genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28219517--28219687	52	3.1	54	83	9	202	28	29	16	25	1.97
28219517--28219671	81	1.9	80	90	1	247	26	30	18	25	1.98
28227788--28227831	23	1.9	23	95	0	79	45	9	0	45	1.35
28229928--28230048	46	2.6	46	80	10	140	32	18	27	22	1.97
28230014--28230242	48	4.8	49	73	12	158	27	16	30	25	1.97
28236686--28236856	49	3.5	47	76	11	159	28	18	28	24	1.98
28239678--28239850	46	3.7	46	76	13	192	23	21	26	28	1.99
28239675--28239845	93	1.8	93	96	0	315	22	21	27	28	1.99
28250695--28250936	26	9.3	26	82	0	223	39	26	12	20	1.89
28252293--28252341	22	2.3	20	80	10	62	10	14	14	61	1.57
28255690--28255745	29	1.9	29	82	7	69	62	0	1	35	1.06
28255988--28256131	29	5.0	28	75	16	98	29	4	2	63	1.24
28256047--28256116	9	7.4	9	80	6	68	28	1	1	68	1.06
28256041--28256118	20	4.1	19	73	18	72	29	1	1	67	1.06
28255988--28256143	30	5.3	28	74	16	129	31	4	1	62	1.26
28256036--28256111	37	2.0	40	84	7	104	31	2	1	64	1.15
28255946--28256117	19	8.9	19	68	12	73	28	5	2	63	1.28
28271718--28271828	47	2.4	47	81	6	145	27	15	21	36	1.93
28273806--28273872	33	2.0	33	100	0	134	52	8	14	23	1.70
28274930--28275014	41	2.1	40	84	2	107	65	10	2	21	1.34
28281306--28281344	11	3.1	13	89	10	55	53	0	0	46	1.00
28285485--28285534	22	2.3	22	89	0	73	32	2	16	50	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28289266--28289310	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
28295347--28295377	6	5.2	6	100	0	62	19	0	0	80	0.71
28310349--28310377	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
28310893--28310923	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
28311884--28312477	297	2.0	297	99	0	1170	33	13	20	32	1.91
28314521--28314806	40	7.2	40	97	1	531	22	22	27	26	1.99
28328275--28328398	27	4.6	27	92	2	194	27	14	28	29	1.95
28328275--28328398	55	2.3	54	91	1	194	27	14	28	29	1.95
28330794--28330891	45	2.2	45	98	1	189	41	6	11	40	1.65
28335635--28335742	25	4.4	25	88	5	141	28	23	21	26	1.99
28335798--28335854	9	5.9	9	80	15	69	38	21	7	33	1.80
28335790--28335866	20	3.8	20	96	0	145	36	19	10	33	1.86
28335776--28335860	40	2.1	40	85	10	120	35	18	11	34	1.88
28335790--28335865	11	7.5	11	71	16	74	35	19	10	34	1.86
28335999--28336606	304	2.0	303	88	2	907	26	26	16	30	1.96
28340154--28340183	15	2.0	15	93	0	51	20	0	23	56	1.42
28340801--28340898	41	2.3	42	82	8	117	22	18	27	31	1.97
28345237--28345445	94	2.3	91	80	7	217	24	29	19	26	1.98
28356264--28356469	111	1.9	110	88	1	313	34	22	15	28	1.94
28356264--28356469	55	3.7	56	89	1	299	34	22	15	28	1.94
28358043--28358110	29	2.3	29	84	0	82	22	25	11	41	1.87
28364689--28364877	55	3.5	53	85	5	245	21	24	19	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28364848--28365072	47	4.8	46	76	8	177	21	25	19	33	1.97
28365077--28365161	44	1.9	44	85	4	118	27	21	14	37	1.91
28365699--28365759	30	2.0	30	87	0	86	32	22	6	37	1.80
28369858--28370028	40	4.2	40	88	5	254	23	21	28	26	1.99
28380066--28380270	43	4.9	43	92	1	305	24	20	28	26	1.99
28380073--28380296	40	5.5	40	90	3	290	25	21	28	25	1.99
28380066--28380296	86	2.8	82	88	5	299	25	20	27	25	1.99
28381681--28381811	6	21.3	6	71	16	81	19	16	12	50	1.78
28381687--28381745	25	2.4	25	85	0	73	22	15	13	49	1.79
28381709--28381790	37	2.2	37	80	0	101	18	18	13	50	1.79
28389072--28389296	49	4.5	49	79	5	263	28	25	17	27	1.98
28389530--28389583	27	2.0	27	88	0	81	40	14	5	38	1.70
28395223--28395252	12	2.4	12	94	5	51	33	0	10	56	1.32
28395658--28395711	25	2.0	28	82	10	69	33	3	20	42	1.70
28398709--28398746	18	2.1	19	90	9	62	36	26	7	28	1.84
28402138--28402402	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
28402105--28402402	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
28402334--28402411	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
28404552--28404641	33	2.7	33	76	10	85	32	23	21	23	1.98
28407006--28407061	29	2.0	28	89	3	85	17	23	26	32	1.97
28409098--28409158	31	2.0	31	87	3	88	39	8	24	27	1.84
28412961--28413031	24	3.0	24	91	4	108	25	38	2	33	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28425600--28425772	46	3.7	46	75	14	185	23	21	26	28	1.99
28425597--28425767	93	1.8	93	92	2	290	23	21	27	27	1.99
28425992--28426099	40	2.7	39	88	4	153	24	25	23	26	2.00
28426159--28426255	40	2.4	41	86	3	126	30	22	16	29	1.96
28425879--28426339	156	3.0	155	94	0	789	27	20	20	31	1.98
28426927--28427081	6	25.5	6	75	17	142	49	14	17	19	1.80
28426927--28427081	55	2.8	55	89	6	219	49	14	17	19	1.80
28427201--28427266	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
28427201--28427274	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
28427225--28427282	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
28427439--28427497	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
28427585--28427667	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
28427866--28428061	27	7.3	27	83	3	207	27	19	17	35	1.94
28428066--28428663	27	22.1	27	85	4	758	41	10	20	26	1.85
28430139--28430181	11	3.9	11	96	0	77	20	0	41	37	1.53
28430176--28430250	36	2.1	35	83	9	91	20	2	40	37	1.66
28431031--28431096	7	8.2	8	82	11	50	68	3	1	27	1.13
28431057--28431104	21	2.2	21	92	3	78	75	2	0	22	0.91
28431057--28431096	7	5.7	7	100	0	80	75	0	0	25	0.81
28431217--28431255	18	2.2	18	90	4	62	79	0	2	17	0.84
28431275--28431321	24	2.0	24	83	4	60	59	17	10	12	1.60
28433308--28433392	43	2.0	42	95	2	152	29	10	25	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28435632--28435880	23	10.9	23	83	4	247	31	4	22	40	1.75
28436119--28436165	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
28436428--28436614	43	4.3	43	85	4	234	24	18	30	26	1.98
28436428--28436614	86	2.2	86	89	0	275	24	18	30	26	1.98
28439474--28439532	24	2.5	24	91	2	93	28	33	5	32	1.79
28449748--28449925	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
28449769--28449924	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
28456335--28456418	29	2.9	29	87	0	114	21	23	15	39	1.92
28456374--28456429	29	1.9	29	88	0	85	23	28	14	33	1.94
28462225--28462257	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
28463082--28463146	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88
28463252--28463341	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
28463262--28463352	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
28463252--28463366	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
28469843--28469875	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
28477966--28478022	28	2.0	28	100	0	114	50	3	35	10	1.54
28479066--28479101	15	2.4	15	95	0	63	16	11	5	66	1.40
28485182--28485323	40	3.6	39	78	3	149	24	28	16	30	1.96
28488930--28488970	21	2.0	21	85	0	55	48	17	17	17	1.81
28493079--28493256	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
28493100--28493255	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
28501698--28501875	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28501719--28501874	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
28507473--28507506	11	3.0	11	86	4	50	23	0	5	70	1.09
28507628--28507691	31	2.1	31	88	2	94	57	14	3	25	1.51
28523976--28524014	21	2.0	20	85	10	53	23	35	25	15	1.94
28529501--28529541	6	6.8	6	88	0	64	14	2	14	68	1.32
28536195--28536267	35	2.1	35	94	5	130	34	12	9	43	1.75
28537728--28537899	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
28537752--28537935	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
28544489--28544660	93	1.8	93	96	0	317	27	30	20	20	1.98
28544481--28544656	46	3.8	46	81	10	223	28	29	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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