genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25437078--25437260	101	1.8	101	90	0	294	26	18	25	30	1.98
25442630--25442862	39	6.0	39	93	0	385	21	25	29	23	1.99
25447999--25448132	39	3.4	39	85	1	115	30	30	22	16	1.96
25448041--25448313	40	6.9	40	86	3	286	26	26	22	23	2.00
25448041--25448315	80	3.5	79	84	4	315	26	26	22	24	2.00
25448062--25448313	120	2.1	119	86	5	348	26	25	22	25	2.00
25465684--25465805	46	2.6	47	82	5	138	27	22	14	36	1.93
25474932--25474999	25	2.7	25	88	0	100	33	22	22	22	1.97
25475716--25475759	20	2.2	20	83	4	52	43	15	2	38	1.60
25475724--25475764	20	2.0	21	85	4	57	43	12	4	39	1.63
25477015--25477077	30	2.1	30	91	5	101	58	9	3	28	1.45
25477106--25477154	22	2.2	22	81	0	62	61	10	10	18	1.55
25477114--25477153	11	3.6	11	79	0	53	57	10	12	20	1.63
25490266--25490404	51	2.8	49	86	2	188	27	20	24	27	1.99
25496374--25496428	26	2.1	26	96	0	101	36	34	0	29	1.58
25498601--25498639	17	2.2	17	86	13	53	48	15	2	33	1.58
25500940--25501040	50	2.0	50	98	0	193	38	5	16	38	1.73
25503639--25503688	23	2.2	23	92	0	82	22	4	12	62	1.46
25514770--25514806	17	2.1	19	85	10	51	32	10	16	40	1.83
25521664--25521799	40	3.4	40	87	7	163	25	22	27	24	2.00
25524541--25524573	8	4.0	8	96	4	57	75	0	12	12	1.04
25525586--25525655	21	3.2	21	68	18	61	22	14	25	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25525586--25525671	45	1.9	45	95	0	154	22	12	26	38	1.90
25537079--25537265	83	2.3	83	83	4	218	26	19	27	26	1.99
25545760--25545896	51	2.7	51	82	1	177	29	27	18	25	1.98
25545754--25545895	50	2.8	50	82	1	185	29	26	19	24	1.98
25557412--25557445	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
25562051--25562084	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
25569352--25569376	7	3.6	7	100	0	50	0	12	0	88	0.53
25569756--25569796	17	2.3	18	91	4	66	63	0	0	36	0.95
25580536--25580611	35	2.2	36	79	11	86	31	25	21	22	1.98
25582233--25582275	21	2.0	21	81	0	50	13	16	9	60	1.58
25583616--25583701	23	3.7	23	81	4	84	26	22	16	34	1.95
25583636--25583701	23	2.9	23	88	0	87	24	22	16	36	1.94
25585520--25585546	13	2.1	13	100	0	54	37	0	25	37	1.57
25587792--25587969	46	3.8	46	77	4	214	28	28	20	21	1.98
25587800--25587970	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	21	1.98
25588689--25589109	207	2.0	207	96	0	779	35	17	18	28	1.94
25589125--25589193	35	2.0	35	97	0	129	39	26	5	28	1.79
25591356--25591415	19	3.2	19	100	0	120	26	11	15	46	1.79
25600090--25600391	40	7.6	40	96	1	511	29	20	23	26	1.99
25605262--25605335	34	2.2	34	81	13	93	28	20	24	27	1.99
25613036--25613121	34	2.5	34	78	10	104	25	19	25	29	1.99
25621248--25621287	20	2.0	20	95	0	71	25	25	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25623430--25623456	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
25647363--25647807	221	2.0	221	100	0	890	25	18	24	32	1.97
25650605--25650642	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
25657883--25657951	30	2.3	30	92	0	111	21	37	20	20	1.94
25661298--25661329	14	2.3	14	94	0	55	31	46	12	9	1.73
25666423--25666454	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
25667016--25667054	19	2.0	19	85	5	51	43	7	5	43	1.55
25667965--25668027	28	2.3	27	81	10	65	38	6	7	47	1.58
25668209--25668300	30	3.0	29	81	12	96	51	5	3	40	1.41
25675786--25675832	23	2.0	23	95	0	85	53	6	14	25	1.65
25676229--25676267	12	3.2	12	92	0	60	17	41	30	10	1.83
25681951--25682044	47	2.0	47	100	0	188	31	14	21	31	1.94
25689826--25690040	107	2.0	107	96	0	394	35	29	9	25	1.87
25691017--25691077	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
25694068--25694094	13	2.1	13	100	0	54	22	37	25	14	1.93
25696321--25696384	31	2.1	31	93	0	110	37	9	20	32	1.85
25701615--25701775	85	1.9	84	82	7	200	22	18	24	35	1.95
25701619--25701775	43	3.7	45	75	17	131	22	18	24	33	1.97
25704047--25704103	30	1.9	30	85	0	78	38	8	17	35	1.81
25711499--25711636	40	3.4	39	80	9	143	34	28	13	22	1.93
25718868--25718946	41	1.9	41	89	5	124	31	30	12	25	1.93
25718868--25718956	41	2.2	41	83	4	117	32	29	12	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25722162--25722300	43	3.2	43	91	0	224	27	19	26	26	1.99
25722865--25722897	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
25724027--25724075	21	2.3	21	96	0	89	22	22	26	28	1.99
25736524--25736596	36	2.0	36	100	0	146	46	26	5	21	1.73
25742334--25742367	12	2.6	14	81	18	54	26	0	14	58	1.36
25763597--25763655	27	2.2	27	90	0	91	33	20	22	23	1.97
25764074--25764125	27	1.9	27	88	7	79	13	21	28	36	1.91
25768007--25768073	34	2.0	34	96	0	125	31	4	26	37	1.77
25772534--25772689	27	5.8	27	77	10	131	40	21	8	28	1.84
25772528--25772702	54	3.2	55	76	6	187	40	21	8	29	1.82
25772654--25772824	81	2.1	81	82	4	202	32	23	7	36	1.82
25772681--25772864	27	6.8	27	88	0	260	32	22	6	38	1.80
25772528--25772875	27	12.9	27	74	8	91	35	22	7	34	1.82
25772681--25772864	54	3.4	54	94	0	314	32	22	6	38	1.80
25772862--25772941	27	3.0	27	96	0	142	37	20	21	21	1.94
25773336--25773380	6	7.3	6	80	14	56	15	22	15	46	1.83
25777163--25777239	34	2.3	34	88	4	111	25	22	23	28	1.99
25782167--25782351	40	4.7	40	81	5	178	27	28	20	24	1.99
25782134--25782351	40	5.5	39	77	7	165	25	27	20	25	1.99
25791992--25792254	40	6.6	39	86	4	287	25	27	21	25	1.99
25791992--25792254	120	2.2	119	82	4	316	25	27	21	25	1.99
25792186--25792263	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25798496--25798609	42	2.7	43	81	11	137	31	14	26	27	1.95
25800446--25800511	34	1.9	34	87	0	96	22	22	27	27	1.99
25801118--25801221	20	5.1	20	62	9	57	33	22	28	15	1.94
25801118--25801316	41	4.7	41	78	7	218	35	19	27	18	1.94
25801289--25801336	20	2.4	20	96	0	87	37	18	33	10	1.85
25802779--25802803	8	3.1	8	100	0	50	24	0	24	52	1.48
25815977--25816001	9	2.8	9	100	0	50	24	24	0	52	1.48
25820278--25820331	20	2.7	20	100	0	108	22	38	27	11	1.88
25823492--25823564	34	2.1	34	87	0	101	31	23	20	24	1.98
25827410--25827585	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
25827407--25827577	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
25841380--25841652	48	5.7	48	75	4	219	26	29	17	27	1.97
25841435--25841662	96	2.4	96	81	0	267	26	29	15	28	1.96
25847343--25847503	34	4.6	35	88	1	227	39	29	11	18	1.87
25847343--25847503	69	2.3	70	88	3	227	39	29	11	18	1.87
25852383--25852505	43	2.8	43	98	1	237	34	11	19	34	1.88
25858634--25858741	56	1.9	56	92	0	180	36	24	11	28	1.89
25866878--25866935	26	2.3	26	90	3	91	55	1	24	18	1.52
25872167--25872231	27	2.4	27	89	0	94	33	18	21	26	1.96
25873075--25873126	26	2.0	26	96	0	95	21	25	26	26	1.99
25884071--25884102	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
25884070--25884306	49	4.7	49	74	8	192	26	16	25	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25884119--25884301	101	1.8	101	89	3	289	27	18	25	29	1.98
25884511--25884540	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
25886721--25886898	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
25886742--25886897	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
25905271--25905301	13	2.4	13	100	0	62	32	35	25	6	1.82
25911178--25911311	49	2.7	49	78	6	135	25	17	25	32	1.97
25911516--25911545	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
25914518--25914676	27	5.9	27	80	11	166	35	21	23	19	1.96
25914536--25914678	54	2.6	54	92	2	225	35	22	23	18	1.95
25915993--25916100	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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