genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2404726--2404950	40	5.6	40	85	3	308	25	28	22	23	1.99
2404726--2404950	83	2.8	80	86	4	301	25	28	22	23	1.99
2408899--2409060	68	2.4	68	84	2	191	32	11	11	44	1.77
2408908--2409064	34	4.6	33	78	4	143	33	12	12	42	1.79
2409933--2409963	12	2.6	12	100	0	62	45	12	19	22	1.84
2412716--2412755	16	2.5	16	100	0	80	25	5	5	65	1.34
2416310--2416513	47	4.4	47	88	3	270	26	32	9	31	1.88
2428488--2428527	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
2434527--2434635	54	2.0	54	94	0	191	35	20	7	36	1.80
2435021--2435212	55	3.6	53	73	4	143	20	23	18	38	1.94
2442640--2442698	23	2.6	23	97	0	109	22	20	20	37	1.95
2454597--2454643	22	2.1	22	96	0	85	36	2	4	57	1.30
2454850--2454887	12	2.8	14	77	22	53	26	10	0	63	1.27
2454851--2454891	15	2.6	17	78	21	54	26	7	0	65	1.18
2455544--2455590	19	2.2	21	82	14	53	31	4	10	53	1.55
2455564--2455597	15	2.3	15	89	0	50	32	0	14	52	1.42
2457232--2457257	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
2458065--2458146	21	4.0	21	76	16	84	15	24	19	40	1.91
2458681--2458995	4	78.8	4	99	0	621	25	0	24	50	1.50
2460160--2460189	16	1.9	16	93	6	53	20	6	6	66	1.38
2462024--2462237	43	5.0	43	74	1	153	32	25	14	27	1.94
2474581--2474802	40	5.6	40	90	1	322	23	20	26	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2476593--2476717	66	1.9	65	83	6	162	14	25	18	41	1.88
2480005--2480071	35	1.9	35	96	0	125	38	5	8	46	1.60
2480072--2480098	13	2.1	13	100	0	54	37	11	0	51	1.37
2480626--2480673	19	2.5	19	79	0	51	68	2	2	27	1.11
2485204--2485314	34	3.3	34	84	5	127	37	6	18	36	1.77
2485387--2485524	59	2.3	61	76	10	151	33	11	25	29	1.91
2490587--2490649	31	2.0	31	90	6	101	26	15	6	50	1.68
2495235--2495284	19	2.5	20	76	23	61	36	6	0	58	1.23
2496442--2496661	47	4.7	48	78	10	215	21	29	19	29	1.98
2496449--2496702	46	5.4	45	77	10	183	22	28	19	29	1.98
2496437--2496705	94	2.9	94	79	12	275	22	28	20	28	1.98
2497690--2497722	17	1.9	17	93	0	57	21	30	27	21	1.98
2506011--2506044	15	2.2	16	89	5	52	47	2	2	47	1.32
2511516--2511693	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
2511537--2511692	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
2519704--2519881	27	6.6	27	82	3	178	29	27	15	27	1.96
2525538--2525753	46	4.7	45	75	12	188	24	29	18	27	1.98
2525586--2525754	94	1.8	92	88	7	261	24	28	19	27	1.99
2533245--2533367	46	2.6	45	81	6	138	21	29	21	26	1.99
2536274--2536346	19	3.2	22	66	27	62	23	13	13	49	1.78
2536258--2536350	46	2.0	46	100	0	186	24	12	12	49	1.76
2536509--2537157	323	2.0	325	96	0	1212	34	12	13	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2543519--2543742	40	5.6	40	87	3	306	24	23	26	25	2.00
2543523--2543742	83	2.7	80	88	5	302	23	24	27	25	2.00
2547304--2547386	42	2.0	42	90	0	130	38	18	8	34	1.81
2551497--2551569	38	1.9	38	91	0	119	28	16	20	34	1.94
2554132--2554205	37	2.0	37	100	0	148	43	8	32	16	1.77
2562724--2562763	17	2.4	16	80	8	53	47	2	10	40	1.50
2565002--2565059	29	2.0	29	93	0	98	39	6	27	25	1.81
2565724--2565757	16	2.1	17	94	5	61	58	11	17	11	1.62
2571624--2571660	18	2.1	18	94	0	65	10	18	24	45	1.81
2576336--2576386	25	2.0	25	96	0	93	60	17	0	21	1.36
2579756--2580018	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
2579756--2580018	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
2579950--2580027	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
2587704--2587968	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
2587671--2587968	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
2587900--2587977	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
2591373--2591408	6	6.0	6	93	0	63	80	0	0	19	0.71
2593445--2593631	40	4.7	40	98	0	356	22	22	23	31	1.99
2593448--2593675	40	5.7	40	94	1	179	22	22	25	28	1.99
2593445--2593668	120	1.9	120	88	1	342	23	22	25	29	1.99
2593444--2593704	120	2.2	120	84	2	337	23	21	24	29	1.99
2600582--2600635	27	2.0	27	85	7	74	29	20	18	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2600772--2600848	26	3.0	25	72	11	66	23	20	18	37	1.94
2602268--2602532	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
2602235--2602532	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
2602464--2602541	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
2610216--2610400	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
2610197--2610400	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
2623973--2624190	40	5.5	40	90	1	289	25	26	24	23	2.00
2626142--2626257	43	2.7	43	77	13	107	30	26	18	24	1.98
2631650--2631806	77	2.0	77	98	0	305	40	20	14	24	1.90
2632149--2632212	21	3.0	21	93	0	110	39	18	26	15	1.91
2635575--2635712	42	3.2	42	84	7	145	24	18	26	31	1.97
2635573--2635731	43	3.7	43	74	15	132	23	18	26	30	1.98
2636368--2636524	77	2.0	77	100	0	314	40	21	14	24	1.90
2636867--2636930	21	3.0	21	93	0	110	39	18	26	15	1.91
2640293--2640430	42	3.2	42	84	7	145	24	18	26	31	1.97
2640291--2640449	43	3.7	43	74	15	132	23	18	26	30	1.98
2647897--2648053	43	3.7	42	79	9	140	28	19	22	29	1.98
2647936--2648053	43	2.8	43	79	6	150	27	18	23	30	1.98
2647936--2648045	42	2.6	42	81	7	141	28	19	22	30	1.98
2654919--2654955	19	1.9	19	94	0	65	48	0	2	48	1.15
2656338--2656400	30	2.1	30	91	5	101	55	17	4	22	1.60
2656430--2656472	22	2.0	22	81	9	52	58	9	13	18	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2658846--2658975	45	3.0	45	75	8	133	30	27	16	24	1.97
2671417--2671506	27	3.3	27	75	20	89	26	16	20	36	1.93
2671431--2671513	27	3.1	26	86	5	112	22	20	20	36	1.95
2671925--2672009	34	2.5	35	86	1	118	25	18	25	29	1.98
2694394--2694441	23	2.0	24	84	4	62	31	8	2	58	1.39
2694978--2695042	29	2.2	29	94	0	112	15	21	40	23	1.91
2696677--2696920	42	5.8	42	84	5	305	29	24	15	31	1.95
2696677--2696920	85	2.9	85	93	3	395	29	24	15	31	1.95
2696687--2696920	127	1.8	128	87	2	355	28	23	15	32	1.95
2698407--2698913	126	4.1	125	81	4	585	37	14	17	29	1.90
2701074--2701104	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
2701071--2701110	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
2701783--2701837	27	2.0	27	100	0	110	47	21	0	30	1.51
2707591--2708315	38	19.1	38	89	3	1068	38	24	21	15	1.92
2712951--2712980	13	2.3	13	100	0	60	20	6	13	60	1.55
2713747--2713780	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
2713747--2713785	17	2.4	16	87	8	53	43	5	0	51	1.24
2713751--2713790	17	2.3	18	83	12	57	47	5	0	47	1.24
2713866--2713900	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2713746--2714034	120	2.4	120	93	1	483	41	3	4	50	1.39
2713819--2714002	66	3.1	59	67	20	164	41	2	6	48	1.43
2713999--2714040	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2713990--2714031	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
2713971--2714220	76	3.1	82	64	20	211	46	3	3	47	1.34
2713974--2714283	157	2.0	157	97	0	584	47	4	2	44	1.39
2714143--2714177	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2714731--2714795	32	2.0	32	96	0	121	43	20	18	18	1.89
2725424--2725612	50	3.8	49	80	4	191	26	17	26	29	1.98
2738192--2738524	48	6.9	48	82	3	323	25	30	17	27	1.97
2738194--2738473	144	1.9	144	84	2	366	24	30	18	27	1.98
2738193--2738524	144	2.3	144	79	5	364	25	30	17	27	1.97
2738189--2738523	96	3.5	96	82	0	357	25	29	17	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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