genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   

This is table  182  of  186  ( 22216 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60261708--60261732	13	1.9	13	100	0	50	16	32	40	12	1.84
60263618--60263799	51	3.7	49	83	8	217	30	25	18	26	1.98
60270764--60270977	107	2.0	107	99	0	419	24	22	17	35	1.95
60272095--60272317	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
60272249--60272326	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
60280040--60280342	40	7.6	40	87	4	362	26	27	20	25	1.99
60282650--60282716	20	3.4	20	81	6	84	56	0	22	20	1.42
60286912--60287056	49	3.0	48	74	7	130	24	30	14	30	1.95
60287210--60287249	17	2.4	17	83	8	55	35	20	20	25	1.96
60288928--60288987	21	2.8	21	71	11	59	31	0	28	40	1.57
60293271--60293397	50	2.6	49	85	1	155	29	29	15	24	1.96
60293697--60293750	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
60322392--60322468	38	2.0	38	100	0	154	29	7	12	49	1.69
60332947--60333044	28	3.5	28	87	2	126	30	28	14	26	1.95
60349319--60349439	46	2.7	44	82	6	134	24	19	30	25	1.98
60349412--60349592	49	3.7	50	73	14	155	25	17	30	25	1.97
60350286--60350336	26	2.0	26	96	0	93	45	7	21	25	1.79
60355592--60355621	14	2.1	14	100	0	60	53	0	6	40	1.27
60383483--60383668	40	4.7	40	86	5	225	27	27	20	24	1.99
60389647--60389824	27	6.6	27	81	3	169	30	28	14	26	1.95
60389647--60389824	54	3.3	55	81	3	191	30	28	14	26	1.95
60394386--60394547	40	4.1	40	80	6	177	27	27	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60394577--60394775	100	2.0	100	98	0	389	35	25	11	28	1.90
60402514--60402699	40	4.7	40	81	5	198	26	27	19	25	1.99
60412091--60412180	42	2.1	43	95	2	164	16	40	13	30	1.87
60412675--60412790	58	2.0	58	94	0	205	25	31	16	27	1.96
60414850--60415027	27	6.6	27	82	5	180	29	27	15	27	1.96
60414871--60415026	82	1.9	81	87	6	226	29	27	15	27	1.96
60421967--60422247	64	3.9	74	79	13	296	29	16	24	29	1.97
60421967--60422241	140	2.0	140	84	5	367	29	16	24	29	1.97
60422104--60422248	75	1.9	75	88	2	218	31	18	22	26	1.97
60422162--60422339	92	1.9	91	80	5	207	26	19	19	34	1.96
60422104--60422747	169	3.8	169	92	1	1019	28	19	19	32	1.97
60422252--60422427	77	2.3	77	83	1	217	27	19	18	35	1.95
60422330--60422508	92	2.0	91	85	1	241	26	20	17	35	1.95
60422421--60422596	77	2.3	77	83	1	217	26	21	17	34	1.95
60422499--60422688	92	2.1	91	86	1	263	26	20	17	35	1.94
60422590--60422747	76	2.1	77	85	4	212	27	19	18	33	1.96
60422691--60422810	63	1.9	63	94	0	213	27	19	22	30	1.98
60422754--60423584	87	9.5	87	74	12	462	28	16	19	35	1.94
60422930--60423070	75	1.9	74	89	2	221	29	17	21	31	1.97
60422989--60423526	179	3.0	176	80	9	538	27	16	19	36	1.93
60432221--60432361	75	1.9	74	89	2	221	29	17	21	31	1.97
60432275--60432778	87	5.7	85	79	11	423	27	16	19	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60432280--60432817	179	3.0	176	80	9	547	27	16	19	36	1.93
60432296--60432852	87	6.3	85	77	12	348	27	15	19	36	1.93
60433515--60433976	227	2.0	229	96	1	849	43	24	10	22	1.84
60433989--60434027	17	2.3	17	86	8	53	17	10	0	71	1.12
60442817--60442862	8	6.1	8	82	12	62	41	2	0	56	1.11
60449264--60449295	6	5.3	6	100	0	64	46	15	18	18	1.84
60449268--60449321	18	3.1	16	78	10	54	44	18	18	18	1.87
60449284--60449331	24	2.0	24	100	0	96	41	16	20	20	1.90
60450196--60450247	12	4.4	11	80	20	52	15	11	0	73	1.11
60450241--60450291	8	6.8	8	82	10	63	41	1	0	56	1.10
60450241--60450291	23	2.3	22	90	10	77	41	1	0	56	1.10
60453137--60453870	46	16.0	46	93	0	1128	22	23	14	39	1.91
60455721--60455773	27	2.0	26	82	10	63	60	1	0	37	1.08
60455710--60455768	11	5.2	11	80	8	64	66	1	0	32	1.02
60459018--60459062	20	2.2	20	88	0	72	26	28	26	17	1.98
60459028--60459071	20	2.2	20	87	0	61	25	27	27	20	1.99
60461055--60461154	48	2.1	48	90	0	155	41	21	4	34	1.72
60462144--60462196	19	2.7	19	72	13	54	33	7	33	24	1.84
60462182--60462322	60	2.4	59	77	10	151	34	15	29	19	1.93
60462234--60462318	40	2.1	40	82	0	98	36	17	30	15	1.91
60462271--60462332	20	3.1	20	70	9	63	30	19	32	17	1.95
60462247--60462332	40	2.2	40	89	0	127	34	16	29	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60470563--60470597	18	2.0	17	88	5	52	51	0	5	42	1.25
60470679--60470756	41	1.9	41	94	0	138	42	17	5	34	1.72
60470893--60470922	13	2.3	13	94	0	51	73	3	6	16	1.18
60473773--60473858	39	2.2	39	87	4	120	43	17	16	23	1.88
60474086--60474166	40	2.0	40	85	0	108	39	16	9	34	1.81
60474306--60475138	416	2.0	416	100	0	1666	33	20	5	40	1.76
60475292--60475322	12	2.6	12	100	0	62	0	29	0	70	0.87
60479785--60479828	6	7.2	6	79	5	52	47	15	18	18	1.83
60479809--60479917	45	2.4	45	84	3	139	39	21	17	22	1.92
60481877--60481999	44	2.8	44	86	1	167	21	16	21	39	1.92
60483160--60483232	21	3.4	22	83	7	87	38	26	21	13	1.91
60483160--60483246	21	4.0	23	79	10	83	39	24	21	14	1.91
60483618--60483674	15	3.9	15	90	2	89	50	12	0	36	1.40
60491190--60491355	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
60501473--60501661	39	4.8	39	84	1	173	16	15	32	35	1.91
60504092--60504191	42	2.4	42	96	1	182	42	23	16	19	1.89
60504159--60504223	32	2.0	32	100	0	130	36	27	15	20	1.92
60504117--60504265	74	2.0	74	93	2	255	36	26	16	20	1.93
60504191--60504303	42	2.7	42	89	5	183	37	25	15	22	1.93
60519246--60519275	13	2.3	13	100	0	60	43	13	6	36	1.70
60520443--60520487	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
60521461--60521493	16	2.1	16	88	11	50	12	3	3	81	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60527037--60527086	24	2.1	23	82	10	57	36	2	2	60	1.20
60527126--60527214	26	3.4	26	69	6	81	42	2	2	52	1.26
60527179--60527228	23	2.0	25	85	11	68	50	0	0	50	1.00
60527377--60527424	16	3.0	16	87	0	69	27	20	6	45	1.75
60529392--60529443	26	2.0	26	92	0	86	26	15	28	28	1.96
60529395--60529451	26	2.2	26	81	6	71	31	12	26	29	1.92
60531055--60531234	31	6.0	31	67	17	119	45	12	18	24	1.83
60531173--60531223	26	2.0	26	84	0	66	49	9	15	25	1.75
60531693--60531734	22	1.9	22	85	0	57	54	11	11	21	1.68
60532354--60532404	27	1.9	26	88	4	75	68	1	3	25	1.17
60533298--60533382	33	2.7	31	81	16	95	44	1	1	52	1.16
60533303--60533382	10	7.3	10	71	21	54	45	1	1	52	1.16
60533519--60533570	27	2.0	27	81	7	63	28	1	3	65	1.21
60536467--60536574	52	2.1	52	94	0	189	24	16	28	30	1.96
60538047--60538160	19	5.7	19	66	11	66	21	24	29	24	1.99
60538047--60538176	41	3.2	41	86	0	188	20	26	28	23	1.99
60544554--60544632	25	3.2	25	81	1	79	24	25	18	31	1.98
60544599--60544656	25	2.3	25	88	5	82	25	25	22	25	2.00
60558968--60559022	26	2.2	25	90	3	83	47	12	10	29	1.76
60560765--60560836	23	3.3	23	69	21	73	52	23	4	19	1.63
60560762--60560848	42	2.1	42	97	0	165	54	22	3	19	1.60
60561785--60563351	783	2.0	783	100	0	3134	32	21	12	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60562768--60564604	918	2.0	918	100	0	3674	33	22	11	32	1.90
60566921--60566962	19	2.3	18	87	4	57	71	2	0	26	0.98
60566928--60566975	18	2.7	17	81	15	53	70	2	0	27	0.98
60566928--60566974	19	2.6	18	83	10	51	70	2	0	27	0.99
60570240--60570294	27	2.0	27	100	0	110	40	23	7	29	1.81
60570864--60570894	15	2.1	15	100	0	62	48	25	0	25	1.52
60571651--60571675	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
60571651--60571708	15	3.9	15	84	2	55	41	0	1	56	1.09
60571673--60571715	7	6.0	7	89	5	68	30	0	2	67	1.03
60571656--60571715	14	4.1	14	81	8	66	36	0	1	61	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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