	29	24	17	1.97
13722794--13722943	21	7.1	21	70	10	74	45	18	19	17	1.86
13722794--13722948	42	3.7	42	79	3	150	45	17	20	16	1.85
13723401--13723459	17	3.1	18	85	11	66	47	6	0	45	1.29
13737867--13737903	2	20.0	2	84	15	53	51	0	0	48	1.00
13737867--13737905	19	2.1	19	90	9	62	51	0	0	48	1.00
13738241--13738304	28	2.2	28	78	8	67	50	4	0	45	1.22
13739609--13739660	18	2.9	18	91	0	68	51	0	1	46	1.12
13748069--13748378	94	3.3	94	76	8	285	26	19	30	24	1.98
13749186--13749304	55	2.2	54	80	5	132	23	25	26	24	2.00
13749953--13749991	20	2.0	19	90	5	60	33	12	23	30	1.92
13750373--13750425	20	2.7	19	80	8	52	24	9	26	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13761620--13761676	28	2.0	28	100	0	114	33	31	10	24	1.89
13763630--13763713	43	2.0	43	97	0	159	35	10	14	39	1.81
13764296--13764354	28	2.1	28	93	6	102	54	11	3	30	1.53
13764952--13765440	246	2.0	252	83	6	638	40	11	9	38	1.75
13766543--13766635	37	2.5	37	84	10	118	40	1	1	56	1.13
13767392--13767562	45	3.8	45	96	0	306	37	13	33	15	1.86
13767819--13768169	45	7.8	45	99	0	675	36	13	35	15	1.86
13767399--13768519	607	1.9	603	97	0	1958	36	14	30	18	1.91
13768718--13768813	41	2.3	40	87	7	131	40	21	19	17	1.91
13768790--13768837	25	1.9	25	95	0	87	54	27	14	4	1.59
13768749--13768878	66	2.0	66	84	3	172	40	24	20	14	1.90
13768814--13769032	41	5.4	41	87	1	307	34	23	24	17	1.96
13769119--13769159	22	1.9	22	90	5	66	46	36	0	17	1.48
13769270--13769309	14	2.9	14	80	0	53	7	0	22	70	1.12
13769726--13769759	18	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32
13783789--13783817	14	2.1	14	100	0	58	37	27	13	20	1.91
13787101--13787231	64	2.0	64	89	0	199	41	18	10	29	1.84
13789087--13789133	22	2.1	22	84	7	60	29	0	19	51	1.47
13795159--13795190	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
13795159--13795189	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
13796232--13796407	95	1.9	95	81	0	217	35	22	17	25	1.95
13798641--13798678	18	2.2	17	86	13	51	47	0	2	50	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13798706--13798745	15	2.5	17	84	15	50	45	0	2	52	1.14
13798838--13798863	7	3.7	7	100	0	52	26	0	0	73	0.84
13804001--13804034	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
13804463--13804518	27	2.2	25	90	9	87	10	3	8	76	1.12
13804406--13804537	60	2.3	57	82	6	149	9	8	8	73	1.25
13804717--13804761	22	2.1	22	83	4	56	75	6	11	6	1.18
13808005--13808246	133	1.8	133	100	0	484	28	15	26	29	1.96
13808175--13808295	49	2.5	49	94	2	208	26	14	27	31	1.95
13809780--13809808	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
13809869--13810129	3	87.7	3	71	9	160	63	1	6	28	1.30
13809892--13810108	42	5.3	41	75	9	192	64	0	7	27	1.26
13813009--13813068	32	1.9	31	86	3	84	46	3	3	46	1.35
13813187--13813221	7	4.7	7	89	10	52	71	0	0	28	0.86
13813277--13813328	21	2.5	20	79	11	59	59	0	1	38	1.08
13813278--13813325	22	2.1	23	88	3	71	62	0	2	35	1.07
13814477--13814536	20	2.9	20	76	14	59	63	1	1	33	1.14
13815901--13815968	22	3.0	22	81	10	84	35	14	22	27	1.93
13816783--13816825	22	2.0	22	85	0	59	53	0	2	44	1.13
13820809--13820852	20	2.4	17	88	11	61	0	36	0	63	0.95
13820926--13820979	16	3.4	17	72	12	51	40	3	0	55	1.17
13823935--13823966	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
13828458--13828515	28	2.1	28	96	0	107	17	39	10	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13835935--13835979	17	2.7	16	80	10	54	17	0	8	73	1.08
13836253--13836313	22	2.9	21	80	11	63	47	22	1	27	1.61
13838345--13838392	12	3.9	12	77	2	51	58	2	0	39	1.10
13843647--13843677	14	2.2	14	94	0	53	61	0	16	22	1.34
13843702--13843732	4	7.8	4	92	0	53	70	0	25	3	1.02
13847678--13847748	35	2.0	35	83	0	88	33	11	26	28	1.91
13849805--13849911	53	2.0	53	92	0	178	42	8	28	19	1.80
13860938--13860984	18	2.7	18	80	12	62	36	0	0	63	0.94
13861910--13861946	17	2.1	18	90	5	58	48	0	0	51	1.00
13865761--13865831	34	2.1	34	100	0	142	45	19	2	32	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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