genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19433294--19433459	83	2.0	83	95	0	296	32	9	27	31	1.88
19434005--19434134	65	2.0	65	98	0	251	27	5	21	45	1.73
19434779--19435043	46	5.7	46	76	15	269	21	20	28	29	1.98
19434824--19434992	47	3.6	47	79	13	222	21	18	28	30	1.97
19434779--19435038	93	2.8	93	97	0	484	21	20	29	29	1.98
19440040--19440151	51	2.2	51	86	0	161	39	11	21	27	1.88
19440285--19440427	72	2.0	72	98	0	277	44	6	17	32	1.74
19441686--19441822	69	2.0	69	95	0	247	28	28	7	35	1.84
19442043--19442175	38	3.8	38	71	21	128	30	28	16	24	1.96
19442080--19442137	27	2.1	27	87	0	80	32	29	13	24	1.94
19442042--19442202	65	2.5	65	97	1	306	31	27	16	24	1.96
19442145--19442322	27	6.6	27	84	3	151	29	28	15	26	1.96
19442166--19442321	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
19442145--19442321	54	3.3	54	81	6	205	29	28	15	26	1.96
19444693--19444776	28	3.0	28	85	1	114	22	3	27	46	1.68
19444958--19445044	21	4.0	23	78	13	85	17	22	22	36	1.94
19446118--19446257	52	2.9	46	70	17	113	27	17	26	29	1.97
19448545--19448656	51	2.2	51	85	0	152	39	11	22	26	1.88
19451146--19451197	18	2.9	18	82	0	68	26	25	26	21	1.99
19453018--19453188	46	3.7	48	80	8	169	26	18	30	23	1.97
19460352--19460483	66	2.0	66	98	0	255	12	44	10	31	1.77
19461985--19462053	6	11.3	6	77	9	68	15	4	1	78	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19461983--19462053	5	13.0	5	79	18	63	16	4	1	77	1.00
19461983--19462047	31	2.0	33	88	5	98	16	3	1	78	0.96
19462295--19462425	66	2.0	65	100	0	253	25	30	13	29	1.94
19466167--19466353	66	2.8	66	88	0	275	20	29	18	31	1.96
19468997--19469543	281	2.0	280	93	1	943	33	7	25	33	1.84
19472082--19472132	22	2.3	22	89	0	84	31	23	27	17	1.97
19479002--19479209	67	3.2	64	79	10	206	22	29	16	31	1.96
19482282--19482813	48	11.3	47	76	12	405	31	19	24	24	1.98
19482282--19482813	96	5.7	95	76	10	477	31	19	24	24	1.98
19482264--19482807	144	3.8	143	83	7	662	31	19	23	24	1.98
19482567--19482735	85	2.0	85	88	0	248	32	20	23	24	1.98
19482518--19482776	133	1.9	133	87	0	374	31	20	23	24	1.98
19485377--19485433	25	2.3	25	90	0	96	38	21	26	14	1.91
19486439--19486497	28	2.1	28	93	0	100	37	1	3	57	1.25
19486647--19486686	13	2.8	15	85	11	57	22	2	2	72	1.09
19487475--19487529	27	2.0	28	82	10	69	43	9	0	47	1.35
19493945--19493982	20	1.9	20	100	0	76	26	15	23	34	1.95
19496501--19496720	118	1.8	119	91	1	361	21	22	28	26	1.99
19496500--19496720	40	5.6	40	89	3	331	21	23	28	26	1.99
19500144--19500177	3	11.3	3	93	0	59	70	0	29	0	0.87
19507261--19507322	31	2.0	31	90	0	97	41	9	14	33	1.79
19510323--19510360	16	2.4	16	90	0	58	52	18	18	10	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19510590--19510685	28	3.4	29	80	7	108	29	14	30	26	1.95
19513044--19513076	17	1.9	17	93	0	57	12	21	48	18	1.80
19521280--19521304	13	1.9	13	100	0	50	48	32	0	20	1.50
19521367--19521393	13	2.1	13	100	0	54	40	14	0	44	1.46
19522036--19522116	43	1.9	42	84	2	108	35	23	14	25	1.93
19541208--19541679	239	2.0	232	82	7	576	31	14	20	33	1.92
19549767--19549808	21	2.0	21	100	0	84	14	33	47	4	1.65
19562869--19563041	38	4.5	38	86	1	211	19	20	26	34	1.96
19569570--19569729	38	4.2	37	88	6	221	19	21	25	33	1.97
19569570--19569760	76	2.5	76	85	6	258	18	20	26	33	1.96
19577404--19577459	25	2.2	25	81	6	69	41	14	21	23	1.89
19587907--19587945	3	13.0	3	83	0	51	28	0	5	66	1.12
19590769--19590799	12	2.6	12	94	0	53	29	9	32	29	1.89
19592077--19592102	12	2.2	12	100	0	52	76	0	7	15	0.99
19598693--19598753	5	12.0	5	76	13	54	22	3	0	73	0.97
19600519--19600560	20	2.0	20	86	4	57	50	14	26	9	1.73
19602626--19602752	33	3.8	33	74	6	103	22	26	17	33	1.96
19605325--19605358	16	2.2	16	90	10	54	8	5	5	79	1.05
19607674--19607707	17	2.0	17	88	11	52	50	11	11	26	1.73
19608160--19608204	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
19611021--19611197	27	6.5	27	83	3	194	27	15	27	29	1.96
19611022--19611177	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19611018--19611197	82	2.2	81	82	3	218	27	15	26	30	1.96
19626935--19627047	27	4.2	27	84	4	138	25	16	17	39	1.91
19626921--19627028	54	2.0	54	80	7	121	28	16	18	36	1.93
19631428--19631484	26	2.2	26	81	9	62	28	17	17	36	1.93
19639272--19639327	26	2.2	26	83	0	67	28	19	16	35	1.93
19644206--19644269	27	2.4	27	75	0	74	20	18	21	39	1.93
19654499--19654524	11	2.4	11	100	0	52	7	15	15	61	1.55
19661579--19661617	20	1.9	20	89	5	60	46	7	7	38	1.61
19665063--19665244	40	4.6	40	89	2	260	26	25	22	25	2.00
19667801--19667865	32	2.0	32	93	0	112	26	23	16	33	1.96
19673134--19673235	40	2.6	40	87	7	138	24	26	23	25	2.00
19676934--19676966	16	2.2	16	89	10	52	9	6	6	78	1.08
19679791--19679840	20	2.5	20	86	3	64	50	2	12	36	1.51
19684889--19685020	40	3.3	40	86	2	176	26	28	21	23	1.99
19690687--19690733	10	4.7	10	84	7	60	36	14	27	21	1.93
19692420--19692448	13	2.2	13	100	0	58	27	0	10	62	1.28
19694655--19694682	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
19696556--19696596	21	2.0	21	90	9	68	63	2	29	4	1.28
19696558--19696609	27	1.9	27	84	0	68	65	1	26	5	1.26
19700855--19700900	10	4.5	10	81	5	56	15	23	21	39	1.92
19700852--19700900	21	2.4	20	89	3	71	14	22	22	40	1.90
19701125--19701153	13	2.2	13	100	0	58	27	0	10	62	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19702529--19702559	13	2.4	13	88	0	53	70	9	0	19	1.14
19702865--19702919	29	2.0	28	82	10	69	40	20	18	21	1.92
19710362--19710459	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
19710390--19710472	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
19710362--19710473	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
19713533--19713584	27	2.0	26	82	10	63	34	1	19	44	1.62
19724971--19725097	43	3.0	43	80	9	159	22	16	28	32	1.96
19725354--19725659	149	2.1	150	92	2	510	25	9	19	46	1.80
19735045--19735294	125	2.0	125	98	0	482	32	28	19	20	1.96
19735209--19735381	46	3.7	46	79	13	219	31	30	17	20	1.96
19735216--19735387	93	1.8	93	98	0	335	30	29	19	20	1.97
19740331--19740422	45	2.0	45	97	0	175	25	34	17	22	1.96
19744360--19744597	49	4.8	49	85	4	273	26	18	26	28	1.98
19747032--19747859	31	26.7	31	99	0	1633	28	25	16	28	1.97
19747883--19747973	42	2.2	42	97	0	173	32	20	15	30	1.94
19748109--19748193	25	3.5	24	79	9	73	27	22	22	28	1.99
19748127--19748191	25	2.6	25	90	4	96	23	24	27	24	2.00
19749119--19749360	27	8.9	27	77	6	139	30	9	19	41	1.82
19749207--19749365	54	2.9	54	80	3	169	29	10	20	40	1.85
19749183--19749332	81	1.9	81	85	2	212	28	7	21	43	1.79
19749183--19749365	81	2.3	81	81	5	201	28	9	19	42	1.82
19749368--19749601	27	8.7	27	86	1	308	38	6	24	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19749368--19749615	81	3.1	81	87	2	354	39	7	24	29	1.83
19751866--19752166	31	9.7	31	98	0	568	28	25	16	28	1.97
19752190--19753037	42	20.2	42	99	0	1687	33	19	16	31	1.94
19753185--19753254	25	2.8	25	91	4	106	25	22	25	25	2.00
19754064--19754128	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
19754172--19754224	27	2.0	27	84	0	70	37	15	13	33	1.86
19754187--19754368	54	3.3	54	80	3	177	31	7	19	41	1.78
19754179--19754368	27	7.0	26	77	8	119	32	8	18	40	1.81
19754246--19754401	81	1.9	81	85	5	217	28	8	19	42	1.82
19754270--19754401	27	4.9	26	74	8	104	29	9	20	40	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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