genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8315952--8316122	86	2.0	86	94	0	297	37	7	7	47	1.59
8320367--8320408	16	2.7	16	77	3	50	26	0	2	71	0.98
8320935--8320967	9	3.8	9	96	4	59	45	0	0	54	0.99
8322042--8322066	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
8322294--8322323	15	1.9	16	93	6	53	46	0	0	53	1.00
8333783--8333865	40	2.1	40	100	0	166	30	27	12	30	1.92
8334148--8334187	21	1.9	21	84	0	53	40	20	20	20	1.92
8334920--8334964	22	2.0	23	82	4	56	33	11	2	53	1.49
8335735--8335778	11	4.2	11	82	11	56	38	0	2	59	1.10
8335738--8335778	20	2.0	20	90	0	64	39	0	2	58	1.11
8335737--8335776	10	4.0	10	87	9	55	37	0	2	60	1.11
8335748--8335787	19	2.2	19	86	4	55	45	0	0	55	0.99
8339516--8339593	38	2.1	38	95	0	138	39	16	10	33	1.83
8339980--8340055	30	2.6	28	75	22	75	48	5	5	40	1.48
8340832--8340894	32	2.0	32	84	6	83	36	3	0	60	1.13
8340954--8341005	10	5.4	10	77	9	54	28	1	1	67	1.12
8340957--8341005	19	2.6	19	77	6	55	30	2	2	65	1.15
8342437--8342475	17	2.2	18	90	4	62	69	0	0	30	0.89
8342736--8342807	5	15.0	5	73	16	55	59	2	0	37	1.12
8344528--8345281	206	3.7	206	92	1	1217	30	21	16	31	1.95
8357085--8357123	17	2.2	18	90	4	62	69	0	0	30	0.89
8357386--8357447	5	13.0	5	75	13	51	58	3	0	38	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8363157--8363184	12	2.3	12	100	0	56	35	28	0	35	1.58
8365038--8365067	3	10.0	3	92	0	51	0	30	0	70	0.88
8367037--8367148	53	2.1	56	81	11	135	60	6	2	30	1.35
8368982--8369040	26	2.2	26	84	9	73	59	0	5	35	1.20
8372123--8372161	19	2.1	19	100	0	78	38	20	15	25	1.92
8372172--8372230	31	1.9	31	89	0	91	30	16	23	28	1.97
8372234--8372300	31	2.2	31	83	0	80	26	19	25	28	1.99
8383856--8384114	46	5.6	46	86	1	340	42	15	22	19	1.88
8383856--8384114	93	2.8	92	85	2	349	42	15	22	19	1.88
8391068--8391267	111	1.8	111	82	2	258	61	2	9	27	1.39
8391180--8391363	63	2.8	63	81	7	181	63	2	6	27	1.33
8392645--8392689	18	2.8	16	86	10	56	17	2	4	75	1.07
8393079--8393305	51	4.6	51	69	17	183	29	18	19	32	1.96
8392922--8393296	144	2.6	144	86	1	527	29	20	18	31	1.96
8393180--8393353	95	1.8	95	80	7	210	28	20	17	32	1.96
8393274--8393397	44	2.8	45	81	4	146	29	21	19	29	1.98
8396458--8396566	44	2.4	45	79	7	123	33	19	16	31	1.94
8399398--8399703	100	2.9	103	86	7	377	21	28	23	25	1.99
8399399--8399703	56	5.8	52	87	5	354	21	28	23	25	1.99
8399798--8399829	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
8400041--8400098	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
8405351--8405385	16	2.2	16	100	0	70	34	20	17	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8406361--8406453	45	2.1	45	81	4	107	33	19	22	24	1.97
8406412--8406470	23	2.4	27	81	16	74	30	20	23	25	1.98
8411132--8411221	23	3.9	23	78	5	92	47	35	4	12	1.61
8411775--8411823	25	1.9	26	88	12	75	8	10	10	71	1.31
8411779--8411834	25	2.2	25	81	12	62	12	7	10	69	1.36
8411973--8412028	30	1.9	28	85	7	76	42	0	0	57	0.99
8415487--8415516	13	2.2	14	94	5	53	20	53	13	13	1.72
8417079--8417130	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
8419051--8419102	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
8420989--8421089	28	3.6	27	76	9	85	62	0	5	31	1.19
8421004--8421079	29	2.6	29	72	17	77	63	0	7	28	1.23
8421034--8421100	10	6.9	10	73	13	59	64	0	4	31	1.14
8421026--8421086	20	3.1	19	75	13	61	63	0	4	31	1.15
8421034--8421100	19	3.5	19	76	8	64	64	0	4	31	1.14
8420989--8421103	28	4.1	27	74	13	81	63	0	6	30	1.18
8421097--8421122	10	2.6	10	100	0	52	53	0	0	46	1.00
8421026--8421181	58	2.7	56	78	7	154	57	1	6	34	1.36
8421460--8421624	88	1.9	89	86	7	239	31	7	20	40	1.81
8422859--8423747	468	1.9	468	92	0	1494	25	22	14	37	1.92
8423829--8423875	23	2.0	24	87	8	69	72	6	6	14	1.25
8435740--8435817	38	2.1	38	97	0	147	42	19	5	33	1.73
8436410--8436459	18	2.8	18	84	0	55	34	0	6	60	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8437840--8437910	21	3.4	19	74	16	61	43	1	5	49	1.35
8438685--8438736	20	2.6	20	84	0	68	11	26	34	26	1.91
8439504--8439611	53	2.2	50	82	11	125	33	27	12	25	1.93
8441412--8441552	49	2.9	49	72	6	115	30	22	19	26	1.98
8443964--8444009	23	2.0	22	83	4	56	23	15	28	32	1.95
8446360--8446409	25	2.0	25	96	0	91	40	12	2	46	1.52
8446718--8446781	30	2.2	30	91	2	103	50	1	0	48	1.10
8446770--8446810	15	2.5	17	84	11	59	65	0	2	31	1.05
8454346--8454386	15	2.7	15	96	0	73	36	19	17	26	1.94
8458931--8460337	357	3.9	358	94	1	2442	37	20	16	26	1.93
8458931--8460337	715	2.0	717	94	1	2498	37	20	16	26	1.93
8469212--8469323	56	2.0	56	82	3	136	25	26	25	23	2.00
8472283--8472341	3	20.0	3	89	10	95	66	0	1	32	1.02
8474993--8475159	46	3.6	46	89	1	244	44	15	20	19	1.87
8476506--8476570	25	2.6	25	85	0	76	32	21	24	21	1.98
8480503--8480527	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
8481877--8481917	15	2.8	15	81	3	57	39	14	0	46	1.45
8490336--8490398	31	2.0	32	84	3	83	34	20	1	42	1.62
8490321--8490382	31	2.0	31	87	0	88	32	22	0	45	1.53
8491781--8491818	19	1.9	19	89	5	58	52	2	5	39	1.38
8491826--8491873	5	9.6	5	100	0	96	39	0	0	60	0.97
8491935--8491980	12	3.8	13	83	11	53	60	2	36	0	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8499214--8499240	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8500381--8500423	22	2.0	22	86	9	61	53	2	0	44	1.13
8501957--8502007	25	2.0	27	88	11	81	29	0	7	62	1.23
8501957--8502008	24	2.1	25	86	10	72	28	0	7	63	1.22
8502123--8502160	20	1.9	20	88	0	58	36	26	10	26	1.89
8502435--8502474	18	2.2	19	86	4	55	22	5	7	65	1.38
8502597--8502657	3	20.3	3	100	0	122	65	0	0	34	0.93
8503433--8503480	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
8504141--8504174	9	3.7	9	88	4	50	47	17	8	26	1.77
8508536--8508590	6	8.7	6	80	11	56	50	5	30	12	1.63
8508543--8508595	27	2.0	27	88	0	79	52	7	30	9	1.61
8508489--8508590	45	2.3	45	81	3	107	44	7	32	15	1.75
8510959--8511014	28	2.0	28	96	0	103	28	12	28	30	1.93
8515433--8515506	6	12.2	6	92	1	94	0	58	0	41	0.98
8516396--8516567	84	2.0	84	90	0	272	32	8	16	41	1.79
8517054--8517087	16	2.1	16	89	10	52	23	0	5	70	1.09
8517048--8517075	14	2.0	14	100	0	56	28	0	7	64	1.20
8516987--8517181	107	1.8	107	91	2	320	40	6	11	42	1.67
8517151--8517192	14	3.1	14	93	3	68	33	0	7	59	1.25
8517365--8517413	24	2.0	24	100	0	98	12	16	32	38	1.86
8518692--8518734	13	3.2	13	87	6	59	69	0	0	30	0.88
8518727--8518825	24	4.1	23	70	15	67	58	4	7	30	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8521336--8521372	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
8528432--8528468	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
8530358--8530493	46	3.0	46	86	4	168	41	14	22	20	1.89
8540632--8540696	21	3.1	21	71	6	60	18	23	16	41	1.90
8540632--8540719	42	2.1	42	80	4	97	18	21	18	42	1.90
8546697--8546743	16	2.9	16	84	9	51	40	2	4	53	1.32
8547915--8548043	3	42.3	3	78	10	102	62	1	4	31	1.24
8548189--8548234	15	2.9	15	93	6	74	65	0	8	26	1.21
8552542--8552627	26	3.3	26	62	22	63	34	18	17	29	1.94
8552526--8552628	51	2.0	51	100	0	206	34	15	17	32	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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