genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15028257--15028290	15	2.3	15	90	5	52	20	11	5	61	1.50
15028399--15028452	26	2.1	27	86	6	76	37	3	1	57	1.27
15030283--15030332	21	2.4	20	83	9	64	66	24	6	4	1.32
15033580--15033628	22	2.2	22	78	7	55	57	2	6	34	1.35
15037997--15038030	16	2.1	17	88	5	52	41	2	0	55	1.15
15044642--15045206	280	2.0	280	98	0	1105	20	12	30	36	1.89
15045598--15045975	88	4.4	88	82	9	460	33	20	16	29	1.95
15045746--15046048	76	3.9	76	79	11	335	32	21	17	29	1.96
15045660--15046048	164	2.4	160	87	4	548	32	21	17	28	1.96
15046935--15046975	21	2.1	19	86	13	57	14	19	9	56	1.66
15054891--15054922	15	2.0	17	88	11	50	31	0	6	62	1.20
15064483--15064886	75	5.5	74	88	3	584	31	16	20	31	1.95
15064483--15064886	149	2.7	147	92	1	650	31	16	20	31	1.95
15066664--15066695	15	2.0	17	88	11	50	31	0	6	62	1.20
15073976--15074066	39	2.4	40	90	7	145	54	1	4	39	1.27
15075109--15075172	26	2.5	25	87	9	94	68	20	6	4	1.30
15075106--15075173	25	2.7	25	85	12	95	69	20	5	4	1.28
15087795--15087969	71	2.5	69	86	3	226	28	14	23	34	1.94
15087969--15088163	72	2.7	71	84	6	241	25	14	23	36	1.92
15087795--15088261	199	2.4	192	85	3	612	26	15	22	36	1.93
15088129--15088445	140	2.2	141	90	1	492	26	15	20	37	1.92
15088416--15088710	79	3.8	79	85	4	339	31	16	20	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15101245--15101271	14	1.9	14	100	0	54	77	0	22	0	0.76
15103131--15103258	64	2.0	64	92	0	211	30	16	14	39	1.88
15103328--15104047	45	16.4	44	64	9	144	27	20	23	27	1.99
15103322--15104151	132	6.3	132	87	1	1137	27	20	23	27	1.99
15104094--15104318	44	5.2	44	71	8	156	31	17	23	28	1.97
15104155--15104321	88	1.9	88	82	4	212	30	19	22	27	1.98
15106056--15106344	103	2.8	101	66	19	238	27	8	7	55	1.58
15105935--15106344	205	2.0	205	97	0	766	27	9	7	55	1.59
15118822--15119015	10	20.4	9	69	19	92	32	3	3	60	1.27
15118822--15118964	29	4.9	29	71	14	82	34	2	3	59	1.29
15118864--15118906	21	2.0	22	90	4	70	37	0	6	55	1.27
15118918--15118981	18	3.5	17	75	12	56	31	0	1	67	1.00
15118936--15118989	26	2.0	28	86	10	78	31	0	0	68	0.90
15118938--15119042	8	11.4	9	70	20	67	32	1	1	63	1.16
15119720--15119778	17	3.4	19	78	17	67	66	0	0	33	0.92
15120756--15120819	31	2.1	31	90	0	101	21	23	15	39	1.92
15122560--15122637	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
15122678--15122898	27	8.1	27	81	3	192	33	8	17	40	1.79
15122683--15122961	27	10.3	27	80	6	172	35	8	18	37	1.81
15122885--15123042	27	5.9	27	87	3	201	39	7	24	28	1.82
15122886--15123042	81	1.9	81	86	0	224	39	7	24	28	1.82
15122875--15123053	81	2.2	81	80	0	214	37	7	24	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15123048--15123137	27	3.3	27	85	0	117	34	11	15	38	1.83
15123048--15123152	27	3.9	26	80	7	102	36	10	15	38	1.82
15124378--15124402	13	1.9	13	100	0	50	48	8	4	40	1.51
15124375--15124425	15	3.5	15	82	10	54	39	3	1	54	1.30
15124464--15124532	31	2.3	30	75	7	77	46	4	5	43	1.47
15126031--15126064	18	1.9	17	88	5	50	64	2	0	32	1.08
15128472--15128510	9	4.3	9	83	0	51	38	0	2	58	1.12
15128583--15128643	27	2.2	29	88	5	90	36	0	6	57	1.25
15128582--15128643	29	2.1	31	88	11	96	37	0	6	56	1.25
15141281--15141602	107	3.0	108	93	1	538	31	13	15	38	1.87
15141295--15141602	161	1.9	161	94	0	544	31	13	16	37	1.88
15141295--15141602	54	5.7	54	95	0	537	31	13	16	37	1.88
15142766--15142794	14	2.0	15	93	6	51	75	6	6	10	1.17
15143400--15143442	9	4.9	9	82	2	52	37	0	2	60	1.10
15143492--15143557	13	5.0	13	74	7	53	36	1	4	57	1.28
15144914--15144960	24	2.0	23	83	4	58	17	2	6	74	1.12
15144914--15144960	25	2.0	24	84	16	62	17	2	6	74	1.12
15144938--15145063	10	12.7	10	70	14	73	25	3	3	67	1.23
15144974--15145047	18	4.0	17	74	11	58	25	2	2	68	1.16
15144974--15145049	28	2.7	26	70	20	64	25	2	2	69	1.14
15145026--15145067	22	1.9	22	95	0	75	26	0	4	69	1.08
15147693--15147733	21	1.9	22	85	5	57	19	2	46	31	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15148740--15148781	17	2.6	16	78	14	50	50	4	4	40	1.45
15148782--15149133	17	19.9	17	70	14	196	44	10	14	30	1.79
15149864--15149909	3	15.0	3	82	13	58	0	36	0	63	0.95
15149878--15149906	10	2.9	10	100	0	58	0	37	0	62	0.96
15149864--15149909	13	3.7	13	81	18	62	0	36	0	63	0.95
15150283--15150399	30	3.9	29	77	11	94	44	3	22	29	1.69
15150298--15150399	30	3.4	30	84	2	134	44	3	22	29	1.71
15150395--15150427	13	2.4	14	90	5	50	27	0	3	69	1.03
15151922--15151975	23	2.4	22	82	14	58	31	7	1	59	1.36
15152020--15152074	28	2.0	27	82	3	65	32	9	3	54	1.49
15165336--15165378	22	2.0	21	90	0	59	23	18	32	23	1.96
15166654--15166697	16	2.8	17	86	10	58	43	29	2	25	1.67
15166749--15166782	14	2.4	14	85	0	50	26	47	2	23	1.66
15166754--15166800	14	3.2	15	82	11	53	36	42	0	21	1.53
15166788--15166855	28	2.4	29	87	7	104	44	25	5	25	1.76
15167315--15167454	42	3.5	42	76	18	122	21	2	32	44	1.64
15167370--15167438	21	3.3	21	76	8	77	21	2	30	44	1.67
15167355--15167425	28	2.5	28	77	22	78	22	1	33	42	1.63
15167318--15167417	35	2.9	34	88	5	146	23	2	32	43	1.65
15167653--15167852	84	2.4	84	81	3	224	29	14	26	30	1.95
15170934--15170960	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
15171388--15171413	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15171464--15171540	9	8.6	9	77	5	84	44	20	1	33	1.60
15171444--15171524	36	2.2	36	88	0	117	45	18	1	34	1.57
15176661--15176689	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
15177096--15177145	21	2.4	21	86	3	75	30	20	50	0	1.49
15177505--15177696	43	4.4	44	71	12	164	28	25	16	29	1.97
15179327--15179519	80	2.4	81	83	5	221	41	20	6	31	1.78
15179302--15179563	27	9.7	27	80	2	240	39	20	6	33	1.79
15179548--15179682	27	5.0	27	87	0	173	37	19	20	22	1.95
15179964--15180023	27	2.3	26	82	2	66	23	23	18	35	1.96
15180142--15180229	6	14.3	6	72	17	56	20	19	13	46	1.83
15180142--15180220	31	2.5	31	89	0	113	20	20	12	46	1.82
15194371--15194421	3	17.3	3	75	4	50	60	3	1	33	1.26
15196022--15196205	88	2.1	89	80	5	203	28	25	17	28	1.98
15196209--15196368	45	3.4	45	64	20	110	28	23	18	30	1.97
15196207--15196403	97	2.0	96	95	2	351	27	22	18	30	1.97
15196236--15196919	344	2.0	345	97	0	1307	28	19	22	29	1.98
15199015--15199204	40	4.8	40	88	1	238	25	21	28	24	1.99
15199015--15199224	80	2.6	80	85	3	271	25	20	28	25	1.99
15203043--15203907	46	18.8	46	96	1	1563	26	29	23	20	1.98
15205570--15205597	13	2.2	13	100	0	56	25	46	7	21	1.76
15212919--15212968	23	2.2	23	92	7	84	42	12	8	38	1.71
15244595--15244764	93	1.8	93	90	0	277	29	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15244589--15244761	46	3.7	46	73	13	174	30	26	20	23	1.99
15245184--15245243	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
15264433--15264492	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
15264750--15264896	74	2.0	74	97	0	276	32	10	20	36	1.86
15269626--15269729	26	4.0	26	91	0	172	31	7	25	35	1.84
15273123--15273238	17	6.8	17	71	13	76	31	21	22	25	1.98
15273098--15273202	34	3.1	35	76	12	101	35	21	20	21	1.96
15273113--15273264	34	4.4	34	73	8	130	30	22	23	23	1.99
15278468--15278595	47	2.7	47	88	0	184	20	15	29	34	1.94
15279600--15279655	26	2.2	26	96	0	103	30	7	25	37	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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