genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25919886--25919915	11	2.9	10	90	9	51	56	0	10	33	1.32
25920052--25920128	38	2.0	39	89	2	120	28	28	16	25	1.97
25922772--25922879	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
25924978--25925107	46	2.8	48	76	17	148	27	29	21	21	1.99
25924983--25925126	46	3.1	45	73	19	127	27	29	21	22	1.99
25925662--25925795	67	2.0	67	98	0	259	41	14	6	37	1.73
25929780--25929804	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
25929790--25929945	72	2.2	73	92	1	260	42	1	4	51	1.33
25929835--25929916	19	4.0	21	70	16	64	41	1	3	53	1.26
25937805--25937858	3	18.0	3	80	0	63	27	40	1	29	1.67
25942127--25942191	33	2.0	33	90	0	103	32	36	9	21	1.85
25945868--25945900	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
25948604--25948645	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
25949432--25949470	19	2.1	19	85	9	53	12	15	0	71	1.14
25950060--25950402	170	2.0	170	98	0	668	53	12	11	22	1.71
25951247--25951328	42	2.0	42	87	4	121	19	30	30	19	1.96
25952432--25952471	6	6.7	6	83	11	55	50	2	17	30	1.59
25956082--25956106	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
25968376--25968476	33	3.2	30	86	6	89	28	26	24	19	1.99
25968389--25968478	33	2.7	33	92	0	144	28	23	26	21	1.99
25971477--25971522	24	2.0	24	83	8	60	32	10	28	28	1.91
25972628--25972666	13	2.9	13	84	3	51	28	2	10	58	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25976647--25976695	21	2.3	21	78	0	53	32	26	6	34	1.81
25978869--25979179	126	2.5	126	84	1	390	38	17	15	28	1.90
25982076--25982120	21	2.2	20	92	4	72	11	15	42	31	1.82
25982083--25982129	21	2.2	21	85	7	60	10	17	38	34	1.84
25982460--25982526	30	2.2	30	89	0	98	10	20	41	26	1.85
25983024--25983048	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
25984195--25984255	21	2.9	21	75	2	59	44	3	22	29	1.69
25984210--25984242	11	3.1	11	91	4	50	39	0	24	36	1.56
25985222--25985263	9	3.8	11	82	17	52	38	0	4	57	1.20
25998202--25998248	20	2.3	20	96	0	85	44	17	17	21	1.86
26010173--26010311	48	2.9	48	86	0	188	28	15	32	23	1.95
26010177--26010357	48	3.8	48	80	5	152	28	18	30	22	1.97
26012656--26012888	39	6.0	39	91	0	376	24	29	24	21	1.99
26024559--26024589	12	2.6	12	94	0	53	70	0	0	29	0.87
26024541--26024587	18	2.7	18	80	9	53	72	0	2	25	0.96
26026216--26026440	48	4.7	48	82	5	276	27	18	29	24	1.98
26029449--26029507	30	2.0	30	82	0	73	30	18	23	27	1.98
26033132--26033210	39	2.0	39	92	0	131	27	8	20	43	1.81
26035967--26036017	21	2.4	21	90	6	77	23	21	27	27	1.99
26040136--26040397	50	5.2	49	68	19	207	26	0	13	59	1.34
26040185--26040246	27	2.4	25	78	7	63	27	0	9	62	1.26
26040165--26040424	51	5.1	51	68	19	220	27	0	12	60	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26040127--26040526	101	4.0	101	95	1	695	29	0	12	58	1.38
26040286--26040347	27	2.4	25	78	7	63	27	0	9	62	1.26
26040387--26040448	27	2.4	25	78	7	63	27	0	9	62	1.26
26042246--26042310	33	2.0	33	90	0	103	41	7	16	33	1.77
26054880--26054924	18	2.7	16	77	12	54	40	0	2	57	1.11
26060032--26060149	34	3.4	34	84	3	148	42	0	14	43	1.45
26060250--26060633	121	3.1	125	82	7	453	39	17	15	28	1.90
26067550--26067603	21	2.5	23	73	14	60	42	0	1	55	1.10
26077119--26077302	40	4.6	41	81	12	199	26	21	27	25	2.00
26077170--26077335	79	2.1	79	79	8	178	27	19	27	25	1.99
26081696--26081748	26	2.0	27	82	10	65	45	1	0	52	1.11
26081794--26081834	17	2.4	18	80	12	50	48	4	4	41	1.46
26090156--26090248	47	2.0	47	95	0	168	33	15	29	22	1.94
26091476--26091502	8	3.4	8	100	0	54	22	0	14	62	1.31
26094868--26094907	20	2.0	21	85	9	57	52	5	7	35	1.51
26095854--26095895	17	2.4	18	84	11	52	38	16	2	42	1.61
26096460--26096502	21	2.0	21	100	0	86	44	9	4	41	1.57
26107005--26107134	47	2.8	47	82	2	154	23	16	27	31	1.96
26109516--26109561	20	2.3	20	84	0	56	36	10	0	52	1.37
26118759--26118813	22	2.5	21	80	16	58	23	3	21	50	1.64
26120130--26120175	20	2.3	20	92	0	74	34	8	2	54	1.43
26130586--26130616	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26130583--26130622	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
26130855--26131063	55	3.9	51	78	12	190	22	24	16	35	1.95
26133899--26133941	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
26134313--26134600	143	2.0	144	97	0	542	28	15	28	27	1.96
26134562--26134738	27	6.5	27	78	6	151	25	16	28	29	1.97
26134616--26134738	55	2.3	54	84	5	158	25	17	29	28	1.97
26134558--26134738	82	2.2	81	78	6	188	25	16	28	29	1.97
26134599--26134976	189	2.0	189	96	0	702	27	16	26	29	1.97
26134788--26134927	27	5.1	27	84	3	138	27	15	28	29	1.96
26134805--26134927	55	2.3	54	85	1	156	25	16	29	29	1.96
26135689--26135810	61	2.0	61	91	0	199	37	4	27	31	1.75
26142508--26142747	55	4.5	54	77	11	212	21	25	17	35	1.95
26146463--26146624	85	1.9	84	81	6	193	25	19	25	29	1.99
26147673--26147778	53	2.0	53	90	0	167	21	18	29	30	1.97
26149312--26149363	18	3.1	18	78	13	65	61	0	15	23	1.33
26150138--26150170	16	2.0	17	88	5	50	63	0	12	24	1.28
26152822--26152867	17	2.7	17	83	9	58	26	23	8	41	1.83
26166629--26166677	22	2.2	22	96	0	89	24	4	28	42	1.73
26169394--26169538	28	5.2	28	86	4	197	37	21	23	17	1.93
26170591--26170623	17	1.9	17	100	0	66	69	0	24	6	1.10
26177237--26177375	28	5.0	28	83	0	154	37	17	23	21	1.94
26179723--26179754	16	1.9	17	93	6	57	34	12	18	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26181285--26181456	46	3.7	45	78	7	175	22	18	29	30	1.97
26182205--26182249	22	2.2	20	92	8	72	62	0	37	0	0.96
26182209--26182249	13	3.5	13	75	25	54	60	0	39	0	0.96
26183594--26183785	40	4.8	40	90	0	303	22	22	27	27	1.99
26183592--26183811	80	2.8	80	85	2	309	24	23	26	25	2.00
26198607--26198726	47	2.6	45	82	10	129	20	20	30	29	1.98
26210451--26210500	18	2.8	18	76	11	57	36	18	4	42	1.69
26220857--26220984	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
26220857--26220984	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
26228913--26229040	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
26228913--26229040	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
26233997--26234023	13	2.1	13	100	0	54	14	25	37	22	1.93
26235657--26235690	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
26238118--26238274	40	3.9	40	93	1	253	26	28	22	22	1.99
26239688--26239776	29	3.1	29	87	3	128	28	31	14	25	1.95
26242202--26242465	47	5.7	45	73	16	184	25	31	19	24	1.98
26242155--26242458	94	3.2	93	77	9	305	24	30	19	25	1.98
26245960--26245990	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
26248336--26248487	44	3.5	44	79	10	145	26	25	19	28	1.98
26268793--26268887	42	2.2	42	83	5	120	29	24	18	27	1.98
26268815--26268939	44	2.9	44	80	10	132	27	28	19	25	1.99
26275653--26275756	50	2.1	50	100	0	208	46	18	11	24	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26276958--26278431	736	2.0	736	100	0	2948	38	17	8	36	1.79
26280748--26280851	40	2.5	40	79	9	109	25	12	27	34	1.92
26280838--26280907	28	2.5	28	79	9	88	30	11	27	31	1.91
26289472--26289746	27	10.3	26	82	4	250	42	20	15	21	1.89
26289472--26289748	54	5.2	54	80	6	303	42	20	15	21	1.89
26289472--26289744	81	3.4	82	84	4	333	42	20	15	21	1.88
26299343--26299367	13	1.9	13	100	0	50	44	8	8	40	1.63
26302134--26302172	20	1.9	21	84	5	53	25	2	0	71	0.98
26303325--26303380	20	2.8	20	83	2	69	33	28	17	19	1.95
26303674--26303735	26	2.4	26	78	7	63	33	11	22	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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