genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   

This is table  9  of  186  ( 22216 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2741713--2741776	27	2.4	27	86	0	92	34	15	25	25	1.95
2741713--2741791	27	2.9	27	84	3	79	34	17	22	25	1.96
2741932--2742065	27	5.0	27	82	1	153	26	18	19	35	1.95
2744664--2744836	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
2744661--2744831	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
2751357--2751472	55	2.1	55	95	0	205	20	31	18	29	1.97
2752513--2752691	27	6.6	27	83	3	198	30	27	15	27	1.96
2763568--2763669	51	2.0	51	100	0	204	33	7	13	45	1.73
2766193--2766297	50	2.1	50	92	3	176	18	34	4	42	1.71
2767379--2767433	11	5.5	10	79	12	60	36	10	18	34	1.86
2767477--2767571	25	3.8	25	94	0	163	25	25	23	26	2.00
2767791--2767874	31	2.7	31	90	1	134	32	19	25	23	1.97
2774800--2774908	55	2.0	55	94	0	191	27	24	22	25	2.00
2776406--2776496	46	2.0	46	86	0	128	27	31	6	34	1.83
2776506--2776770	47	5.6	47	91	0	386	25	27	12	34	1.92
2776476--2776801	141	2.3	141	84	0	409	26	29	11	33	1.91
2776476--2776801	94	3.5	94	83	0	375	26	29	11	33	1.91
2779141--2779209	11	6.7	11	77	14	76	37	11	17	33	1.86
2779153--2779209	20	2.8	21	94	5	100	38	10	17	33	1.84
2779257--2779326	25	2.8	24	87	8	95	25	22	22	28	1.99
2779256--2779339	25	3.4	25	79	12	86	28	21	22	27	1.99
2779546--2779629	31	2.7	31	88	1	134	34	19	23	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2780903--2780978	38	2.0	38	94	5	136	26	14	26	32	1.94
2785390--2785524	56	2.4	56	86	0	189	30	14	24	31	1.94
2791966--2792189	56	4.0	56	88	1	315	26	14	24	34	1.94
2801107--2801166	30	2.0	30	83	0	75	38	8	23	30	1.84
2809595--2809626	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
2813517--2813617	38	2.6	38	84	3	121	22	22	26	27	1.99
2813533--2813640	38	2.8	38	82	0	126	20	20	27	31	1.97
2813633--2814002	43	8.6	43	92	0	614	12	24	31	30	1.93
2818003--2818067	22	3.2	22	62	20	59	33	27	12	26	1.92
2817989--2818067	39	2.0	39	95	0	140	32	29	12	25	1.93
2818375--2818475	50	2.0	50	100	0	202	18	35	13	31	1.90
2831470--2831498	14	2.1	14	100	0	58	27	31	6	34	1.83
2834325--2834450	39	3.2	39	87	0	180	23	26	17	32	1.97
2836821--2836918	48	2.0	48	98	0	187	32	15	24	27	1.95
2837246--2837294	25	1.9	26	88	12	75	44	0	4	51	1.20
2840232--2840280	22	2.3	20	80	13	53	2	30	4	63	1.24
2840369--2840436	27	2.5	27	85	0	82	29	25	27	17	1.97
2840537--2840571	19	1.9	17	88	11	52	68	0	5	25	1.11
2843065--2843322	45	5.9	43	86	8	237	27	31	19	22	1.98
2843119--2843325	45	4.6	45	92	3	321	28	30	20	20	1.98
2848285--2848433	31	4.8	31	79	6	176	27	18	26	28	1.98
2848451--2848606	47	3.3	46	81	4	141	30	14	25	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2848502--2848626	49	2.6	47	85	7	146	29	12	26	31	1.93
2848533--2848626	49	2.0	47	91	4	152	27	12	27	31	1.93
2848536--2848637	49	2.1	48	87	5	143	28	11	28	31	1.92
2857701--2857731	16	1.9	16	93	0	53	48	0	9	41	1.36
2867431--2867614	40	4.6	41	81	12	199	26	21	27	25	2.00
2867431--2867614	79	2.3	81	81	11	213	26	21	27	25	2.00
2867483--2867637	79	2.0	79	81	10	183	27	20	27	25	1.99
2873580--2873663	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
2873532--2873706	50	3.5	49	86	3	219	25	17	26	29	1.98
2875522--2875552	12	2.6	12	94	0	53	19	41	0	38	1.51
2881001--2881303	40	7.6	40	89	2	396	24	20	27	26	1.99
2888992--2889214	40	5.6	40	86	3	245	24	20	27	26	1.99
2889067--2889249	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
2891197--2891587	196	2.0	195	95	0	710	24	32	17	25	1.97
2892749--2892845	34	2.9	34	83	6	124	26	24	23	24	2.00
2895878--2895931	27	2.0	27	92	0	90	20	25	25	27	1.99
2896086--2896116	12	2.6	12	94	0	53	16	0	6	77	0.97
2896742--2896780	10	3.9	10	83	9	53	82	0	17	0	0.68
2898038--2898255	40	5.5	40	88	2	280	22	22	27	26	1.99
2904828--2904869	16	2.5	17	88	3	59	80	0	19	0	0.70
2907064--2907241	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
2907065--2907220	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2907061--2907241	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
2907973--2908273	150	2.0	150	99	0	593	37	7	24	30	1.84
2910224--2910316	47	2.0	47	93	0	159	41	25	10	21	1.85
2912296--2912390	50	1.9	50	93	0	163	46	8	18	26	1.78
2914899--2915076	45	4.0	45	78	3	184	26	16	25	31	1.96
2923980--2924014	18	1.9	18	88	11	54	51	14	0	34	1.42
2925472--2925579	42	2.6	42	80	5	121	28	25	16	29	1.97
2932163--2932387	40	5.7	40	81	7	262	25	26	21	26	2.00
2932163--2932380	79	2.7	81	83	6	277	26	25	21	27	1.99
2938279--2938456	50	3.6	49	85	1	203	26	16	25	32	1.96
2945749--2945801	23	2.2	26	83	10	67	35	9	26	28	1.87
2955323--2955449	43	3.0	43	80	5	159	26	14	25	33	1.94
2980739--2980772	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
2981019--2981302	142	2.0	142	100	0	568	35	23	16	23	1.94
2984521--2984583	28	2.2	29	88	2	101	28	31	14	25	1.95
2984798--2984840	16	2.6	18	82	17	58	11	18	18	51	1.76
2994238--2994648	47	8.7	47	97	0	750	29	30	8	32	1.86
2996652--2996883	56	4.1	56	98	0	446	22	21	9	45	1.81
2997534--2997624	44	2.1	44	93	0	155	39	4	16	39	1.69
3001693--3001951	46	5.5	47	69	18	164	28	17	29	23	1.97
3002795--3002878	42	2.0	42	92	0	141	14	25	35	25	1.93
3013006--3013105	46	2.2	44	85	7	139	27	17	31	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3024413--3024527	43	2.7	43	77	10	119	32	26	19	22	1.97
3031353--3031405	25	2.2	25	83	12	67	43	24	0	32	1.55
3033211--3033421	50	4.2	50	78	4	201	30	12	17	39	1.86
3033233--3033421	100	1.9	100	84	2	254	30	11	17	40	1.85
3037432--3037519	42	2.0	43	80	8	99	34	27	17	21	1.95
3039790--3039825	17	2.1	17	89	0	54	69	0	13	16	1.19
3041951--3042080	47	2.8	47	85	0	161	22	14	29	33	1.94
3041948--3042099	47	3.2	48	72	15	129	23	14	26	34	1.94
3043038--3043079	21	2.0	21	86	9	59	35	21	7	35	1.81
3045776--3045847	37	1.9	37	94	5	128	31	23	11	33	1.90
3054194--3054522	49	6.7	48	75	6	259	25	19	25	28	1.99
3054196--3054522	99	3.3	99	89	3	446	25	19	25	28	1.99
3060034--3060136	42	2.4	43	79	6	120	30	18	17	33	1.94
3067377--3067489	38	2.9	38	88	2	145	23	24	26	25	2.00
3067405--3067500	38	2.5	38	87	0	129	22	20	27	29	1.99
3067493--3067574	43	1.9	43	92	0	137	12	25	34	28	1.92
3083577--3083616	20	2.0	20	85	9	55	40	15	7	37	1.75
3086608--3086668	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
3088185--3088286	42	2.4	43	77	6	109	30	20	17	31	1.96
3088174--3088323	43	3.5	43	73	8	110	29	23	19	28	1.98
3100857--3100985	49	2.7	49	80	4	147	25	30	18	25	1.98
3105467--3105564	22	4.3	23	76	14	80	36	17	25	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3105504--3105565	22	2.7	24	82	12	85	37	16	27	19	1.93
3105504--3105575	23	3.2	23	80	7	85	34	16	29	19	1.94
3112492--3112745	129	2.0	129	79	4	280	27	26	22	24	2.00
3116354--3116398	24	1.9	23	82	13	56	40	6	20	33	1.78
3120766--3120807	21	2.0	21	95	0	75	26	19	23	30	1.98
3124570--3124648	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
3133715--3133793	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
3135892--3135917	13	2.0	13	100	0	52	53	0	15	30	1.42
3151288--3151337	25	2.0	25	100	0	100	24	28	20	28	1.99
3155172--3155677	129	3.9	129	82	4	566	35	19	18	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186