genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28892834--28892860	13	2.1	13	100	0	54	33	0	14	51	1.43
28901672--28902152	176	2.7	176	91	0	737	28	18	22	29	1.98
28903645--28903704	23	2.6	23	86	5	77	36	1	1	60	1.17
28906991--28907016	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
28906966--28907016	21	2.5	21	75	9	52	52	5	1	39	1.37
28907899--28907943	22	2.1	21	87	4	63	51	2	0	46	1.13
28908465--28908525	23	2.4	26	84	10	74	40	4	9	44	1.59
28916387--28916416	8	3.6	8	91	8	51	76	0	0	23	0.78
28917179--28917237	24	2.4	23	77	8	64	32	6	0	61	1.22
28923912--28924059	76	1.9	76	81	8	176	46	11	18	23	1.81
28930329--28930386	31	1.9	31	89	3	91	41	15	13	29	1.86
28930436--28930460	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
28943346--28943480	46	2.9	46	88	2	182	40	11	24	22	1.88
28947984--28948037	23	2.4	21	80	17	63	40	0	0	59	0.98
28947990--28948038	25	2.1	23	85	11	64	42	0	0	57	0.99
28949157--28949317	59	2.7	62	78	6	161	21	15	14	48	1.80
28949215--28949330	60	1.9	63	83	5	157	21	17	15	45	1.85
28949730--28949845	60	1.9	61	80	5	137	48	11	14	25	1.77
28949816--28949901	28	2.9	31	81	10	115	41	9	18	30	1.82
28950267--28950301	17	1.9	17	88	11	52	25	2	5	65	1.28
28954504--28954560	29	1.9	30	85	7	80	22	8	8	59	1.55
28957084--28957109	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28957081--28957115	14	2.5	13	86	13	52	25	0	14	60	1.35
28957971--28958022	20	2.5	21	87	6	79	34	42	15	7	1.75
28960176--28960200	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
28963718--28964095	126	3.0	126	83	1	463	29	15	16	38	1.90
28964181--28964277	34	3.1	29	74	16	86	41	19	2	37	1.63
28964198--28964273	34	2.2	35	84	9	95	39	14	2	43	1.59
28964340--28964409	35	2.0	34	86	8	97	41	21	0	37	1.53
28964343--28964425	34	2.4	34	80	11	89	44	16	0	38	1.48
28965743--28965794	24	2.2	24	100	0	104	42	11	9	36	1.74
28969764--28969874	26	4.1	27	73	20	90	26	6	0	67	1.14
28969820--28969862	22	2.0	22	86	9	61	30	4	0	65	1.13
28971792--28971879	43	2.0	43	95	0	158	44	6	10	38	1.65
28971792--28971864	23	3.3	22	65	25	55	45	5	10	38	1.63
28982227--28982278	25	2.0	26	92	3	88	34	15	26	23	1.94
28982236--28982328	25	3.7	25	76	8	82	37	18	26	17	1.93
28984225--28984348	63	2.0	63	90	0	194	37	17	8	36	1.81
28991550--28991583	16	2.1	17	94	5	61	85	0	0	14	0.60
29008834--29008888	28	1.9	29	85	3	76	25	1	10	61	1.39
29008799--29008961	81	2.0	82	92	1	274	26	6	15	50	1.69
29011028--29011117	23	3.9	23	73	2	74	35	10	15	38	1.81
29011635--29011859	72	3.1	72	80	0	252	26	22	16	34	1.95
29014966--29015197	49	4.7	49	77	3	221	29	27	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29014966--29015087	50	2.5	49	86	1	154	30	27	15	26	1.96
29015444--29015497	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
29025262--29025287	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
29034085--29034145	25	2.5	25	91	2	97	42	11	6	39	1.67
29034108--29034164	27	2.2	25	81	6	60	54	7	5	33	1.50
29034426--29034470	23	2.0	23	100	0	90	22	26	13	37	1.91
29038787--29038899	46	2.5	46	82	2	138	22	21	15	41	1.89
29039024--29039107	38	2.2	38	87	4	116	11	29	35	22	1.90
29039220--29039262	21	2.0	22	86	4	61	18	0	9	72	1.11
29039208--29039266	12	5.2	12	78	12	52	22	0	10	67	1.20
29039249--29039298	26	2.0	26	88	7	77	34	0	4	62	1.14
29039496--29039591	46	2.1	46	92	0	156	26	25	12	36	1.91
29041461--29041528	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
29045624--29045706	24	3.4	24	81	9	89	33	20	21	24	1.97
29045646--29045741	24	3.9	25	77	8	92	35	18	21	23	1.96
29047157--29047194	19	2.0	19	94	0	67	28	26	7	36	1.84
29047460--29047579	45	2.7	43	84	10	143	22	21	13	42	1.87
29051111--29051204	42	2.2	42	79	3	100	19	39	20	21	1.93
29054375--29054458	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
29055129--29055187	31	1.9	31	86	10	86	33	8	0	57	1.29
29055297--29055338	21	2.0	21	85	0	57	33	0	2	64	1.07
29065736--29065777	21	2.0	21	100	0	84	33	4	23	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29067584--29067616	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
29067595--29067689	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
29067851--29067885	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
29067809--29067881	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
29067770--29068041	144	1.9	147	94	3	487	46	3	2	47	1.34
29067995--29068029	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
29068015--29068193	55	3.1	54	64	22	128	49	7	2	41	1.43
29068010--29068197	61	3.1	61	68	14	190	49	6	2	41	1.41
29067978--29068200	120	1.9	120	97	0	419	49	6	2	42	1.40
29068115--29068149	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
29068190--29068236	17	2.9	16	78	18	53	46	2	6	44	1.40
29068209--29068242	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
29068275--29068469	93	2.1	92	88	4	286	47	4	4	44	1.41
29069870--29069896	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
29088341--29088365	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
29089616--29089667	25	2.1	25	85	0	68	36	9	15	38	1.80
29090320--29090347	10	2.8	10	100	0	56	10	10	7	71	1.31
29095066--29095108	18	2.4	18	84	3	61	13	46	25	13	1.81
29098756--29098813	30	1.9	30	100	0	116	32	13	13	39	1.85
29099022--29099078	29	2.1	26	87	9	78	54	0	0	45	0.99
29099022--29099078	28	2.0	29	86	3	80	54	0	0	45	0.99
29102413--29102440	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29105422--29105446	11	2.3	11	100	0	50	24	28	0	48	1.52
29105398--29105452	21	2.6	21	80	13	51	32	21	0	45	1.52
29108742--29108774	7	4.7	7	92	0	57	30	0	12	57	1.35
29109591--29109641	21	2.4	21	83	6	68	37	41	13	7	1.74
29109756--29110128	127	2.9	128	94	2	660	35	4	4	56	1.40
29110082--29110166	39	2.2	38	83	6	109	41	5	5	47	1.52
29110154--29110184	9	3.4	9	90	0	53	35	0	0	64	0.94
29113218--29113524	126	2.4	125	90	1	506	28	18	15	37	1.92
29113650--29113687	15	2.4	16	82	13	51	55	28	0	15	1.41
29113545--29114047	172	2.9	171	87	4	735	44	20	1	33	1.63
29113990--29114039	24	2.1	24	88	7	75	56	30	0	14	1.39
29113999--29114033	16	2.1	17	89	5	54	57	31	0	11	1.34
29115081--29115162	22	3.6	23	76	17	73	37	15	26	19	1.92
29115127--29115178	25	2.1	25	92	0	86	42	17	19	21	1.89
29115417--29115459	22	2.0	22	81	9	52	30	18	0	51	1.47
29115803--29116109	169	1.8	170	82	2	402	31	20	5	42	1.75
29116232--29116329	23	4.3	23	88	2	128	36	25	22	15	1.93
29116609--29116700	44	2.1	44	83	4	114	31	22	22	22	1.98
29124800--29124869	25	2.8	25	70	20	65	58	7	5	28	1.48
29127640--29127720	4	19.8	4	77	5	72	67	3	23	4	1.26
29128485--29128595	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
29141087--29141124	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29159942--29160009	34	2.0	34	97	0	127	10	26	33	29	1.89
29162466--29162499	17	2.0	17	94	0	59	55	0	5	38	1.24
29163637--29163745	24	4.5	24	86	4	141	22	14	32	31	1.94
29163637--29163745	48	2.3	49	88	3	159	22	14	32	31	1.94
29163638--29163770	24	5.5	24	84	3	101	23	14	32	30	1.94
29163637--29163761	48	2.6	48	82	5	146	22	15	32	29	1.94
29167345--29167378	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
29167360--29167410	23	2.2	23	96	0	93	43	3	5	47	1.46
29169570--29169967	199	2.0	199	100	0	796	36	9	12	41	1.75
29172317--29172362	19	2.4	19	88	0	74	19	34	30	15	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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