genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1847392--1847428	15	2.4	16	82	13	51	40	2	5	51	1.39
1847886--1847919	12	2.8	12	83	16	52	41	0	5	52	1.25
1850273--1850328	22	2.7	20	80	5	58	25	21	28	25	1.99
1851948--1851975	14	2.0	14	100	0	56	21	14	7	57	1.61
1860933--1861222	48	6.0	48	80	3	314	25	27	17	28	1.98
1860933--1861222	96	3.0	96	88	1	391	25	27	17	28	1.98
1860936--1861222	144	2.0	145	82	4	346	25	27	17	28	1.98
1865847--1865913	29	2.3	30	81	2	73	41	0	20	37	1.53
1866237--1866270	15	2.3	15	90	10	52	35	0	8	55	1.31
1866308--1866548	45	5.4	45	81	2	220	41	18	18	21	1.90
1866289--1866594	90	3.4	87	76	8	247	42	17	19	20	1.90
1866475--1866594	45	2.6	45	85	3	143	45	16	19	19	1.86
1868995--1869031	15	2.5	15	95	0	65	24	13	24	37	1.91
1874790--1874866	36	2.1	37	97	2	147	28	19	19	32	1.96
1875610--1875634	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
1876737--1876791	3	18.0	3	77	3	56	63	7	1	27	1.31
1876713--1876791	12	6.5	12	75	2	59	62	6	6	25	1.43
1878823--1878855	16	1.9	18	88	11	52	3	33	18	45	1.65
1879077--1879470	96	4.4	86	76	15	352	29	20	18	32	1.96
1879165--1879460	45	6.4	49	70	16	170	30	20	17	31	1.96
1879029--1879470	181	2.4	181	92	1	717	28	20	18	32	1.96
1879022--1879465	44	9.9	43	74	11	356	28	20	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1881160--1881193	16	2.1	16	88	0	50	67	8	0	23	1.18
1885200--1885240	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
1890158--1890213	20	2.8	19	78	7	58	21	1	5	71	1.15
1891143--1891179	5	7.2	5	87	6	56	81	16	0	2	0.81
1891395--1891518	34	3.6	34	88	0	185	44	13	5	36	1.68
1897407--1897446	21	2.0	19	85	9	53	37	0	20	42	1.52
1897470--1897502	16	2.1	16	88	11	50	57	0	6	36	1.23
1897628--1897652	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
1897683--1897799	47	2.5	47	90	2	173	16	20	22	41	1.90
1897916--1898005	18	5.0	18	82	2	101	37	12	13	36	1.82
1902222--1902273	20	2.8	19	77	13	63	32	7	13	46	1.72
1902306--1902382	18	4.3	18	78	1	66	35	10	15	38	1.82
1907123--1907160	19	2.0	18	90	10	58	68	0	31	0	0.90
1907120--1907167	20	2.4	21	83	16	66	64	0	29	6	1.18
1907512--1907551	21	2.0	19	85	9	53	40	0	17	42	1.49
1907796--1907912	47	2.5	47	91	2	182	16	21	22	40	1.91
1908035--1908125	36	2.5	36	83	0	110	35	10	15	38	1.83
1908029--1908139	54	2.1	54	81	3	125	36	11	15	36	1.84
1908035--1908305	18	14.7	18	68	8	98	35	11	15	37	1.84
1914269--1914299	15	2.1	15	100	0	62	32	22	6	38	1.80
1918471--1918521	25	2.0	25	81	7	59	19	13	1	64	1.37
1932559--1932600	9	4.6	9	80	14	50	38	2	0	59	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1933242--1933304	32	1.9	33	87	3	92	49	3	7	39	1.48
1934594--1934635	9	4.6	9	80	14	50	38	2	0	59	1.10
1935277--1935339	32	1.9	33	87	3	92	49	3	7	39	1.48
1936896--1936976	30	2.8	29	76	16	85	32	12	17	38	1.87
1937637--1937780	38	3.9	36	74	5	108	35	22	15	27	1.94
1937656--1937833	36	4.8	36	76	6	133	33	21	16	28	1.95
1937652--1937815	74	2.2	74	82	2	195	33	22	15	28	1.95
1937790--1937840	18	2.9	17	75	18	59	33	17	17	31	1.94
1938105--1938151	22	2.1	22	84	0	58	29	25	23	21	1.99
1938188--1938247	23	2.7	23	84	7	70	36	16	15	31	1.90
1938232--1938275	13	3.5	12	84	3	52	29	18	18	34	1.94
1938232--1938286	26	2.1	27	83	10	69	29	20	18	32	1.96
1938232--1938303	28	2.7	26	82	6	74	31	22	16	29	1.96
1941181--1941258	40	1.9	41	82	7	97	39	11	10	38	1.76
1940121--1941883	498	3.6	497	84	5	2156	37	11	12	38	1.80
1941675--1941759	41	2.1	41	91	4	136	43	11	8	36	1.71
1949348--1949416	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
1949348--1949416	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
1949397--1949487	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
1949652--1949686	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
1949892--1949926	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
1949635--1950033	120	3.3	120	98	0	773	48	4	2	43	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1958073--1958105	12	2.8	12	90	4	50	66	6	3	24	1.28
1958872--1958903	13	2.3	15	89	10	50	78	6	0	15	0.95
1960617--1960900	142	2.0	142	97	0	532	41	20	14	24	1.89
1969038--1969072	11	3.2	11	95	0	61	22	0	11	65	1.24
1969672--1969717	23	2.0	23	100	0	92	34	8	26	30	1.86
1971463--1971509	23	2.0	23	83	4	58	42	4	4	48	1.42
1978589--1978760	93	1.8	93	93	0	299	27	29	22	21	1.99
1978582--1978757	46	3.8	46	79	10	205	28	28	21	21	1.98
1991805--1991936	55	2.4	55	91	1	203	26	28	23	21	1.99
1993792--1993923	55	2.4	55	91	1	203	26	28	23	21	1.99
1995350--1995706	43	8.3	43	87	1	468	31	24	19	23	1.98
1995350--1995706	85	4.2	86	85	2	468	31	24	19	23	1.98
1996009--1996049	21	2.0	21	95	0	73	2	53	17	26	1.56
2006746--2007132	41	9.5	41	88	2	494	19	21	24	34	1.96
2006746--2007108	163	2.2	164	89	1	534	19	21	24	34	1.96
2007774--2007895	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93
2010850--2011061	25	8.6	25	68	13	91	23	21	20	34	1.97
2010850--2011030	50	3.6	50	72	8	163	22	22	19	34	1.96
2010849--2011061	99	2.2	99	86	0	291	23	21	20	34	1.97
2015499--2015590	45	2.0	45	95	0	166	29	10	17	42	1.83
2017673--2017821	43	3.5	43	78	8	142	30	24	16	28	1.97
2032126--2032275	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2032150--2032333	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
2036651--2036712	26	2.4	25	78	19	65	3	45	0	51	1.17
2046358--2047658	648	2.0	646	96	0	2388	41	21	8	28	1.83
2050384--2050425	18	2.3	18	84	8	50	64	0	4	30	1.14
2050992--2051027	17	2.1	18	89	5	56	41	5	5	47	1.50
2054528--2054612	28	3.0	27	86	10	109	29	17	21	31	1.96
2054771--2054832	28	2.2	28	85	0	79	32	16	17	33	1.92
2056199--2056234	16	2.2	17	95	5	65	50	0	11	38	1.38
2061366--2061392	11	2.5	11	100	0	54	40	7	0	51	1.30
2062550--2062912	43	8.5	43	88	0	476	26	15	30	26	1.96
2062545--2062912	129	2.9	129	90	0	558	26	16	30	26	1.97
2062987--2063072	31	2.7	31	81	3	91	58	19	6	15	1.60
2063312--2063382	21	3.4	21	82	0	97	4	49	16	29	1.65
2063796--2063824	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
2066192--2066262	35	2.0	35	94	0	124	25	21	11	42	1.86
2068348--2068425	9	8.7	9	88	0	111	29	1	24	44	1.62
2068684--2068747	29	2.2	29	82	0	74	56	3	3	37	1.31
2068696--2068762	29	2.3	28	90	7	107	56	0	0	43	0.99
2068706--2068760	15	3.7	15	75	22	62	54	0	0	45	0.99
2068728--2068861	39	3.4	39	97	0	259	54	5	0	40	1.23
2068758--2068860	19	5.3	19	67	28	65	53	6	0	39	1.28
2068699--2068857	14	11.9	14	66	19	63	53	4	0	42	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2068729--2068861	24	5.3	24	67	18	65	54	5	0	40	1.23
2068698--2068744	15	3.2	15	72	6	51	55	0	0	44	0.99
2069688--2069825	67	2.1	67	98	0	267	22	17	20	39	1.92
2072788--2072841	26	2.1	26	96	0	99	48	1	7	42	1.42
2074633--2074756	62	2.0	63	91	1	205	34	20	9	34	1.86
2077226--2077279	6	9.3	6	87	4	76	79	3	0	16	0.87
2079411--2079540	42	3.1	42	92	0	206	24	20	22	32	1.98
2081845--2081903	18	3.5	17	73	21	54	67	5	5	22	1.30
2081845--2081912	25	2.7	25	75	20	70	69	4	4	22	1.25
2085102--2085363	40	6.6	40	96	1	456	25	22	27	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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