genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22359594--22359797	54	3.8	52	75	8	158	29	26	1	42	1.64
22359627--22359779	55	2.8	54	79	6	159	30	26	0	42	1.60
22360010--22360049	20	2.0	20	85	9	55	32	2	0	65	1.06
22365620--22365673	26	2.1	26	86	6	74	29	22	14	33	1.94
22367569--22367619	12	3.8	13	78	19	52	58	13	0	27	1.36
22367639--22367694	12	4.4	12	76	12	58	48	8	3	39	1.52
22367640--22367696	26	2.2	26	90	6	89	49	10	3	36	1.55
22367640--22367697	13	4.5	13	78	6	64	50	10	3	36	1.54
22368213--22368271	26	2.3	26	82	11	77	22	23	16	37	1.94
22368530--22368891	118	3.0	118	83	8	457	39	20	9	29	1.85
22370521--22370559	18	2.2	18	85	0	51	25	5	7	61	1.44
22372140--22372168	14	2.0	15	93	6	51	55	24	6	13	1.63
22372849--22372886	19	2.0	19	100	0	76	26	26	15	31	1.96
22380513--22380613	43	2.3	43	94	0	175	22	30	22	23	1.99
22382136--22382231	44	2.2	44	92	3	160	30	27	18	23	1.98
22385163--22385247	43	2.0	43	95	0	152	22	20	31	25	1.98
22392217--22392359	47	3.0	47	75	13	141	24	20	18	36	1.95
22394569--22394627	11	5.3	11	86	10	75	55	27	13	3	1.54
22394556--22394648	22	4.3	21	78	11	82	59	24	10	5	1.52
22398224--22398258	18	1.9	18	100	0	70	20	5	51	22	1.68
22398344--22398375	10	3.4	10	83	16	50	71	0	0	28	0.86
22398339--22398386	18	2.8	18	75	6	55	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22398867--22398898	16	1.9	17	93	6	57	37	9	0	53	1.34
22407869--22407893	7	3.6	7	100	0	50	24	0	32	44	1.54
22419405--22419468	32	2.0	32	100	0	128	40	15	31	12	1.85
22422450--22422512	5	11.8	5	75	18	56	42	1	1	53	1.19
22422458--22422502	23	2.0	23	82	8	56	46	2	0	51	1.13
22422846--22422905	27	2.3	26	88	8	86	50	1	3	45	1.28
22422903--22423452	274	2.0	275	97	0	1030	46	11	8	34	1.70
22423612--22423643	13	2.6	13	90	9	50	15	0	12	71	1.14
22424206--22424265	9	6.0	10	83	14	63	66	1	0	31	1.01
22424222--22424303	9	8.9	9	76	5	83	60	0	1	37	1.04
22435909--22435951	22	2.0	22	86	9	61	37	0	16	46	1.47
22438375--22438422	24	2.0	24	95	0	87	22	25	6	45	1.75
22441312--22441664	47	7.4	47	95	1	589	32	7	29	29	1.86
22444976--22445115	50	2.8	51	84	1	174	25	18	28	27	1.98
22445081--22445148	33	2.1	33	97	0	127	23	22	27	26	1.99
22448036--22448401	46	8.0	46	89	0	473	40	14	22	21	1.89
22448177--22448246	21	3.1	21	64	28	54	41	11	22	24	1.87
22448039--22448401	138	2.6	138	89	0	521	41	14	22	21	1.89
22451590--22451845	40	6.4	40	94	2	419	25	28	22	23	1.99
22460801--22461021	46	4.7	46	82	1	181	23	28	18	29	1.98
22460851--22461021	46	3.7	45	84	3	198	23	26	18	31	1.97
22461483--22461525	19	2.2	19	83	4	50	41	20	0	37	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22468765--22468926	26	6.2	26	73	4	121	24	16	27	32	1.96
22468765--22468921	52	3.0	52	76	1	145	24	15	26	33	1.95
22470139--22470189	21	2.4	21	86	0	75	15	25	45	13	1.83
22471826--22471860	11	2.8	13	83	16	56	31	0	0	68	0.90
22472426--22472472	15	2.9	17	84	12	55	27	4	12	55	1.56
22478053--22478085	17	1.9	17	88	11	50	18	36	15	30	1.91
22483406--22483470	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
22483576--22483665	28	3.2	27	82	7	110	21	24	22	32	1.98
22483586--22483657	27	2.6	27	86	4	99	23	26	18	31	1.97
22495816--22495859	22	2.0	21	91	4	70	43	27	4	25	1.74
22499490--22499529	16	2.5	16	88	8	55	62	0	10	27	1.27
22500885--22500926	15	2.7	16	75	20	52	78	0	0	21	0.75
22510364--22510406	23	2.0	23	86	13	65	46	27	4	20	1.71
22516292--22516417	23	5.6	23	77	11	127	17	25	20	36	1.94
22516292--22516416	45	2.8	44	79	8	137	17	25	20	36	1.95
22520405--22520452	15	3.2	15	84	0	69	60	14	12	12	1.59
22527046--22527089	16	2.6	17	82	7	54	11	4	4	79	1.02
22542215--22542254	20	2.0	20	100	0	80	40	20	10	30	1.85
22547367--22547468	42	2.5	41	83	3	141	29	23	17	29	1.97
22548662--22548700	19	1.9	19	85	10	51	35	7	12	43	1.72
22556196--22556468	48	5.7	47	74	10	173	27	26	19	26	1.99
22556201--22556477	95	2.9	95	78	7	276	26	27	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22562784--22563050	48	5.6	48	74	4	198	27	27	17	27	1.98
22562736--22563050	96	3.3	95	73	9	278	27	27	17	26	1.98
22567943--22568003	30	2.0	30	93	0	104	34	19	13	32	1.90
22572264--22572422	44	3.5	43	86	6	156	25	21	27	25	1.99
22572310--22572422	44	2.6	44	92	2	183	23	22	28	25	1.99
22577100--22577164	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
22587059--22587097	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
22591695--22592217	49	10.9	49	94	2	868	28	29	9	31	1.89
22591695--22592217	192	2.7	192	92	1	906	28	29	9	31	1.89
22603906--22603935	13	2.3	13	94	0	51	6	16	50	26	1.70
22611276--22611332	26	2.2	26	96	0	105	26	35	7	31	1.83
22634625--22634945	40	8.1	40	89	0	446	25	27	22	24	2.00
22637041--22637137	43	2.3	44	89	5	146	49	13	6	30	1.66
22638641--22638765	57	2.2	56	91	5	207	23	27	12	36	1.91
22651579--22651751	43	4.0	43	77	12	185	24	18	25	31	1.97
22652533--22652647	57	2.0	57	96	0	212	24	2	26	46	1.65
22661714--22661748	17	2.0	18	88	5	54	40	0	0	60	0.97
22661720--22661760	19	2.2	19	86	0	55	51	0	0	48	1.00
22661666--22661955	71	4.1	71	73	13	245	44	4	2	49	1.34
22661911--22661949	20	2.0	20	85	10	53	35	7	0	56	1.28
22662698--22662742	20	2.2	20	88	0	72	33	2	0	64	1.06
22662698--22662751	20	2.7	20	85	0	63	31	1	1	64	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22662896--22662928	14	2.3	15	94	5	59	57	0	0	42	0.98
22662912--22662950	21	1.9	20	84	5	51	64	2	0	33	1.08
22663063--22663105	7	6.5	6	86	10	50	79	0	18	2	0.85
22663062--22663105	13	3.2	14	87	12	65	79	0	18	2	0.83
22663073--22663106	7	5.0	7	89	7	52	76	0	23	0	0.79
22663244--22663298	29	1.9	28	85	3	74	43	3	12	40	1.60
22665528--22665632	52	2.0	52	100	0	210	37	5	7	49	1.55
22670809--22670956	43	3.5	43	81	10	153	33	28	15	22	1.95
22695775--22695831	23	2.5	23	88	5	80	21	19	19	40	1.92
22695794--22695837	23	1.9	23	90	0	70	22	20	20	36	1.95
22705643--22705677	8	4.4	8	92	0	52	54	28	0	17	1.43
22706727--22706814	29	3.1	29	82	8	108	29	14	25	30	1.95
22714867--22714928	28	2.2	28	88	0	88	30	29	11	29	1.91
22715034--22715096	28	2.2	29	88	8	94	22	22	23	31	1.98
22715044--22715107	28	2.2	28	86	2	83	25	25	18	31	1.98
22715550--22715590	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
22721585--22721617	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
22722686--22722750	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88
22722856--22722945	27	3.2	27	79	7	101	18	23	24	33	1.97
22722866--22722956	27	3.2	28	78	4	85	20	25	20	32	1.97
22723399--22723439	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
22737005--22737161	43	3.7	43	74	10	135	33	25	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22737535--22737598	29	2.1	31	94	5	114	25	26	6	42	1.78
22747458--22747617	43	3.7	42	80	8	162	31	24	18	25	1.97
22747520--22747617	44	2.3	42	86	8	135	31	23	19	25	1.98
22751458--22751731	49	5.8	48	69	13	163	29	19	27	23	1.98
22758037--22758285	92	2.7	92	79	9	240	31	20	25	22	1.98
22758037--22758376	49	7.2	47	73	10	200	30	19	26	23	1.98
22758082--22758334	142	1.8	138	82	6	330	31	20	25	23	1.98
22760324--22760380	22	2.6	22	88	0	87	17	35	26	21	1.95
22761100--22761147	25	1.9	25	95	0	87	27	20	18	33	1.96
22761878--22761962	4	20.8	4	75	4	71	64	4	25	4	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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